요지

원고가 제공하는 용역은 ⁠‘보건업’으로서의 임상시험용역에 해당하고, 영세율 적용 대상인 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 나목이 정한 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당한다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 각 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 11. 7. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 1] 기재 부가가치세 부과처분(가산세 포

함) 중 취소를 구하는 세액란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1983. 5. 14. 설립된 이래 의약품 제조업, 완제 의약품의 수입 및 국내매입 판매사업, 의약품 소분업 등을 주된 목적으로 하는 회사로서, CCC KK에 본사를 두고 있는 바이오 제약 기업인 DD(CCCCC) 그룹의 국내 계열사이다.

나. 원고는 CCC 소재 외국법인인 F. HHHHHH HH CCCCC Ltd.(이하 ⁠‘CCC CC’라 한다)와 사이에 임상시험계약(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, CCC CC로부터 임상시험 및 그 관리 용역을 포괄적으로 위임받아 임상시험을 수행한 뒤 그 결과를 CCC CC에게 제공하는 용역을 수행하였다.

다. 원고는 이 사건 계약에 따라 국내에서 임상시험 및 그 관리 용역을 수행하고 CCC CC에 임상시험 프로토콜을 수행하는데 필요한 비용(연구비, 의약품비, 임상시험비 등), 관리 및 인프라스트럭처 비용(간접비) 및 이윤(간접비의 5%)을 용역대가로 지급받았다. 원고는 위와 같은 용역대가를 원고가 CCC CC에게 지급하여야 할 외화매입채무와 상계하는 방식으로 지급받았다.

라. 원고는 CCC CC에 제공한 임상시험용역을 부가가치세법상의 영세율 적용대상으로 보고, 직접비, 간접비 및 이윤을 가산한 총 거래대가를 과세표준으로 하여 영세율을 적용한 뒤 각 과세기간에 대한 부가가치세를 신고‧납부하였다.

마. TT지방국세청은 2017. 5. 26.부터 2017. 11. 1.까지 원고에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시한 뒤, 원고가 CCC CC에게 임상시험용역을 제공하고 그 대가를 외화로 수취한 거래는 부가가치세법상의 영세율 적용거래에 해당하지 않는다는 결과를 피고에게 통지하였다.

바. 피고는 2017. 11. 7. 원고에게 2012년 2기부터 2016년 2기까지의 과세기간 동안 원고가 CCC CC로부터 지급받은 용역대금 0000원에 대하여 영세율 적용을 배제하고 부가가치세 000원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다.

사. 원고는 2017. 12. 15. 조세심판원에 위 바.항 처분에 대한 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2018. 11. 23. 원고의 청구 중 2015. 2. 3. 개정된 부가가치세법 시행령(대통령령 제26071호, 이하 ⁠‘개정 후 시행령’이라 한다) 이후 공급된 부분에 대해서는이를 인용하고, 2015. 2. 3. 이전에 공급한 부분에 대해서는 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 시행령’이라 한다)이 적용되어 영세율 적용이 되지 아니한다고 보아 이를 기각하였다(이하 2015. 2.3. 이전에 공급한 임상시험용역을 ⁠‘이 사건 용역’이라 하고, 위 바.항의 부가가치세 부과처분 중 이 사건 용역에 관한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지 이 사건 용역이 부가가치세법상 영세율이 적용되는지 여부는 위 용역이 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 각 목에 해당되는지 여부에 따라 결정된다. 한편 개정 전 시행령상 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 한국표준산업분류에 따르므로(제4조 제1항), 결국 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 각 목에서 규정하고 있는 영세율이 적용되는 외화 획득 용역에 해당하는 사업인지 여부도 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 정의에 따라 판단하여야 한다.

그런데 이 사건 용역은 고도의 전문 지식과 훈련을 받은 인적 자본을 서비스 생산의 주요 요소로 투입하고 있고, 이 사건 계약에 의하여 CCC CC에게 의학 및 약학연구개발 활동 등 전문, 과학 및 기술적 업무를 제공하는 용역에 해당하므로, 한국표준산업분류에 따를 때 개정 전 시행령 제33조 제1항 나목의 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당한다.

