요지

이 사건 분할은 개정 전 법인세법 제44조 제2항 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 규정하는 이 사건 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료사유에 해당하므로 이사건 충당금 잔액은 개정 전 법인세법령에 따라 이 사건 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금에 산입되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 1. 4. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 85,324,077,360원(가산세 포함)의 부과처분 중 177,165,903원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

  이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 아래와 같이 해당 부분을 고치는 것 외에는 제1심판결의 이유 부분 1.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제2쪽 제12, 13행의 ⁠“‘개정 전 법인세법 시행령’이라고 한다”를 ⁠“‘개정 전 법인세법 시행령’이라고 하고, 개정 전 법인세법과 함께 부를 때에는, ⁠‘개정 전 법인세법령’이라고 한다”로 고친다.

○ 제1심판결문 제3쪽 제3, 4행의 ”‘개정 후 법인세법 시행령’이라고 한다“를 ”‘개정 후 법인세법 시행령’이라고 하고, 개정 후 법인세법과 함께 부를 때에는 ⁠‘개정 후 법인세법령’이라고 한다“로 고친다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

⑴ 이 사건 처분에 대하여 개정 전 법인세법령이 적용되어야 함을 전제로 한 주장

피고는, 이 사건 분할이 개정 전 법인세법령상 이 사건 합병에 따른 합병평가차익에 대한 과세이연이 종료되는 ⁠‘사업의 폐지 또는 자산의 처분’으로 보고 이 사건 처분을 하였다. 그러나 ① 개정 전 법인세법령에는 분할 자체를 익금 산입의 사유로 삼고 있는 직접적인 규정이 존재하지 않는 점, ② 개정 전 법인세법 제49조, 개정 전 법인세법 시행령 제85조 제2항 제1호에서 분할시 압축기장충당금 및 일시상각충당금을 분할신설법인이 승계할 수 있도록 규정하고 있고, 개정 후 법인세법 제46조의3 제2항, 개정 후 법인세법 시행령 제85조 제1호에서도 적격분할의 경우 분할신설법인이 분할법인의 세무조정사항을 승계하도록 규정하고 있는 점, ③ 이 사건 분할이 과세이연의 계기가 되는 적격분할에 해당함을 인정하면서도 이 사건 합병에 대한 사후관리의 측면에서는 과세이연의 종료사유에 해당한다고 해석하는 것은 서로 모순되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 분할은 개정 전 법인세법령에 따라 과세이연이 종료되는 사업의 폐지 내지 자산의 처분에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 처분에 대하여 개정 후 법인세법령이 적용되어야 함을 전제로 한 주장 이 사건 분할은 2011. 5. 3. 발생하였으므로, 이 사건 처분에 대하여 개정 전 법인세법령이 아닌 이 사건 분할 당시 시행 중이었던 개정 후 법인세법령이 적용되어야 한다. 그런데 ① 개정 후 법인세법 제44조의3 제3항 단서, 개정 후 법인세법 시행령 제80조의4 제7항 제1호, 제80조의2 제1항 제2호 나목에서는 적격분할에 따른 사업의 폐지를 합병평가차익에 대한 과세이연이 종료되는 ⁠‘사업의 폐지’에 해당하지 않는다고 규정하고 있으므로, 이 사건 분할로 과세이연이 종료되었다고 볼 수 없고, ② 개정 후 법인세법 제46조의3 제2항 및 개정 후 법인세법 시행령 제85조 제1호에 따르면, 세무조정사항인 이 사건 충당금 잔액은 분할신설법인에 승계되므로 분할법인인 원고의 2011사업연도 익금에 산입될 수도 없으며, ③ 나아가 개정 후 법인세법이 시행되는 2010.7. 1.부터는 개정 전 법인세법 제44조 제2항이 더 이상 유효하게 존속한다고 볼 수 없고, 달리 그 효력을 연장할 경과규정도 존재하지 않으므로, 개정 전 법인세법에 따른 적격합병에 대한 사후관리 자체가 불가능하며, ④ 이 사건 처분은 이른바 ⁠‘추징처분’으로서 감면요건 자체를 갖추지 못한 경우에 대한 본래의 부과처분과는 요건을 달리하는 별개의 처분이므로, 추징사유가 발생하여 납세의무가 성립한 당시에 시행되던 법령을 기준으로 처분의 적법 여부를 판단하여야 한다. 따라서 이와 달리 개정 전 법인세법 제44조 제2항 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호가 적용될 수 있음을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 이 사건 처분이 비과세 관행에 반하여 위법하다는 취지의 주장 이 사건 처분은 적격합병 후 분할이 있는 경우 적격합병에 따른 과세이연의 종료사유가 되는 사업의 폐지로 볼 수 없다는 취지의 비과세 관행에 반하는 것으로서, 국세기본법 제18조 제3항에 위반되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 ⁠(1) 주장에 관하여

가) 관련 법리 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. ⁠(1)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

나) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 앞서 본 처분의 경위에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 분할은 개정 전 법인세법 제44조 제2항 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 규정하는 이 사건 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료사유에 해당하고, 따라서 이사건 충당금 잔액은 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에 따라 이 사건 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금에 산입되어야 한다. 이에 배치되는 원고의  주장은 받아들일 수 없다.

