요지

거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ⁠‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2017. 10. 2. 원고에 대하여 한 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함) 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2017. 10. 2. 원고에 대하여 한 2012년 2기분 부가가치세 63,960,980원(가산세 포함), 2013년 1기분 부가가치세 230,512,810원(가산세 포함), 2013년 2기분 부가가치세 53,697,720원(가산세 포함), 2014년 1기분 부가가치세 58,942,410원(가산세포함)의 각 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 제2항 및 피고가 2017. 10. 2. 원고에 대하여 한 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. AAA는 1991. 2. **시에서 ⁠“**금속”이라는 상호의 저온용접봉 생산업체를 운영하다가 1999. 9. 1. 비철금속 기계 기구 제조업 등을 사업목적으로 하는 회사인 원고를 설립하였다. 원고는 은합금 용접봉, 동합금 용접봉, 냉난방 및 열교환기용 용접봉과 전기 전자기기용 귀금속 접점 소재를 제조하고 있다.

나. 원고는 2012년 2기 내지 2014년 2기에 ① 주식회사 BBB(원래 상호는 ⁠“주식회사 BBB”이었으나, 2012. 3. 25. 위와 같이 변경되었다), ② 주식회사CCC, ③ DDD 주식회사, ④ 주식회사 EEE, ⑤ 주식회사 FFF, ⑥ 주식회사 GGG, ⑦ 주식회사 HHH(이하 각 ⁠‘주식회사’는 생략 한다)으로부터 아래 표(단위: 원) 기재와 같은 공급가액의 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받고 매출세액에서 이 사건 세금계산서의 매입세액을 공제하여 피고에게 별지 세액계산표의 ⁠‘신고’란 기재와 같이 2012년 2기분 내지 2014년 2기분 부가가치세를 신고․납부하였다.

다. 피고는 이 사건 세금계산서가 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다는 이유로 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액 공제를 부인하여 2017. 10. 2. 원고에게 2012년 2기분 부가가치세 319,870,080원(가산세 포함), 2013년 1기분 부가가치세 356,405,660원(가산세 포함), 2013년 2기분 부가가치세 193,672,480원(가산세 포함), 2014년 1기분 부가가치세 167,181,820원(가산세 포함), 2014년 2기분 부가가치세 107,548,940원(가산세 포함)의 각 부과처분(이하 ⁠‘선행처분’이라 한다)을 하였다(위 각 세액은 별지 세액계산표의 ⁠‘경정 세액 합계’란 기재 금액에서 10원 미만을 버린 것이다).

라. 원고는 조세심판원에 선행처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2018. 6. 11. ⁠“아래의 점 등에 비추어 볼 때 BBB, CCC, DDD은 정상적인 사업자로 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 피고가 이 사건 세금계산서 중 BBB, CCC, DDD이 발급한 것을 공급자가 다른 것으로 보아 원고에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.”라는 등의 이유로 ⁠“선행처분은 원고가 2012년 2기 ~ 2014년 2기 과세기간 중 BBB로부터 발급받은 공급가액 합계 2,499,250,000원, CCC으로부터 발급받은 공급가액 합계 1,084,900,000원, DDD으로부터 발급받은 공급가액 합계 697,750,000원의 각 매입세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.”라는 결정(이하 ⁠‘이 사건 심판결정’이라 한다)을 하였다.

마. 피고는 이 사건 심판결정에 따라 이 사건 세금계산서 중 BBB, CCC, DDD이 발급한 것에 의한 매입세액 공제를 인정하여 선행처분의 세액을 2012년 2기분 부가가치세 63,960,980원(가산세 포함), 2013년 1기분 부가가치세 230,512,810원(가산세 포함), 2013년 2기분 부가가치세 53,697,720원(가산세 포함), 2014년 1기분 부가가치세 58,942,410원(가산세 포함), 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함)으로 각 감액경정하였다(구체적인 계산내역은 별지 세액계산표와 같고, 위 세액은 같은 표의 ⁠‘재경정 세액 합계’란 기재 금액에서 10원 미만을 반올림하거나 버린 것이다. 이하 위와 같이 감액경정된 선행처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제3호증의 1 내지 5, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1 내지 5, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함) 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관해 살펴본다.

