요지

한·미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없는바, 미국 법인이 국내에는 등록하지 아니한 특허와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한, 2015. 7. 13.자 2013년 10월 귀속 원천징수 법인세 483,120,000원에 관한 경정거부처분 중 4,034,052원을 초과하는 부분 및 2019. 4. 4.자 2015년 귀속 원천징수 법인세 28,686,560원에 관한 경정거부처분 중 179,649원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/100은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 

피고가 원고에 대하여 한, 2015. 7. 13.자 2013년 10월 귀속 원천징수 법인세 483,120,000원에 관한 경정거부처분 및 2019. 4. 4.자 2015년 귀속 원천징수 법인세 28,686,560원에 관한 경정거부처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

 가. bb, cc, 원고의 설립 목적 및 지배구조 등

  1) bb는 세계적인 특허관리전문기업으로서,△△,▲▲ 등 5개의 펀드로부터 그들이 보유한 특허권의 관리를 위임받아 이를 처리하기 위하여 2000년경 설립되었다.

  2) cc 또한△△,▲▲ 등이 지분 전부를 투자하여 자신들이 보유한 특허권을 관리할 목적으로 설립한 기업으로서, 2010. 5. 21. 미국 델라웨어주의 법률에 따라 설립되었다. 원고는 2010. 6. 21. 아일랜드의 법률에 따라 설립되었는데, cc가 키프로스의 법률에 따라 설립된 dd를 통하여 원고의 지분 99.9%를 보유하고 있다.

  3) cc는 2010. 9. 21.△△,▲▲가 설립한 자회사인 I** 및 U**과 사이에,△△과▲▲가 보유한 특허권을 재허여 받기로 하는 내용의 계약을 체결하였고, 2010. 11. 8. 원고와 위 특허권을 재허여 하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.

 나. ee의 선행 사용료 지급 및 원천징수의무 불이행

  1) 원고는 2011. 8. 31. ee과 사이에,△△ 및▲▲가 보유한 특허권을 8년간 사용하도록 하고 그 사용료로 매년 미화 300만 달러(연간 영업이익 10% 이상 시 미화 230만 달러, 15% 이상 시 미화 330만 달러, 20% 이상 시 미화 430만 달러 각 추가 지급, 이하 ⁠‘달러’라고만 한다)를 지급받는 한편, 2,000만 달러를 별도로 지급받아 이를 다시 ee에 출자하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다).

  2) 이에 따라 ee은 원고에게 2011. 9. 29. 300만 달러, 2011. 10. 5. 2,000만 달러, 2012. 8. 16. 300만 달러(이하 위 각 사용료를 통틀어 ⁠‘선행 사용료’라 한다)를 각 지급하면서, 원고를 선행 사용료의 수익적 소유자라고 판단하여 한․아일랜드 조세협약 제12조에 따라 피고에게 비과세․면제 신청서를 제출한 후 선행 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수하지 않았다.

  3) OO지방국세청장은 2013. 4.경 ee에 대한 세무조사를 실시한 결과, ⁠‘선행 사용료의 수익적 소유자는 원고가 아니라 미국 소재 펀드인△△,▲▲이거나 미국 법인인 cc이므로, 한․아일랜드 조세협약의 적용을 부인하고 한․미 조세협약 제14조 제1항에서 정한 사용료 소득에 대한 원천징수 제한세율 15%를 적용하여야 한다.’라고 판단하여 이를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2013. 8. 1. ee에 대하여, 원고에게 선행 사용료를 지급하면서 외국법인의 국내원천소득에 대한 법인세를 징수하지 않았다는 이유로, 2011 사업연도 법인세 4,106,400,000원, 2012 사업연도 법인세 509,850,000원을 각 징수하는 한편, 위 2011 사업연도 법인세에 대한 가산세 410,640,000원, 위 2012 사업연도 법인세에 대한 가산세 50,985,000원을 각 부과하였다(이하 위 징수처분과 부과처분을 통틀어 ⁠‘선행 처분’이라 한다).

