요지

(1)이 사건 규정이 조특법의 위임범위를 초과하는지 여부 - 소극
(2)대법원 판례에 따라 목적론적 해석할 수 있는지 여부 - 가능

- 원고가 제시하는 판례 이후 조특법의 개정이 있었고, 이 사건 규정은 그 후에 입법된 시행령에 해당함
- 감면규정은 엄격해석 되어야 하고, 규정의 문언해석에 따른 이 사건 처분은 적법함
- 조특법 제99조의3 입법목적에 부합함

판결내용

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

상세내용

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 11. 27. 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 670 ㅇㅇ고층아파트 ***동 1**2호(이

하 ⁠‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하였다.

나. 이 사건 종전주택은 2001. 4. 28. 사업계획승인으로 재건축되어 2005. 1. 28. 준

공되었다. 이로써 원고는 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ddd

(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 보유하게 되었다.

다. 원고는 2017. 3. 29. 이 사건 주택을 26억 원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)

하고 2017. 5. 25. 잔금을 지급받았다.

라. 원고는 2017. 6. 30. 이 사건 양도에 관하여 신축주택 취득일 이후 5년간 발생한

양도소득을 감면하도록 규정한 조세특례제한법 제99조의3 제1항과 이에 따른 감면대

상 양도소득금액의 계산 등을 대통령령으로 위임한 같은 조 제4항(이하 통칭하여 ⁠‘이

사건 법률 조항’이라 한다) 및 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2

항 제2호(이하 ⁠‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)에서 정한 아래 계산식(이하 ⁠‘이 사건

계산식’이라 한다)을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다(이하 이 사건 계산식의

분모 중 괄호 안의 ⁠‘종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호2)

에 따른 신축주택’을 ⁠‘재개발·재건축에 따른 신축주택’이라 하고, 그 외의 신축주택을

‘일반적인 신축주택’이라 한다).

마. 즉, 당시 원고는 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항

목으로 ⁠‘종전주택 취득 당시 기준시가’를 적용하여 계산한 양도소득세 349,443,623원을

신고·납부하였다. 원고의 구체적인 계산 내역은 다음과 같다. ⁠(계산내역 생략)

바. 또한 원고는 위 양도소득세와 함께 농어촌특별세 44,874,623원[= 조세특례제한법 에 따른 감면세액 224,373,117원(= 위 감면대상 소득금액 560,932,792원 × 40%) × 세

율 20%]도 신고·납부하였다.

사. 원고는 2023. 5. 31. 이 사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되 는 항목은 ⁠‘종전주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ⁠‘신축주택 취득 당시 기준시가’가

되어야 하고 이에 따르면 양도소득금액 전액이 감면되어야 한다고 주장하면서,3) 기존 에 신고·납부한 양도세 전액을 환급하여 달라는 취지(추후 농어촌특별세는 감면세액에

따라 별도 납부)의 경정청구를 하였다[제출된 경정청구서(갑 제6호증)에는 환급받을 세

액이 ⁠‘349,443,623원(농어촌특별세 납부 별도)’으로 기재되어 있고, 경정청구 처리 결과

통지서(갑 제1호증)에는 경정청구액이 ⁠‘394,318,246원’(이는 양도소득세 349,443,623원 과 농어촌특별세 44,874,623원을 합한 금액이다)으로 기재되어 있다].

아. 피고는 2023. 6. 15. 당초의 양도소득세 신고가 이 사건 시행령 조항에 근거하여

적정하다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지 이 사건 법률 조항은 신축주택 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득을 감면하도록

규정하면서 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 달리 취급하고 있

지 않다. 대법원 2014. 12. 11. 선고 2014두4207 판결(이하 ⁠‘이 사건 관련 판결’이라 한

다) 역시 같은 취지로 판시한 바 있다. 그런데도 이 사건 시행령 조항은 합리적 근거

없이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 구별하여, 후자의 경우 이

사건 계산식의 분모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목을 일반적인 경우의 ⁠‘신

축주택 취득 당시 기준시가’가 아니라 ⁠‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 정함으로써 양

도소득 감면의 범위를 축소하여 불리하게 취급하고 있다. 이는 이 사건 관련 판결의

취지에 반하고, 이 사건 법률 조항의 위임 범위를 벗어난 것으로서 조세법률주의에 반

하여 무효이다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 적법·유효함을 전제로 한 이 사건 처분 은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없 이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

2) 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항을 무효라고 볼 수 없고, 이 사건

처분은 이 사건 법률 조항과 이 사건 시행령 조항에 근거한 것으로서 적법하다.