⑴ 개정 전 법인세법은 제17조 제1항 제3호에서 합병평가차익을 익금불산입 사유의 예외사유로 규정하여 원칙적으로 합병을 과세의 계기로 삼되, 다만 같은 법 제44조 제1항 각호에서 정한 적격합병에 해당하는 경우에는 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제1, 2, 4항에 따라 압축기장충당금, 일시상각충당금으로 계상하여 손금에 산입하는 방식으로 과세를 이연하도록 정하였는바, 개정 전 법인세법령에 따른 위와 같은 과세이연 특례 규정은 적격합병을 세제상 지원하기 위한 특혜규정에 해당한다.

⑵ 개정 전 법인세법 제44조 제2항은 적격합병에 해당하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우에는, 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입하는 것으로 규정하고 있고, 제4항에서 ⁠“제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계 받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 개정 전 법인세법 시행령은 제80조 제6항 제1, 2호에서, ⁠‘합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우’ 및 ⁠‘승계 받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우’에는, 위 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 규정한 사업을 폐지하는 경우에 해당하는 것으로 보아(“사업의 폐지”라는 표현을 그대로 사용하고 있지는 아니하나, 개정 전 법인세법 시행령 제80조는 그 문언체계상 개정 전 법인세법 제44조 제4항에서 정한 ⁠“승계 받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준” 등에 관하여 정한 대통령령에 해당한다고 보아야 한다), 과세이연된 압축기장충당금 또는 일시상각충당금 잔액 전액을 해당사유가 발생한 사업연도 익금에 산입하도록 하는 사후관리 규정을 두고 있었다.

그런데 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이 사건 분할은 이 사건 합병등기일이 속하는 사업연도인 2008년의 다음 사업연도 개시일 2009. 1. 1.부터 3년 이내에 해당하는 2011. 5. 1. 이루어졌고, 원고가 AAAA 사업을 분리한 후 피합병법인인 BBBBBB 주식회사로부터 승계한 고정자산을 CCC에 포괄적으로 이전해 준 사실이 인정되며, 그로 인하여 원고는 승계한 위 고정자산을 더 이상 소유하지 않게 되었는바, ① 분할의 경우에 분할신설법인은 분할계획서 등이 정하는 바에 따라 분할법인의 권리와 의무를 승계하고[구 상법(2015. 12. 1. 법률 제13523호로 개정되기 전의

것) 제530조의10 참조], 그에 따라 자산의 승계도 이루어지는 점, ② 합병이나 인적분할 모두 한 회사에서 다른 회사로 일정한 자산․부채를 포괄적으로 양도하면서 그 대가로 양도하는 회사의 주주에게 양수하는 회사의 주식 또는 분할교부금을 나누어 준다는 점에서는 그 법적 성격이 동일하고, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 정한 ⁠‘합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산’ 또한 위와 같이 포괄적으로 양도, 양수하는 자산에 당연히 포함되는 점, ③ 처분이란 그 문언상 재산권의 변동을 가져오는 일체의 법률행위를 의미한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 분할로 인한 자산의 포괄적 이전도 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 말하는 ’처분‘에 해당한다고 볼 수 있고, 결국 이 사건 분할은 개정 전 법인세법령에서 규정하는 적격합병으로 인한 과세이연이 종료되는 ⁠‘사업의 폐지’에 해당한다고 보아야 한다.

[개정 후 법인세법령에 따르면, 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 사업을 폐지하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 다만 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하도록 정하고 있다. 여기에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 합병법인이 법 제44조 제2항․제46조 제2항․제47조 제1항 또는 제47조의2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는「합병, 분할 또는 현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우」등을 의미한다. 결국 개정 후 법인세법령에 따르더라도, 적격합병 후 분할의 경우 일단 ⁠“사업을 폐지하는 경우”에 해당하여 익금에 산입하여야 하나, 그 분할이 적격분할 등에 해당하는 경우에는, ⁠“대통령령이 정하는 부득이한 사유”가 있는 경우로 보아 예외적으로 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있는 것이다.]

⑶ 더욱이 개정 전 법인세법 제46조 제2항은 적격합병에 따른 과세이연의 종료사유와 동일하게 적격분할에 따른 과세이연의 종료사유를 규정하면서도, 적격합병의 경우와는 달리 같은 조항 제2문에서 ⁠“이 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계 받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다”는 내용을 추가로 두고 있는바, 이는 합병, 분할과 같은 포괄적인 자산의 이전도 ⁠‘사업의 폐지’에 해당됨을 전제로, 적격분할에 있어 특별히 그 예외를 인정하기 위한 것으로 판단된다.

⑷ 원고는, 적격합병 후 분할은 위와 같은 별도의 규정이 없더라도 사업의 폐지에 해당하지 않는다고 해석되었기에 별도의 규정을 두지 아니한 것일 뿐이므로, 적격합병에 따른 과세이연의 종료사유에 특별한 규정이 없더라도 적격합병 후 이루어진 분할은 사업의 폐지에 해당되지 않는다고 해석하는 것이 타당하다는 취지로 주장한다.