  4) ee은 이에 불복하여 피고를 상대로 선행 처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하였고(서울행정법원 2015구합OOOOO호), 위 법원은 2016. 4. 1. ⁠‘원고가 선행 사용료의 수익적 소유자에 해당한다.’라는 이유로 선행 처분을 모두 취소하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고가 서울고등법원 2016누OOOOO호로 항소를 제기하였고, 항소심 법원은 2019. 9. 25. ⁠‘미국 법인인 cc가 선행 사용료 소득의 실질적 귀속자에 해당하나, 선행 사용료 중 국내 미등록 특허에 대한 사용료는 외국법인의 국내원천소득에 해당하지 않는다.’라는 이유로 선행 처분을 일부 취소하는 판결을 선고하였다.

 다. ee의 이 사건 사용료 지급 및 피고의 경정거부

  1) ee은 2013. 10. 10. 원고에게 위 특허 사용료로 300만 달러를 지급하면서(이하 ⁠‘이 사건 제1사용료’라 한다), OO지방국세청장의 세무조사결과에 따라 한․미 조세협약 제14조 제1항에서 정한 사용료 소득에 대한 원천징수 제한세율 15%를 적용하여 위 사용료 소득에 대한 법인세로 45만 달러(원화 483,120,000원)를 원천징수하였다.

  2) ee은 2014. 8. 19. OO중앙지방법원 2014회합OOOOO8호로 회생절차개시결정을 받고, 2015. 10. 16. 위 법원으로부터 인가받은 회생계획에 따라 주식회사 ee자산관리로 상호가 변경됨과 동시에 분할존속회사인 주식회사 ee자산관리와 분할신설회사인 주식회사 ee으로 물적 분할되었다. 이후 이 사건 계약과 관련된 업무를 그대로 승계한 주식회사 ee자산관리(이하 회생절차개시 및 물적 분할 전후를 구분하지 않고 모두 ⁠‘ee’이라 한다)는 특허 사용료 300만 달러를 회생채권으로 시인한 다음, 2015. 12. 4. 위 법원에서 인가한 변제율(4.10%)에 따라 122,865.15달러를 원고에게 지급하면서(이하 ⁠‘이 사건 제2사용료’라 하고, 이 사건 제1, 2사용료를 통틀어 ⁠‘이 사건 사용료’라 한다), 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 특별한 언급이 없는 한 이하 같다) 제98조 제1항 제3호에서 정한 원천징수 세율 20%를 적용하여 위 사용료 소득에 대한 법인세로 24,573달러(원화 28,686,560원)를 원천징수하였다.

  3) 국내에 등록된 특허권의 사용료는 이 사건 제1사용료 중 26,893,680원, 이 사건 제2사용료 중 1,197,663원이고, 나머지 금액은 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료이다.

  4) 원고는 ⁠‘이 사건 사용료 소득의 실질귀속자가 원고이고, 이 사건 사용료 소득이 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득이므로 국내원천소득에 해당하지 않는다.’라는 등의 이유로, 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제4항에 따라 2015. 1. 27. 이 사건 제1사용료에 대한 원천징수세액 483,120,000원의, 2019. 2. 8. 이 사건 제2사용료에 대한 원천징수세액 28,686,520원(이는 28,686,560원의 착오로 보인다)의 전부 감액을 요구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 7. 13. 및 2019. 4. 4. 원고에게 구 국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 경정하여야 할 이유가 없음을 통지하였다(이하 2015. 7. 13.자 거부처분을 ⁠‘이 사건 제1거부처분’이라 하고, 2019. 4. 4.자 거부처분을 ⁠‘이 사건 제2거부처분’이라 하며, 이 사건 제1, 2거부처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다).

 라. 전심절차

  1) 원고는 이 사건 제1거부처분에 불복하여 2015. 10. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 4. 27. 이를 기각하였다.

  2) 원고는 이 사건 제2거부처분에 불복하여 2019. 4. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 위 사건은 현재 심리 계속 중이다.

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 12, 14, 81 내지 85, 87호증, 을 제3, 11 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  [별지] 기재와 같다.

3. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

 가. 피고의 본안전 항변

  원고는 아래와 같은 이유로 경정청구권이 인정되지 않으므로, 피고가 원고의 경정청구를 거부하였다 하더라도, 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소는 부적법하다.

  1) 구 법인세법 제98조의4 제4항 등 경정청구에 관한 규정은 구 국세기본법 제45조의2 제4항의 특례규정에 해당하므로, 설령 원고가 당초 구 국세기본법 제45조의2 제4항에 따라 경정청구를 하였다 하더라도 원고의 경정청구권 인정 여부는 구 법인세법상 경정청구에 관한 규정에 따라 결정되어야 한다. 그런데 원고는 구 법인세법 제98조의4 제4항에서 정한 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자에 해당하지 않으므로, 경정청구권이 인정되지 않는다(제1본안전 항변).

