요지

원고와 이 사건 출하처들 사이의 거래는 무자료거래에 해당하고, 피고들이 공장별로 구분하여 평균판매가격과 최대거래처의 판매가격을 산정하여 이를 토대로 ⁠‘적정 판매가격’을 산정한 것은 합리성과 타당성이 있는 산출방법임

원고는 직원의 관리감독의무를 다하였으므로, 원고에게 가산세면제의 정당한 사유가 존재함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 아래와 같이 변경한다.

  가. 피고들이 원고에 대하여 한 별지1 감액졍정 후 부과처분 내역 기재 각 부과처분 중 감액경정 후 세액의 본세 내역 부분을 초과하는 부분을 취소한다.

  나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 청구취지

  피고들이 원고에 대하여 한 별지1 감액경정 후 부과처분 내역 기재 각 부과처분(가산 세 포함)을 모두 취소한다[피고들은 이 법원에 소송계속 중인 2020. 6. 17. 2010년 사업 연도까지의 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세(각 가산세 포함)를 직권취소하고, 2011년 사업연도 이후 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세에 대하여는 일반신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 적용하여 각 감액경정하였다. 원고는 이에 따라 이 법원에서 위와 같이 청구취지를 감축하였다].

2. 항소취지

  제1심판결을 취소한다. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고 등의 지위

  원고는 수입 면화 등을 가공하여 원사를 생산하는 생산업체이고, 장**은 2001년 1월부터 2005년 3월까지 및 2006년 9월부터 2014년 10월까지 원고의 영업본부장으로, 문**은 1997년 3월 원고의 영업부 직원으로 입사하여 영업이사로, 김**, 김**은 2006년부터 원고의 영업부 직원으로 근무하면서 영업부과장으로 근무하는 자로서(장**, 문**, 김**, 김**을 특별히 구분할 필요가 있는 경우를 제외하고는 ⁠‘원고 직원 들’이라 한다), 원고 직원들은 150여개에 이르는 원고의 거래업체와의 거래 일체를 관리하였다.

 나. 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등의 형사사건

  1) 원고는 ⁠‘원고 직원들이 2008년부터 2014년까지 원고의 원사출하결재시스템(이하 ’ 원사출하시스템‘이라 한다)에 주식회사 아*텍*(이하 ’주식회사‘는 생략한다. 이하 같다), 씨*이*, 크*에*** 자*텍***(이하 이를 통틀어 ’이 사건 거래처들‘이라 한다) 에 정상적인 가격으로 원사를 판매한 것으로 입력하여 원고 대표이사로부터 결재를 받아 원사를 출고한 후 물품매도확약서를 위조하고 원사출하시스템을 수정하는 방법으로 정상단가보다 낮은 금액으로 원사가 판매된 것처럼 하여, 이 사건 거래처들에게 정상가격에서 입력된 낮은 금액을 공제한 차액을 이익으로 취득하게 하고, 원고에게 동액 상당의 손해를 가하였다’며 원고 직원들을 고소하였다.

    2) 그런데 원고의 고소내용과 일부 달리 원고 직원들은 ⁠‘원고 대표이사로부터 승인받은 적정 단가대로 영업행위를 함으로써 원고에 손해를 끼치지 아니할 업무상 임무가 있음에도, 원사출하시스템에 이 사건 거래처들에 정상적인 가격으로 원사를 공급한 것처럼 입력한 후 **섬유, **상사(이하 이를 통틀어 ’이 사건 출하처들‘이라 한다)에게 시장 평균판매가격보다 싼 가격으로 판매하고, 원사출하시스템의 판매단가를 수정하는 방법으로 원고에게 ’적정 단가와 원사출하시스템에 입력한 금액의 차액‘에 해당하는 5,966,482,514원의 재산상 손해를 가하고, 같은 액수의 재산상 이익을 취득하였다’는 내용의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률(이하 ⁠‘특정경제범죄법’이라 한다) 위반(배임)의 공소사실 등으로 서울중앙지방법원에 기소되었다.

   3) 위 형사사건의 제1심법원(서울중앙지방법원 2015고합***)은 위 2)항으로 기소된 원고 직원들의 특정경제범죄법위반(배임) 공소사실에 대하여 ⁠‘배임죄에서 재산상의 손해는 물품의 적정 단가와 회사에 실제 입금된 금액 사이의 차액이며, 적정 단가를 ’공장별로 수출업체(일명 로컬업체, 이하 ⁠‘로컬업체’라 한다)에 판매한 월별 평균단가와 로컬업체 중 최대거래처인 약진통상에 판매한 금액 중 적은 금액‘을 기준으로 산정한 것은 정당하다며 위 2)항과 같은 손해액을 모두 인정하면서 원고 직원들에 대한 위 2)항의 공소사실을 모두 유죄로 인정하였다.