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2019. 3. 14. 선고 2018두319 판결).

변론 전체의 취지에 의하면 피고가 2020. 1. 3. 이 사건 처분 중 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함)의 부과처분을 직권취소한 사실이 인정되므로, 원고의 이 부분 소는 이미 소멸하고 없는 처분에 대하여 취소를 구하는 것이 되어 그 소의 이익이 없어 부적법하다[이하 이 사건 처분 중 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함)의 부과처분을 제외한 나머지 부분을 ⁠‘이 사건 처분 중 쟁점부분’이라 한다].

3. 이 사건 처분 중 쟁점부분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 EEE, FFF, GGG, HHH(이하 합쳐서 ⁠‘EEE 등 4개사’라 한다)으로부터 용접봉을 만들기 위한 재료인 지은, 동 스크랩을 공급받고 EEE 등 4개사에 공급대금을 지급하였다. 따라서 이 사건 세금계산서 중 EEE 등 4개사가 발급한 것(이하 ⁠‘쟁점 세금계산서’라 한다)은 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당하지 않는다.

2) 쟁점 세금계산서가 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다고 하더라도 원고는 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다.

3) 따라서 쟁점 세금계산서에 의한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하므로, 이 사건 처분 중 쟁점부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 쟁점 세금계산서가 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제1항에 의하면 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호) 등을 적은 계산서(이하 ⁠‘세금계산서’라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에 의하면 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매입세액으로서 매출세액에서 공제하나, 같은 법 제39조 제1항 제2호 본문에 의하면 제38조에도 불구하고 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ⁠‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조).

나) 업체별 판단

(1) EEE

쟁점 세금계산서 중 EEE이 발급한 것에는 EEE이 원고에게 지은(원소기호Ag)을 공급한 것으로 기재되어 있다. 아래 사정을 종합하면 위 세금계산서가 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다는 점(다시 말해 원고에게 실제로 지은을 공급한 업체가 EEE이 아니라 다른 업체라는 점)이 증명되었다고 볼 수 없다.

(가) 을 제3호증의 기재에 의하면 원고에 대한 부가가치세 세무조사를 한 세무공무원은 ⁠“**지방국세청의 주식회사 JJJ(이하 ⁠‘JJJ’이라 한다)에 대한 조사결과 상기 BBB과 EEE은 같은 레벨의 도관업체로서 JJJ이 직전 도관업체로 확인됨. 2011. 5. 25. 대표자가 XXX(BBB의 대표자)에서 YYY로 바뀐 이력이 있어 기존에 이미 가공거래자로 확정된 BBB과 무관하지 않은 것으로 판단됨. 소명안내문을 보냈으나 반송되었으며, 정상적인 사업자라고 볼 수 없을 정도로 거액의 체납을 발생시킨 점 등을 고려할 때 기존조사결과를 반박할 수 있는 새로운 사실이 확인되지 않는 한 당 거래도 BBB과 같이 실물과 세금계산서 명의가 다른 가공거래로 확정함”이라는 이유로 원고에게 실제로 지은을 공급한 업체가 EEE이 아니라 다른 업체라고 판단한 사실이 인정된다.

그러나 이 사건 심판결정에서 이 사건 세금계산서 중 BBB이 발급한 것을 진실한 세금계산서라고 판단한 사실은 앞서 본 것과 같으므로, BBB과 EEE을 동일선상에 놓고 BBB과 원고의 거래가 가공거래이므로 EEE과 원고의 거래도 가공거래라는 판단은 더 이상 유지될 수 없다.

(나) 갑 제7호증의 2 내지 5의 각 기재에 의하면 ① EEE의 실질적 운영자인 ZZZ(대표자 사내이사 YYY의 남편)은 2018. 8. 10. 원고에게 EEE이 원고와 정상적인 거래를 하였다는 내용의 확인서를 작성해준 사실, ② 원고는 쟁점 세금계산서 중 EEE이 발급한 것의 기재와 같이 EEE에 지은 대금(부가가치세 포함)을 지급한 사실이 인정된다.