그러나 위와 같이 적격분할 후 합병이 과세이연의 종료사유에 해당하지 않는다는 내용은 법인세법이 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정됨으로써 최초로 규정되었는데, 그 전에도 적격합병 후 분할의 경우 당연히 사업의 폐지에 해당하지 않는다고 해석되어 왔다고 볼 수는 없고(원고가 들고 있는 과세관청의 유권해석은 위와 같은 법인세법 개정 이후에 이루어진 것이다), 오히려 위 법인세법 개정안은 위 규정의 개정 이유로 ⁠‘분할법인이 물적 분할로 인하여 발생한 자산양도차익 상당액을 손금에 산입한 후 물적분할로 신설된 법인이 3년 이내에 다른 법인과 합병하는 경우 분할법인은 손금에 산입한 금액을 다시 익금에 산입하도록 하였으나, 앞으로는 물적 분할로 신설된 법인이 다른 법인과 합병하더라도 분할법인은 계속하여 손금에 산입할 수 있도록 함으로써 기업구조조정을 지원함’ 등을 제시하고 있을 뿐이고, 그 개정 경과 등에 비추어 보더라도, 기존 법인세법령에 따르면 분할신설법인이 합병한 경우 과세이연이 되지 아니하는 문제가 발생하여 민원이 제기되었고, 이를 해결하기 위하여 법인세법 개정을 통하여 과세이연이 되게 한 것으로, 위와 같은 법인세법의 개정을 ⁠‘당연히 과세이연이 되는 것을 그대로 확인한 것’에 불과하다고 볼 수 없다(2020. 4. 28.자 피고 제출 참고자료 참조).

따라서 개정 전 법인세법령에서 적격분할 후 합병이 된 경우와 달리 적격합병 이후 분할이 이루어진 경우 ⁠‘사업의 폐지’로 보지 않는다는 명시적인 규정을 두고 있지 않은 이상, 이 사건과 같이 적격합병 후 분할이 이루어진 경우에는 위와 같은 법인세법 개정과 상관없이 그대로 과세이연 종료사유에 해당한다고 보아야 하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다(적격합병에 따른 사후관리 기간 중에 발생한 적격분할의 경우에도 과세이연의 혜택을 부여하는 것이 기업구조조정의 촉진, 조세중립성 보장 등에 비추어 정책적으로 필요성이 있다고 하더라도, 조세법률주의 원칙상 그와 같은 정책적 필요만으로 개정 전 법인세법령에 부합하지 않는 해석을 할 수는 없다).

⑸ 한편 원고는 이 사건 분할 당시 적격분할의 과세이연 요건인 ⁠‘사업의 계속’ 요건을 충족하는 이상, 동시에 적격합병의 과세이연 종료사유인 ⁠‘사업의 폐지’에 해당할 수는 없다는 취지로도 주장한다.

그러나 적격합병의 과세이연 종료사유인 ⁠‘사업의 폐지’는 적격합병의 주체인 원고를 기준으로 하여 승계 받은 사업을 폐지하였는지 여부를 판단하는 것인 반면, 적격분할의 과세이연 사유인 ⁠‘사업의 계속’은 분할신설법인인 CCC를 기준으로 하여 승계 받은 사업을 계속 영위하였는지를 판단하는 것으로 판단의 주체가 서로 다르다.

즉 원고는 이 사건 합병을 통하여 BBBBBB 주식회사로부터 승계 받은 사업을 계속하다가 이 사건 분할을 통하여 이를 CCC에게 이전함으로써 사업을 폐지하였고, CCC는 원고로부터 승계 받은 사업을 계속함으로써 적격분할의 요건을 구비한 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장과 같이 적격분할의 과세이연 요건인 ⁠‘사업의 계속’과 적격합병의 과세이연 종료사유인 ⁠‘사업의 폐지’는 동시에 충족할 수 없는 요건으로 볼 수는 없다.

⑹ 원고는, 개정 전 법인세법 제49조, 개정 전 법인세법 시행령 제85조 제2항 제1호, 제3항에서 분할시 분할법인의 각 사업연도의 소득금액 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인이 승계할 수 있도록 규정하고 있는 점을 들어, 이 사건 분할이 과세이연의 종료사유가 아니라는 취지의 주장을 한다.

그러나 개정 전 법인세법 제49조, 개정 전 법인세법 시행령 제85조 제2항 제1호 및 같은 조 제3항에 따른 압축기장충당금 및 일시상각충당금의 승계는 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액에 대해서만 이루어질 수 있으므로, 분할로 인하여 분할법인의 세무조정이 이루어짐으로써 기존에 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액이 소멸하는 경우에는 위 규정에 따른 분할신설법인에의 승계가 적용될 여지가 없다(즉 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에 의한 과세이연 종료 여부를 위 규정 적용에 앞서 판단하여야 한다).

따라서 앞서 본 바와 같이 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에 따라 이 사건 분할로 인하여 이 사건 합병에 따른 과세이연이 종료됨으로써 원고가 압축기장충당금 및 일시상각충당금을 당해 사업연도 익금에 산입하는 경우에는 더 이상 분할신설회사인 CCC가 승계할 압축기장충당금 및 일시상각충당금이 존재하지 않게 될 뿐이고, 원고가 들고 있는 위 각 규정들로 인하여 이 사건 분할이 과세이연 종료사유에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.

⑺ 어떤 자산의 가치가 오른 경우 이를 바로 과세소득에 포함시키지 않고 그 자산을 매각하는 등 일정한 계기(실현)가 있어야 이를 과세하는 것이 일반적이나, 거래의 사법상 효과에 대하여 반드시 어떠한 과세를 하여야 한다는 절대적 법칙이 있는 것은 아니며, 시대적․경제적 상황에 따라 특별한 조세정책적 목적을 달성하기 위하여 사법상 효과와 다른 입장에서 과세효과를 규정할 수 있으므로, 이 사건과 같이 분할에 따른 미실현이득을 어느 범위까지 과세의 계기로 삼을 것인지는 결국 입법적 선택의 문제라고 할 수 있다(헌법재판소 1994. 7. 29. 선고 92헌바49 결정 등의 취지 참조).