따라서 임상시험용역이 부가가치세법 시행령 개정으로 영세율 적용 대상에 포함된2015. 2. 3. 이전에 공급된 이 사건 용역에 대해서도 영세율이 적용되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법령 및 법리

부가가치세법에 의하면 부가가치세의 세율은 10퍼센트이나, 부가가치세법 제24조 제1항은 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다고 규정하면서 국내에서 공급하는 용역 중 일정한 요건을 갖추는 경우 영세율을 적용하도록 하고 있다.

부가가치세법 제24조 제1항 제3호의 위임을 받은 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호는 국내사업장이 없는 외국법인에 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업에 관한 용역을 제공하고, 그 용역대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령이 정하는 방법으로 받는 경우 영세율을 적용하도록 하고 있다.

한편 개정 전 시행령이 2015. 2. 3. 개정되면서 ⁠‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)’도 영세율 적용 대상 사업에 추가되었다(개정 후 시행령 제33조 제2항 제1호 차목).

개정 전 시행령 제4조는 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다고 규정하고 있다. 한편 주된 산업활동과 부차적, 보조적 활동이 결합되어 복합적으로 이루어지는 산업 활동에 있어서는 생산단위가 수행하는 주된 산업활동의 종류에 따라 분류되어야 한다. 또한 여러 개의 용역을 하나의 공급단위로 하는 거래에서 어느 것이 주된 용역이고 어느 것이 부수된 용역인지는 구체적인 거래의 형태에 비추어 당사자 사이의 공급의 목적과 의도가 어디에 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결).

2) 구체적인 판단 이 사건 용역의 경우, 원고가 국내에 사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인인 CCC CC에게 용역을 제공하고 그 대가를 원고가 CCC CC에게 지급하여야 할 외화매입채무와 상계함으로써 영세율 적용 대상이 되기 위한 공급의 상대방 및 용역대가 수취 방식 요건을 모두 충족하였다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

다만 피고는 이 사건 용역은 보건업에 해당하는 임상시험용역으로, 임상시험용역은 개정 후 시행령에 의하여 비로소 영세율 적용대상이 되었으므로 개정 전에 공급된 이 사건 용역은 영세율 적용대상이 아니라는 것이다. 이에 대하여 원고는 이 사건 용역은 ⁠‘임상의학 연구’로서 개정 후 시행령이 적용되기 이전부터 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 나목에서 규정한 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당되어 영세율 적용대상이었고, 이는 임상시험실시기관 등이 수행하는 의료행위로서의 보건업(임상시험용역)과는 구분되므로 이 사건 용역에 대해서도 영세율이 적용되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 갑 1, 3호증, 을 3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 이유들을 종합하여 보면, 이 사건 용역은 ⁠‘보건업’으로서의 임상시험용역에 해당하고, 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 나목이 정한 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없고 이 사건 처분은 적법하다.

가) 임상시험은 의약품 등의 안전성과 유효성을 증명하기 위한 목적에서 사람을 대상으로 이상반응을 조사하는 시험을 의미한다(약사법 제2조 제15호). 임상시험의 경우 임상시험의 계획‧관리‧재정 등에 관한 책임을 가지는 의뢰자와, 의뢰자의 임무나 역할의 일부 또는 전부를 대행하기 위해 의뢰자로부터 계약에 의해 업무를 위임받을 수 있는 임상시험수탁기관, 그리고 식품의약품안전처장이 별도로 지정하는 의료기관 또는 특수연구기관으로서 실제 임상시험이 실시되는 기관인 임상시험실시기관이 있다.