(다) 을 제5호증, 을 제6호증의 1의 각 기재에 의하면 ① **세무서장은 EEE이 2012년 2기부터 2013년 1기 부가가치세 과세기간 동안 JJJ 외 6개 업체로부터 공급가액 741억 7,253만 원의 세금계산서를 실물거래 없이 발급받고, 주식회사 KKK(이하 ⁠‘KKK’라 한다)에 공급가액 100억 5,610만 원의 세금계산서를 실물거래 없이 발급하였다는 이유로 2015. 5. 29. EEE에게 부가가치세 2012년 2기분 5,948,470,160원, 2013년 1기분 4,206,492,700원, 2013년 2기분 1,922,923,730원, 2012 사업연도 법인세 12,650,222,390원, 2013 사업연도 법인세 10,086,624,310원을 각 경정․고지한 사실, ② EEE은 조세심판원에 위 부가가치세 및 법인세 부과처분에 대한 심판청구를 하였으나 2016. 9. 13. 기각결정을 받았고, 더 이상 불복하지 않은 사실이 인정된다.

그러나 위 부과처분의 이유가 된 EEE의 허위세금계산서 발급은 KKK에 대한 것이지 원고에 대한 것이 아니고, EEE이 원고에 대한 허위세금계산서 발급을 이유로 과세처분을 받은 사실을 인정할 증거는 없다.

더구나 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더해보면 ① ZZZ은 ⁠『ZZZ은 영리를 목적으로 ㉮ 2011. 10.에서 2012. 1.경 사이에 EEE의 2011년도 2기 부가가치세 확정신고를 하면서, 사실은 위 회사가 위 과세기간 중 주식회사 HHH판매(이하 ⁠‘HHH판매’라 한다)에 합계 85,140,000원 상당의 은 그래뉼을 공급한 사실이 없음에도, 마치 위 금액 상당의 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 oo세무서 담당 공무원에게 제출하였고, ㉯ 2012. 4.에서 2012. 7.경 사이에 EEE의 2012년도 1기 부가가치세 확정신고를 하면서, 사실은 위 회사가 위 과세기간 중 HHH판매에 합계 503,930,000원 상당의 은 그래뉼을 공급한 사실이 없음에도, 마치 위 금액 상당의 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 oo세무서 담당 공무원에게 제출하였으며, ㉰ 2012. 1. 19.경 사실은 EEE이 주식회사 JJ유통(이하 ⁠‘JJ유통’이라 한다)으로부터은 그래뉼 등 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 불구하고, 세금계산서 1매 공급가액 53,700,000원을 발급받는 등 위 일시부터 같은 해 6. 29.경까지 QQ유통, 주식회사 PP컴퍼니, 주식회사 RRR(이하 ⁠‘RRR’이라 한다)으로부터 합계 11,480,110,000원 상당의 허위 매입세금계산서 69매를 발급받았고, ㉱ 2012. 7. 2.경 사실은 EEE이 RRR으로부터 은 그래뉼 등 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 불구하고, 세금계산서 1매 공급가액 49,350,000원을 발급받는 등 위 일시부터 같은 해 9. 12.경까지 RRR으로부터 합계 12,500,274,000원 상당의 허위 매입세금계산서 66매를 발급받았다.』라는 등의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)의 공소사실로 서울남부지방법원에 기소(2014고합168)되었으나, 위 법원은 2014. 11. 6. ZZZ에게 징역 2년 및 벌금 38억 원을 선고하면서 위 부분 공소사실에 관하여는 범죄사실의 증명이 없는 때에 해당한다는 이유로 판결이유에서 무죄로 판단한 사실, ② 위 판결에 대해 ZZZ과 검사가 각 서울고등법원에 항소(2014노3463)하였으나, 위 법원은 ZZZ과 검사의 각 사실오인 주장을 모두 배척하고 ZZZ의 양형부당 주장만을 받아들여 원심판결을 파기하고 ZZZ에게 징역 2년 및 집행유예 4년, 벌금 38억 원을 선고한 사실, ③ 위 판결에 대해 ZZZ이 대법원에 상고하였으나 2016. 8. 30. 상고기각판결이 선고된 사실이 인정된다.

따라서 EEE을 재화의 공급 없이 세금계산서만 발급해주고 수수료를 받는 이른바 ⁠‘자료상’이라고 볼 수 없고, 달리 원고에게 실제로 지은을 공급한 업체가 EEE이 아니라 다른 업체라는 사실을 인정할 증거가 없다.