  2) 설령 그렇지 않더라도, ee이 피고에게 제출한 이 사건 제1사용료의 지급명세서에는 소득자로 아일랜드 법인인 원고가 아니라 미국 법인인 ⁠‘aa’이 기재되어 있어 원고는 원천징수대상자에 해당하지 않으므로, 경정청구권이 인정되지 않는다(제2본안전 항변).

  나. 제1본안전 항변에 대한 판단

    구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호에 의하면, 원천징수의무자가 구 법인세법 제93조 제1호, 제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내원천소득이 있는 원천징수대상자에 관하여 구 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 구 법인세법 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우, 그 원천징수의무자 또는 원천징수대상자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 이에 반해 구 법인세법 제98조의4 제4항에 의하면, 같은 조 제3항에 따라 비과세 또는 면제를 적용받지 못한 실질귀속자인 외국법인이 비과세 또는 면세를 적용받으려는 경우에는 실질귀속자 또는 소득지급자가 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 소득지급자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있다.

    이와 같이 구 국세기본법상의 경정청구권과 구 법인세법상의 경정청구권은 그 법적 근거와 입법 취지, 요건 등이 서로 달라 경합하여 병존하는 것이므로, 경정을 청구하려는 자는 자신의 선택에 따라 그중 하나의 청구권을 행사할 수 있다. 그리고 원고가 구 국세기본법 제45조의2 제4항에 따라 경정청구를 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 경정청구권 인정 여부는 구 법인세법 제98조의4 제4항이 아닌 구 국세기본법 제45조의2 제4항에 따라 결정되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 제1본안전 항변은 받아들일 수 없다.

 다. 제2본안전 항변에 대한 판단

  1) 이 사건 제1사용료의 지급명세서에 기재된 소득자가 누구인지 여부

    ee이 2013. 10. 10. 원고에게 이 사건 제1사용료를 지급하면서, 한․미 조세협약 제14조 제1항에서 정한 사용료 소득에 대한 원천징수 제한세율 15%를 적용하여 위 사용료 소득에 대한 법인세로 45만 달러(원화 483,120,000원)를 원천징수한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제14호증의 기재에 의하면 ee이 피고에게 제출한 이 사건 제1사용료의 지급명세서 중 소득자란에 ⁠‘영문명: aa, 영문주소: B********* USA, 거주지국: US, 거주지국명: 미국’이라고 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다.

    위 인정사실 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① ee으로부터 이 사건 제1사용료를 지급받은 외국법인은 cc가 아니라 원고인 점, ② 이 사건 제1사용료의 지급명세서에 원고의 명칭이 정확히 기재되어 있고, 원고와 동일한 명칭의 미국 법인은 존재하지 않는 것으로 보이는 점, ③ 지급명세서에 거주지국 및 주소가 원고의 그것과 다르게 기재되어 있기는 하나, 이를 이유로 원고의 경정청구권을 인정하지 않는다면, 사실상 이 사건 제1사용료 소득을 지급한 ee에 의하여 경정청구권자가 결정되는 셈이 되어 납세자의 절차적 권익을 보장하려는 경정청구 제도의 취지에 부합하지 않는 점, ④ 위 지급명세서는 ee이 작성하여 피고에게 제출한 서류로서, 원고가 그 내용에 대하여 관여할 수 있는 방법이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제1사용료의 지급명세서에 기재된 소득자는 cc가 아닌 원고를 지칭하는 것으로 봄이 타당하다.

  2) 형식적 귀속자의 경정청구권 행사 여부

    구 법인세법은 원천징수의무자로 하여금 해당 국내원천소득을 지급받는 자에게 원천징수영수증을 발급하고, 납세지 관할 세무서장에게는 그 소득을 지급받는 자를 소득자로 기재한 지급명세서를 제출하도록 그 의무를 지우고 있다(제98조 제13항, 제120조의2). 그리고 소득의 실질적인 귀속 여부는 실체적 심리를 거쳐서 비로소 판명되는 것이므로, 지급명세서와 원천징수영수증에 기재된 소득자가 해당 소득의 실질귀속자임을 전제로 경정청구를 하는 이상, 그러한 청구를 허용할 필요가 있다. 따라서 지급명세서와 원천징수영수증에 기재된 소득자는 그가 해당 소득의 형식적 귀속자에 불과하더라도 구 국세기본법 제45조의2 제4항에 정한 원천징수대상자로서 과세표준 및 세액의 경정청구권을 행사할 수 있다고 봄이 타당하다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134, 55141 판결 등 참조).

