요지

발급사분담금(국내 사용분에 대한 분담금)은 상표권 사용의 대가로, 발급사일일분담금(국외 사용분에 대한 분담금)은 포괄적 역무 제공의 대가로 보아야 하므로 이 사건 처분 중 발급사일일분담금에 관한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 부분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소제기 이후의 소송 총비용은 피고들이 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

피고들이 별지1 목록 기재와 같이 원고에게 한 각 법인세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 미합중국 법률에 따라 설립된 미합중국 법인으로서, 법인세법 제94조에 따른 국내사업장을 가지고 있지 않다.

나. 원고는 대한민국에서 신용카드업을 영위하는 회원사들(이하 ⁠‘회원사들’이라 한다)로부터 ① B 카드 소지자의 국내 거래금액 중 신용결제금액의 0.03%와 현금서비스금액의 0.01%에 해당하는 돈(Issuer Assessment, 이하 ⁠‘발급사분담금’이라 한다)과 ② B카드 소지자가 원고의 국제 결제 네트워크 시스템(이하 ⁠‘이 사건 시스템’이라 한다)을 이용한 국외 거래금액 중 신용결제금액과 현금서비스금액의 각 0.184%에 해당하는 돈(Daily Assessment Incoming, 이하 ⁠‘발급사일일분담금’이라 한다)을 지급받아 왔다(이하 위 각 분담금을 통틀어 ⁠‘이 사건 분담금’이라 한다).

다. 국세청은 이 사건 분담금이 상표권(또는 서비스표권, 이하 상표권으로 통칭한다) 등의 사용에 따른 사용료소득에 해당한다고 보아 2009. 1. 6.경부터 2012. 3. 12.경까지 사이에 회원사들에 대하여 2003년 제1기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세(대리납부분) 및 2003 사업연도부터 2008 사업연도까지의 법인세(지급조서미제출가산세)를 각 경정 고지하였다.

라. 그 후 회원사들은 이 사건 분담금이 􀀀대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약􀀀이하 ⁠‘한미조세조약’이라 한다) 제14조 및 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제9호(가)목에서 국내원천소득으로 정한 상표권 사용의 대가에 해당함을 전제로, 2008, 2009, 2010 사업연도 법인세(이하 ⁠‘이 사건 법인세’라 한다)를 원천징수하여 피고들에게 납부하였다.

마. 원고는 별지1 목록 기재와 같이 피고들에 대하여, 이 사건 분담금이 사용료소득이 아닌 사업소득이어서 국내원천소득이 아니라는 이유로 이 사건 법인세의 환급을 구하는 경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고들은 이를 거부하였다(이하 각 거부처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 4. 17. 자 결정으로 이를 기각하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 36, 37호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번

호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 내용은 제1심판결 별지2 ⁠‘관계 법령’과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

3. 원고의 주장

가. 이 사건 분담금은 원고가 국외에서 제공한 포괄적 역무의 대가로서 원고의 사업소득이고 한미조세조약상 사용료소득에 해당하지 아니하므로, 법인세 원천징수 대상이 아니다. 또한 조세조약이 적용되는 국제조세관계에서 실질과세의 원칙이 적용되는 것은 납세의무자의 조세회피 목적이 인정되는 경우에 한하고, 과세관청이 이를 증명하지 못하는 경우에는 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 설령 이 사건 분담금 중 발급사분담금이 구 법인세법 제93조 제9호 (가)목에서 국내원천소득으로 정한 상표권 사용의 대가에 해당하여 법인세 원천징수 대상이라 하더라도, 피고가 이 사건 법인세 중 발급사일일분담금에 관한 부분을 제외한 정당세액이 얼마인지 증명하지 못하였으므로, 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

4. 피고들의 본안전항변에 대한 판단

가. 피고들의 본안전항변

1) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제4항, 제1항에 따르면, ⁠‘법인세법 제93조 제1호, 제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제9호부터 제11호의 국내원천소득이 있는 자’가 ⁠‘연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부한 경우’에 경정청구권이 인정되는데, 이 사건 경정청구 당시 사용료소득은 법인세법 제93조 제8호에 규정되어 있었고, 원고는 스스로 국내원천소득이 없다고 주장하고 있으며, 소득세가 아닌 법인세를 납부하였으므로, 원고에게는 경정청구권이 인정되지 않는다. 따라서 이 사건 경정청구는 부적법하다.