나) 이 사건 용역은 그 의뢰자가 해외 법인이다. 임상시험용역의 의뢰자가 해외 법인일 경우 국내의 임상시험 관련 규정에 따른 책임과 의무를 이행하기 어려워 해외 법인과 별개의 법인격을 가지는 국내 기관에 의뢰자로서의 임무를 전부 위임하고, 국내 법인이 임상시험수탁기관의 지위에서 식품의약품안전처장이 지정한 임상시험 기관의 장과 연구비 규모, 위 기관의 장이 부담하는 의무 등에 관한 계약을 체결하게 된다. 국내 법인은 임상시험기관으로부터 전달받은 임상시험의 결과를 해외 의뢰자에게 제공하고, 나머지 업무에 관한 용역은 직접 해외 의뢰자에게 제공하게 된다.

원고 역시 해외 의뢰자인 CCC CC로부터 의뢰자로서의 임무를 위임받은 임상시험수탁기관으로서, ① 임상시험실시기관인 국내 의료기관에 임상시험을 의뢰하여 실시한 뒤 그 결과를 의료기관으로부터 회신받아 CCC CC에 제공하고, ② 그 외 임상시험의 기획(연구자 및 병원 선정), 모니터링, 데이터관리, 허가대행 등의 용역을 직접 수행하였다.

다) 다음과 같은 이 사건 계약의 문언에 의하면, 원고가 CCC CC에 제공한 용역의 주된 목적은 ⁠‘임상시험의 수행’인 것으로 보인다(원고가 CCC CC로부터 임상시험과 무관한 의학, 임상연구를 의뢰받거나 수행한 바는 없다).

라) 원고는 직접 임상시험을 수행하지는 아니하고 이를 의료기관인 임상시험실시기관에게 의뢰하였다. 그러나 한국표준산업분류의 산업분류 적용원칙에 의하면, 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하게 하고 이를 자기명의로 자기책임 하에서 판매할 경우 이를 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하도록 규정하고 있다. 즉 원고가 이 사건 용역에 있어 임상시험실시기관에게 임상시험용역을 원고의 계정으로 수행하게 한 뒤 CCC CC에게 위 임상시험용역을 원고의 명의와 책임 하에 제공하였다면, 비록 임상시험을 직접 수행한 것은 임상시험실시기관이라 하더라도 위 임상시험을 원고가 스스로 시행한 것으로 보아 임상시험실시기관이 임상시험용역을 수행한 경우와 동일한 산업으로 분류되어야 한다.

마) 임상시험용역은 약사법에 따라 국가가 지정하고 일정규모의 시설과 전문인력을 가지고 있는 임상시험실시기관만이 수행할 수 있다(약사법 제34조의2 제1항).

또한 약사법은 식품의약안전처장의 승인을 받아야만 임상시험을 수행할 수 있도록 규정하고 있다(약사법 제34조 제1항). 글로벌 임상시험을 수행하기 위하여 원고는 식품의약품안전처 및 임상시험심사위원회로부터 임상시험계획의 승인을 받아 임상시험실시기관을 선정하여 임상시험을 개시하여야 하고, 로컬 임상시험을 수행하기 위해서는 식품의약품안전처 등의 승인을 받아야 한다. 원고가 직접 수행하여 CCC CC에게 제공한 용역은 식품의약품안전처장의 승인 및 자격 있는 임상시험실시기관의 섭외 등 관련 법령에 따라 임상시험을 실시하기 위해 반드시 수행되어야 할 법령상의 요건을 구비하기 위한 서비스를 대행해 준 것인데, 이는 주된 용역인 임상시험용역의 원활한 시행을 위한 부수적인 용역에 지나지 않는다.