      위 법리에 비추어 보면, 비록 원고가 형식적 귀속자라 하더라도, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자라고 주장하면서 경정청구를 한 이상, 구 국세기본법 제45조의2 제4항에 정한 원천징수대상자로서 경정청구권을 행사할 있다. 결국 피고의 제2본안전 항변 역시 받아들일 수 없다.

4. 이 사건 사용료 소득에 관하여 한․아일랜드 조세협약의 적용이 부인되는지 여부

 가. 원고 주장의 요지

  아일랜드 법인인 원고는 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자에 해당하고, 조세회피의 목적도 인정되지 않으므로, 이 사건 사용료에 관하여 한․아일랜드 조세협약의 적용을 부인할 수 없다. 따라서 한․아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 이 사건 사용료 소득에 대하여는 국내에서 과세될 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 나. 관련 법리

  1) 한․아일랜드 조세협약 제12조 제1항은 ⁠‘타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국 내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방국에서만 과세된다.’라고 규정하고 있다. 이에 따라 구 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료 소득일지라도 아일랜드의 수익적 소유자인 거주자에게 지급되는 경우에는 국내에서 과세될 수 없다. 위 조약 규정의 도입 연혁과 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 당해 사용료 소득을 지급 받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용․수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 소득의 실제 사용과 운용 내역 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조).

  2) 한편 구 국세기본법 제14조 제1항은 ⁠‘과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.’라고 규정하고 있다. 그런데 위 조항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조). 그러므로 사용료 소득의 수익적 소유자에 해당한다 할지라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배․관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배․관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

    위와 같은 명의와 실질의 괴리가 있는 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 등 참조), 명의자가 법인인 경우 그 설립 목적과 설립 경위, 사업활동 내역, 그 임직원 및 사무소의 소재를 비롯한 인적․물적 시설, 문제된 당해 거래행위와 관련한 의사결정 과정, 거래행위의 대가로 지급된 자금의 이동 내역 등 제반 사정을 고려하여야 하고, 특히 설립 목적과 관련하여서는 조세회피의 목적이 주된 것인지 여부를 중점적으로 살펴보아야 한다.

 다. 판단

  당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 각 증거 및 갑 제2 내지 6, 13, 15 내지 19, 23, 25 내지 28, 31, 32, 33, 36, 37, 38, 47, 55호증, 을 제4, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하면서 이 사건 사용료 소득의 대부분을 계약상 미리 정한 비율에 따라 cc에 이전해야 할 의무를 부담할 뿐이고, 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없었으며, 원고를 실질적으로 지배하는 미국 법인인 cc가 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배․관리하였고, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었다 할 것이며, 원고가 제출한 증거만으로는 이러한 판단을 뒤집기에 부족하다. 결국 아일랜드 법인인 원고를 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라 볼 수 없고, 미국 법인인 cc가 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라 할 것이며, 설령 그렇지 않다 하더라도 실질과세의 원칙에 따라 이 사건 사용료 소득에 관하여 한․아일랜드 조세협약을 적용할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