2) 법인세 원천징수세액의 종국적 부담자는 원고가 아니라 회원사들이어서 이 사건 소송에 따라 이 사건 처분이 취소되더라도 원천납세의무자에 불과한 원고는 회원사들이 납부한 이 사건 법인세에 대하여 환급받을 권리가 없으므로, 이 사건 소는 소의 이익이 없다. 설령 원고에게 원천징수의무의 존부와 범위를 구할 이익이 존재하더라도 이는 사실상 이익에 불과하다.

나. 판단

1) 원고의 경정청구권 존부에 대한 판단

가) 관련 규정들의 전체적인 체계 및 법률 개정 목적과 경위 등에 비추어, 법률 개정과정상의 실수에서 비롯된 것임이 분명한 규정은 이를 바로잡아 적용한다고 하더라도 이것이 법규정의 가능한 의미를 벗어나 법형성이나 법창조행위에 이른 것이라고는 할 수 없다(대법원 2006. 2. 23. 선고2005다60949 판결 등 참조).

나) 이 사건 경정청구 당시 시행되던 구 국세기본법 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 경정청구권을 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ⁠‘법인세법 제93조 제1호, 제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제9호부터 제11호까지 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자가 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 준용한다.’고 하면서, 이때 제1항 중 ⁠‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자’는 ⁠‘연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조, 제164조의2 및 법인세법 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한 까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자‘로 본다고 규정하고 있고, 같은 항 제1호, 제2호에서는 소득세법에 따라 연말정산 또는 원천징수의 방법으로 소득세를 납부한 경우를, 제3호에서는 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부한 경우를 규정하였는데, 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되면서 제45조의2 제4항의 ’법인세법 제93조 제9호부터 제11호‘는 ’법인세법 제93조 제8호부터 제10호‘로, ’소득세를 납부하고‘ 부분은 ’소득세 또는 법인세를 납부하고‘로 개정되었다.

한편 구 법인세법 제93조는 상표권 등에 대한 사용료 소득을 제9호에 규정하였는데, 2010. 12. 30. 법률 개정으로 상표권 등에 대한 사용료 소득은 제8호에서 규정하게 되어 이 사건 경정청구 당시 시행되던 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 역시 제93조 제8호에서 이를 규정하고 있었다.

다) 구 국세기본법 제45조의2 제4항의 각 호에서 이미 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부한 경우를 경정청구권의 요건으로 규정하고 있었고, 경정청구권의 인정 여부와 관련하여 법인세를 납부한 경우와 소득세를 납부한 경우를 달리 볼 이유가 없는 점, 구 국세기본법 제45조의2제4항에서 국내 원천소득의 범위를 법인세법 제93조 제9호부터 제11호까지로 규정한 것은 법인세법의 개정 내용이 미처 반영되지 못하였기 때문인 것으로 보이는 점 등 위 각 법률 규정의 내용과 체계, 개정 경위에 비추어 보면, 구 국세기본법 제45조의2 제4항의 ’법인세법 제93조 제9호‘는 ’법인세법 제93조 제8호‘로, ’소득세를 납부하고‘는 ’소득세 또는 법인세를 납부하고‘로 규정된 것으로 보아 적용함이 타당하다.

라) 또한 국세기본법 제45조의2 제4항에서 말하는 ⁠‘국내 원천소득이 있는 자’란 위 조항에서 정한 국내 원천소득이 있음을 전제로 원천징수가 이루어진 경우 그 원천징수대상자를 의미한다고 보아야 하므로, 이 사건 분담금이 상표권 사용료소득에 해당함을 전제로 법인세 원천징수가 이루어진 이상, 원천징수대상자인 원고에게는 구 국세기본법 제45조의2 제4항에서 정한 경정청구권이 인정된다. 따라서 피고들의 이 부분 본안전항변은 받아들이지 아니한다.