  4) 이에 원고 직원들 중 장**은 위 제1심판결에 불복하여 항소하였는데, 제2심법원(서울고등법원 2016노2***)은 ⁠‘배임죄는 배임행위로 취득한 재산상 이익의 가액이 얼마인지는 범죄의 성립에 영향을 미치지 아니하지만, 특정경제범죄법은 취득한 재산상 이익의 가액을 범죄구성요건의 일부로 하고 있으므로 원고에 가한 손해액이 아닌 피고인 또는 제3자가 취득한 재산상 이익을 산정하여야 함을 전제로, 물품에 대한 정상판매금액과 실제 입금된 금액의 차액 상당으로 재산상 이익액을 산정하여야 한다면서, 정상판매금액을 산정함에 있어 ① 내수업체를 기준으로 한 평균판매금액, ② 원고 대표이사의 승인을 받은 최소판매가격, ③ 약진통상 이외에 세아상사 등에게 판매한 가격 등을 고려하여야함에도 이를 고려하지 아니하였고, ④ 이 사건 출하처들에 판매한 가격이 정상 판매가격보다 할인되었다고 인정한 2만 원 내지 3만 원도 객관적인 수치라고 할 수 없으므로, 재산상 이득액을 50억 원 이상이라고 할 수 없으나, 장**이 적어도 재산상 이익이 5억원 이상임을 인정하고 있어, 배임행위로 인하여 취득한 이득액은 5억 원 이상 50억 원미만이라며 특정경제범죄법(배임)위반 행위에 대하여 특정경제범죄법 제3조 제1항 제2호, 형법 제356조, 제355조 제2항, 제30조를 적용하여 유죄를 선고하면서 위 금액을 초과하는 부분에 대한 일부 이유 무죄 판결을 선고하였다. 이에 장**이 불복하여 상고하였으나, 대법원(대법원 2017도4227)은 장학현의 상고를 기각하여 위 판결이 확정되었다.

 다. 조세범처벌법위반의 형사사건

  1) 원고의 직원 장**은 ① ⁠‘원고의 원사를 이 사건 출하처들에 판매하였음에도 이 사건 거래처들에 판매한 것처럼 가장하기 위하여 허위세금계산서를 발급하고, 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출하였다’는 특정범죄가중처벌등에관한법률(이하 ⁠‘특정범죄가중법’이라 한다)위반(허위세금계산서교부 등)의 공소사실로, ② ⁠‘이 사건 출하처들에 원사를 판매하였음에도 수출용으로 판매한 것처럼 가장하기 위하여 이 사건 거래처들에게 영세율세금계산서를 발행하여 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하였다는 조세범처벌법위반(이하 ’조세포탈혐의‘라 한다)의 공소사실로, ③ 이 사건 출하처들에 원사를 판매하고도 세금계산서를 발급하지 아니하였다’는 조세범처벌법위반의 공소사실로 서울중앙지방법원에 기소되었다.

  2) 위 형사사건의 제1심법원(서울중앙지방법원 2017고합***)은 장**에 대한 1)항의 공소사실에 대하여 모두 유죄로 인정하였다. 이에 장**은 위 판결에 불복하여 항소하 였는데, 제2심법원(서울고등법원 2017노****)은 1)항의 공소사실 중 조세포탈혐의에 대하여 ⁠‘이 사건 거래처 중 아스텍스와 이 사건 출하처 중 대원섬유 사이에 주고받은 세금계산서에 기재된 금액이 원고가 **섬유에 판매한 실제 금액을 기재하였다는 전제하에, 아*텍*와 **섬유 사이에 주고받은 세금계산서에 기재된 부가가치세 전부가 아*텍*에 지급되어 원고로서는 아스텍스가 이를 모두 부가가치세로 신고․납부할 것으로 믿었으므로 조세포탈의 고의가 없다’는 이유로 무죄를 선고하고, 나머지 공소사실에 대하여는 모두 유죄를 선고하였다. 이에 대하여 검사가 상고하였으나, 대법원(대법원 2019도3193)은 검사의 상고를 기각하여 위 판결이 확정되었다.

 라. 관련 업체의 형사사건

  1) 이 사건 출하처 중 대원섬유를 운영하는 여**은 ① 이 사건 출하처 중 아*텍스*부터 원사를 공급받은 적이 없음에도 아*텍스*에 허위의 세금계산서를 발급하였다는 특정범죄가중법위반의 공소사실과 ② 원고로부터 원사를 공급받고도 세금계산서를 발급하지 아니하였다는 조세범처벌법위반의 공소사실 등으로 대구지방법원 서부지원에 기소되었다.

  2) 위 형사사건의 제1심법원(대구지방법원 서부지원 2016고합***)은 1)항의 공소사실을 모두 유죄로 인정하였다. 이에 여&&은 위 판결에 불복하여 항소하였으나, 제2심법원(대구고등법원 2017노***)은 여원동의 항소를 기각하였고, 여**이 이에 불복하여 상고하였으나 대법원(대법원 2017도13***)은 여원동의 상고를 기각하여 위 판결이 확정되었다.

 마. 피고의 과세 및 직권감액경정 처분

  1) ○○지방국세청장은 2016. 1. 14.부터 2016. 3. 29.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 다음 이 사건 거래가 실제로는 별지2 ⁠‘피고들 주장 거래 흐름’과 같이 이루어진 것으로 보고, 이 사건 거래처들과의 거래는 가공거래로, 이 사건 출하처들과의 거래는 세금계산서의 발급 없이 실제로 이루어진 거래(이하 ⁠‘무자료거래’라 한다)로 파악하면서, 무자료거래 공급가액을 19,916,687,105원으로 보고, 가공거래 공급가액인 수정단가 16,924,248,197원과의 차액 2,992,438,908원(쟁점 금액)을 누락된 공급가액으로 보아 과세자료를 통보하였다.