  1) ff는 2004년부터 bb와 사이에 bb가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2010. 11. 11. 최종적으로 원고와 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. gg는 2008년부터 bb와 사이에 bb가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2011. 11. 3. 최종적으로 원고와 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. ee(이하 ff, gg, ee을 함께 일컬을 때는 ⁠‘ee 등’이라 한다)은 2010년부터 bb와 사이에 bb가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2011. 8. 31. 최종적으로 원고와 사이에 이 사건 계약을 체결하였다. 그런데 원고는 ff와의 계약이 체결되기 불과 몇 개월 전인 2010. 6. 21. 설립되었고, 대표적인 조세회피국가인 키프로스에 설립된 Senarodos를 통하여 원고의 지분 99.9%를 보유하고 있던 cc는 ee 등과의 협상이 진행 중이던 2010. 11. 8. 원고와 사이에△△,▲▲가 보유한 특허권을 재허여 하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이러한 관련 계약의 각 체결 경과에다가, ① 위 각 계약에 따라 ff가 지급한 사용료가 3억 7,000만 달러, gg가 지급한 사용료가 4,500만 달러, ee이 지급한 사용료가 약 2,900만 달러에 이르는 거액인 점, ② 원고의 특허 사용료 관련 계약금액 중 대한민국 회사들이 차지하는 비중이 2010년도 전 세계 기준 약 99%(아시아 지역 기준으로는 100%), 2011년도 전 세계 기준 약 55%(아시아 지역 기준으로는 100%), 2012년도 전 세계 기준 약 93%(아시아 지역 기준으로도 약 93%)에 이르는 점, ③ 한․아일랜드 조세협약에 의하면 특허 사용료 관련 법인세가 부과되지 않는 반면, 한․미 조세협약에 의하면 15%의 세율로 특허 사용료 관련 법인세가 부과될 수 있는 점, ④ 유럽 지역에 있는 아일랜드 법인인 원고가 아시아 지역에 있는 대한민국 등의 회사와 계약을 체결하는 경우 미국 법인인 cc보다 접근성이나 언어적인 측면에서 더 유리하다고 보기 어려운 점 등까지 보태어 보면, 조세회피 목적을 제외하고는 미국 법인인 cc가 대한민국 회사들인 ee 등과 직접 계약을 체결하지 않고 굳이 아일랜드 법인인 원고를 설립한 후 이를 통하여 위와 같이 복잡한 다단계 형태의 계약을 체결한 것을 설명하기 어렵다.

  2) ff는 OO세무서장을 상대로, 원고가 사용료 소득의 수익적 소유자여서 ff에게 법인세 원천징수의무가 없고, 설령 ff가 지급한 사용료 소득의 수익적 소유자를 cc로 본다 하더라도 한․미 조세협약이 적용되어야 하므로 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않으며, ff는 사용료 소득의 수익적 소유자를 확인하기 위한 주의의무를 다하였으므로 원천징수불이행 가산세 부과처분이 부당하다고 주장하면서, 2012. 3. 20.자 2010 사업연도 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하였다. 이에 대하여 제1심 법원은 2015. 5. 14. ff의 청구를 인용하는 판결을 선고하였으나(OO지방법원 2013구합OOOOO호), 항소심 법원은 2016. 5. 24. ⁠‘원고(aa)의 설립 목적과 운영현황, 인적․물적 설비, 거래에 관한 의사결정 과정, 사용료 소득의 지배․관리 등에 비추어 볼 때, 원고는 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하였을 뿐, ff가 2010년에 원고에게 지급한 사용료 소득의 실질귀속자는 원고의 지배회사로서 미국 법인인 cc이고, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 한․아일랜드 조세협약을 적용받아 조세를 회피할 목적에서 비롯된 것으로 볼 수 있다.’라는 이유로, 사용료 소득에 관하여 한․아일랜드 조세협약을 적용할 수 없고, 한․미 조세협약이 적용되어야 하는데, 국내 미등록 특허권의 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 국내 등록 특허권의 사용대가로서 국내원천소득에 해당하는 부분을 제외한 나머지 부분에 대해서만 과세처분을 취소하는 일부 인용 판결을 선고하였다(서울고등법원 2015누OOOOO호). 그리고 ff와 OOO세무서장의 상고가 모두 기각되어(대법원 2016두OOOO호) 위 항소심 판결이 2018. 12. 27. 확정되었다.