결국 처분당시 적용되는 법령에 의할 경우 납세자에게 불리한 결과가 발생하고, 소송 계속 중에 법령의 개정으로 이와 같은 불합리한 점이 입법적으로 해결되었다 하더라도, 실질적 조세법률주의 또는 실질과세의 원칙에 반하는 것이 아닌 이상, 법문언의 규정에 충실하게 판단하여야 한다.

합병․분할에 있어서의 미실현이득에 대한 과세와 관련된 법인세법 개정연혁을 본다.

1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 법인세법에는 상법상 분할제도가 도입되기 전으로 합병에 관한 규정만 있었는데, 합병을 미실현이득의 과세계기로 볼 수 없다는 전제 하에 장부가액에 따라 승계자산을 평가하고 액면가액에 따른 합병대가의 산정을 기본원칙으로 하고 있었다. 반면 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정된 법인세법의 경우 상법에 새로 도입된 분할을 반영하고, 미국세법상의 과세이연 제도를 도입하여, 시가평가를 원칙으로 삼아 합병․분할을 미실현이득의 과세계기로 보면서도, 일정한 경우에는 정책적 특례로서 과세이연의 혜택을 부여하는 방식으로 합병․분할 세제를 전면 재정비하였다. 즉 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전 법인세법은 합병에 대하여 별다른 요건 없이 신주가액을 액면가액으로 평가하여 전면적으로 과세이연을 허용하던 것에 반하여, 개정된 법인세법은 기본적으로 신주가액을 시가로 평가하여 합병․분할을 미실현이득의 과세계기로 하는 것을 원칙으로 하되, 예외적으로 과세이연을 받을 수 있는 요건을 둔 것이다.

따라서 1998년 개정을 통하여 합병․분할의 경우에는 과세이연이 정책적으로 타당하다고 판단되는 일정한 경우에만 과세이연의 효과를 인정하게 되었다고 볼 수 있는 바, 위와 같은 합병․분할에 관한 법인세법 개정연혁을 고려하면, 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 제46조 제2항 후문과 같이 적격합병 후 적격분할이 이루어진 경우 과세이연 종료사유인 ⁠‘사업의 폐지’로 보지 않는 규정을 두지 아니한 이상, 합병 후 분할을 한 경우와 분할 후 합병을 한 경우 최종적으로 외형적인 결과가 동일하다는 이유만으로 개정 전 법인세법 제44조 제2항을 제46조 제2항과 동일하게 해석할 수는 없고, 나아가 개정 후 법인세법령에서 적격합병으로 승계한 자산을 분할신설법인 등에게 적격분할로 이전하는 경우 적격합병으로 인한 과세이연의 종료사유인 ⁠‘사업의 폐지’에 해당하지 아니하는 것으로 개정되었다고 하더라도, 그러한 규정이 없었던 개정 전 법인세법령을 개정 후 법인세법령과 동일하게 해석할 수 없다.

⑻ 원고는, 대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두42184 판결은 적격분할이나 적격합병의 경우 직접적인 과세특례규정이 없더라도 과세특례를 인정하여야 한다는 취지로 보아야 하는데, 이 사건 분할의 경우에도 위 대법원 판결의 취지가 그대로 적용되어야하고, 그렇다면 개정 전 법인세법 제46조 제2항 후문과 같은 규정이 없더라도 적격분할의 경우 적격합병에 따른 과세이연에 있어 ⁠‘사업의 폐지’ 요건에서 제외되어야 한다는 취지로 주장한다.

그러나 위 대법원 판결의 사안은 분할 후 합병한 사례로 합병 후 분할한 경우인 이 사건과 사안이 다르고, 과세이연 종료사유인 ⁠‘사업의 폐지’에 관하여 합병과 분할이 다르게 규정하고 있어 그 적용 법령도 다르며, 위 판결이 ⁠‘분할에 따른 자산의 포괄승계가 처분에 해당하지 않는다’라는 일반적 법리를 선언한 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 명시적인 규정이 없는 경우에도 과세이연의 혜택을 무제한 확대할 수 있다는 취지로 볼 수는 없다.

즉 위 대법원 판결의 쟁점은, 분할신설법인이 분할등기일 이전에 합병을 한 경우 개정 전 법인세법 제46조 제1항 제3호에서 정한 사업의 계속 요건을 충족하였는지에 관한 것으로, 대법원은 과세이연의 사후관리 관련 규정인 구 법인세법 제46조 제2항 후문 등 관련 규정의 문언 내용과 체계, 입법 목적과 취지 등을 종합하여¹⁾, 분할신설법인이 분할등기일 이전에 합병을 한 경우에는 사업의 계속 요건을 충족하는 것으로 보아야 한다고 판단한 것이다.