  2) 이에 **세무서장과 피고 ***세무서장, 피고 **세무서장은 별지3 부과처분 내역 기재와 같이 2008 사업연도부터 2014 사업연도까지의 법인세 및 농어촌특별세, 2008년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세(각 가산세 포함)를 각 경정․고지하였다.

  3) 피고는 제1심판결 선고 이후 2020. 6. 17. 별지1 감액경정 후 부과처분 내역 기재와 같이 원고에 대한 2010년 사업연도까지의 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세(각 가산세 포함)를 직권취소하고, 2011년 사업연도 이후 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세에 대하여는 일반신고불성실가산세 및 납부불성실가산세, 세금계산서미발급가산세를 적용하여 각 감액경정하여 고지하였다[이하 위와 같이 감액경정된 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다].

 [인정근거] 갑 제1, 2, 11, 13호증, 을 제1, 2, 8, 10, 12, 13, 20, 21호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

 가. 이 사건 거래 형태에 대한 주장원고 직원들은 별지2 원고 주장 거래 흐름과 같이 이 사건 거래처들에 원사를 공급하고 다만 운송비 절감과 거래 편의를 위하여 이 사건 거래처들의 지시에 따라 이 사건출하처들에 이를 출하하였을 뿐, 이 사건 출하처들에 원사를 직접 공급하지 않았다. 그런데 피고들은 이와 달리 원고 직원들이 별지3 피고들 주장 거래 흐름과 같이 이 사건거래처들과 거래를 한 것처럼 가장한 후 이 사건 출하처들에 직접 원사를 공급하였음을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 부가가치세 및 법인세 미발생 주장

   1) 이 사건 출하처들에 공급된 원사는 원고 직원들이 원고 소유의 원사를 횡령한 후 이를 이 사건 출하처들에 공급한 것이므로, 위와 같이 원고 직원들이 횡령한 원사의 공급자는 원고 직원들일 뿐 원고가 아니므로 원고에게 부가가치세 납세의무가 발생하지 아니한다. 따라서 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분은 위법하다.

  2) 한편 원고 직원들이 원사를 횡령함으로써 원고에게 발생한 불법행위로 인한 손해배상채권이 법원의 판결 또는 합의에 의하여 확정되지 아니하였다면 아직 소득이 실현되었다고 할 수 없으므로 이를 익금에 산입할 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 법인세부과처분은 위법하다.

 다. 과세 금액 산정 위법 주장피고들은, 관련 형사사건(서울중앙지방법원 2015고합***)의 공소제기 당시 배임금액을‘적정 단가와 원사출하시스템에 입력한 금액의 차액‘으로 산정하면서 ’적정 단가‘를 이사건 거래처들과 유사한 로컬업체에 대한 평균판매금액과 로컬업체 중 최대거래처인 약진통상에 판매한 금액 중 적은 금액‘으로 확정한 후 위 금액에서 곤당 3만 원을 일률적으로 공제하여 산정한 것과 동일한 방법으로 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세의 과세표준을 산정하였다. 그런데 위와 같은 산정방법은 관련 형사사건의 항소심(서울고등법원2016노****)에서 부당하다며 배척되었으므로, 이를 토대로 한 이 사건 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세의 산정도 위법하다.

  라. 가산세 제외 주장원고의 대표이사는 수출용원자재 매도확약서에 날인할 사용인감을 직접 보관․관리하고, 수출용원자재 매도확약서를 근거로 은행에서 발행한 내국신용장과 원사출하시스템의거래 내역을 비교하여 세금계산서를 발급하는 등 직원들의 불법행위를 방지하기 위하여상당한 노력을 하였음에도, 원고 직원들이 원사출하시스템의 판매단가를 임의로 수정하고, 수출용 원자재 매도확약서를 위조하여 배임행위를 함으로써 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세를 신고납부하지 못한 것이므로, 원고에게는 가산세를 부과하지 않을 정당한사유가 있다.

3. 관계 법령

  별지4 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

 가. 이 사건 거래 형태 주장에 대한 판단

   1) 관련 법리

    부가가치세법 제9조에 있어서 '계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 자'에 해당하여 그 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520판결 참조).

    또한 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법령에서 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 참조).

   2) 판단

    앞서 인정한 사실관계 및 을 제3, 5, 6, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고와 이 사건 거래처들 사이의거래는 허위의 거래이고 이에 따라 발행된 세금계산서도 허위의 세금계산서라고 할 것이며, 원고가 이 사건 출하처들에게 직접 원사를 공급하였다고 판단함이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

     ① 원고 직원들은 원사출하시스템에 이 사건 거래처들에 정상적인 가격으로 원사를 공급하는 것처럼 단가 및 수량을 입력한 후 이 사건 출하처들과 위 원사들의 판매수량 및 가격을 직접 협의하는 등 위 거래를 직접 주도한 반면에, 이 사건 거래처들은이 사건 출하처들과 위 원사들의 판매 수량 및 가격을 협상한 적이 없으며 원고에게도위 원사들에 대하여 구두 또는 서면으로 발주한 적도 없다.

