요지

주거지역 등 편입일 이후에 취득하여 양도한 농지의 경우 조세특례제한법 제69조 제1항 단서규정에 따라 자경농지에 대한 양도소득을 감면배제한 처분은 적법하고 피상속인이 8년 이상 경작한 농지를 주거지역 등 편입일 이후에 상속을 원인으로 취득하고 이를 양도한 경우라도 이를 달리 볼 것은 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

  제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 5. 10. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 109,408,030원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다[원고는 제1심에서 2015년 귀속 양도소득세 133,768,380원(가산세 포함)의 부과처분의 취소를 구하였으나, 피고가 당심에 이르러 2015년 귀속 양도소득세를 109,408,030원(가산세 포함)으로 감액 경정하여 고지함에 따라 위와 같이 청구취지 및 항소취지를 감축하였다].

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 아버지인 망 김○○(이하 ⁠‘망인’이라 한다)은 1979. 5. 14.부터 1994. 8. 16.까지 사이에 ○○시 ○○면 ○○리 212 대 3,808㎡, 258-1 과수원 1,160㎡, 260-3 답 464평, 260-4 답 428평, 261 전 218평, 264-1 전 122㎡, 270-3 유지 1,250㎡, 산5 임야 9단보, 산6-1 임야 19,539㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 하고, 그 중 ○○리 212 중 2,892㎡, 258-1, 260-3, 260-4, 261, 264-1, 270-3 토지를 ⁠‘이 사건 농지’라 한다)에 관한 소유권이전등기를 마치고, 이 사건 농지에서 직접 경작을 하여 왔다.

나. 이 사건 토지는 2009. 9. 30. ○○공사가 시행하는 ○○밸리 산업단지계획에 따라 공업지역으로 지정·고시되어 이에 편입되었다.

다. 망인은 2009. 12. 22. 사망하였고, 원고는 같은 날 이 사건 토지를 상속받아 이를 취득하였으며(다만 ○○리 212, 270-3, 산5, 산6-1 토지는 각 1/5지분을 상속으로 취득하였다), 2015. 10. 14. ○○공사에 공공용지의 협의를 원인으로 원고가 상속받은 위 토지 중 ○○리 212 토지 지분을 제외한 나머지 토지를 양도하였고, 2016. 6. 13. 위 ○○리 212 토지 지분을 ○○공사에 양도하고 2016. 6. 16. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

라. 원고는 2015. 12. 31. 및 2016. 8. 31. 피고에게 이 사건 토지의 양도로 발생한 소득에 대하여 양도소득과세표준 신고 및 수정신고를 하였는데, 이 사건 농지에 대하여는 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세 감면)의 세액감면 규정을 적용하여 그 양도소득과세표준신고 및 수정신고를 하였다.

마. 국세청은 2017. 6. 19.부터 같은 해 7. 7.까지 피고에 대한 감사를 실시한 결과, 이 사건 농지는 원고가 이를 상속으로 취득하기 전에 이미 공업지역에 편입되었으므로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 단서에 따라 감면할 양도소득이 존재하지 않는 것으로 판단하고, 피고에게 이에 대한 감면을 배제할 것을 지시하였다. 이에 따라 피고는 2018. 5. 10. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 133,768,380원(가산세 포함)을 부과하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 6. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 9. 17. 위 심판청구가 기각되었다.

사. 피고는 이 법원에 이 사건이 소송계속 중이던 2020. 2. 14. 2015년 귀속 양도소득세를 109,408,030원(가산세 포함)으로 감액경정결정을 하고 이를 원고에게 고지하였다(피고가 위와 같이 감액경정한 것은 양도시기가 2016. 6.인 ○○리 212 토지 부분 양도소득세를 2015년 귀속 양도소득세에서 제외하였기 때문이다. 당초 양도소득세 부과처분 중 위와 같이 감액경정하고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 15, 18호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 양도소득세 감면 주장 이 사건 농지는 망인이 8년 이상 직접 경작하던 토지로서 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 정한 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 모두 충족하였다. 같은 항 단서는 해당 토지가 공업지역에 편입된 경우 공업지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있으나, 이는 농지의 취득이 편입일보다 앞서는 것을 전제하는 규정이므로, 이 사건과 같이 편입일 이후에 농지의 취득이 이루어진 경우에는 위 조항 단서가 적용될 수 없고, 본문에서 정한 감면규정을 적용하여야 한다. 또한 ① 상속인이 피상속인의 자경 요건을 승계할 수 있도록 규정한 조세특례제한법 등 관계 법령의 취지와 상충되며, ② 이 사건의 경우 같은 항 단서에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2016. 1. 22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제7항에서 정한 계산식을 적용하면 편입 당시의 기준시가(2009. 1. 1.자 개별공시지가)와 취득 당시의 기준시가가 동일하여 분자가 0이 되고, 분모가 마이너스가 되어 양도소득세액이 전혀 계산되지 아니하는 결과가 발생하므로 이 사건 단서 조항이 적용될 수 없다.

그리고 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서가 이 사건의 경우에 적용된다고 하더라도, 이 사건 농지의 양도가액(보상가액)은 이 사건 농지가 공업지역에 편입된 2009. 3. 30.보다 이전인 2008. 1. 1. 기준 토지가액과 현황에 따라 결정됨에 따라 원고의 양도소득에는 공업지역 편일일 이후 용도지역 변경으로 인한 이익이나 개발이익이 전혀 포함되지 않았으므로 그 양도소득 전부는 공업지역에 편입된 날까지 발생된 소득으로서 구 조세특례제한법 제69조에서 정한 감면대상 양도소득에 해당한다.

