요지

원고는 법인세법상 일반 비영리법인(구체적으로는 법인으로 보는 단체)에 해당할 뿐, 상증세법상 공익법인 등에 해당한다고 인정할 근거가 없다(뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 토지 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였는바, 증여세 과세가액 불산입에 대한 사후관리 요건을 충족하지도 못하였다).

이러한 전제에서 원고가 스스로 주장하는 바와 같이, 이 사건 토지의 취득가액을 이 사건 증여계약에서 전제한 가액으로 보아야 한다면 이 사건 증여로 인한 원고에 대한 증여세는 그 액수(777,795,382원)를 증여재산가액으로 하여 증여세가 부과되었어야 한다는 점을 밝혀둔다(이 사건 증여에 관하여는 법인세 과세체계가 아닌 증여세 과세체계가 적용된다).

판결내용

1. 피고가 2022. 6. 27. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 185,945,970원(가산세 포함)의 결정 처분 중 21,978,618원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 각자 부담한다.

원고의 청구는 위 인정범위에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하되, 이 사건 처분의 경위, 이 사건 소송 진행 경과 및 원고에게 적용되어야 할 세목의 분류･체계 등에 관한 제반 사정을 고려하여, 소송비용은 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조에 따라 각자 부담하는 것

상세내용

서 울 행 정 법 원

제 8 부

판 결

사 건           2024구합59374 법인세부과처분취소

원 고           AA문화원

피 고           BB세무서장

변 론 종 결           2024. 12. 10.

판 결 선 고           2025. 1. 21.

주 문

1. 피고가 2022. 6. 27. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 결정 처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 각자 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 6. 27. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 결정 처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 3.경 설립된 국세기본법 제13조 제2항에 따른 ⁠‘법인으로 보는 단체’로서 그 무렵 관할 세무서장으로부터 승인을 받았다(승인의제법인). 설립 당시 원고의 단체명은 ⁠‘CC회’였으나 2012. 4. 20.경 현재와 같이 단체명을 변경하였다.

나. 원고 정관에 따르면, 원고는 대한민국의 역대 건국 시조에 대한 제사 등을 사업 목적으로 한다. 원고의 사원으로는 대표자 김DD를 비롯하여 그 자녀인 김EE, 김FF, 김HH, 김II, 김JJ가 있고, 이들 이외의 사원은 없다.

다. 김DD의 아들인 김EE은 2006. 10. 19. 강제경매절차를 통해 00시 00구 00동(이하 ⁠‘00동’이라고만 한다) 산000-00 임야 2,840㎡[이하 ⁠‘분할 전 토지’라 한다. 분할 전 토지는 2009. 5. 4. 00동 산 146-115 임야 2,818㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)와 00동 산000-000 임야 22.4㎡로 분할되었다)를 000,000,000원에 매수하여 취득하였고, 2009. 6. 18. KK농업협동조합(이하 ⁠‘KK농협’이라 한다)으로부터 000,000,000원을 대출받으면서 KK농협에게 분할 전 토지에 관하여 채권최고액 000,000,000원의 근저당권 및 지상권을 설정하여 주었다.

라. 이후 원고는 2011. 5. 17. 김EE으로부터 분할 전 토지를 증여받기로 약정하고(이하 ⁠‘이 사건 증여’라 한다, 갑 제75호증 참조) 2011. 6. 21. 그에 관하여 이 사건 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 이 사건 증여계약의 주요 내용은 아래와 같다.

마. 원고는 이 사건 증여 당시 이 사건 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용할 것을 전제로 하여, 구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘상증세법’이라고만 한다) 제48조 제1항에 따라 증여받은 이 사건 토지를 증여세 과세가액에 불산입하여 신고하였고(원고는 자신이 상증세법상 공익법인 등에 해당한다는 전제로 위와 같은 신고를 하였다), 피고는 그에 따른 증여세 결정을 하였다.

바. 이 사건 증여계약 제3조 제2항에 따라 2012. 6. 18. KK농협 명의의 근저당권이 말소됨과 동시에 김DD는 00업협동조합중앙회(이하 ⁠‘0협’이라고만 한다)로부터 000,000,000원을 대출받으면서 0협에게 이 사건 토지에 관하여 채권최고액 000,000,000원의 근저당권 및 지상권을 설정하여 주었다.

사. 이후 원고는 공인중개사 김00의 중개로 2019. 3. 25. 이 사건 토지를 000,000,000원에 타에 양도하고 2019. 5. 17. 그 매수인에게 소유권이전등기를 마쳐주었는데(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다), 이에 대하여 2019 사업연도 법인세 신고를 한 바 없다.