가) 이 사건 법률조항은, 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1항

제1호) 또는 자기가 건설한 신축주택(도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을

통하여 조합원이 취득하는 주택 포함, 제1항 제2호)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이

내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금

액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한

양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하면서, 감면대상 양

도소득금액의 계산에 대하여는 대통령령으로 정한다(제4항)고 규정한다.

그 위임을 받은 이 사건 시행령 조항은 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 양

도소득금액의 계산에 관하여, ⁠(i) 일반적인 신축주택의 경우에는 계산식의 분모 공제항

목을 ⁠‘신축주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ⁠‘신축주택의 취득일부

터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준

시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)이 ⁠‘신축주택의 취득일부터 양도 당시까지의 기준

시가 상승분’(양도 당시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)에서 차지하는 비율 을 곱하여 계산하도록 하면서, ⁠(ii) 재개발·재건축에 따른 신축주택의 경우에는 계산식

의 분모 공제항목을 ⁠‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 규정하여, 양도소득금액에 ⁠‘신축

주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’(신축주택 취득일부터 5년이

되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)이 ⁠‘종전주택의 취득일부터 신축주

택의 양도 당시까지의 기준시가 상승분’(양도 당시 기준시가 – 종전주택 취득 당시 기

준시가)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 한다.

나) 이 사건 법률 조항은 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경

기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지를 갖고 있다(2001. 8. 14. 법률 제6501호로

개정된 조세특례제한법의 개정이유 및 이 사건 관련 판결 참조). 또한 이 사건 법률 조

항은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부

터 양도일까지 발생한 양도소득금액을, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주

택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 각 양도소득세 과세대상소득금액에

서 빼도록 규정하여, 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ⁠‘신축주택을 취득한

날’로 제한한다. 한편, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전 구 조세특례제한법

제99조의3 제1항은 신축주택 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 마찬가

지로 양도소득 발생 기산일을 ⁠‘신축주택의 취득일’로 제한하면서도, 5년 이내에 양도하 는 경우에는 ⁠‘5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하여 발생 기산일을

제한하는 내용을 규정하지 않았으나 2015. 12. 15. 개정으로 위와 같이 발생 기산일을

신축주택을 취득한 날로 명시하였다. 이러한 개정 과정에 비추어도 이 사건 법률 조항 은 신축주택 취득일 이후 일정 기간(5년 이내 양도 시에는 양도 시까지의 기간, 5년

후 양도 시에는 5년) 동안 발생한 양도소득금액을 감면대상으로 정하고 있다고 볼 수

있다. 그런데 재개발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까

지의 양도소득금액이 발생할 수 있고 이는 신축주택에 대한 수요 진작이나 부동산경기

활성화와는 무관하기 때문에 일반적인 신축주택과 동일하게 볼 수 없다. 더욱이 이 사

건 계산식은 감면대상 양도소득금액을 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득

금액으로서 종전주택 취득 시와 신축주택 양도 시 사이의 양도차익을 기준으로 일정

비율을 곱하여 산정하도록 규정하고 있기 때문에, 일반적인 신축주택과 동일하게 재건

축·재개발의 경우에도 ⁠‘소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × ⁠(신축주

택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가 / ⁠(양도 당

시 기준시가 – 신축주택 취득 당시 기준시가)’로 계산할 경우에는 감면대상 양도소득금

액이 과다하게 산정될 수 있다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 일반적인 신축주택과

재개발·재건축에 따른 신축주택을 달리 취급하는 데에는 합리적인 이유가 있다.