2) 소의 이익 존부에 대한 판단

구 국세기본법 제45조의2 제4항에 의한 경정청구권은 법률상 보호되는 구체적인 권리이므로 경정청구에 대하여 거부처분을 받은 경정청구권자는 특별한 사정이 없는 한 행정소송을 통하여 그 거부처분의 취소를 구할 법률상의 이익이 있는 점, 설령 피고 주장과 같이 환급금에 대한 종국적 부담자가 원고가 아니라 회원사들이라 하더라도 이는 원고와 회원사들 간의 내부적 합의에 따른 민사상 법률관계에 따른 것에 불과하므로 이를 이유로 원고에게 이 사건 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 볼 수는 없는 점, 경정청구권과 환급청구권은 그 개념, 요건, 효과, 입법취지를 달리하는 별개의 권리인 점 등을 종합하여 보면, 피고들이 주장하는 여러 사정을 고려하더라도 원고에게는 이 사건 처분의 취소를 구할 소의 이익이 있다고 인정된다. 따라서 피고들의 이 부분 본안전항변도 받아들이지 아니한다.

5. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 인정 사실 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 내용은 제1심판결 제8면 글상자 아래 제9행 말미에 ⁠“폐쇄형 구조에서는 신용카드 회원과 가맹점이 같은 신용카드 회사에 속한 경우에만 신용카드 거래가 가능하지만, 개방형 구조에서는 신용카드 회원과 가맹점이 다른 신용카드 회사에 속하여 있는 경우에도 원고나 C와 같은 네트워크 사업자를 통하여 신용카드 거래가 가능하게 된다.”를 추가하고, 제12면 그림상자 아래 제1행의 ⁠“상표”를 ⁠“상표(또는 서비스표, 이하 상표로 통칭한다)”로 고치는 것 외에는 1심판결 제6면 제9행부터 제12면 하단에서 제5행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

나. 판단 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 내용은 아래와 같이 일부 내용을 고치거나 삭제·추가하는 것 외에는 제1심판결 제12면 하단에서 제3행부터 제18면 제1행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제13면 제8행의 ⁠“인정된 사실” 다음에 ⁠“, 갑 제4, 8, 15, 19호증의 각 기재”를 추가한다.

○ 제1심판결 제13면 제11행의 ⁠“있다고 봄이 타당하다.”를 아래와 같이 고친다.

『있고, 그 중 발급사분담금은 상표권 사용의 대가로, 발급사일일분담금은 포괄적 역무 제공의 대가로 보아야 할 것이다.』

○ 제1심판결 제13면 마지막 행부터 제14면 제3행까지를 아래와 같이 고친다.

『(2) 이 사건 조직변경 후의 정관 제9조는 분담금에 관하여 ⁠“회사의 축적되었거나, 현재의 또는 장래의 비용 또는 부채를 지급 또는 충당하기 위하여 지급되는 분담금”이라 규정하고 있고, 원고의 사규(Bylaws) Ar ticle Ⅵ. Section 4. ⒜.에서는 ⁠“이사회는 언제든지 수시로 회원 전부 또는 일부에 대하여 회사의 통상적인 활동에 관련된 비용 및 부채에 대하여 분담금을 수시로 정하거나 부과할 수 있다”고 규정하고 있다.