바) 한국표준산업분류는 전문, 과학 및 기술 서비스업을 ⁠‘다른 사업체를 위하여 전문, 과학 및 기술적 업무를 계약에 의하여 수행함으로써 경영의 전문성과 효율성을 달성하는 산업으로 고도의 전문지식과 훈련을 받은 인적자본이 서비스의 주요 요소로 투입된다’고 정의하면서, 하위분류로 연구개발업, 전문서비스업, 건축기술 엔지니어링 기타 과학 기술 서비스업, 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업을 두고 있다. 위 개념정의 및 그 하위분류로 열거된 사업의 유형을 종합하여 보면, 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 나목이 정한 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’은 다른 사업체를 지원하기 위하여 지식을 축적하거나 새로운 응용 부문에 적용하기 위한 전문, 과학 및 기술적 업무를 수행하는 것이다. 그런데 ① 이 사건 용역은 사람을 상대로 의약품 등의 효과를 증명하기 위한 실험을 하는 것일 뿐 지식을 축적하거나 새로운 응용 부문에 적용하기 위한 전문, 과학 및 기술적 업무를 수행하는 것이라고는 보이지 않고, ② 원고는 CCC CC와의 이 사건 계약을 통해 임상시험의 의뢰인으로서 임상시험의 수행에 대한 독립적인 지위를 부여받았으므로 ⁠‘다른 사업체를 위해’ 전문, 과학 및 기술적 업무를 수행한 것으로 보기도 어렵다. 따라서 이 사건 용역을 ⁠‘전문, 과학 및 기술적 업무’로 분류할 수는 없다.

사) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 이 사건 용역이 영세율 적용대상인지를 판단하기 위한 이 사건에서도 관련 규정을 문언에 충실하게 엄격 해석하여야 한다.

원고는 병원 등 의료기관의 임상시험실시용역에 관한 경쟁력을 제고할 목적으로 개정 후 시행령의 영세율 적용대상에 ⁠‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)’이 추가된 것이라고 하면서, 이 사건 용역은 의료기관이 아닌 원고가 행한 것이어서 개정 이전이더라도 개정 전 시행령에서 규정한 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당하여 영세율이 적용되는 용역에 해당한다고 주장한다.

그러나 위와 같이 개정 후 시행령에서 임상시험용역이 영세율 적용대상에 추가된 것은 임상시험용역의 국제 경쟁력을 높이기 위하여 해외 제약사 등에 제공하는 임상시험용역을 완전 면세의 효과가 있는 영세율 적용대상인 외화 획득 용역에 추가하기 위함이다. 개정의 취지가 위와 같다면, 위 조항을 의료기관이 임상시험을 공급하는 경우에만 영세율을 적용하고자 하는 것으로 해석하게 될 경우 오히려 위 조항에서 규정한 ⁠‘임상시험용역’을 ⁠‘의료기관이 공급하는 임상시험’으로 한정함으로써 해외법인과 거래하는 한국소재 법인이 의료기관이 아니라는 이유만으로 영세율을 적용받지 못하게 될 우려가 있어 그 취지에 반하게 된다.

또한 부가가치세법 제26조 제1항 제5호 및 개정 전 시행령 제35조에 의하면, 부가가치세법상 면세되는 의료보건용역은 의료기관이 제공하는 용역에 한정되지 아니하고 장의업자가 제공하는 장의용역, 응급환자 이송용역, 가축분뇨처리업, 소독용역, 폐기물관리업, 사회복지사업 등을 모두 포괄하고, 한국표준산업분류에 의하더라도 ⁠‘보건업’은 병원 및 의원 이외에 각종 보건 의료활동을 수행하는 용역을 모두 포함한다. 이와 같은 관련 법령상의 규정들에 비추어 보더라도, 개정 후 시행령에서 영세율 적용 대상 사업으로 추가된 임상시험용역을 의료기관이 제공하는 것으로 한정하여 해석할 수는 없다.

결국 개정 후 시행령에 ⁠‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)’이 영세율 적용 대상에 추가된 것은 그 공급의 주체와는 무관하게 종래 영세율의 적용 대상이 되지 아니하였던 임상시험용역을 영세율의 적용 대상으로 추가하기 위한 것으로 해석함이 상당하고, 이러한 해석에 따르면 개정 후 시행령이 적용되기 전에 제공된 이 사건 용역은 영세율 적용대상이 된다고 볼 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 02. 14. 선고 서울행정법원 2019구합56470 판결 | 국세법령정보시스템