     ② 이 사건 출하처들은 위 ①항과 같은 협의에 따라 원고로부터 직접 원사를 공급받았고, 위 원사에 대한 대금도 대부분 원고 직원들에게 현금 또는 수표로 지급하였을뿐, 이 사건 거래처들로부터 원사를 공급받지 아니하였다.

     ③ 이 사건 거래처들은 원고 직원들의 요구에 따라 자신들이 원고로부터 원사를공급받은 것처럼 허위로 작성된 세금계산서를 수취하고(이 사건 거래처들 중 아*텍*는 이에 따른 수수료를 지급받았다), 위와 같이 허위로 발급된 세금계산서에 따라 원고에 지급할 물품대금도 대부분 원고 직원들로부터 현금으로 지급받아 이를 원고에 물품대금명목으로 지급하였다.

     ④ 한편 이 사건 거래처들 중 아*텍*는 이 사건 출하처들 중 **섬유에 일부원사를 공급한 것처럼 세금계산서를 발급하였는데, 이로 인하여 납부하여야 할 부가가치세에 대하여도 **섬유가 5% 내지 7%를 부담하고 나머지는 원고 직원들이 부담하였을 뿐 이 사건 거래처들은 이를 전혀 부담하지 아니하였으며, 아*텍*를 제외한 나머지 이사건 거래처들은 이 사건 출하처들에 세금계산서를 발급하지도 아니하였다.

     ⑤ 이 사건 거래처들 중 아*텍*, 씨*이*, 자웅****의 대표들과 이 사건 출하처 중 **상사의 대표는 관련 형사사건의 제1심(서울중앙지방법원 2017고합***)에서 위 ① 내지 ④와 같은 취지로 진술하였다.

     ⑥ 원고의 직원 장**은 위와 같은 이유로 특정범죄가중법위반(허위세금계산서교부 등) 범죄사실에 대하여 유죄를 선고받아 확정되었고(서울중앙지방법원 2017고합***,서울고등법원 2017노****, 대법원 2019도**** 판결), 원고 직원들은 위와 같은 이유로 특정경제범죄법위반(배임) 범죄사실에 대하여 유죄를 선고받아 확정되었다(서울중앙지방법원 2015고합***, 서울고등법원 2016노****, 대법원 2017도**** 판결, 다만 위 사건의항소심은 장**에 대하여 배임액수를 일부 감액하여 일부 이유 무죄를 선고하였으나, 그 거래 형태에 대하여는 여전히 위와 같은 사실관계가 인정되었다).

 나. 부가가치세 및 법인세 미발생 주장에 대한 판단

   1) 부가가치세 납세의무 미발생 주장에 대한 판단

     앞서 인정한 사실관계 및 을 제3, 5, 14호증의 각 기재에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 출하처들은 원고와 원사를 거래할 의사가 있었을 뿐 원고를 배제한 채 원고 직원들과 원사를 거래하였다고 보이지 아니하고, 원고 직원들도 원고 소유 원사를 판매하여 발생한 대금을 취득할 의사가 있었을 뿐 원고 소유 물품인 원사 자체를 횡령할 의사가 있었다고 보이지 아니하므로, 이를 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

     ① 부가가치세법 제9조 제1항은 ⁠‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있다. 그런데 이 사건 출하처들 중 **섬유의 대표는 세무조사 당시 원고의 직원 장**으로부터 원고 내부의 문제를 해결하기 위하여 이 사건 원사를 정상적인 가격보다 낮은 가격으로 공급한다는말을 듣고 거래를 하였다고 진술하고 있고, 이 사건 출하처들 중 **상사의 대표는 수사기관에서 원고가 무자료로 싸게 판매하는 것으로 알고 구입하였다고 진술하고 있으며, 원고 직원들은 원고로부터 원사 판매 영업 권한을 위임받고 있어 원고를 위하여 원사 판매를 할 수 있는 권한이 있었다. 따라서 이 사건 출하처들은 원고와 거래할 의사가 있었을 뿐 원고를 배제한 채 원고 직원들과 거래한다는 의사로 원사를 공급받았다고 보이지 아니한다.

     ② 이 사건 거래처들은 원고와 오랫동안 거래하여 온 업체들로서 원고 직원들로부터 원고의 부실채권을 해결하기 위한 방법으로 허위 세금계산서를 수취하여 줄 것을부탁 받고 공급하는 자를 원고로 기재한 세금계산서를 수취하였는바, 이 사건 거래처들의 의사도 원고를 위하여 허위 세금계산서를 발급받은 것일 뿐이지 원고를 배제한 채 원고직원들의 개인적인 부탁을 들어 주기 위하여 허위세금계산서를 수취한 것으로는 보이지 않는다.

     ③ 원고 직원들은 최초에 입력되어 있던 원사출하시스템을 삭제하거나 물품 수량을 조정하지 아니하고 그 단가만을 낮게 수정하고 수정된 단가에 해당하는 금원을 원고에게 입금되도록 하였으므로, 원고 직원들의 의사도 원고를 위하여 원사를 판매한 후 판매대금 중 차액을 취득할 의사가 있었을 뿐 원사 자체를 취득한 후 이를 판매할 의사가 있었다고 보이지 아니한다.

