요지

이 사건 시스템 개발은 ERP 설비와 유사한 시스템에 해당하고, 실패의 위험이나 손실을 감수하는 연구개발 활동이라고 보기 어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청구취지

피고가 20○○. ○. ○. 원고 주식회사 ○○○○지주에 대하여 한 20○○ 사업연도 법인세 ○○원의 경정거부 처분과 원고 주식회사 ○○은행에 대하여 한 20○○ 사업연도 법인세 ○○원, 20○○ 사업연도 법인세 ○○원의 각 경정거부 처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 ○○○○지주(이하 ’원고 ○○○○지주‘라 한다)는 금융지주회사법에 따라 20○○. ○. ○. 설립된 회사로서, 지분의 소유를 통해 금융업을 영위하는 회사의 지배 및 경영 관리 등을 주요 사업목적으로 하고 있다. 원고 ○○○○지주의 자회사인 원고 주식회사 ○○은행(이하 ’원고 ○○은행‘이라 한다)은 은행법에 규정된 은행 업무 등을 하는 회사로서, 대출, 예금, 외환, 보험, 신탁, 펀드 등의 사업을 수행하고 있다. 원고 ○○○○지주는 설립일인 20○○. ○. ○.부터 법인세법 제76조의8 제1항 등의 규정에 따라 연결납세방식의 적용을 승인받아 자회사인 원고 ○○은행의 손익을 합쳐 법인세를 신고․납부하고 있다.

나. 원고 ○○은행은 20○○. ○.경 주식회사 ○○에스(이하 ’○○에스‘라 한다)와 사이에 상품 ․ 서비스 개발 및 전산화, 서버 안정화, 다양한 채널 확보, 고객정보 관리 및 맞춤형 서비스 제공 등의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ⁠‘이 사건 시스템’이라 한다)을 구축하여 공급받기로 하는 계약(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 20○○ ~ 20○○ 사업연도에 걸쳐 ○○에스에 그 대가로 약 ○○억 원(이하 ’시스템 구축 비용‘이라 한다)을 지급하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지1 그림과 같다.

다. 원고들은 20○○. ○. ○. 시스템 구축 비용에 관하여 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구 ․ 인력개발비(이하 ⁠‘연구개발비’라 한다)의 세액공제(이하 ⁠‘연구개발비 세액공제’라 한다)를 적용하여, 원고 ○○은행은 피고에게 2012 사업연도 법인세 ○○원, 20○○ 사업연도(20○○. 1. 1. ~ 20○○. 6. 30.) 법인세 ○○원의 환급을, 원고 ○○○○지주는 피고에게 20○○ 사업연도(20○○. 7. 1. ~ 20○○. 12. 31.) 법인세 ○○원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 20○○. ○. ○. 원고 ○○은행의 시스템 구축 비용이 구 조세특례제한법에서 정한 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고들의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

마. 이에 대하여 원고들은 20○○. ○. ○. 조세심판청구를 하였으나, 20○○. ○. ○. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6, 7, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2와 같다.

3. 당사자 주장의 요지

가. 피고 주장의 요지

1) 시스템 구축 비용은 다음과 같은 이유에서 연구개발비 세액공제의 적용 대상이 아니다.

 가) 구 조세특례제한법상 연구개발이란 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동‘을 의미하는데(구 조세특례제한법 제9조 제5항), 그 구체적인 범위는 같은 법 시행령 제8조 제1항 ⁠[별표6]에서 정하고 있다. 그런데 위 규정에 의하면, 이 사건 시스템 개발은 구 조세특례제한법상 연구개발에 해당하지 않는다.

① ○○에스는 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에서 정한 연구개발을 위탁받을 수 있는 기관인 ⁠‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서’가 아니므로, 시스템 구축 비용은 연구개발비 세액공제 대상이 아니다.

② 이 사건 시스템의 개발은 원고 ○○은행의 사업 수행에 필요한 운영시스템의 개선 또는 기존 소프트웨어의 응용에 불과할 뿐, 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이라고 볼 수 없다.