아. 감사청은 2021. 10.경 피고에 대한 정기종합감사를 실시하면서 이 사건 토지의 고유목적사업 사용 여부와 법인세 등 신고의 적정 여부를 검토할 것을 권고하였고, 피고는 그에 관한 검토를 한 후, 원고가 이 사건 토지를 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니함으로써 상증세법상 공익법인 등의 사후관리요건을 충족하지 못하였다고 판단한 다음, 2022. 5. 4. 이 사건 토지의 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액 00,000,000원과 근저당권이 설정된 재산으로서 상증세법 제66조에 따라 피담보채권액으로 평가한 가액 000,000,000원 중 큰 금액인 000,000,000원으로 이 사건 증여에 따른 증여재산가액을 평가하여 이 사건 증여에 대한 증여세를 0원(이 사건 토지의 피담보채무 000,000,000원을 공제한 결과)으로 결정하였다.

자. 그리고 피고는 2022. 6. 27. 이 사건 양도에 관하여, 이 사건 양도가액 000,000,000원에서 이 사건 토지의 취득가액으로서 이 사건 증여재산가액인 위 000,000,000원을 공제하고, 이 사건 양도에 관한 중개수수료(김00에게 지급한 수수료) 00,000,000원을 공제한 000.000.000원을 원고의 2019 사업연도 각 사업연도 소득금액으로 산정한 다음, 2022. 6. 27. 원고에게 2019 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 00,000,000원 포함)을 결정･고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 39, 40, 75, 86호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 법인세법상 법인으로 보는 단체인 비영리단체로서 이 사건 토지를 증여받은 후 대한민국 역대 국가들을 건국한 건국 시조님께 제사를 지내는 장소로 이 사건 토지를 3년 이상 사용하였다. 원고가 원고의 고유목적사업에 이 사건 토지를 사용하였으므로, 이 사건 양도로 인한 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않아야 한다.

2) 설령 이 사건 양도가 법인세 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 토지가 분할되는 데 든 비용 000,000원, KK농협 대출금에 대한 이자 합계액 00,000,000원, 0협 대출금에 대한 이자 합계액 00,000,000원, 0협 대출금 상환액 000,000,000원,¹⁾ 원고가 소재한 건물(00 00구 00로 000동 B101호)의 관리비 납부금 합계액 000,000,000원이 각 2019 사업연도의 손금 또는 이월결손금으로 추가 공제되어야 한다. 또한 이 사건 양도 중개수수료 이외에도 원고는 이 사건 양도 이전에 처음 매수인을 소개한 바 있던 소외 김**에게 중개수수료 0,000만 원을 지급하였으므로, 위 액수 또한 추가로 손금 내지 이월결손금으로 공제되어야 한다(원고가 주장하는 이들 비용을 통틀어 ⁠‘원고 주장 비용’이라 칭한다).

3) 원고의 이 사건 토지 취득가액은 이 사건 증여계약에 따른 000,000,000원²⁾이므로, 이를 이 사건 양도가액에서 공제하여야 하고, 수협 대출금 액수인 0억 0,000만 원만을 이 사건 토지의 취득가액으로 삼은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

    별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 비영리법인의 자산양도에 관한 과세체계

가) 비영리내국법인의 경우 법인세가 과세되는 소득은 ⁠‘각 사업연도의 소득’과 법인세법 제55조의2에 따른 ⁠‘토지 등 양도소득’으로 한정된다(법인세법 제4조 제1항). 그리고 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 법인세법 제4조 제3항 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한정되며, 제5호 본문에서는 ⁠‘유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입’을 들고 있다.³⁾

나) 한편, 법인세법 제62조의2 제1항은 ⁠“비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다)이 법인세법 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(자산양도소득)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.”고 규정하면서 제2호에서 토지 또는 건물을 들고 있고, 제2항 전문은 ⁠“제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.”고 규정하고 있다.

다) 위 규정을 종합하여 보면, 수익사업 소득이 없는 비영리내국법인이 부동산 등을 양도한 경우에 그 비영리내국법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세로 과세표준을 신고･납부하거나 소득세법 규정을 준용하여 계산한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법 중 선택해서 그 양도소득에 관한 신고･납부를 할 수 있다.

2) 원고가 3년 이상 이 사건 토지를 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부

가) 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서는 ⁠‘고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입’을 법인세 과세대상이 되는 소득에서 제외하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 법인세법 시행령 제3조 제2항 전문에 따르면, ⁠‘해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’을 법인세의 과세소득에서 제외하고 있는바, 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하여 생기는 수입만이 법인세의 과세소득에서 제외된다고 해석함이 타당하다. 그리고 ⁠‘자산을 고유목적사업에 직접 사용’한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한 경우에는 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조).

  한편, 과세소송 취소소송에서 과세대상이 된 토지가 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등).