반면 이 사건의 경우 합병 후 분할에 관한 것일 뿐만 아니라, 사업의 계속 요건이 문제가 되는 것이 아니라, 과세이연의 사후관리가 문제되는 것으로, 분할 후 합병과는 달리 구 법인세법 제46조 제2항 후문과 같은 취지의 규정이 없는 이상, 위 판결의 법리를 그대로 적용할 수 없을 뿐만 아니라, 위와 같이 분할 후 합병에 있어 사업의 계속 요건이나 사후관리에 있어서 과세이연을 비교적 넓게 인정할 수 있는 것은, ⁠“분할후 합병”을 그 실질이 크게 다르지 아니하는 ⁠“분할합병”과 구분하여 취급하는 것이 형평에 반할 수 있기 때문으로, 이 사건과 같이 합병 후 분할이 있는 경우에 위 대법원판결의 법리를 그대로 적용하는 것은 이로부터 보더라도 부당하다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

⑼ 원고는, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호의 ⁠‘처분’은 같은 법 시행령 제64조 제4, 5항²⁾의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 익금산입사유로 규정한 ⁠‘처분’과 동일하게 해석하여야 하는데, 개정 전 법인세법 시행령 제64조 제4, 5항의 위임규정인 개정 전 법인세법 제36조 제3항³⁾은 합병 또는 분할이 일시상각충당금 및 압축기장충당금 잔액의 익금산입 사유에 해당하지 않음을 분명히 하고 있기 때문에, 위 ⁠‘처분’에는 ⁠‘합병 또는 분할’이 포함될 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제5항은 적격합병에 따른 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 익금산입 방법에 관하여 개정 전 법인세법 시행령 제64조 제4항 및 제5항을 ⁠‘준용’하도록 정하고 있을 뿐이지, 그 제도의 취지와 체계를 달리하는 국고보조금에 대한 손금산입에 관한 규정인 개정 전 법인세법 제36조 제3항 단서를 준용 내지 유추적용하려는 취지의 규정으로 볼 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

⑽ 적격합병의 사후관리에 관한 개정 전 법인세법 제44조 제2항은, 3년이라는 기간 내에 사업의 폐지가 있는 경우 기존의 과세이연이 종료되도록 규정하고 있는바, 이는 적격합병에 대한 과세이연 세제를 조세회피 목적으로 남용하는 행위를 규제하기 위한 입법자의 의사가 반영된 것이다. 따라서 적격합병을 통해 과세이연 혜택을 받은 법인이 입법자가 제시하고 있는 ⁠‘3년’이라는 기간 동안 승계 받은 사업 부문을 분할이라는 방식의 구조조정을 통해 다른 법인에게 승계하는 것이 제한되는 결과가 초래된다고 하더라도, 이를 일반적으로 허용될 수 없는 부당한 결과라고 볼 수는 없다. 이와 다른 전

제에 선 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

2) 원고의 ⁠(2) 주장에 관하여

가) 관련 법리

법률을 개정할 때 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 이 사건 처분과 관련하여 이 사건 적격합병의 사후관리에 관한 규정인 개정 전 법인세법 제44조 제2항 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에 따라, 원고의 과세이연 여부를 판단하는 것이 타당하고, 그 구체적인 이유는 아래와 같다. 따라서 이와 다른 전제의 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들일 수 없다.

⑴ 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법은 합병․분할 등에 대한 과세 규정을 전면적으로 개정하면서⁴⁾, 개정된 규정의 시행시기에 관하여 부칙(2009. 12. 31. 법률 제9898호, 이하 같다)에서 정하였는데, 합병․분할 등에 대한 개정된 규정은 2010. 7. 1.부터 시행하도록 정하고 있고(제1조 단서), 합병․분할 등에 대한 과세에 관한 개정 규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행 후 최초로 합병, 분할 또는 현물출자하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다(제6조)⁵⁾. 위 법인세법은 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되었음에도 그 부칙 제6조는 개정하거나 삭제하는 등의 명시적인 조치가 없었는바, 위 부칙 규정은 2011. 5. 3. 이루어진 이 사건 분할 당시에도 유효하다고 보아야 한다.

⑵ 개정 전 법인세법 제44조 제2항 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호는 적격합병의 사후관리에 관한 규정으로서, 법인세법이 부여하는 과세이연의 혜택의 남용을 방지하는 것에 그 취지가 있는 점에 비추어 보면, 개정 후 법인세법 시행 이전에 이루어진 적격합병에 대한 사후관리는 위 부칙 규정에 따라 개정 전 법인세법에서 정한 바에 따라 이루어져야 하고, 한편 이와 같은 적격합병에 따른 과세이연의 사후관리에 관한 규정을 새로운 과세계기에 관한 규정으로 볼 수도 없다.

⑶ 개정 전 법인세법령과 개정 후 법인세법령이 정하고 있는 적격합병에 있어서의 과세이연은 그 기본적 체계 등에 있어 중대한 차이가 있다.

즉 개정 전 법인세법령에 따르면, 자본거래로 인한 수익인 합병차익⁶⁾은 익금에 산입하지 않되, 그 중 합병평가차익은 익금에 산입하고(개정 전 법인세법 제17조, 개정 전 법인세법 시행령 제12조 제1항 참조), 다만 적격합병시 합병평가차익은 손금에 산입할 수 있게 하여 과세이연이 가능하도록 하였다.

반면 개정 후 법인세법 제44조 제1, 2항에 따르면, 양도손익⁷⁾은 피합병법인이 합병 등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하되, 적격합병의 경우에는 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있고, 개정 후 법인세법 제44조의2 제1, 2항, 제44조의3 제1항에 따르면, 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다)로 양도받은 것으로 보고⁸⁾, 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(순자산시가)을 미달하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 익금에 산입하되, 개정 후 법인세법 제44조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우, 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하고, 이 경우 장부가액과 개정 후 법인세법 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하게 하여 과세이연이 가능하도록 하였다.

나아가 개정 전 법인세 시행령 제80조 제1항에 따른 합병평가이익 과세이연의 대상은 ⁠“유형고정자산”이고, 개정 후 법인세법에 따른 양도손익 과세이연의 대상은 ⁠“자산”이며, 개정 전 법인세법령상 ⁠“합병평가차익”과 개정 후 법인세법령상 ⁠“양도손익”은 그 개념 및 범위가 일치하지 않는다.