     ④ ⁠‘원고 직원들은 원고의 영업부에서 근무하면서 거래업체와 거래 일체를 관리하는 자들로서 적정 단가대로 영업행위를 함으로써 원고에게 손해를 끼치지 아니할 업무상 의무가 있음에도, 이 사건 출하처들에 시장평균판매가격보다 낮은 가격으로 판매하고 그보다 더 낮은 가격을 원사출하시스템에 입력함으로써 원고에게 그 차액 상당의 손해를 가하고, 같은 액수 상당의 이익을 얻었다’는 특정경제범죄법위반(배임) 범죄사실로 유죄판결을 받아 확정되었다. 이에 의하면 원고 소유의 원사를 판매하는 지위에 있는 원고직원들이 원고를 위하여 원사를 판매함에 있어 시장평균판매가격보다 낮게 판매하였다는 것이어서 이 사건 출하처들에 원사를 판매할 당시 원사들의 공급자는 원고라고 할 것이다.

  2) 이 사건 처분 중 법인세 등의 귀속시기 주장에 대한 판단

     법인세법 제40조 제1항은 ⁠‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 법인세법시행령 제68조는 ’자산의 양도로 인한 익금의 귀속 사업연도는 상품․제품 또는 기타의 생산품의 판매의 경우에는 그 상품 등을 인도한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다‘고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 원사의 판매와 대금수령에 관하여 원고로부터 권한을 위임받은 원고 직원들이 이 사건 출하처들에 원사를 판매하고 그 대금을 수령하였다면 비록 원고 직원들이 원고에 쟁점금액을 입금하지 않았다고 하더라도 그 원사 판매로 인한 효과는 원고에 귀속되는 것이어서 그 판매대금은 원고에 귀속될 금액이고 원고의 매출액으로 익금에 산입되어야 할 것이다(한편 원고는 원고 직원들이 ’원사‘를 횡령하였음을 전제로 위와 같이 주장하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 원고 직원들은 원사 ’판매대금‘ 중 일부를 취득한 것일 뿐 ’원사‘를 횡령한 것이 아니어서 이를 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다).

 다. 이 사건 과세 금액 산정 주장에 대한 판단

   1) 추계경정 사유의 존재 여부에 대한 판단

    가) 부가가치세법 제57조 제2항, 법인세법 제66조 제2항, 법인세법 시행령 제104조 제1항에 의하면, 과세관청이 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하나, ⁠‘① 세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우,② 세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명자료가 거짓임이 명백한 경우’에는 추계할 수 있다.

    나) 을 제3, 6, 11, 15, 16호증의 각 기재에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 피고들이 원고에 대한 부가가치세 및 법인세, 농어촌특별세의 과세표준과 세액을 경정함에 있어 세금계산서, 장부나 그 밖의 증명자료가 없어 추계에 의하여 이를경정한 것은 정당하다.

     ① 원고 직원들은 원사출하시스템에 원사를 출하한 것처럼 수량과 판매가격을 입력한 후 이 사건 출하처들에 시장판매가격보다 낮은 가격으로 판매하고, 원사출하시스템에 이 사건 출하처들에 판매한 가격보다 더 낮은 가격을 입력하고 위와 같이 원사출하시스템에 입력한 금액을 기준으로 이 사건 거래처들에 허위의 세금계산서를 발급하였으므로, 원사출하시스템에 입력된 금액과 이 사건 거래처들에 발급된 세금계산서에 기재된 금액만으로는 이 사건 출하처들에 판매한 금액을 산정할 수 없다.

     ② 원고의 직원 장**은 세무조사 당시 ⁠‘아*텍*는 기존 부실채권을 해결하기 위하여 매출액 증대 필요성이 있어 대원섬유에 원고로부터 발급받은 세금계산서의 기재금액에 5,000원을 더하여 매출 세금계산서를 발급하였다’고 진술한 점, 아*텍*의 대표 윤**도 세무조사 당시 아*텍*는 금융위기로 매출이 줄어들어 매출액 증대가 필요한 상황이어서 장**에게 수수료로 5,000원을 공제하는 것으로 허위 거래를 하였다는 취지로 진술한 점, 2008. 5. 2.부터 2014. 9. 17.까지 원고가 아*텍*에 원사를 공급하였다는 내용으로 작성된 세금계산서 합계액이 113억 원가량 됨에도 아*텍*가 **섬유에 원사를 공급하였다며 발급하여 준 세금계산서 합계액은 이보다 적은 95억 원 가량에 불과한 점에 비추어 보면, 아*텍*가 **섬유에 발급하여 준 세금계산서에 기재된 금액이 **섬유가 원고로부터 실제로 공급받은 원사에 대한 판매금액이라고 보이지 아니한다. 따라서 아*텍스* **섬유 사이에 발급된 세금계산서 기재 금액을 토대로 원고가 이 사건 출하처들에 판매한 원사에 대한 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세를 산정할수는 없다. 또한 아*텍* 이외에 이 사건 거래처들은 이 사건 출하처들에 세금계산서를 발급하여 주지도 않았다.