한편 원고의 내부 규정으로서 정관 제6조와 사규 Ar ticle I. Section 4. ⒞.에 의하여 회원사에게 적용되는 통합 청구시스템 매뉴얼(******card Consolidated Billing System, 갑 제19호증의 1, 2, 3, 이하 ⁠‘청구 매뉴얼’이라 한다)에서는 발급사분담금 부분에서 ⁠“발급사분담금 서비스는 분기별 회원 보고 설문지에서 보고된 계정 수, 거래금액 그리고/또는 거래 횟수를 바탕으로 연간 원가에 관하여 발급사에게 청구되는 서비스입니다”라고 규정하고 있고, 발급사일일분담금 부분에서 ⁠“발급사 일일분담금서비스는 일일기준으로 정산을 통해서처리되 는 국가간달러INCOMING 거래금액을 기준으로 회원사에게 청구됩니다”라고 규정하고 있다.

그러나 위 정관 및 사규뿐만 아니라 이 사건 라이선스 계약에서도 발급사분담금과 발급사일일분담금으로 구성되는 이 사건 분담금의 성격에 관하여 구체적 명시적으로 정한 것이 없고, 청구 매뉴얼이 이 사건 분담금 관련 부분에서 '서비스‘라는 단어를 사용하고 있으나 이 사건 분담금이 어떠한 ’서비스‘에 관한 대가인지는 구체적으로 정한 것이 없다. 따라서 이 사건 분담금의 성격은 원고가 회원사들에게 제공하는 용역의 내용 및 그 대가의 지급 체계, 이 사건 분담금의 발생 요건과 실제사용처, 이 사건 사업보고서의 내용 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.』

○ 제1심판결 제14면 제11행부터 제15면 제5행까지를 아래와 같이 고친다.

『(4) 발급사분담금은 B카드 소지자의 국내 거래금액을 기준으로 산정하여 분기별로 지급되지만, 발급사일일분담금은 국외 거래금액을 기준으로 산정하여 매일 지급되므로, 양자는 그 금액의 산정과 지급 방식 등이 다르다.

(5) 회원사들은 원고의 상표를 부착하여 B카드를 발급하거나 가입신청서에 원고의 상표를 표시하는 등의 방법으로 국내에서 참가인의 상표권을 사용한다고 볼 것인바, 이처럼 상표권의 사용이 국내에서 이루어지므로 그 대가는 국내 거래금액을 기준으로 산정되는 발급사분담금과 밀접한 관련이 있다. 나아가, 원고의 상표가 부착된 B카드를 국내에서 사용하는 경우 회원사들이 자체적으로 구축한 전자결제 네트워크 시스템만 이용될 뿐 원고의 이 사건 시스템은 전혀 이용되지 않는다. 따라서 국내 거래금액을 기준으로 산정되는 발급사분담금은 원고가 이 사건 시스템을 통해 제공하는 포괄적 역무의 대가라기보다는 상표권 사용의 대가라고 봄이 상당하다.

(6) 원고의 회원사들은 원고에게 상표사용료 명목의 돈을 명시적으로 지급하지 않고 있으나, 회원사들이 준수하여야 하는 원고의 사규에는 원고가 각 지역의 회원사들로부터 각종 비용을 충당하기 위하여 분담금과 각종 수수료를 징수한다고 되어 있고, 특히 그 징수 목적에는 광고 및 마케팅 활동이 명시되어 있으며, 이 사건 분담금이 원고가 전 세계적으로 통합된 광고 후원 홍보 등을 통하여 브랜드 인지도와 사용을 늘리는 것을 목표로 지출하는 비용인 광고선전비(Adver tising and Marketing)의 일부로 사용된 것은 앞서 본 바와 같다. 이 사건 분담금 등을 재원으로 한 광고 홍보활동은 원고가 보유하고 있는 상표권의 가치를 상승시키는 데 직접적으로 기여할 것이고, 이처럼 원고가 보유하고 있는 상표권의 가치가 상승하게 되면 원고의 상표를 붙여 회원사들이 발급하는 신용카드의 가입량이 증가하게 되며, 그 카드사용액에 비례하여 회원사들의 매출도 늘어나므로 상표권자인 원고로서는 상표 사용자인 회원사들에게 상표권 사용의 대가를 요구할 합당한 이유가 있게 된다. 여기에 라이선스 계약상 회원사들이 이 사건 분담금을 포함한 사용료를 지불하지 못하는 경우 원고는 라이선스 계약의 해지가 가능하므로(제11조), 이 사건 분담금과 상표사용권이 상호 대가관계에 있다고 볼 것이고, 나아가 경쟁사인 C사의 경우 명시적으로 상표사용료를 징수하고 있는 점 등을 더하여 볼 때, 회원사들과 원고 사이에 B카드 상표권을 무상으로 사용하기로 한 약정이 있다고 보기는 어렵다.

