요지

과세기준일 현재의 토지의 현황 및 이용상황에 따라 과세대상이 구분되는 것인바, 원고가 이 사건 토지 위에 이 사건 대학교의 교육연구시설의 건립을 추진하고 있었다는 사정만으로 원고가 이 사건 처분 당시 이 사건 토지를 교육사업을 위해 사용하고 있던 것과 동일하게 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

원고에 대하여, 피고 ○○구청장이 2020. 2. 12.에 한 재산세 415,180,250원 및 지방교육세 64,860,970원의 각 부과처분을, 피고 ○○○세무서장이 2021. 2. 15.에 한 종합부동산세 1,224,202,250원 및 농어촌특별세 244,840,450원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육을 실시할 목적으로 설립된 학교법인으로 ○○○○○대학교(이하 ⁠‘이 사건 대학교’라 한다), 사이버○○○○○대학교, ○○○○○○○대학교 부설 고등학교를 설립하여 운영하고 있다.

나. 원고는 2011. 12. 29. 이 사건 대학교 ○○캠퍼스 부지로 사용하기 위해 ○○광역시○○○○○청과 사이에 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 토지 43,595.6㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 20,874,706,760원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2016. 12. 29. 위 매매대금을 모두 지급한 다음 2017. 1. 9. 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 이 사건 토지가 원고의 고유목적사업인 교육사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 이유로 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되기 전이 것) 제41조 제1항 본문에 따라 취득세 등 1,142,200,240원(= 취득세 951,833,550원 + 농어촌특별세 190,366,690원)을 면제받았다.

라. 피고 ○○구청장은 2018. 6. 25. 및 2018. 8. 20. 이 사건 토지에 대한 토지이용현황조사를 실시한 결과, 이 사건 토지가 나대지인 상태로 방치되어 있고, 인도와 인접한 부분은 각종 작물이 자라고 있는 농지로 이용되고 있는 것을 확인하였다.

마. 피고 ○○구청장은 이에 따라 2018년도 재산세 과세기준일인 2018. 6. 1. 당시 이 사건 토지가 원고의 교육사업에 직접 사용되지 않고 있어 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 지방세특례제한법’이라한다) 제41조 제2항 본문에 정한 감면요건을 충족하지 않는다고 보고, 2018. 9. 13. 원고에 대하여 이 사건 토지에 대한 2018년 귀속분 재산세 431,771,930원 및 지방교육세67,453,420원을 각 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 종전 재산세 부과처분’이라 한다).

바. 피고 ○○○세무서장 역시 이 사건 토지가 원고의 교육사업에 직접 사용되지 않고 있어 종합부동산에 과세대상에 해당하는 것으로 보고 2018. 11. 15. 원고에게 이 사건 토지를 포함한 원고의 종합부동산에 과세대상 부동산에 관하여 2018년 귀속분 종합부동산세 1,754,919,840원 및 농어촌특별세 350,983,960원을 각 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 종전 종합부동산세 부과처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 종전 재산세 및 종전 종합부동산세 부과처분에 불복하여 2018. 12. 3. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2020. 1. 16. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

아. 감사원의 기각 결정에 따라, 피고 ○○구청장은 2020. 2. 12. 원고에 대하여 이 사건 토지에 대한 2017년 귀속분 재산세 415,180,250원 및 지방교육세 64,860,970원(이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 재산세’라 한다)의 각 부과처분을 하였고(이하 ⁠‘이 사건 재산세 부과처분’이라 한다), 피고 ○○○세무서장은 2021. 2. 15. 원고에게 2017년 귀속분 종합부동산세 1,224,202,250원 및 농어촌특별세 244,840,450원(이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 종합부동산세’라 한다)을 각 추가로 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 종합부동산세 부과처분’이라 하고, 이 사건 재산세 부과처분과 통칭할 경우 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 원고는 이 사건 재산세 부과처분에 불복하여 2020. 5. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 1. 15. 기각되었고, 이 사건 종합부동산세 부과처분에 불복하여 2021. 4. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을가 제1 내지 4호증, 을나 제1 내지 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고 ○○○세무서장의 본안전항변에 대한 판단

가. 본안전항변의 요지

원고는 2021. 4. 6. 이 사건 종합부동산세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 원고가 이 사건 종합부동산세 부과처분에 불복하여 2021. 4. 15. 조세심판원에 제기한 심판청구에 대한 결정이 아직 이루어지지 아니하였는바, 이는 국세기본법 제56조 제2항에 따라 행정소송을 제기할 수 없는 경우에 해당하므로 이 부분 소는 부적법하다.