     ③ 원고의 직원 장**은 세무조사 당시 이 사건 출하처들에 판매한 금액에 대하여 별도로 정리를 하여 두지 않았다고 진술하였고, 원고의 직원 문**은 이 사건 출하처들에 대한 미수금 관리 자료는 미수금이 회수되면 모두 찢어버렸다고 진술하고 있으며, 원고의 직원 김**와 김**은 이 사건 출하처들에 대한 판매단가를 전혀 알지 못한다고 진술하고 있어, 그밖에 달리 부가가치세 및 법인세, 농어촌특별세의 과세표준과세액을 산정할 수 있는 자료도 존재하지 않는 것으로 보인다.

   2) 추계방법의 합리성과 타당성 판단

     가) 관련 법리실지조사결정에 의한 과세표준과 세액의 결정이 불가능하여 추계조사결정할 사유가 있는 경우라 하더라도 합리적이고 타당성 있는 방법에 의하여야 하며, 부가가치세법령 및 법인세법령에 규정된 방법으로 추계하였다면 그 추계방법의 합리성은 일단 입증되었다고 할 것이지만(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10192 판결 참조), 그렇지 않다면 그와 같은 추계방법의 합리성과 타당성에 관하여는 처분의 적법성을 인정받고자 하는 과세관청이 이를 주장․증명할 책임이 있다(대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두11576 판결참조).

     나) 구체적 판단피고들은 원고가 이 사건 출하처들에 판매한 물품대금을 추계로 산정함에 있어 부가가치세법령과 법인세법령에 규정된 방법에 의하여 산정하지 아니하고, ⁠‘원사출하시스템에 입력되어 있는 수량 × 적정 판매단가’의 방식으로 산정하면서, 적정 판매단가는‘원고 공장별 로컬업체에 판매한 평균가격과 로컬업체 중 최대거래처인 **통상에 판매한 금액 중 적은 금액‘에서 곤당 3만 원을 공제한 금액으로 산정하였는바, 앞서 인정한 사실관계 및 갑 제11호증, 을 제3, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정에 비추어 보면 피고들의 위와 같은 추계방법은 합리성과 타당성이 있으므로 적법하다.

      (1) 부가가치세법 제57조 제2항, 부가가치세법 시행령 제104조 제1항 및 법인세법제66조 제3항, 법인세법 시행령 제104조 제2항, 제105조 제1항은 부가가치세 및 법인세의 과세표준을 추계하는 방법을 규정하고 있으나, 피고들은 위 부가가치세법령과 법인세법령에 규정되어 있는 방법으로 과세표준을 산정하지 아니하였다. 그러나 부가가치세법령과 법인세법령은 추계결정의 방법을 제한적으로 열거하고 있는 것이 아니고, 그 방법이 일반적으로 용인될 수 있는 객관적이고 합리적이며, 그 결과가 개연성과 진실성을 가진 것이라면 이에 의한 추계도 허용된다.

    (2) 피고들은 원고에 대한 부가가치세의 과세표준을 산정함에 있어 원사출하시스템에 입력되어 있는 수량 × 적정 판매단가‘의 방식으로 산정하였는바, 판매수량은 원사출하시스템에 입력되어 있는 객관적인 자료가 존재하므로 이를 토대로 산정하였고, 판매금액은 앞서 본 바와 같이 이를 산출할 수 있는 객관적인 자료가 없어 당사자들의 진술을 토대로 ’정상적인 판매단가에서 일정 할인금액을 차감한 방법‘으로 추계하여 산정하였다. 이와 같은 추계방법은 국세기본법 제16조 제2항에 따른 부분추계방법으로 합리성과 타당성이 인정된다.

 (3) 원고 직원들에 대한 특정경제범죄법위반(배임) 형사사건에서 판단한 바와 같이 배임금액은 원고 손해액에 대응하는 원고 직원들과 이 사건 출하처들이 취득한 재산상 이익으로 산정된 것임에 반하여, 원고의 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세의 과세표준은 원고가 이 사건 출하처들에 ⁠‘판매한 가격’으로 산정되는 것이다. 따라서 형사사건에서 재산상 이익을 산정함에 있어 산출한 ⁠‘정상판매가격’과, 이 사건 처분의 과세표준인 이 사건 출하처들에 대한 판매가격을 산정함에 있어 산출한 ⁠‘적정 판매가격’은 반드시 동일한 개념이라고 할 수 없다.

      (4) 위와 같은 이유와 아래에서 인정되는 사정에 비추어 보면 피고들의 이 사건 출하처들에 대한 판매가격 추계방법은 합리성과 타당성이 인정된다.

       ① 단가 산정 대상업체 선정의 적정성 여부피고들은 이 사건 출하처들에 판매한 물품가격을 산정하기 위하여 ⁠‘적정 판매가격’을 산출함에 있어 이 사건 출하처들과 유사한 국내업체에 판매한 평균가격을 기준으로 산정하지 아니하고, ⁠‘이 사건 거래처들과 유사한 로컬업체들에 판매한 평균가격과 로컬업체 중 최대거래처인 **통상에 대한 판매가격 중 적은 금액‘을 기준으로 산정하였다. 그러나 일반적으로 원고가 로컬업체에 판매하는 원사 가격이 국내업체에 판매한 가격에 비하여 저렴한 점, 원고 직원들도 이러한 점을 이용하여 국내업체에 원사를 판매하고도 로컬업체에 원사를 판매한 것처럼 원사출하시스템에 허위의 사실을 입력하여 그발견을 어렵게 한 점 등에 비추어 보면 피고들이 로컬업체에 판매한 평균가격 등을 기준으로 ’적정 판매가격‘을 산출하였다고 하더라도 그 가격은 국내업체에 판매한 평균가격의 범위 내에 해당하고 이와 같이 산정하는 것이 원고에게 불리하지도 아니하다.