  3) 이에 대하여 원고는, 자신이 hh와 특허권 재허여 계약을 체결하고 받은 특허 사용료에 대하여 일본 과세당국에 법인세를 납부하였는데, cc가 hh와 직접 계약을 체결하였다면 일본 과세당국에 법인세를 납부할 의무가 없다는 사정을 들어 조세회피 목적이 없었다고 주장한다. 살피건대, 원고의 2010년부터 2012년까지 전 세계 회사들과의 계약을 통한 총매출액은 824,455,820달러인데, 그중 일본 회사인 hh와의 거래를 통한 매출액은 14,700,000달러이고, hh가 일본과 아일랜드 간의 조세협약에 따라 원고의 사용료 소득에 대하여 제한세율 10%를 적용하여 일본 과세당국에 납부한 원천징수 법인세는 1,470,000달러로 총매출액의 약 0.18%에 불과하며, 이는 대한민국을 제외하고 원고가 체결한 특허권 재허여 계약에 근거하여 원천징수를 한 유일한 경우이다. 반면, 원고가 2010년부터 2012년까지 4개의 대한민국 기업과 거래한 총매출액은 696,922,629달러로서, 만약 cc가 대한민국 기업들과 직접 거래를 하고 이것이 한․미 조세협약에 따라 15%의 세율로 원천징수 되어야 하는 경우에 해당한다면, 그 세액은 무려 104,538,394달러에 달하므로(원고의 총매출액의 약 12.68%, 위 일본 원천징수세액의 약 71배), bb나 cc로서는 일본에서 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수 당하더라도, 한․아일랜드 조세협약을 통해 대한민국에서 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수 당하지 않는 이익을 누리기 위하여 아일랜드에 원고를 설립하여 조세를 회피할 강력한 동기가 있었던 것으로 보인다. 나아가 일본은 cc가 계약당사자인 경우에는 미국과의 조세협약을 통하여 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수할 수 없는데, 원고가 계약당사자가 됨으로써 사용료 소득의 10%를 법인세로 원천징수할 수 있어 원고를 도관회사로 인정하지 않는 것이 더 유리하고, 일본 과세당국에 납부한 법인세는 원고가 hh로 하여금 이를 원천징수하도록 하거나 hh의 원천징수를 양해한 것일 뿐, 일본 과세당국이 위 원천징수에 대하여 공식적인 입장을 표명한 것으로 볼 수도 없다. 또한 원고는 bb 그룹이 조세를 회피할 목적이었다면 일본 기업과 거래할 때 cc가 직접 계약당사자가 되어 모든 국가에서 법인세를 원천징수 당하지 않았을 것이라고 주장하나, cc가 일본 기업과 직접 거래를 하였다면 원고의 대한민국 조세에 대한 회피 목적이 더욱 분명하게 드러날 것이므로, cc로서는 일본에 지급해야 할 소액의 세금을 면제받기 위하여 굳이 대한민국에서 막대한 세금을 원천징수 당할 위험까지 부담할 이유가 없었던 것으로 보인다. 결국 원고가 원천징수를 통해 일본에 법인세를 납부하였다는 사정만으로는 대한민국 조세를 회피할 목적이 없었다고 보기 어렵다.

  4) 또한 원고가 2011년부터 2013년까지 아일랜드 과세관청에 매년 최소 140만 달러 이상의 법인세를 납부하기는 하였으나, cc와의 계약을 통하여 대부분의 사용료 소득을 cc에게 이전하였으므로, 나머지 극히 일부의 소득에 대해서만 비교적 조세 부담이 적은 아일랜드에 법인세를 납부한 것으로 보인다. 따라서 원고가 아일랜드에 법인세를 납부하였다는 사정만으로는 대한민국 조세를 회피할 목적이 없었다고 보기 어렵다.

  5) 원고는 만약 cc가 직접 특허 사용계약을 체결함으로써 이 사건 사용료에 대하여 한․미 조세협약이 적용된다 하더라도 위 특허 가운데 국내에 등록된 특허에 관한 사용대가만이 국내에서 과세대상이 될 뿐이므로, 이러한 소액의 조세 부담을 회피하기 위하여 원고의 설립 및 운영비용을 부담하는 것은 경험칙에 반한다고 주장한다. 그러나 이 사건 계약 체결일인 2011. 8. 31. 당시에는, 특허권의 속지주의 원칙상 한․미 조세협약에 따른 특허권에 대한 사용료가 미국 법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득을 의미한다는 취지의 대법원 판결(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결)이 선고된 이후, 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 법인세법이 개정되면서 제93조 제9호 단서 후문이 신설되고, 과세관청이 위 신설된 조문을 근거로 하여 국내 미등록 특허에 대한 사용료 소득에 관하여 계속하여 국내법에 따라 법인세 징수처분을 하고 있었던 상황이었다(위와 같이 개정된 법인세법 제93조 제9호는 이후 같은 조 제8호로 위치를 변경하였다). 그런데 대법원이 개정된 법인세법 하에서도 한․미 조세협약상 특허권의 사용대가 중 국내에 등록된 특허권의 사용대가만이 국내원천소득에 해당한다는 해석을 하게 된 것은 대법원 2012두18356 판결이 선고된 2014. 11. 27.에 이르러서였다. 따라서 cc 등은 원고를 설립할 당시 한․아일랜드 조세협약을 적용받는 도관회사를 설립함으로써 대한민국의 조세를 회피할 유인이 강하게 있었던 것으로 보이고, 다만 이후 대법원이 여전히 한․미 조세협약에 따른 원천징수의 범위를 제한 해석함에 따라 결과적으로 원고가 회피하려고 하였던 조세가 줄어든 것에 불과하므로, 국내원천소득이 전체 사용료 소득에 비추어 극히 일부라는 사정만으로는 원고가 조세회피의 목적이 없었다고 보기 어렵다.