(2) FFF

쟁점 세금계산서 중 FFF이 발급한 것에는 FFF이 원고에게 밀베리를 공급한 것으로 기재되어 있다. 아래 사정을 종합하면 위 세금계산서가 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다는 점(다시 말해 원고에게 실제로 밀베리를 공급한 업체가 FFF이 아니라 다른 업체라는 점)이 증명되었다고 볼 수 없다.

(가) 을 제3호증의 기재에 의하면 원고에 대한 부가가치세 세무조사를 한 세무공무원은 ⁠“회신한 소명안내문을 통하여 거래증빙서류로 세금계산서, 계량확인서, 수기 작성한 매출처원장 등을 제출하였으나 복수의 조사처(조사3국, **세무서)에서 FFF을 가공매출처로 확정하고 조사종결한 바 있는바, 매입이 없는 상태에서 매출이 발생할 수 없고 제출한 소명자료가 매입 없는 매출을 인정할 만한 결정적 증거라고 볼 수 없어 원고와의 거래는 실물과 세금계산서 명의가 다른 가공거래로 확정함”이라는 이유로 원고에게 실제로 밀베리를 공급한 업체가 FFF이 아니라 다른 업체라고 판단한 사실이 인정된다.

그러나 을 제6호증의 2, 을 제8호증의 2의 각 기재에 의하면 ① **세무서장은 A업체가 FFF에 발급한 공급가액 75,983,600원의 세금계산서가 가공세금계산서이고, 위 세금계산서에 의한 거래가 가공거래라는 이유로 2017. 7. 3. FFF에게 2016년 2기분 부가가치세 12,515,250원, 법인세 21,703,950원을 경정․고지한 사실, ② FFF은 **세무서장에게 위 부과처분에 대한 이의신청을 하였고, **세무서장은 2017. 9. 21. ⁠“FFF은 A업체의 사업자등록증상 주소지와 실제 사업장이 다르다는 것을 인지하였음에도 불구하고 거래를 하였고, 거래 시마다 공인계량 및 사진촬영 등을 하였다고 주장하나 일부 거래는 누락되어 있는 등 선량한 관리자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 없으나, 실제 매입이 있었다고 판단되므로 이건 위장거래로 봄이 타당하다.”라는 이유로 위 법인세 부과처분만 취소하는 결정을 하였으며,6) FFF은 위 부가가치세 부과처분에 대해 더 이상 불복하지 않은 사실이 인정되는바, 이에 의하면 FFF은 매입이 없는 것이 아니라 A업체가 아닌 다른 업체로부터 실제 매입을 하였으므로 위 세무공무원의 판단은 전제가 잘못되었다.

(나) 갑 제4호증의 1 내지 10의 각 기재에 의하면 ① FFF(명의상 대표자 사내이사 TTT)의 실질적 운영자인 안병일은 2018. 6. 22. 원고에게 FFF이 원고와 정상적인 거래를 하였다는 내용의 확인서를 작성해준 사실, ② 원고는 쟁점 세금계산서 중 FFF이 발급한 것의 기재와 같이 FFF에 밀베리 대금(부가가치세 포함)을 지급한 사실, ③아래 표 기재와 같이 FFF은 원고에게 ⁠‘계량확인서’를 작성해주었고, 원고가 작성한 FFF과의 ⁠‘거래내역’에 기재되어 있는 FFF으로부터 공급받은 밀베리의 중량이 위 계량확인서와 거의 일치하는 사실이 인정된다.

(다) 명의위장업체가 폐동거래를 하고 부가가치세를 징수하였음에도 이를 납부하지 않는 이른바 ⁠‘폭탄사업자’가 많아지자, 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 신설된 조세특례제한법 제106조의9는 세금을 탈루하며 시장의 거래질서를 교란하는 반사회적 행위를 원천적으로 차단하기 위하여 구리 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례제도를 도입하였다. 구리 스크랩 부가가치세 매입자납부제도란 사업자 간에 구리 스크랩을 거래하는 경우 매입자가 매출자에게 부가가치세를 직접 지급하지 않고 전용 계좌를 사용하여 지정 금융기관에 입금하면 이를 지정 금융기관이 국가에 납부하는 제도를 말한다.