       ② 원고 내부의 최저판매가격 반영 여부

        관련 형사사건(서울고등법원 2016노****)에서 인정한 배임금액은 원고 손해액에 대응하는 원고 직원들 및 이 사건 출하처들이 취득한 재산상 이익의 합계를 기준으로 산정되었고, 따라서 원고 내부의 최저판매가격 이상으로만 원사를 판매하면 원고에 손해가 발생하지 아니하므로 ⁠‘정상판매가격’을 산정함에 있어 ⁠‘최저판매가격’을 고려하였다. 그러나 이 사건 처분의 과세표준은 원고가 이 사건 출하처들에 판매한 가격으로 원고의 직원 장**과 이 사건 출하처들의 대표의 진술에 따라 ⁠‘정상적인 판매가격에서 일정 금액의 할인액을 공제한 금액’으로 산정하는 것이므로, 위 정상적인 판매가격을 산출함에 있어서는 평균가격 이외에 ⁠‘최저판매가격’을 반드시 고려하여야 할 것은 아니고 또한 ⁠‘최저판매가격’에 대한 자료가 제출되지 않아 이를 반영할 수 없었던 상황에서, 피고들이‘적정 판매가격'을 산출함에 있어 원고 내부의 ’최저판매가격‘을 고려하지 아니하였다고 하더라도 위와 같은 산정방법이 합리성과 타당성을 결여하였다고 할 수 없다.

       ③ 할인금액의 적정성 여부

       원고가 이 사건 출하처들에 판매한 원사의 가격은 환율변동과 시장상황에 따라최대 2배까지 변동되고 있고, 원고의 직원 장**은 세무조사 당시 ⁠‘이 사건 출하처들에 판매한 금액에 대하여 1곤당 약 70만 원으로 잡으면 최소 67만 원에서 65만 원 정도에 팔았을 것으로 생각된다’고 진술한 사실은 인정된다. 그러나 원고의 직원 장** 및 이사건 출하처들의 대표들은 세무조사 당시 일관되게 ⁠‘정상적인 판매가격에서 곤당 2~3만원 할인된 금액’으로 판매금액이 결정되었다고 진술하고 있고, 특히 이 사건 출하처 중 **섬유 대표 여**은 세무조사 당시 및 수사기관에서 조사받을 당시 ⁠‘원고의 직원 장**과 계속적인 거래를 하는 입장이라 장**으로부터 곤당 2~3만 원 정도 싼 가격으로 구입하는 요청을 받으면 이를 수용하여야 할 입장’이라는 취지로 구체적인 금액 산정경위를 진술하고 있고, 원고의 직원 김**은 세무조사 당시 ⁠‘곤당 1만 원 저렴하면 이 사건 출하처들에서 구입하지 않을 것이고, 곤당 2만 원 저렴하면 이 사건 출하처들에서 구입을 생각해 볼 것이며, 곤당 3만 원 저렴하면 이 사건 출하처들에서 무조건 구입할것’이라는 취지로 진술하기도 하였는바, 이러한 점에 비추어 보면 피고들이 ⁠‘적정 판매가격’을 산정함에 있어 ⁠‘정상적인 판매가격’에서 일률적으로 ⁠‘곤당 3만 원씩 차감’하는 방법은 합리적이고 타당한 산출방법이라 할 것이다.

       ④ 생산공장 기준 산정의 적정성 여부이 사건 출하처들에 판매된 원사는 정읍공장과 조치원 공장에서 생산되었는데, 생산된 원사의 품질이 동일하더라도 같은 일자에 위 각 공장에서 생산된 제품의 판매가격이 서로 달랐으므로, 피고들이 공장별로 구분하여 평균판매가격과 최대거래처인 **통상에 대한 판매가격을 산정하여 이를 토대로 ⁠‘적정 판매가격’을 산정한 것은 합리성과 타당성이 있는 산출방법이라고 할 것이다.

  라. 가산세 주장에 대한 판단(일반 과소신고 및 불성실납부 가산세 등)

   1) 관련 법리세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2001. 9. 14. 선고99두3324 판결 참조).