  6) 원고의 자본금은 설립 당시 20유로였다가 2011. 6. 30. 이후 547,587유로로 증액되었으나, 앞서 본 원고의 설립 경위, 이 사건 계약 및 관련 계약의 체결 경위 등에 비추어 보면, 이러한 자본금의 증가만으로는 원고가 조세회피의 목적이 없는 실체를 가진 법인이라고 보기 어렵다.

  7) 원고의 이사는 2011. 6. 30. 및 2011. 12. 31.을 기준으로 각 3명이었고, 설립 당시부터 2013. 12. 31.까지 대표이사는 계속하여 아일랜드인인 II가 맡아왔다. 원고의 이사회 회의록(갑 제16, 17호증, 을 제9호증)에 의하면, 2011년 당시 원고의 이사(JJ, KK, II) 중 2명 또는 3명이 참석하여 이사회가 개최되었는데, JJ은 bb의 임원이고, KK은 25개 업체의 임원으로 등재되어 있으며, II는 5개 회사의 임원으로 등재되어 있어, 원고의 임원 및 이사회가 원고를 실질적으로 운영하고 있다고 단정하기 어렵다. 원고가 자신의 주요 인력이라고 주장하는 임직원 대부분은 이 사건 계약 체결 이후에 채용된 사람들로서 이 사건 계약 체결 당시에는 원고에 근무하지 않았다. 또한 2013년에 총 13명, 2015년 말에 총 20명의 임직원이 원고에 근무하였다는 사정도 이 사건 계약 체결 이후의 사정에 불과하다. 더군다나 앞서 본 바와 같이 OOO세무서장은 2012. 3. 20. ff에 대하여 원고가 도관회사임을 전제로 2010 사업연도 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분을 하였는바, 위 처분일 이후에 이루어진 임직원 규모의 확대는 위 처분에 관한 분쟁 또는 향후 이루어질 수 있는 위와 동일한 취지의 처분에 대비하기 위하여 외관을 창출한 것일 가능성을 배제하기 어렵다.

  8) 원고의 등록지는 회계법인인 pp 아일랜드 사무소의 주소로 기재되어 있었고, 원고의 지분 99.9%를 형식상 보유하고 있는 Senarodos의 등록지 역시 pp의 키프로스 사무소의 주소와 일치한다. 또한 원고가 아일랜드 더블린에 있는 사무실을 2010. 10. 1.부터 2010. 12. 31.까지 차임 월 1,842유로에 임차한다는 내용의 2010. 9. 29.자 계약서(갑 제23호증) 및 아일랜드 더블린에 있는 새로운 사무실을 2011. 2. 11.부터 3년간 차임 연 51,772.50유로에 임차한다는 내용의 2011. 3. 16.자 계약서(갑 제2호증)가 각 작성되었는데, 위 각 임대차 계약과 관련하여 시세보다 현저히 저렴한 차임이 지급된 것으로 보인다. 이러한 사정에다가 원고의 설립 당시 직원 채용 공고 또한 모두 pp의 주도 하에 이루어진 점까지 감안하면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 계약 체결 당시 또는 이 사건 사용료 지급 당시 인적․물적 시설을 제대로 갖추고 실제 사업을 영위하고 있었다고 보기 어렵다.