나) 원고는 이 사건 토지를 원고의 고유목적사업인 대한민국 역대 국가들을 건국한 시조님께 제사를 지내는 장소로 사용하였다고 주장하나, 이 사건에서 원고가 들고 있는 자료들(가령, 갑 제36 내지 38호증)은 제사를 지낼 때 사용하였다는 ⁠‘축문’ 등으로서 이는 컴퓨터로 작성한 파일 문서에 불과한 점, 갑 제81호증 내지 제83호증의 기재 또는 영상은 이 사건 토지가 아닌 원고 소재지(서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 731, 3**동 B1**호)에서 건국 시조를 모실 성전을 건축하였다는 점에 대한 근거 자료가 될 수 있을지는 몰라도 이 사건 토지가 원고의 고유목적사업에 사용되었다고 볼 근거가 되지는 않는 점, 원고의 사원은 대표자 김ㅇㅇ와 그의 자녀들로만 구성되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건에서 원고가 제출한 증거들을 모두 살펴보더라도, 원고가 이 사건 토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

3) 원고 주장 비용의 손금 또는 이월결손금 공제 여부

가) 법인세법 제113조 제1항에 따르면, 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산･부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하고, 이를 구분경리라 한다.

나) 이 사건 양도와 관련한 비용을 손금에 산입하기 위하여는 구분경리가 이루어졌음이 전제되어야 할 것인데, 원고가 설립 이후 구분경리를 하였음을 인정할 아무런 증거가 없는 점, 원고는 일상적으로 수익사업을 영위하고 있지 않는 점, 다만, 법인세법 제4조 3항 제1호에 따른 수익사업을 하지 않는 비영리법인은 법인세법 제4조 제3항 제5호에 따라 예외적으로 유형자산의 처분으로 인한 수입을 ⁠‘수익사업에서 생기는 수입’으로 간주하여 과세대상으로 삼고 있는바, 여기에서 차감가능한 손금은 유형자산의 처분과 직접 관련한 비용으로 한정하여야 하는 점 등을 종합하여 보면, 원고 주장 비용 중 이 사건 양도를 위한 중개수수료 이외의 비용들은 이 사건 양도가액에 대응하는 손금의 대상이 되지 아니한다.

다) 그리고 이 사건 양도를 위한 중개수수료와 관련하여, 매매거래를 실제 중개한 공인중개사 김00에게 원고가 지급한 중개수수료 0,000만 원을 이 사건 양도가액에서 차감한 이 사건 처분은 정당하고, 원고가 김**에게 지급하였다고 주장하는 중개수수료 0,000만 원은 이 사건 양도가액에서 차감할 대상의 금전이 아니므로(원고가 실제로 김**에게 이 사건 토지에 관한 중개수수료 명목으로 0,000만 원을 지급하였는지도 의문이다), 이 부분 또한 이 사건 양도가액에 대응하는 손금의 대상이 되지 아니한다.

라) 따라서 원고 주장 비용을 손금 또는 이월결손금으로 공제하여야 한다는 취지의 원고 주장 또한 이유 없다.

4) 이 사건 토지의 취득가액 공제 및 정당세액에 대한 판단

가) 이 사건 토지 처분으로 인한 소득은 이 사건 토지의 양도가액에서 이 사건 토지의 장부가액, 즉 이 사건 증여 당시의 시가(법인세법 제41조 제1항 제3호 및 법인세법 시행령 제72조 제2항 제7호)를 차감한 가액이라 할 것이다.

나) 그런데 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고와 김ㅇㅇ은 이 사건 증여계약 당시 분할 전 토지에 관한 감정가액 000,000,000원을 증여가액으로 전제한 다음, 이에 따라 분할 전 토지를 원고에게 이전하기로 약정한 점, 위 액수 중 이 사건 토지가 차지하는 부분은, 이 사건에 제출된 자료를 토대로 할 때, 000,000,000원(=000,000,000원×(이 사건 토지 면적 2,818㎡/분할 전 토지 면적 2,840㎡)으로 봄이 합리적인 점이 인정되므로, 원고의 이 사건 토지에 대한 취득가액(세법상 장부가액)은 000,000,000원으로 봄이 타당하다(원고는 조세심판원 단계까지 이 사건 증여계약서를 제출한 바 없다가, 2회 변론기일에서야 이 사건 증여계약서를 제출하였고, 피고 또한 이를 전제로 하여 위 취득가액을 산정하는 것에 대하여 대체로 다투지 아니하는 것으로 보인다).

다) 따라서 이를 전제로 하여 계산한 원고의 2019 사업연도 법인세 정당세액은 00,000,000원이고, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다고 봄이 타당하다(법인세법 제62조의2 제1항에 따라 소득세법 규정을 준용하여 계산한 양도소득세액은 00,000,000원으로 위 법인세 정당세액을 초과한다).