(7) 한편, 원고는 이 사건 시스템을 통해 회원사들이 발급한 B카드의 소지자가 이를 국외에서 사용할 수 있도록 관련 서비스를 제공한다. 발급사일일분담금은 이 사건 시스템을 이용한 B카드의 국외거래금액을 기준으로 산정되고 원고가 이 사건 시스템을 통해 제공하는 포괄적 역무와 관련하여 발생한 것이므로, 원고가 회원사들에게 제공한 포괄적 역무의 대가로 볼 수 있다. 회원사들이 국내에서 원고의 상표권을 사용하는 것과는 달리 B카드의 소지자가 이를 국외에서 사용하는 과정에서 회원사들이 원고의 상표권을 사용한다고 보기 어렵다.』

○ 제1심판결 제15면 제6행부터 제16면 제8행까지를 삭제한다.

○ 제1심판결 제16면 마지막 행 말미에 아래 내용을 추가한다.

『그리고 한미조세조약 제8조는 사업소득에 관하여 정하면서 제1항에서 ⁠“일방 체약국의 거주자의 산업상 또는 상업상의 이윤은 그 거주자가 타방 체약국에 소재하는 고정사업장을 통하여 동 타방 체약국 내에서 산업상 또는 상업상의 활동에 종사하지 아니하는 한 동 타방 체약국에 의한 조세로부터 면제된다.”고 정하고 있다.』

○ 제1심판결 제17면 제1행부터 제18면 제1행까지를 아래와 같이 고친다.

『나) 앞서 본 바와 같이, 이 사건 분담금 중 발급사분담금은 상표권 사용의 대가라고 볼 것이므로, 이는 한미조세조약 제14조의 사용료소득이자 구 법인세법 제93조 제9호의 국내원천소득에 해당한다. 따라서 원고의 국내 회원사들은 이에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있다.

그러나 발급사일일분담금은 이 사건 시스템을 통해 국내 회원사들이 발급한 신용카드의 국외 사용이 가능하도록 제공되는 포괄적 역무의 대가로서 원고의 사업소득을 구성한다고 볼 것인데, 이는 국내원천소득을 정하고 있는 구 법인세법 제93조 제5호, 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제222951호로 일부 개정되기 전의 것) 제132조 제2항에 해당하지 아니하므로, 이에 대하여 법인세 원천납세의무가 있다고 할 수 없다.

다) 따라서 이 사건 처분 중 발급사일일분담금에 관한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 부분은 위법하다. 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 정당하다.

3) 취소의 범위

가) 증명책임에 관하여

일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사ㆍ확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적ㆍ절차적 위법사유를 취소원인으로 하는 것으로서, 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 할 것이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 감액경정청구거부처분 취소소송에서도 원칙적으로 거부처분의 적법성에 대하여 과세관청이 증명하여야 한다고 볼 것이다.

나아가 이 사건의 쟁점은 비과세ㆍ감면ㆍ공제 요건이나 과세표준의 차감항목 등에 관한 것이 아니고, 이 사건 분담금이 원천징수 대상인 사용료소득이어서 과세요건을 충족하는지 여부이다. 따라서 과세요건인 사용료소득 해당 여부는 과세관청인 피고들이 증명하여야 하는 것이고, 이 사건 분담금이 사업소득에 해당한다는 원고의 주장은 과세요건에 해당하지 아니한다는 의미로서, 사용료소득에 해당한다는 피고들의 주장과 양립 불가능한 적극부인 내지 간접부인에 해당하는 것이지, 조세채권의 성립에 장애가 되거나 그 성립을 저지하는 사실에 관한 것이라고 볼 수 없다.