나. 판단

국세기본법 제56조 제2항은 ⁠‘세법(국세징수법 포함)에 따른 처분에 대한 소송은 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다’고 규정하고 있다. 원고가 2021. 4. 15. 조세심판원에 이 사건 종합부동산세 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였음은 앞서 본 바와 같고, 그 결정이 있기 전인 2021. 4. 6. 이 사건 소를 제기하였음은 기록상 명백하다.

한편 국세기본법 제56조 제3항 단서, 제65조 제2항, 제81조는 ⁠‘그 청구일로부터 90일의 결정기간 내에 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 그 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다’고 규정하여, 필요적 전치주의의 적용을 완화하고 있다. 이 사건 소 제기 당시 비록 전심절차를 거치지 않은 위법이 있다고 하더라도 변론종결일 전에 90일이 경과한 이상 그 흠결의 하자는 치유되었다고 봄이 타당한바(대법원 1987. 9. 22. 선고 87누176 판결 등 참조), 이 법원이 원고가 조세심판원에 이 사건 종합부동산세 부과처분에 대한 심판청구를 제기한 2021. 4. 15.부터 90일이 경과한 2021. 10. 8. 변론을 종결한 이상, 전심절차를 거치지 아니한 하자는 치유되었다고 할 것이다. 따라서 피고 ○○○세무서장의 위 본안전항변은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 토지를 취득하고, 그 지상에 교육연구시설 등 학교시설을 건축하기 위한 계획을 마련한 다음 2019. 4. 2. 입찰공고 및 2019. 5. 10. 건축허가를 받아 위 교육연구시설 등 학교시설의 건립에 착수하였는바, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 곧바로 교육목적을 위한 건축물을 신축하지 아니하였다 하더라도 가까운 시일 내에 이 사건 토지에 학교시설 등 건축물을 건축할 예정이거나 건축계획을 추진 중인 경우 역시 구 지방세특례제한법 제41조 제2항에서 규정하는 해당 사업(교육 사업)에 이 사건 토지를 직접 사용하고 있는 경우에 해당하는 것으로 보아야 한다.

2) 피고 ○○구청장은 이 사건 토지 부근에 소재하고 있는 다른 학교법인 소유의 부지의 경우 2015년경 교육용 부지로 취득한 이후 5년 이상 건축물 등 착공행위에 나아가지 아니하였음에도 별다른 조치를 취하지 아니한 반면, 원고에 대해서는 이 사건 토지 취득일로부터 불과 5개월이 경과하지 아니한 시점에 교육시설 등 건축물 착공행위에 착수하지 아니하였다는 이유로 곧바로 재산세 등을 부과하였고, 피고 ○○○세무서장도 이에 따라 종합부동산세 등을 부과하였는바, 이러한 피고들의 과세처분은 자의적이고 선별적이어서 조세평등에 위반될 뿐만 아니라, 과세재량권이 일탈·남용된 경우 에 해당한다.

3) 피고들은 이 사건 처분을 하면서 원고에게 행정절차법 제21조 제1항에 따른 처분의 사전통지 절차를 누락하였고, 행정절차법 제22조 제3항에 의한 의견제출의 기회를 부여하지 아니하였는바, 이 사건 처분에는 행정절차법 제21조 제1항 및 제22조 제3항을 위반한 절차적 하자가 존재한다.

나. 관계 법령

[별지] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 인정사실

앞서 든 증거들에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 2011. 12. 28. ○○광역시○○○○○청장에게, 이 사건 토지에 ○○○센터·○○비지니스센터·○○○○○교육원 각 1개동 및 기숙사 2개동 등 총 5개동의 건물을 건립하기 위해 2011년부터 2012년까지의 사업준비기간을 거쳐 2013년부터 2015년까지 1단계 건축공사, 2016년부터 2018년까지 2단계 건축공사를 진행하여 교육연구시설을 완공하는 것을 내용으로 하는 ⁠‘○○국제화지원 특화단지 조성사업 추진계획’을 제출하였다.

(2) 이 사건 토지에 관한 토지이용 현황조사 결과에 의하면, 2018년 6월 내지 8월경 이 사건 토지는 갈대만 무성하게 자라고 있는 나대지 상태로 있었고, 인도와 인접한 부분에서는 인근 주민들에 의해 불법적으로 고추, 깨, 땅콩, 옥수수 등 작물이 재배되고 있었다.

(3) 원고는 2019. 4. 2. 1단계 건축공사로 교육연구시설(교육원)을 건축하기 위해 공사입찰 공고를 실시하였고, 2019. 5. 10. ○○광역시○○○○○청장으로부터 위 교육연구시설(교육원)에 대한 건축허가를 받았으며, 2020. 2. 10. 준공하였다.