위 신설된 조세특례제한법 제106조의9에 의하면 ① 구리 스크랩등을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 ⁠‘구리 스크랩등사업자’라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩등 거래계좌(이하 ⁠‘구리 스크랩등거래계좌’라 한다)를 개설하여야 하고(제1항), ② 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 구리스크랩등의 가액(제1호)은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 부가가치세법 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제2호, 이하 이조에서 ⁠‘부가가치세액’이라 한다)은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 하며(제3항 본문), ③ 구리 스크랩등을 공급받은 구리 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 부가가치세법 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다(제5항).

위 신설된 조항은 2014. 1. 1.부터 시행하고(위 개정 조세특례제한법 부칙 제1조 단서), 2013. 12. 1. 이후 구리 스크랩등 거래계좌를 개설ㆍ신고하고, 2014. 1. 1. 이후 최초로 구리 스크랩등을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용하는데(같은 부칙 제3조), 갑 제4호증의 4, 9, 10의 각 기재에 의하면 원고의 대표이사 AAA는 2014. 1. 8. 신한은행에 구리 스크랩등 거래계좌를 개설하였고, 2014. 1. 8.부터는 위 계좌에서 FFF TTT 명의의 신한은행 계좌로 밀베리 가액을 이체한 사실이 인정된다.

이는 원고가 FFF으로부터 정상적으로 밀베리를 공급받았음을 추인케 하는 사정에 해당한다.

(3) GGG

쟁점 세금계산서 중 GGG이 발급한 것에는 GGG이 원고에게 동을 공급한 것으로 기재되어 있다. 아래 사정을 종합하면 위 세금계산서가 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다는 점(다시 말해 원고에게 실제로 동을 공급한 업체가 GGG이 아니라 다른 업체라는 점)이 증명되었다고 볼 수 없다.

(가) 을 제3호증의 기재에 의하면 원고에 대한 부가가치세 세무조사를 한 세무공무원은 ⁠“기폐업자로 주소지로 소명안내문 발송하였으나 반송되었으며 수차례 유선통화 시도하였으나 부재중으로 통화불가 하였음. **세무서의 주식회사 UUU(이하 ⁠‘UUU’이라 한다)에 대한 조사결과 UUU의 매출처 GGG을 가공매입혐의자로 보고 자료 파생한 바 있으며 조사대상자인 원고는 GGG로부터 매입세금계산서를 수취하고 신한은행계좌를 통해 매입금액 2012년 2기 2,200만 원, 2013년 1기 3억 200만 원을 지급한 사실이 확인됨. 원고의 대표자 AAA 심문과정에서 원재료의 실물이 유입된 것은 맞으나 이것이 GGG로부터 공급된 것인지는 본인도 잘 모른다고 하며 원재료를 공급받고 동 금액의 세금계산서를 수취하였기에 공급처에 대하여는 최초 거래를 개시할 때 외에는 크게 신경 쓰지 않았다 함. 이러한 진술을 통해 볼 때 AAA는 원재료 공급처와 세금계산서상 명의가 다른 것을 인지하고 있으면서 조금이라고 저렴한 원재료를 공급받기 위해 이러한 사실을 묵인한 것으로 보이며 본인도 이러한 가능성을 인정함. 따라서 GGG과의 거래는 실물과 세금계산서 명의가 다른 가공거래로 확정함”이라는 이유로 원고에게 실제로 동을 공급한 업체가 GGG이 아니라 다른 업체라고 판단한 사실이 인정된다.