이와 같이 비록 개정 전 법인세법령에서는 ⁠‘압축기장충당금과 일시상각충당금’을 통하여, 개정 후 법인세법령에서는 ⁠‘자산조정계정’을 통하여, 각 ⁠‘평가차익’ 내지 ⁠‘장부가액과 시가와의 차액’을 손금에 산입하는 방식으로 과세이연을 하는 것이기는 하나, 그 과세이연의 기본적 체계와 대상 등은 분명히 다르다.

따라서 원고의 이 부분 주장대로라면, 개정 전 법인세법령에 따른 과세이연의 사후관리를, 그 과세이연의 체계와 대상에 관하여 전혀 다르게 규정한 개정 후 법인세법령에 따라야 한다는 근본적인 문제와 모순이 발생하게 된다.

3) 원고의 ⁠(3) 주장에 관하여

가) 관련 법리

국세기본법 제18조 제3항에서 말하는 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다(대법원 1990. 10. 10. 선고 89누3816 판결 등 참조).

나아가 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되고, 위 조항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로, 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

⑴ 비과세 사실의 존부

원고는 이 사건 처분 이전에 합병 후 3년 이내에 분할이 이루어진 7가지 사례가 있었으나, 분할을 적격합병의 과세이연 종료사유에 해당한다는 이유로 법인세가 과세된 사례는 이 사건 처분이 유일하다고 주장한다(2020. 6. 3.자 참고서면 제14쪽 참조).

그러나 원고가 제시한 7가지 사례 중 6가지는 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액조정합계표의 ⁠‘손금산입 및 익금불산입 내역’에 합병으로 인한 압축기장충당금 및 일시상각충당금이 계상된 사실이 없거나(을 제3, 5 내지 8호증 참조), 합병차익이 인정되지 않아 합병평가차익이 존재할 수 없는 사안으로서[2020. 6. 3.자 원고 참고서면에 첨부된 참고자료 45. 감사보고서 일부(엘지전자 주식회사, 2000년) 참조], 모두 합병 시점에 과세이연이 이루어지지 않은 것으로 보이고, 나머지 사례도 합병 후 물적분할을 통해 합병법인이 승계한 고정자산가액의 약 18%만을 양도한 사안이다(을 제9호증 참조).

따라서 원고가 제시하고 있는 7가지 사례는 모두 처음부터 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에 의한 과세이연 종료가 문제될 가능성이 없었던 사안으로 보이고, 달리 원고와 같이 합병법인이 적격합병 후 분할을 통해 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분한 경우에도, 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에서 정한 과세이연이 종료되는 사유에 해당하지 않는다고 보아, 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 익금에 산입하지 않는 사례가 있었음을 인정할 증거가 없다.

⑵ 법령 해석에 관하여

갑 제10, 24호증의 각 기재에 따르면, 과세관청은 2002. 10.경 ⁠‘개정 전 법인세법 제44조 규정에 따라 합병평가차익상당액을 손금산입한 법인이 분할로 인하여 일부 사업부문을 분리하는 경우에는 같은 조 제2항에 규정된 사업의 폐지에 해당하지 아니하는 것이고, 3년내 승계사업 폐지 여부는 분할신설법인의 승계사업 영위기간을 포함하여 판단하는 것’이라는 취지의 법령 해석을 한 사실은 인정된다⁹⁾.

그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건과 동일한 사안에 관하여 과세관청이 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재한다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 위 인정사실만으로 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별사정 때문에 과세하지 않는다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다거나, 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다고 단정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다¹⁰⁾.

⑶ 소결

따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

4) 소결론

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분의 적법성을 다투는 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 조한창, 판사 박해빈, 판사 신종오

별지

관련 법령

■ 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)

◦ 제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입)

① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 "合倂評價差益"이라 한다)을 제외한다.

4. 분할차익. 다만, 대통령령이 정하는 분할평가차익(이하 "分割評價差益"이라 한다)을 제외한다.

◦ 제44조(합병평가차익상당액의 손금산입)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(大統領令이 정하는 資産에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총 합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

◦ 제46조(분할평가차익상당액의 손금산입)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 분할(物的分割을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(大統領令이 정하는 資産에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(分割合倂의 경우에는 第44條第1項第2號의 比率이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

② 제1항의 규정에 의하여 분할평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우에는 그 합병법인을 말한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년이내에 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우로서 그 합병법인이 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 제1항의 규정에 의한 손금산입액을 승계받은 경우에는 그 승계받은 손금상당액을 말한다)은 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 이 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

◦ 제49조(합병 및 분할시의 자산․부채의 승계 등)

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인․분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "被合倂法人등"이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액등의 처리 및 그 금액 기타 자산․부채의 합병법인등에의 승계등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제111288호로 개정되기 전의 것)¹¹⁾

◦ 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

◦ 제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세)

① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산․부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)에 미달하는 경우 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등 분할하여 익금에 산입한다.

◦ 제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례)

① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산․부채 및 제59조에 따른 감면․세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면․세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

◦ 제46조(분할 시 분할법인등에 대한 과세)

① 내국법인이 분할 또는 분할합병으로 해산하는 경우[물적분할(물적분할)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다.