③ 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ⁠‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당할 수 있으나, 이 경우 같은 법 제9조 제2항 제1호의 괄호규정에 따라 자체 연구개발에 필요한 비용만 세액공제 대상이 될 수 있으므로, 원고 ○○은행이 ○○에스에 위탁하여 개발한 비용인 시스템 구축 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제가 적용될 수 없다.

④ 이 사건 시스템의 구축은 계약의 해석, ○○에스가 제공한 차세대 시스템의 내용 등에 비추어 볼 때, 원고 ○○은행이 연구개발에 따른 비효율 또는 위험을 거의 부담하지 않고 ○○에스로부터 서비스 용역을 제공받은 것에 불과하다.

 나) 시스템 구축 비용은 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]의 1. 나.1) 중 괄호규정(이하 ⁠‘쟁점 예외규정’이라 한다)에 의하여 연구개발비 세액공제 대상에서 제외된 ⁠‘전사적 기업자원 관리설비(Enterprise Resource Planning, 이하 ’ERP’라 한다) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 ⁠‘ERP 등 개발비용’이라 한다)에 해당한다.

2) 시스템 구축 비용 중 일부가 세액공제 대상인 연구개발비에 해당된다고 하더라도, 그 범위는 이 사건 계약 중 원고 전북은행의 필요에 맞추어 개작하여 생산된 물품 내지 용역에 관한 비용에 한정되어야 할 것인데, 그 범위는 원고들이 특정하여야 한다. 그러나 원고들은 그 범위를 특정하지 아니하고 이 사건 청구를 하고 있다.

나. 원고들 주장의 요지

1) 이 사건 시스템 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 그 시스템 구축 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제가 적용되어야 한다.

 가) 이 사건 시스템은 ○개월 동안 ○○명의 인력이 투입되어 ○○억 원이라는 비용을 들여서 구축한 것으로서, ○○에스가 아니라 원고 ○○은행이 개발에 따른 결과물인 이 사건 시스템에 대한 저작권을 가진다. 또한 이 사건 시스템은 업계 최초로 모델 기반 개발방식(MDD)이 적용되었고, 원고 ○○은행은 이 사건 시스템을 구축함으로써 상품 정보를 표준화하여 통합 관리함으로써 다양한 상품과 서비스를 제공할 수 있게 되었다.

 나) 연구개발비 세액공제 대상인 ⁠‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’에 해당하기 위해서는 전담부서를 보유한 업체에 연구개발을 위탁하기만 하면 되고, 반드시 연구기관 또는 전담부서에 위탁하거나 연구기관 또는 전담부서에서 연구개발을 직접 수행할 것까지 요구되는 것은 아니다.

2) 이 사건 시스템은 원고 ○○은행의 업무 기반을 혁신적으로 개선한 것으로서 단순한 ERP와 본질적으로 다르기 때문에, 시스템 구축 비용은 ERP 등 개발비용에 해당하지 않는다. ERP는 기업의 인적․물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형 ․ 무형의 설비를 의미하는데, 이 사건 시스템은 원고 ○○은행의 본질적인 핵심 업무와 서비스의 범위를 확대하고 그 품질을 개선하여 경쟁력을 강화하는 시스템으로서 단순히 기업 내부의 자원을 관리하기 위한 시스템이 아니기 때문이다.

3) 원고들이 세액공제 대상으로 주장하는 시스템 구축 비용은 연구개발 비용에 해

당하는 것만으로 적법하게 산정되었다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

그리고 연구개발비 세액공제의 경우 과세소득 자체에 부수되는 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세 과세과액 결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그 존재사실, 즉 시스템 구축 비용이 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

1) 이 사건 시스템 개발이 세액공제 대상인 연구개발인지 여부

 가) 연구개발의 개념

구 조세특례제한법이 연구개발 비용을 손금 산입에서 더 나아가 세액공제의 대상으로 한 취지는, 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 위험에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지하려는 데 있다.

그러나 구 조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발에 관하여 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다’라고만 규정하면서 그 구체적인 범위를 대통령령으로 정하도록 위임하였다.