   2) 판단

    앞서 인정한 사실관계 및 갑 제4, 5, 7, 12, 13호증, 을 제3, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 원고 직원들의 범죄행위를 방지하기 위하여 상당한 노력을 하였음에도 원고 직원들의 범죄행위로 부가가치세, 법인세, 농어촌특별세를 신고․납부하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정되므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.① 원고는 거래처로부터 원사 주문을 받으면 원고 직원들이 원사출하시스템에 원사 물량과 물품가격을 입력한 후 매일 ⁠‘일일 출하지시 대장’을 작성하여 대표이사의 결재를 받은 후 원사를 출하하는 방식으로 운영하고 있다. 한편 원고의 대표이사는 매월말 한달 동안 결재하였던 일일 출하지시 대장의 명세를 확인한 후 ⁠‘수출용원자재 매도확약서’를 작성하고 여기에 자신이 보관하고 있던 사용인감을 날인하여 거래처에 교부하고, 이를 교부받은 거래처에서는 이를 근거로 은행으로부터 내국신용장을 개설하여 원고에게 제출하면, 원고는 원사출하시스템에 입력되어 있는 거래내역과 내국신용장에 기재된 내용을 확인한 후 거래처에 세금계산서를 발행하고 은행으로부터 대금을 수령하고 있다.

   ② 그런데 원고 직원들이 원사출하시스템에 최초 단가를 입력한 이후에 원가시스템에 입력된 단가를 수정한 후 ⁠‘수출용원자재 매도확약서’를 위조하여 이를 거래처에 교부하는 방법으로 범죄행위를 하였는바, 원고로서는 원고 직원들이 ⁠‘수출용원자재 매도확약서’를 임의로 사용하는 것을 방지하기 위하여 대표이사 본인이 직접 사용인감을 보관하면서 ⁠‘일일 출하지시 대장’을 토대로 ⁠‘수출용원자재 매도확약서’를 작성하여 날인할 정도로 상당한 주의의무를 이행하였다고 보이는 반면, 원고에게 이러한 노력을 넘어서 원고 직원들이 ⁠‘수출용원자재 매도확약서’를 위조할 것을 예상하여 이를 방지할 의무가 있다고 보이지 아니한다. 또한 ⁠‘수출용원자재 매도확약서’는 ⁠‘일일 출하지시 대장’을 근거로 작성되고, 원고 대표이사만이 사용인감을 날인할 수 있으며 은행에서도 이를 토대로 ⁠‘내국신용장’을 발행하여 주므로 그 내용을 신뢰할 수 있어 ⁠‘내국신용장’과 원사출하시스템에 입력된 단가를 확인하는 것만으로도 상당한 주의의무를 이행하였다고 보인다.

   ③ 한편 원고의 직원은 모두 16명이고 그중 8명이 영업업무를, 나머지 8명이 회계, 총무 등의 업무를 담당하고 있고, 업무의 특성상 영업업무와 그 밖의 업무 사이의 인사이동이 쉽지 않았다. 한편 원고의 영업업무 담당 직원 8명 중 4명이 조직적으로 범죄행위에 가담하여 원고로서는 더욱 범죄행위의 발견이 용이하지 아니하였다.

   ④ 또한 원고가 사용하는 원사출하시스템은 정부의 ⁠‘3만개 중소기업 IT화 지원사업’으로 개발된 프로그램으로, 원고는 위와 같은 사유로 원사출하시스템의 적정성과 타당성을 신뢰하며 사용한 것으로 보이는데, 위 원사출하시스템에는 단가 등을 수정하여도그 이전의 기록이 남아 있지 않아 단가 수정 사실을 쉽게 발견하기 어렵고, 영업업무를 담당하는 간부들에게 가격결정 권한이 부여되어 있어 단가 수정을 방지하는 장치를 마련할 수도 없었다.

   ⑤ 원고는 통상 거래처와 거래할 당시 거래처의 요구로 제3의 장소로 직접 원사를 출하하기도 하였으므로, 원사가 이 사건 거래처들에 직접 출하되지 않고 이 사건 출하처들에 출하되었다는 것만으로 정상적인 거래에 해당하지 아니한다고 보아 거래의 정당성을 모두 확인할 의무가 있었다고도 보이지 아니한다.

   ⑥ 한편 원고의 재무이사 이**이 2001년부터 2012년까지 원고 자금을 횡령하기도 하였으나, 원고 직원들의 범죄행위와 이**의 범죄행위가 동일하지 아니하므로 이러한 사정만으로 원고가 원고 직원들의 범죄행위 방지를 위한 주의의무를 이행하지 않았다고 단정할 수 없고, 원고는 이**의 범죄행위를 발견한 이후 업무전반을 검토하는 과정에서 원고 직원들의 조직적 범죄행위를 비로소 발견하고 즉시 원고 직원들을 수사기관에 고소하기도 하였다.

   ⑦ 조세범 처벌법 제18조는 법인의 직원들이 법인의 업무에 관하여 범칙행위를 하면 그 행위자뿐만 아니라 그 법인에게도 직원들의 위반행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 않은 한 벌금을 과할 수 있도록 규정하고 있다. 그런데 피고들은 원고의 직원 장**에 대하여만 조세범처벌법위반 등으로 고발하였을 뿐 원고에대하여는 고발 등의 조치를 이행하지 아니하였다.

 마. 소결

   이 사건 처분 중 가산세 처분은 위법하므로, 이 사건 처분 중 별지1 ⁠‘감액경정 후 부과처분 내역’ 기재 각 부과처분 중 감액경정 후 세액의 본세 내역 부분을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

5. 결론

    원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 기각한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 주문과 같이 변경한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 08. 21. 선고 서울고등법원 2019누62071 판결 | 국세법령정보시스템