이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

◦ 제46조의3(적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례)

② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등의 분할등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산․부채 및 제59조에 따른 감면․세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

■ 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것)

◦ 제12조(합병평가차익 등의 계산)

① 법 제16조제1항제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익 등"이라 함은 ⁠「상법」제459조제1항제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "합병차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호․제3호(법 제16조제1항제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조제1항제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액중 피합병법인의 장부가액(제14조제1항제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조제1항제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

2. 법 제16조제1항제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액(주식의 경우에는 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 피합병법인의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액

3. 피합병법인의 자본잉여금중 법 제16조제1항제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액

4. 피합병법인의 이익잉여금에 상당하는 금액

◦ 제80조 ⁠(합병평가차익상당액의 손금산입)

① 법 제44조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 유형고정자산을 말한다.

② 법 제44조 제1항 각 호 외의 부분의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 합병평가차익은 유형고정자산의 시가를 초과하는 가액을 제외한 금액으로 한다.

                                              평가증된 유형고정자산의 총평가증액

유형고정자산의 합병평가차익 ＝ 합병평가차익 × ───────────────

                                           평가증된 전체자산의 총평가증액

④ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 유형고정자산별로 감가상각자산의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

이 경우 개별 유형고정자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금은 유형고정자산의 합병평가차익에 개별 유형고정자산의 평가증액이 평가증된 유형고정자산의 총평가증액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

⑤ 제64조 제4항 및 제5항의 규정은 제4항의 규정에 의하여 계상한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 익금산입에 관하여 이를 준용한다.

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에 다음 각호의 1에 해당하게 되는 경우에는 제5항의 규정에 불구하고 법 제44조제2항의 규정에 의하여 당해 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정한다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우

◦ 제80조의2(적격합병의 요건 등)

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제44조제2항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

나. 합병법인이 법 제44조제2항․제46조제2항․제47조제1항 또는 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는 합병, 분할 또는 현물출자에

따라 사업을 폐지한 경우

다. 합병법인이 「조세특례제한법」 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도하면서 사업을 폐지한 경우

라. 합병법인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

◦ 제81조 ⁠(합병에 따른 이월결손금의 승계)

④ 제80조제3항 및 제6항의 규정은 피합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제 및 익금산입에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정 및 적용에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 2 이상의 사업을 승계받아 일부만 계속 또는 폐지하는 경우의 승계결손금의 범위액 및 익금산입액은 승계한 사업별 자산가액의 비율로 안분하여 계산한 금액으로 한다.

◦ 제85조 ⁠(합병 및 분할시의 자산․부채의 승계 등)

② 내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다.

1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 이를 승계할 수 있다.

■ 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것)

◦ 제80조의2(적격합병의 요건 등)

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.2. 법 제44조제2항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

나. 합병법인이 법 제44조제2항․제46조제2항․제47조제1항 또는 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는 합병, 분할 또는 현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우

다. 합병법인이 「조세특례제한법」 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도하면서 사업을 폐지한 경우

라. 합병법인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

◦ 제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리)

① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다.

④ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

⑤ 제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

1. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가에 미달하는 경우: 합병매수차익에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하고, 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 익금에 산입

가. 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 익금에 산입

나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 익금에 산입

2. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우: 합병매수차손에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 제80조의3제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입

가. 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 손금에 산입

나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 손금에 산입

⑥ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다.

⑦ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조의3제3항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 합병법인이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 법 제44조의3제3항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 제9항에 따른 주주등이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

⑨ 법 제44조의3제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 제80조의2 제5항에 따른 주주등을 말한다.

⑩ 제1항에 따라 자산조정계정을 계상한 합병법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

◦ 제85조(합병 및 분할 시의 자산․부채의 승계)

내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단 또는 제46조의3제2항에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제44조제2항 또는 제46조제2항의 요건을 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

끝.

1) 위 대법원 판결에서 관련 규정에 관하여 언급된 내용을 그대로 옮기면 아래와 같다.

『구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항 제3호는 ⁠‘분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계 받은 사업을 계속 영위할 것’을 과세이연 요건의 하나로 규정하고 있고, 같은 조 제2항 후문은 ⁠‘분할신설법인이 분할법인으로부터 승계 받은 사업을 분할신설법인과 합병한 법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다’고 규정하며, 같은 조 제4항은 위 제1, 2항의 규정을 적용할 때 승계 받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 그 위임을 받은 구 법

인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조 제4항, 제80조 제3항 전문은 ⁠‘분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 분할법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 승계 받은 사업을 계속 영위하지 않은 것으로 한다’고 규정하고 있다.』

2) 개정 전 법인세법 시행령 제64조(국고보조금 등의 손금산입)

① 법 제36조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업용자산"이라 함은 사업용고정자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 당해 사업용자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 ⁠「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」 또는 제6항 각호의 1에 해당하는 법률에 의한 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산：일시상각충당금

2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용자산의 감가상각비(취득가액 중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

2. 압축기장충당금은 당해 사업용자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업용자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용자산의 가액 중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다.

3) 개정 전 법인세법 제36조(국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입)

③ 제2항의 규정에 의하여 국고보조금등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인등이 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 것으로 본다.

4) 이 사건과 관련 있는 개정이유와 주요 내용을 발췌하면 아래와 같다.