한편, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것3), 이하 같다) 제8조 제1항 ⁠[별표 6]에서는 세액공제 대상인 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항은 세액공제 대상인 연구개발에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사․분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청 ․ 보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사 ․ 탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동을 들고 있고, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 ⁠‘연구개발 활동’에 관하여 ⁠‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계 ․ 제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다.

위 각 규정의 내용에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하고 있는 ⁠‘연구개발’이란 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ⁠‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ⁠‘체계적이고 창조적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 따라서 순수한 기초연구 활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산 활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 기존에 이미 상용화․사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 뚜렷한 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 ⁠‘연구개발’에 해당한다.

 나) 이 사건 시스템 개발이 연구개발에 해당하는지 여부

위와 같이 연구개발비 세액공제 및 관련 규정의 내용, 그 입법 취지를 통해 알 수 있는 ⁠‘연구개발’의 의미와 앞서 든 증거들, 갑 제4, 5, 8, 9, 13 내지 15호증, 을 제1 내지 6호증에 의하여 인정되는 다음 사정을 종합하여 보면, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다[이 사건 시스템 개발이 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당하지 않는 이상, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동으로서 연구개발에 해당한다고 하더라도, 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호의 괄호규정(‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다’)에 따라 원고 전북은행이 엘지씨엔에스에 시스템 개발을 위탁하면서 지출한 시스템 구축 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제가 적용될 수 없다]. 따라서 원고들 주장은 받아들이지 아니한다.

① 원고 ○○은행은 이 사건 계약을 체결하기 전 ○○에스를 포함한 몇몇 IT 업체들로부터 사업 제안서를 제출받았다. 이 사건 계약의 당사자로 선정된 ○○에스가 계약 체결 전 원고 ○○은행에게 제출한 ⁠‘차세대 시스템 구축을 위한 제안서’(갑 제5호증)에 의하면, ○○에스는 ○○생명, ○○은행, ○○투자증권, 증권○○원, ○○은행, 수○○중앙회, ○○카드, ○○카드, ○○카드, ○○카드, ○○캐피탈, ○○은행, ○○은행 등 다수의 금융기관으로부터 차세대 시스템 구축 프로젝트를 수주하였고, ○○은행의 경우 2003. 6.경부터 2005. 2.경까지, ○○은행의 경우 2004. 11.경부터 2006. 11.경까지, ○○은행의 경우 2007. 7.경부터 2009. 5.경까지, ○○중앙회의 경우 2009. 11.경부터 2011. 9.경까지 차세대 시스템을 성공적으로 구축하였다고 홍보하고 있다. 또한 ○○에스는 원고 ○○은행의 특성과 필요에 부합하는 맞춤형 시스템을 구현할 예정인데(갑 제5호증의1, 45쪽), 이미 구축한 은행 시스템 중 ⁠‘Best Practice’를 선정하여 검증된 시스템을 구축할 것이며(갑 제5호증의1, 47쪽), 자신들이 제공할 차세대 시스템은 금융권에서 실제 사용을 통해 검증된 JAVA 프레임워크를 적용할 것임(갑 제5호증의1, 49쪽)을 약속하고 있다.

이처럼 여러 금융기관들이 유사한 시기에 차세대 시스템을 구축한 점, ○○에스가 은행들에 대하여 맞춤형 차세대 시스템 구축을 완료하기까지 소요된 기간이 대략 2년 정도로 서로 비슷한 점, ○○에스는 다른 금융기관들에 구축한 차세대 시스템 중 검증된 솔루션들을 적용하여 이 사건 시스템을 구축할 것이라고 제안한 점, 이 사건 시스템은 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관들이 구축한 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 시스템은 이 사건 계약 전부터 ○○에스를 비롯한 몇몇 IT 업체들에 의해 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션들이 이미 개발되어 있는 상태에서 위 솔루션들을 원고 ○○은행의 조건과 업무 환경 등에 응용 또는 개선하는 방식으로 개발된 것이라 할 수 있다. 따라서 이 사건 시스템의 개발이 기존의 제품이나 기술과 뚜렷한 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이라고 보기는 어렵다.