그러나 을 제4호증의 기재에 의하면 원고의 대표이사 AAA는 2017. 7. 28. 세무공무원으로부터 범칙혐의자 심문을 받으면서 ① ⁠“매출이 모두 정상매출이라고 하였고 실제로 계좌에도 대금이 대부분 입금되는 것으로 보이는데, 그러면 매출에 걸맞은 매입도 있다는 얘기인데요, 아까 언급했듯이 매입처 BBB, CCC, HHH 등이 조사대상기간인 2012년 2기 ~ 2014년 2기 거래에 대하여 거짓세금계산서를 수수한 것으로 확정되었는데 거기에서 물건을 사온다는 것이 납득이 되지 않는데요, 어떻게 생각하십니까”라는 질문에 ⁠“네 실물을 공급받고 세금계산서를 받기는 했는데 세금계산서상 명의자가 실공급자인지는 정확히 알지는 못했습니다.”라고 답변하고, ② ⁠“공급받은 것이 사실이고 세금계산서 발행자는 크게 신경 쓰지 않았다는 말씀이신가요” 라는 질문에 ⁠“예 그렇습니다.”라고 답변한 사실이 인정된다. 이는 BBB 등이 원고에 대한 실제 공급자가 아님을 전제로 한 질문에 대해 BBB 등이 실제 공급자가 아니라고 하더라도 그와 같은 사실을 몰랐다는 답변일 뿐, GGG이 아닌 다른 업체로부터 동을 공급받은 사실을 인정하는 진술이라고 볼 수 없다.

(나) 갑 제6호증의 3 내지 7의 각 기재에 의하면 ① GGG의 대표자 사내이사 WWW를 대리한 그 동생이자 영업부장 WWA는 2018. 8. 3. 원고에게 GGG이 원고와 정상적인 거래를 하였다는 내용의 확인서를 작성해준 사실, ② 원고는 쟁점 세금계산서 중 GGG이 발급한 것의 기재와 같이 GGG에 동 대금(부가가치세 포함)을 지급한 사실이 인정된다. 위 WWA는 이 법정에 증인으로 출석하여 위 확인서의 내용에 부합하는 증언을 하였고, 증인 WWA 증언은 신빙성이 있다고 판단된다.

(다) 을 제6호증의 3, 을 제8호증의 3의 각 기재에 의하면 ① GGG은 2012년 1기 과세기간 중 oo시 소재 B업체로부터 공급가액 228,046,000원의 매입세금계산서를 교부받아 2012년 1기 부가가치세 신고 시 매입세액 공제 및 손금산입 하여 법인세 신고를 한 사실, ② 피고는 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2013. 9. 4. GGG에게 2012년 1기 부가가치세 34,715,430원 및 2012 사업연도 법인세 4,560,920원을 경정․고지하고, 공급대가 250,850,600원(= 공급가액 228,046,000원 × 1.1)을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 사실, ③ GGG은 **지방국세청장에게 위 과세처분 및 소득금액변동통지에 대한 이의신청을 하였고, **지방국세청장은 2013. 12. 20. ⁠“B업체로부터 실제 비철 등을 매입하고 세금계산서를 수취하였고 선의의 거래당사자라는 GGG의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단되나, GGG이 쟁점매입액과 관련한 폐동을 실제 공급받은 것으로 보이므로 피고가 쟁점매입액과 관련한 거래를 가공거래로 보아 익금산입하고 대표자 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.”라는 이유로 ⁠“피고가 2013. 9. 4. GGG에게 한 2012 사업연도 익금산입한 250,850,600원은 이를 취소하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 대표자 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소한다. GGG의 나머지 이의신청을 기각한다.”라는 결정을 하였으며,8) GGG은 위 부가가치세 부과처분에 대해 더 이상 불복하지 않은 사실이 인정된다.

피고는 GGG이 매입처로부터 실제 매입이 없으므로 원고에 대한 매출도 모두 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 의한 것으로 보아 매입세액 공제를 부인했다고 주장하나, 위 인정사실에 의하면 GGG은 B업체가 아닌 다른 업체로부터 실제 매입이 있었으므로 피고의 위 주장은 전제가 잘못되었고, GGG을 이른바 ⁠‘자료상’이라고 볼 수 없으며, 달리 원고에게 실제로 동을 공급한 업체가 GGG이 아니라 다른 업체라는 사실을 인정할 증거가 없다.