◇ 개정이유

기업의 구조조정 촉진 및 경쟁력 제고를 위하여 법인의 합병, 분할 등에 대한 지원세제를 전반적으로 개선하고(후략), 그 밖에 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임

◇ 주요내용

가. 합병, 분할에 대한 과세체계 개선(법 제16조제1항, 제17조제1항, 제24조제1항 및 제44조, 법 제44조의2 및 제44조의3 신설, 법 제45조 및 제46조, 법 제46조의2부터 제46조의5까지 신설, 법 제47조, 현행 제48조, 제48조의2 및 제49조 삭제, 법 제60조제4항 신설, 법 제76조의13 및 제77조, 현행 제80조 및 제81조 삭제, 법 제84조, 제86조 및 제113조)

1) 법인이 합병ㆍ분할하면서 자산을 포괄적으로 이전ㆍ승계하는 경우 일정 요건을 갖추면 법인이나 주주에 대한 과세를 이연하고 있으나, 현행 과세체계가 지나치게 복잡하고 과세이연을 사업용 유형고정자산에 한정함으로써 과세이연 효과도 불완전하여 기업이 구조개편을 추진하는 데 부담이 되고 있음

2) 앞으로는 합병ㆍ분할 시 과세이연 요건을 갖추면 모든 자산을 장부가액으로 양도한 것으로 하고 이월결손금과 세무조정사항 등을 일괄하여 승계할 수 있도록 함으로써 합병ㆍ분할 시점에서 과세문제가 발생하지 않도록 하고, 아울러 과세이연 요건 중 합병대가로 합병법인 주식을 100분의 95 이상 교부하여야 하던 것을 100분의 80 이상으로 완화하되, 합병ㆍ분할로 인하여 취득한 주식과 승계 받은 사업은 일정기간 계속 보유ㆍ유지하도록 하여 합병ㆍ분할이 조세회피 목적으로 악용되지 않도록 함

5) 부칙

◦ 제1조(시행일)

이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제51조의2제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제117조의2제4항의 개정규정은 2010년 4월 1일부터 시행하며, 제16조제1항, 제17조제1항, 제24조제1항, 제44조, 제44조의2, 제44조의3, 제45조, 제46조, 제46조의2부터 제46조의5까지, 제47조, 제47조의2, 제48조, 제48조의2, 제49조, 제60조제4항, 제77조, 제80조, 제81조, 제84조, 제86조제2항 및 제113조제3항 및 제4항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.

◦ 제6조(합병ㆍ분할 등에 대한 과세에 관한 적용례)

제16조제1항, 제17조제1항, 제24조제1항, 제44조, 제44조의2, 제44조의3, 제45조, 제46조, 제46조의2부터 제46조의5까지, 제47조, 제48조, 제48조의2, 제49조, 제60조제4항, 제77조, 제80조, 제81조, 제84조, 제86조제2항 및 제113조제3항 및 제4항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행 후 최초로 합병, 분할 또는 현물출자하는 분부터 적용한다.

6) 개정 전 법인세법 시행령 제12조 제1항에서는 합병차익을 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액으로 정하고 있는바, 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제459조 제1항은 ⁠“회사는 다음의 금액을 자본준비금으로 적립하여야 한다”고 규정하면서, 제3호에서 ⁠“회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액”을 규정하고 있다.

7) 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액에서 순자산 장부가액(피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액)을 뺀 금액이다.

8) 개정 후 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

9) 원고가 제시한 법령 해석 중, ① 신설합병을 통하여 설립된 법인이 개정 전 법인세법 제44조 제1항에 따른 합병평가차익을 산정함에 있어 피합병법인으로부터 승계한 세무조정사항을 합병평가차익에 포함시켜야 하는지(2002. 10. 21.자, 갑 제11호증 참조), ② 개정 전 법인세법 제46조 제1항에 의한 분할평가차익 상당액을 손금 산입한 분할합병의 상대방법인이 분할법인으로부터 승계 받은 사업 부문을 일정기간 후 다시 분할하는 것이 위 법 제46조 제2항의 ⁠‘사업의 폐지’에 해당하는지(2003. 2. 6.자, 갑 제12호증 참조), ③ 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제한 합병법인이 해당 사업을 다시 분할하는 경우, 개정 전 법인세법 제44조 제2항의 ⁠‘사업의 폐지’에 해당한다고 보아 이월결손금을 분할등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 하는지(2006. 2. 27.자, 갑 제13호증 참조)에 관한 질의에 대하여 과세관청이 회신한 내용은, 개정 전 법인세법 제44조 제2항, 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항 제1호에 의한 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 익금 산입 여부가 문제되는 이 사건 처분에 그대로 적용될 수는 없다(위와 같은 법령 해석은 합병평가차익의 산정 방법, 분할합병 후 재분할이 사업의 폐지에 해당하는지, 재분할시 이월결손금의 익금 산입 여부 등 해당 사안과 관련된 법인세법 규정을 해석한 것으로, 이 사건에서 문제가 되는 ⁠‘적격합병 후 분할이 있는 경우 적격합병에 따른 과세이연의 종료사유가 되는 사업의 폐지로 보아야 하는지’와 직접 관련이 있다고 볼 수는 없다).

10) 한편 원고가 위와 같은 법령 해석을 믿고 이 사건 분할에 이르렀다고 보기도 어렵다(원고는 당심에 이르러서야 이 사건 처분이 비과세 관행을 위반한 처분이라는 취지로 다투면서 위 증거를 제출하였고, 원고가 제1심 및 조세심판 과정에 제출한 갑 제7, 8호증은 비과세 관행과는 무관한 것으로 이 사건 분할 이후의 법령 해석에 관한 자료인데다가, 갑 제7호증은 이 사건 처분 자체에 관한 질의 회신 자료이다).

11) 2009. 12. 31 법률 제9898호로 개정되었다가 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 다시 개정된 것을 말한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 11. 25. 선고 서울고등법원 2019누40538 판결 | 국세법령정보시스템