② 계약의 내용(갑 제7호증)을 살펴보면, 이 사건 계약은 연구개발 위탁 계약이 아니라 용역 공급 계약으로 해석된다. 첫째, 이 사건 계약의 목적은 ⁠‘차세대 시스템의 개발’이 아니라 ⁠‘○○에스가 원고 ○○은행의 요건과 환경에 맞추어 정상 가동 상태로 차세대 시스템을 공급하기 위한 것’이었다(제1조). 둘째, 원고 ○○은행은 ○○에스와 ⁠‘물품’ 공급 계약을 체결하였는데, 이때의 ⁠‘제품(물품)’이란, 차세대 시스템 구축 완료를 위해 ○○에스가 원고 ○○은행에게 인도해야 할 일체의 품목으로서, 소프트웨어, 응용 소프트웨어, 하드웨어, 서비스를 포함하고 있다(제2조). 셋째, ○○에스는 사업수행계획서에 제시된 일정에 따라 제품을 공급하고, 납품 후 단계별 일정에 따라 원고 ○○은행의 검수를 완료하여야 중도금 등을 지급받을 수 있는 것으로 정하고 있다(제7조, 제9조, 제10조). 또한 원고 ○○은행은 검수 결과 계약 이행 기준에 미달할 경우, ○○에스에게 그 시정 및 보완조치를 요구할 수 있고, ○○에스는 즉시 조치하여 재검수를 받아야 했다(제9조). 넷째, 원고 ○○은행은 차세대 시스템이 정상적으로 가동되는지 최종 검수를 완료한 이후 ○○에스에게 잔금을 지급하는데, 만일 ○○에스가 약정 기한 안에 차세대 시스템 구축을 완료하지 못하면 지체상금을 부담하게 되고, 원고 ○○은행은 그 지체상금을 공제한 잔금만을 ○○에스에게 지급하기로 하였다(제10조, 제12조). 다섯째, ○○에스는 계약의 이행을 보증하기 위한 계약이행 보증금을 원고 ○○은행에 납부하여야 했고(제11조), 계약한 제품을 인도하지 못하게 될 경우 원고 ○○은행에 손해를 배상하여야 했다(제14조). 여섯째, ○○에스는 차세대 시스템 구축 완료 후 1년 동안 하자를 보증하는데, ⁠‘계약서 및 사업수행계획서의 사양 및 기능과 동일함’을 보증하기로 했다(제13조). 일곱째, 이 사건 계약의 제품(차세대 시스템)은 원칙적으로 변경할 수 없고, 다만 ○○에스가 제품의 일부를 신형 모델 또는 상위 모델로 변경할 것을 추천하여 원고 ○○은행이 신형 모델 또는 상위 모델로 제품 일부를 변경할 경우에는 원고 ○○은행이 추가 비용을 지불하기로 하였다(제16조 제1항).

위와 같은 이 사건 계약의 목적, 공급 물품, 대금 지급 조건, 계약 이행 담보와 불이행 책임 등에 비추어 보면, 원고 ○○은행의 입장에서는 개발의 전면적인 실패 또는 손실 가능성이 거의 없는 상태에서 ○○에스로부터 원고 ○○은행의 조건과 업무 환경 등에 적합한 제품을 공급받기로 한 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 손실을 감수하는 연구개발 활동이라고 보기 어렵다.

2) 시스템 구축 비용에 대한 쟁점 예외규정의 적용 가부

 가) 쟁점 예외규정의 내용과 해석

구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정한 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동이나 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동의 요건을 충족한다고 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 그런데 위 시행령 ⁠[별표 6] 1.나.1)에서는 ⁠‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 세액공제 대상인 연구개발비에서 제외한다’고 규정하고 있다.