그런데도 피고는 이 사건 농지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제69조 제1항 단서를 적용하여 양도소득세를 감면하지 아니하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 가산세 부분에 대한 주장

설령 원고의 양도소득세 본세 납부의무가 인정된다고 하더라도, 원고가 자경농지에 대한 양도소득세 감면 조항인 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문을 적용하여 양도소득과세표준과 세액을 과소신고·납부한 데 정당한 사유가 있으므로, 피고가 과소신고가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 양도소득세 감면 주장에 대한 판단

1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 본문에서 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ⁠‘공업지역 등’이라 한다)에 편입된 경우에는 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다. 이처럼 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세의 면제범위를 제한한 것은, 농지가 공업지역 등에 편입된 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결 등 참조).

2) 위 관계 규정의 내용과 관련 법리에 비추어 보건대, 설령 이 사건 농지가 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 정한 ⁠‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’ 요건을 모두 충족하였다고 하더라도, 그 감면되는 세액의 범위는 공업지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 한정된다.

그런데 갑 제3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는과세표준이 되는 양도차익을 산출하면서 필요경비로 공제되는 취득가액을 공업지역 편입일 이후인 2009. 12. 22.(상속일)을 기준으로 산정하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 이 사건 농지의 공업지역 편입일 이후로서 원고의 이 사건 농지 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 사실을 인정할 수 있다.

위 사실에 의하면, 이 사건 처분으로 부과된 세액 산정의 기초가 된 양도소득에는 세

액 감면대상인 양도소득이 포함되어 있지 않음이 분명하므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 사건 처분은 적법하다.

3) 원고는, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 농지의 취득일이 공업지역 등의 편입일보다 앞서는 것을 전제로 하는 규정이므로, 이 사건과 같이 편입일 이후에 농지의 취득이 이루어진 경우에는 위 조항 단서가 적용될 수 없고, 본문에서 정한 감면규정을 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 그 적용요건으로 농지의 취득일이 편입일 이전일 것을 요구하고 있지 않다. 만약 원고 주장처럼 농지의 취득일이 편입일 이후인 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서를 적용할 수 없고, 제69조 제1항 본문을 적용하여야 한다면, 편입일 이후 농지를 취득하여 8년간 직접 자경한 자에 대해서도 제69조 제1항 본문에 따라 양도소득세 전부를 면제하여야 한다는 결론에 이르게 되는데, 이는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세의 면제범위를 제한한 문언이나 입법취지에 명백하게 반하므로 원고의 위 주장은 옳지 않다.

또 농지의 경작기간 산정에 관한 규정인 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항이 공업지역 등에 편입된 자경농지에 대한 양도소득세 감면범위를 제한하는 규정인 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정과 논리적으로 상충된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항에서 택지개발지구 등의 지정이 상속일 전에 이루어진 경우에도 피상속인의 경작기간을 상속인의 경작기간으로 보도록 규정하고 있다고 하여 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 한 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 규정의 내용과 달리 공업지역 등의 편입일 이후에 발생한 소득에 대해서까지 양도소득세를 면제하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다.

4) 갑 제9호증의 1, 2, 3의 각 기재와 제1심법원의 ○○공사 ○○사업단장에 대한 사실조회 결과에 의하면, ○○공사가 이 사건 농지를 협의취득할 당시2008. 1. 1.을 공시기준일로 하는 비교표준지의 개별공시지가를 기초로 평가한 이 사건 농지의 감정가액을 기초로 이 사건 농지의 양도가액(보상가액)을 산정한 사실은 인정된다. 그러나 위 감정평가액은 2008. 1. 1.을 공시기준일로 하는 비교표준지의 개별공시지가를 기초로 2008. 1. 1.부터 가격평가시점인 2015. 9. 30.까지의 지가변동률, 생산자물가상승률 및 이 사건 농지의 위치, 형상, 환경, 이용상황, 인근 유사토지의 거래사례 및 보상사례 등 가격 형성에 영향을 미치는 여러 요인을 종합적으로 평가하여 산정한 것으로서 그 가격평가시점은 2015. 9. 30.이고, 원고가 주장하는 것처럼 2008. 1. 1. 당시 이 사건 농지의 가격을 평가한 것이 아니다.

따라서 이 사건 농지의 양도가액(보상가액)이 2008. 1. 1. 당시의 가격임을 전제로이 사건 농지의 양도소득 전부가 공업지역에 편입된 날까지 발생된 소득으로서 감면대상 양도소득이라는 원고의 위 주장도 옳지 않다.

라. 가산세 부분 주장에 대한 판단

1) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라부과하는 행정적 제재로서, 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다(국세기본법 제48조 제1항). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등 참조).

2) 위 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 세액 감면대상이 되는 자경농지의 양도소득을 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로 한정함으로써 공업용지 등에 편입된 날 이후에 발생한 소득에 대해서는 세액 감면대상에서 제외하도록 정하고 있음이 명백하고, 원고도 이 사건 농지를 공업지역에 편입된 이후에 취득하였음을 잘 알고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 납세자인 원고가 공업지역에 편입된 이 사건 농지에 대한 양도소득세 감면범위에 관하여 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등의 사정으로 인해 양도소득세 신고·납부의무를 알지 못한 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 그 의무의 이행을 기대하기 어려운 사정이 있었다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결 론

  원고의 이 사건 청구는 이유가 없으므로 이를 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구고등법원 2020. 05. 08. 선고 대구고등법원 2019누4111 판결 | 국세법령정보시스템