(4) HHH

갑 제5호증의 6, 11, 을 제6호증의 4, 을 제7호증의 1의 각 기재, 증인 MMM의 증언에 변론 전체의 취지를 더해보면 ① MMM는 2013. 12. 19. L,M으로부터 서울 건물 중 506호 전부(약 5평)를 보증금 500만 원, 차임 월 45만 원, 임대차기간 2014. 1. 10.부터 2015. 1. 10.까지로 정하여 임차한 후, 2013. 12. 23. 위 건물 부분을 본점소재지로 하고 비철금속 및 폐비철금속 가공업 및 판매업 등을 사업목적으로 하는 회사인 HHH을 설립하고 대표이사로 취임한

사실, ② 쟁점 세금계산서 중 HHH이 발급한 것에는 HHH이 원고에게 지은을 공급한 것으로 기재되어 있는 사실, ③ MMM는 HHH을 설립하기 전까지 은이나 비철 도소매 유통업체를 운영한 적이 없었고, 고향 후배인 주식회사 VVV(이하 ⁠‘VVV’라 한다) 사장의 권유로 HHH을 설립한 사실, ④ MMM는 원고로부터 지은을 주문받으면 VVV에 요청하여 VVV로부터 지은을 공급받아 원고에게 공급하였고, VVV로부터만 지은을 공급받았으며, 지은의 공급가액도 VVV의 사장이 말해주는 대로 원고에게 말한 사실, ⑤ MMM는 원고로부터 자신의 은행계좌로 지은대금을 송금 받으면 곧바로 VVV의 은행계좌로 이체한 사실, ⑥ HHH의 사무실에는 전자세금계산서를 발행할 수 있는 시스템이 없었고, HHH이 원고에게 발급한 전자세금계산서는 MMM의 의뢰에 따라 VVV가 대신 발급해준 것인 사실, ⑦과세관청은 HHH의 매출을 사실과 다른 세금계산서로 보아 HHH에게 과세처분을 하였고, HHH은 위 과세처분에 대해 불복하지 않은 사실이 인정된다.

위 인정사실에 의하면 원고에게 실제로 지은을 공급한 업체는 HHH이 아니라 다른 업체라고 봄이 타당하므로, 쟁점 세금계산서 중 HHH이 발급한 것은 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다.

2) 원고의 선의․무과실 여부

가) 사업자가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부받은 경우에는 원칙적으로 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으나, 사업자가 그러한 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없는 등의 특별한 사정이 있다면 그 매입세액을 매출세액에서 공제 내지 환급받을 수 있다(대법원 2013. 7. 25. 선고 2013두6527 판결).

쟁점 세금계산서 중 HHH이 발급한 것만이 공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당함은 앞서 본 것과 같다.

나) 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결).

살피건대, 갑 제5호증의 4 내지 13의 각 기재, 증인 MMM의 증언에 의하여 인정되거나 알 수 있는 아래 사실 및 사정을 종합하면 원고는 HHH의 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 봄이 타당하다. 따라서 쟁점 세금계산서 중 HHH이 발급한 것에 의한 매입세액도 매출세액에서 공제되어야 한다.

(1) 원고는 HHH과 지은 거래를 시작할 무렵 HHH으로부터 사업자등록증, 통장사본, 인감증명서, MMM의 자동차운전면허증 사본과 명함을 교부받았다.

(2) 지은 거래는 중간도매상들이 지은을 공급받아 이를 자기의 사업장에 상․하차하지 않고, 운송비의 절감과 거래 편의상 해당 납품처에 직접 싣고 가서 그 납품처에서 계근과 대금 수령 및 세금계산서의 교부 등을 동시에 하는 경우도 있다. 따라서 원고가 HHH의 지은 매입경로를 확인하지 않았다거나 HHH의 사업장을 방문하여 현장을 확인하지 않은 사정만으로는 과실이 있다고 보기 어렵다. 원고는 MMM가 지은을 싣고 오는 승용차의 번호판과 트렁크 사진을 찍어두기도 하였다.

(3) 원고가 HHH에 지급한 지은 대금이 시가보다 저렴하다는 등 원고가 HHH이 실제 공급자가 아닌 것으로 의심할 만한 정황도 보이지 않는다. 증인 MMM는 원고에게 VVV에서 지은을 가져와서 공급하는 것이라고 말한 적이 없다고 증언하였다.

3) 소결론

따라서 쟁점 세금계산서에 의한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하므로, 쟁점 세금계산서에 의한 매입세액이 매출세액에서 공제되지 않음을 전제로 한 이 사건 처분 중 쟁점부분은 위법하고, 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함) 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있어 인용한다.

출처 : 수원지방법원 2020. 01. 09. 선고 수원지방법원 2018구합69364 판결 | 국세법령정보시스템