갑 제4호증, 을 제4 내지 6호증에 의하여 인정되는 아래와 같은 쟁점 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지, 이에 비추어 알 수 있는 사정들을 종합적으로 고려해 보면, 쟁점 예외규정에서 규정한 ⁠‘ERP 등 시스템’이라 함은 ⁠‘ERP 및 그와 유사한 시스템’을 의미하고, ⁠‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ⁠‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입․응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다고 봄이 타당하다.

① 쟁점 예외규정이 도입되기 이전에는 금융 ․ 보험업을 영위하는 법인의 ERP 시스템에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융 ․ 보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 쟁점 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ⁠‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 국세청이 발간한 ⁠‘개정세법 해설’에 의하면, 그 개정취지는 ERP등 시스템 개발 위탁비용이 제외됨을 명문화한다는 것이다. 이에 대하여 기획재정부는 ’2010년 세제개편 주요내용‘을 발간하여, ⁠‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’고 설명하였다.

② 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)5)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성 향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ⁠‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화 투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제 지원하여 생산성 및 투명성을 제고’하기 위함이다(피고의 2019. 5. 21.자 준비서면 첨부 참고자료 13 참조).

2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매․주문관리 ․ 수송 ․ 생산 ․ 창고운영 ․ 재고관리 ․ 유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다.

위 개정 취지는 ⁠‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함되어 금융․유통․제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’한 것이다.

③ 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령의 ⁠‘전사적 기업자원 관리설비’외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ⁠‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점(피고의 답변서 첨부 참고자료 7 참조), 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항도 각 호의 시스템 생산성 향상시설로서 유사성이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ⁠‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무 효율화 시스템 또한 쟁점 예외규정의 ⁠‘전사적기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에 포함될 수 있다고 해석함이 타당하다.

④ 원고들은 쟁점 예외규정이 기업 내부의 인적 ․ 물적 자원 관리 시스템에 한정하여 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합할 뿐 아니라, 기존에 금융 ․ 보험업과 연관된 협의의 ERP가 최초로 개발되는 과정에서는 연구개발 위탁비용 세액공제가 인정되기도 하였으나, 그와 같은 시스템이 널리 채택되고 범용화됨에 따라 세액공제 등을 통한 지원을 계속할 필요성이 감소한 점, ⁠‘연구개발’의 측면에서 동종 업체들이 본질적으로 유사한 기능을 하는 업무 효율화 시스템을 갖추기 위하여 지출하는 위탁비용까지 전부 세액공제의 대상에 포함시키는 것은 ⁠‘불확실하였던 과학적 ․ 기술적 진전을 새로이 이루어내는 연구개발’을 장려하는 연구개발비 세액공제의 취지에 부합하지 않는 점 등에 비추어, 원고들의 주장과 같이 쟁점 예외규정의 적용범위를 해석하기는 어렵다.

 나) 시스템 구축 비용에 쟁점 예외규정이 적용되는지 여부

  이 사건 시스템은 본질적으로 원고 ○○은행의 업무수행을 효율화하기 위한 것임이 분명해 보이고, 그 시스템에 의해 전자상거래, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 업무 효율 증진과 환경 개선이 달성되었다고 할 것이지만, 원고 ○○은행의 이 사건 시스템 개발이 본질적으로 과학적 ․ 기술적 진전을 위한 것이라거나 그 개발에 따른 위험 부담을 감수하는 것이었다고 보기 어려운바, 앞서 본 바와 같은 쟁점 예외규정의 해석에 비추어 보면, 이 사건 시스템은 ⁠‘ERP 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 시스템 구축 비용은 쟁점 예외규정에 의하여 연구개발비 세액공제 대상에서 제외된다.

다. 이 사건 처분의 적법성

앞서 본 바와 같이 이 사건 시스템 개발은 과학적 ․ 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 연구개발에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 쟁점 예외규정으로 인해 연구개발비 세액공제의 대상에서 제외된다. 따라서 원고들의 주장은 세액공제액에 관한 당사자의 나머지 주장에 관하여 더 살필 것 없이 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 전주지방법원 2020. 11. 19. 선고 전주지방법원 2018구합2596 판결 | 국세법령정보시스템