이와 다른 전제에서 이 사건 경정청구 사유의 존재에 대해 원칙적으로 원고에게 증명책임이 있다거나, 발급사일일분담금의 존재에 대해 원고가 증명하지 않는 한 발급사일일분담금의 부존재가 추정된다는 취지의 피고들의 주장은 받아들일 수 없다.

나) 구체적 판단

앞서 본 것처럼 이 사건 처분의 적법성은 피고들이 증명하여야 하고, 이 사건 처분 중 발급사일일분담금에 관한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 부분이 위법하다고 인정하는 이상, 정당한 세액의 범위 역시 과세관청인 피고가 증명하여야 한다. 나아가, 그러한 증명이 없다면 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 8. 20.선고 2017두44084 판결 등 참조).

이 사건에서 보건대, 앞서 든 증거들, 이 법원의 D 주식회사, E 주식회사에 대한 각 사실조회결과와 변론 전체의 취지를 종합하면, 국내 회원사들은 이 사건 분담금이 포괄적 역무의 대가로서 국내원천소득이 아니라는 전제 아래 발급사분담금과 발급사일일분담금을 구분하여 관리하지 않았고, 원고 역시 국내 회원사들로부터 전체 과세표준 및 세액만 기재된 원천징수영수증을 제공받았을 뿐 그 세부 내역을 알 수 있는 자료까지 제공받지는 않은 사실, 국내 회원사들 중 D 주식회사, E 주식회사는 현재 별지1 기재 각 과세기간에 지급된 발급사분담금과 발급사일일분담금을 구분할 수 있는 근거자료를 보관하고 있지 않은 사실(나머지 국내 회원사들도 사정이 마찬가지일 것으로 보인다)등을 인정할 수 있고, 원고가 제출한 참고자료 40(을 제22호증)이나 이를 일부 수정한 참고자료54는 이 사건 분담금의 산정 기간이나 금액 등에 오류가 확인되어 정당한 세액을 산출할 수 있는 객관적인 자료가 될 수 없다는 점에 대해 쌍방 다툼이 없으며, 을 제19, 20, 21호증은 조정을 통한 신속한 종결을 위해 피고들이 제출한 참고자료에 불과하다.

한편, 피고들은 을 제24, 32호증, 즉 F 주식회사가 제기한 부가가치세 경정거부처분 취소청구 소송인 서울행정법원 2018구합58790 사건에서의 원고 준비서면과 판결문에서 확인되는 발급사분담금과 발급사일일분담금의 비율을 고려하면 이 사건 분담금 중 85.7%가 발급사분담금에 해당하고, 이를 기초로 산정된 정당세액은 10,215,503,851원이라고 주장하기도 하나, 위 사건의 과세기간은 2014, 2015, 2016년으로서 이 사건의 별지1 기재 각 과세기간과 다르고, 위 비율은 원고의 국내 회원사들 중 하나인 F 주식회사에만 국한되는 거래내역에 불과한 점, 발급사분담금과 발급사일일분담금을 수수한 주체도 원고가 아니라 원고가 싱가포르 지주회사를 통해 100% 지분을 보유한 싱가포르 법인인 G인 점 등을 고려하면, 피고들의 위 주장은 단순한 추정에 불과하고, 이를 정당한 세액을 산출할 수 있는 객관적인 자료에 기초한 것이라고 평가할 수 없다.

그 외에 달리 이 사건 처분 중 발급사일일분담금에 관한 부분을 제외한 정당세액을 산정할 수 있는 증거가 없으므로, 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.』

6. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 정당하므로 이를 모두 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하고, 이에 대한 피고들의 항소는 이유 없으므로, 이를 모두 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 11. 12. 선고 서울고등법원 2022누54063 판결 | 국세법령정보시스템