다) 이 사건 법률 조항은 ⁠‘신축주택’에 ⁠‘도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업

조합을 통하여 취득하는 주택을 포함’한다고 규정하고, 원고는 이를 근거로 이 사건 법

률 조항이 일반적인 신축주택과 재개발·재건축에 따른 신축주택을 똑같이 취급하도록

규정하도록 규정한다고 주장한다. 그러나 위에서 본 것처럼 이 사건 법률 조항은 감면

대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 ⁠‘신축주택을 취득한 날’로 제한하고 있고, 재개

발·재건축을 통하여 취득하는 주택의 경우에는 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금

액이 발생할 수 있는 점을 고려하면, 위와 같은 규정 내용이 일반적인 신축주택과 재

개발·재건축에 따른 신축주택을 동일하게 취급하도록 하는 취지로 볼 수는 없다. 그 밖 에 이 사건 법률 조항은 감면대상이 되는 양도소득금액의 구체적인 계산방법을 정하지

않고 대통령령에 위임하고 있다. 따라서 원고 주장과 같이 이 사건 시행령 조항이 이

사건 법률 조항의 위임 범위를 벗어났다고 볼 수도 없다.

라) 이 사건 관련 판결은 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개

정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득

금액에서 차감하는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 관하여 ⁠“‘전

체 양도소득금액 × ⁠(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 신축주택 취

득 당시의 기준시가) / ⁠(신축주택 양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준

시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.”라고 설시하기는 하였다. 그러나 이 사건 관련

판결은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법

시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제

2항이 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을

준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하여 감면대상 양도소득금액을 제40조 제1항이

구조조정대상부동산의 양도소득세 감면에 관하여 정하는 산식인 ⁠‘양도소득금액 × ⁠(취

득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 취득 당시 기준시가) / ⁠(양도 당시 기준시가 –

취득 당시 기준시가)’에 의하도록 하고 있어, 위 산식의 해석에 관하여 위와 같이 설시

한 것일 뿐이다. 이후 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 제4항은 이 사건 법률 조

항과 같이 개정되었고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 역시 이 사건 시행령

조항과 같이 개정되었다. 그 개정에 따른 이 사건 계산식은 위 구 조세특례제한법 시

행령 제40조 제1항이 규정한 산식과 명백히 다르고, 명시적으로 이 사건 계산식의 분

모 중 양도 당시 기준시가에서 공제되는 항목을 ⁠‘신축주택 취득 당시 기준시가’가 아니

라 ⁠‘종전주택 취득 당시 기준시가’로 정하고 있다. 따라서 이 사건 관련 판결을 이 사

건에 그대로 원용할 수 없다.

한편, 이 사건 법률 조항의 경우 앞서 본 것처럼 신축주택 취득일부터 5년 이내 에 양도한 경우에 있어 감면대상 양도소득금액을 2015. 12. 15. 개정 전에는 ⁠‘5년 이내 에 양도함으로써 발생하는 소득’이라고 규정하였다가 개정 후에는 ⁠‘신축주택을 취득한

날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’으로 규정하여 발생 기산일을 달리 규정하는

반면, 신축주택 취득일부터 5년 후에 양도한 경우에 있어서는 ⁠‘신축주택의 취득일부터

5년간 발생한 양도소득금액’에서 ⁠‘신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금

액’으로 개정되어 개정 전후 내용에 차이가 없다. 그렇다 하더라도 이 사건 관련 판결 은 5년 후 양도 시 감면대상 양도소득금액의 구체적인 계산 방법을 대통령령에 위임할

수 있음을 전제로 판단하면서 다만 당시 적용되던 구 조세특례제한법 시행령 제99조의

3 제2항, 제40조 제1항상 위와 같이 해석하는 것이 타당하다고 판단하고 있을 뿐이다.

따라서 이 사건 시행령 조항이 이 사건 관련 판결의 취지에 반한다고 볼 수도 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 11. 15. 선고 서울행정법원 2024구단55764 판결 | 국세법령정보시스템