라) 첨언하여, 피고는 당초 원고가 이 사건 토지를 수증한 것에 대하여 상증세법상 공익법인 등이 출연자로부터 이 사건 토지를 수증하였음을 전제로 증여세 과세가액에 불산입한 다음, 그로부터 3년 내에 원고가 직접 고유목적사업에 이 사건 토지를 사용하지 아니하였다고 보아 2022. 5. 4. 이 사건 토지의 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액 00,000,000원과 상증세법 제66조에 따른 평가액 000,000,000원 중 큰 금액인 000,000,000원으로 이 사건 토지의 증여재산가액을 평가한 다음, 증여세액을 0원으로 결정한 바 있다.

  그러나 이는 원고가 상증세법상 공익법인 등에 해당함을 전제로 한 것이나, 원고는 법인세법상 일반 비영리법인(구체적으로는 법인으로 보는 단체)에 해당할 뿐, 상증세법상 공익법인 등에 해당한다고 인정할 근거가 없다⁴⁾(뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 토지 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였는바, 증여세 과세가액 불산입에 대한 사후관리 요건을 충족하지도 못하였다).

  이러한 전제에서 원고가 스스로 주장하는 바와 같이, 이 사건 토지의 취득가액을 이 사건 증여계약에서 전제한 가액으로 보아야 한다면 이 사건 증여로 인한 원고에 대한 증여세는 그 액수(000,000,000원)를 증여재산가액으로 하여 증여세가 부과되었어야 한다는 점을 밝혀둔다(이 사건 증여에 관하여는 법인세 과세체계가 아닌 증여세 과세체계가 적용된다).

3. 결론

 원고의 청구는 위 인정범위에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하되, 이 사건 처분의 경위, 이 사건 소송 진행 경과 및 원고에게 적용되어야 할 세목의 분류･체계 등에 관한 제반 사정을 고려하여, 소송비용은 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조에 따라 각자 부담하는 것으로 정하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 이는 그 성질상 대출금 채무의 상환으로 비용 성격의 금전이 아니나, 원고가 소장 및 준비서면에서 주장한 그대로를 적시한다.

2) 후술하는 바와 같이, 이 사건 증여의 대상은 이 사건 토지를 포함한 분할 전 토지였고, 위 가액 또한 분할 전 토지에 대한 증여재산가액인데, 원고는 위 가액을 이 사건 토지 수증으로 인한 취득가액으로 전제하여 주장하고 있다.

3) 비영리법인이 얻은 소득이 법인세의 과세대상이 되는지 여부 판단을 위해서는 수익사업에서 생기는 소득인지 고유목적사업에 생기는 소득인지에 대한 준별이 선행적으로 필요하다. 비영리법인이 경상적으로 사업을 영위하며 얻는 소득에 대하여는 법인세법 제4조 제3항 제1호의 사업에서 생기는 소득으로 한정되고, 이는 당해 사업이 위 규정 소정의 ⁠‘제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업’에 해당하는지 여부에 의한다. 즉, 법인세법 제4조 제3항 제1호에서 열거된 유형의 사업에 해당하는지 여부를 살펴보아 그에 해당하는 사업에서 생기는 소득은 수익사업에서 생기는 소득에 해당하고, 그 이외의 사업에서 생기는 소득은 ⁠(설령 그것이 정관상의 고유목적에 부합하지 않는다고 하더라도) 비수익사업에서 생기는 소득으로서 법인세 과세대상이 되지 않는 소득이 된다고 보는 것이 논리적 순서상 부합한다. 이와 마찬가지로 법인세법 제4조 제3항 제5호 본문에서는 ⁠‘유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입’을 ⁠‘수익사업에서 생기는 소득’의 하나로 열거하고 있는데, 이에 해당하는 소득은 ⁠‘수익사업에서 생기는 소득’에 해당하는 것으로 보아 법인세 과세체계가 우선적으로 적용된다고 봄이 타당하고, 제5호 단서의 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 수입으로서 법인세 과세대상에서 제외되는지 여부는 그 다음 단계에서 검토되어야 할 문제이다.

4) 상증세법상 공익법인 등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하고(상증세법 제48조 제5항), 상증세법 시행령 제41조 제1항에 따르면, 결산에 관한 서류 및 출연받은 재산의 명세 등의 서류를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 그에 따라 상증세법 시행규칙 ⁠[별지 제23호 서식] 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 작성하여 제출하여야 한다. 그러나 원고는 이러한 절차를 이행한 사실이 없는바, 원고 스스로도 상증세법상 공익법인 등에 해당함을 전제로 하고 있지 않음을 알 수 있다.

출처 : 서울행정법원 2025. 01. 21. 선고 서울행정법원 2024구합59374 판결 | 국세법령정보시스템