나) 관련 법령의 규정 및 법리

(1) 구 지방세특례제한법 제41조 제2항 본문은 ⁠‘학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.’고 규정하면서, 같은 항 단서로 ⁠‘다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 지방세특례제한법 시행령(2020. 12. 31. 대통령령 제31344호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 지방세특례제한법 시행령’이라 한다) 제18조 제2항은 위 ⁠‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’에 관하여 ⁠‘해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.’고 규정하고 있다. 한편 구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 종합부동산세법’이라 한다) 제6조 제1항에서는 지방세특례제한법 등에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정을 종합부동산세를 부과함에 있어서 준용하도록 하고 있다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조), 구 지방세특례제한법 제41조 제2항에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두45680 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

다) 구체적 판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거들의 의하여 드러나는 다음과 같은 사정들을 위 관련 법령의 내용 및 법리에 비추어 살펴보면, 제출된 증거들만으로는 2017년 귀속분 재산세 및 종합부동산세 과세기준일 무렵 원고가 이 사건 토지를 이 사건 대학교의 교육사업 자체에 사용하고 있었다는 점이 증명되었다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

① 원고가 2017. 1. 9. 이 사건 토지에 대한 소유권을 취득한 이후부터 피고 ○○구청장에 의한 토지이용 현황조사가 이루어질 때까지 이 사건 대학교의 교육연구시설 등을 건설하기 위한 별다른 조치를 취하지 아니함으로써 위 토지이용 현황조사 무렵 이 사건 토지는 수풀이 우거진 상태로 방치되어 있었다.

② 조세감면요건 등에 관한 법령의 내용은 엄격하게 해석되어야 하는 점에다가 구 지방세특례제한법 제41조 제2항에서는 취득세에 대한 규정인 구 지방세특례제한법 제41조 제1항 2호와 달리 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 재산세를 면제할 수 있는 규정을 두고 있지 않은 점을 더하여 살펴보면, 구 지방세특례제한법 제41조 제2항에 의해 재산세 면제대상에 해당하기 위해선 법문의 규정에 따라 이 사건 토지에 교육사업을 위한 건축물이 건축 중이거나 이를 위한 건축허가 등이 이루어진 경우에 해당하여야 한다.

③ 재산세는 과세기준일 현재의 토지의 현황 및 이용상황에 따라 과세대상이 구분되는 것인바, 원고가 이 사건 토지 위에 이 사건 대학교의 교육연구시설의 건립을 추진하고 있었다는 사정만으로 원고가 이 사건 처분 당시 이 사건 토지를 교육사업을 위해 사용하고 있던 것과 동일하게 볼 수도 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 피고 ○○구청장은 이 사건 토지 인근 부지를 교육용 사업을 위해 취득한 학교법인이 이를 해당 용도에 사용하지 아니하고 사설 스포츠업체에 유상으로 임대한 사실을 확인하고 위 학교법인에 대하여도 그 동안 면제받은 2016년 내지 2020년 귀속분 재산세 및 지방교육세를 모두 추징한 것으로 보일 뿐만 아니라, 설령 원고 이외의 다른 학교법인이 교육용 사업을 위해 토지를 취득한 후 이를 해당 용도에 사용하지 아니하였음에도 원고와 달리 곧바로 재산세 등 부과처분이 이루어지지 않았더라도 헌법상 평등은 불법의 평등까지 보장하는 것은 아니므로 이러한 사정만으로 원고를 합리적 이유 없이 차별한 것으로 볼 수 없다.

나) 나아가 이 사건 처분은 피고들이 재량권을 행사할 여지없이 구 지방세특례제한법 및 구 종합부동산세법에 따라 이루어지는 기속행위로서, 이 사건 처분이 재량행위임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 것 없이 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

행정절차법 제3조 제2항 제9호에 의하면 ⁠‘병역법에 따른 징집·소집, 외국인의 출입국·난민인정·귀화, 공무원 인사 관계 법령에 따른 징계와 그 밖의 처분, 이해 조정을 목적으로 하는 법령에 따른 알선·조정·중재(중재)·재정(재정) 또는 그 밖의 처분 등 해당 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 거칠 필요가 없다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항’에 대하여는 행정절차법이 적용되지 아니하고, 그 위임에 따른 행정절차법 시행령 제2조 제5호에서는 ⁠‘조세관계법령에 의한 조세의 부과·징수에 관한 사항’을 규정하고 있다. 위와 같은 관련 법령의 규정 내용에 의하면, 구 지방세특례제한법 및 종합부동산세법에 의해 이 사건 재산세 및 종합부동산세를 부과한 이 사건 처분에는 행정절차법이 적용되지 아니하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 11. 12. 선고 서울행정법원 2021구합61178 판결 | 국세법령정보시스템