  9) 원고의 2010. 9. 16.자 이사회 회의록(갑 제15호증)에 의하면, 위 이사회에 bb 직원들이 참석하여 ⁠‘원고는 cc가 세운 계획에 따라 운영된다.’라는 내용으로 합의를 한 것으로 보이는바, 원고는 실질적으로 cc가 운영하였다고 봄이 타당하다. 원고의 2011. 8. 5.자 이사회 회의록(갑 제16호증)에 의하면 ee과 계약을 체결하는 것에 관하여 간단히 언급만 되어 있고, 원고의 2011. 8. 18.자 이사회 회의록(갑 제17호증)에 의하면 bb가 특허권 침해에 관한 소송을 진행하고 있는데, ee은 bb와의 거래를 우선시 하고 있고, 이미 합의된 거래의 세부조건을 승인하고 있어, 이 사건 계약에 관한 주요 사항은 bb와 ee이 논의하고 결정한 것으로 보이며, 원고는 단지 이를 확인한 것에 불과하다.

  10) 원고는 ee과 이 사건 계약을 체결하기 전에도 핀란드 소재 법인인 mm, 프랑스 소재 법인인 nn, 대한민국 소재 법인인 ff 등을 상대로 매출을 올린 것으로 보인다. 그러나 원고는 cc로부터 재허여 받은 특허권을 통해 얻은 사용료 소득 중 거의 대부분을 모회사인 cc에 송금해 오고 있을 뿐만 아니라, ee으로부터 수취한 사용료 소득 중 85%를 cc로 송금하였다. 특히 한․아일랜드 조세협약상 국내에서 발생한 사용료 소득을 아일랜드 거주자에게 지급하는 경우 대한민국에서 과세되지 않고 아일랜드에서만 과세된다는 이점 이외에 원고가 아일랜드에 설립되어야 할 사업상 필요성이 무엇인지 불분명하므로, 이 사건 계약 전후에 걸쳐 매출 실적이 있었다는 사정만으로는 원고가 조세회피 목적이 없는 실체를 가진 법인이라고 보기 어렵다. 또한 원고는 자신의 정관상 수많은 사업활동 중 특허권 재허여 계약 체결 이외에 수익을 창출하는 특별한 활동을 하였다는 점을 입증하지 못하고 있다.

  11) 앞서 본 ff 관련 소송에서 문제된 특허권 사용계약의 체결일은 2010. 11. 11.이고 그에 따른 사용료 지급일은 2010. 11. 30.인바, 원고가 도관회사에 불과하여 특허 사용료 소득의 실질적 귀속자에 해당하지 않는다고 판시한 2016. 5. 24. 선고 관련 항소심 판결이 2018. 12. 27. 대법원의 상고 기각으로 확정된 이상, 특별한 사정이 없는 한 적어도 2010. 11. 30.을 기준으로 원고는 특허 사용료 소득의 실질적 귀속자에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 나아가 앞서 본 원고의 설립 목적 및 그 경위, 이 사건 계약 체결의 경위 및 그 시기 등에 비추어 볼 때, 2010. 11. 30.부터 이 사건 계약 체결일인 2011. 8. 31. 또는 이 사건 사용료 지급일인 2013. 10. 10.과 2015. 12. 4.까지 사이에 이루어진 원고의 임직원 규모나 물적 설비 및 영업 활동의 변화만으로는, 이 사건 계약 체결일 및 이 사건 사용료 지급일 기준으로 기존에 도관회사로서 설립되었던 원고가 그 성격을 버리고 이 사건 사용료 소득의 실질적 귀속자로 변경되었다고 보기도 어렵다.

  12) 한편 원고와 cc 사이에 체결된 특허권에 대한 재허여 계약에 따르면, 원고는 매해 cc에게 1년간 순수익을 기준으로 1억 달러 이하인 경우에는 그중 85%를, 1억 달러 초과 2억 달러 이하인 경우에는 그중 90%를, 2억 달러 초과 3억 달러 이하인 경우에는 그중 93%를, 3억 달러 초과인 경우에는 그중 95%를 지급해야 한다. 원고는 이 사건 계약을 통하여 ee으로부터 지급받은 이 사건 사용료 중 약 85%를 cc와의 특허권 재허여 계약에 따라 cc에게 지급한 것으로 보인다. 원고는 cc와의 사전 약정에 따라 순수익 중 일정 비율을 cc에게 이전해야 할 계약상 의무를 부담하고 있어, 수익 대부분을 실질적으로 지배․관리할 능력이 없었던 것으로 보이고, 수익에 대한 위험 또한 부담하지 않았던 것으로 보인다.

  13) 원고는, 독일연방공화국(이하 ⁠‘독일’이라 한다)이나 일본에서 원고의 수익적 소유자성을 인정하여 아일랜드와의 조세협약을 적용하였으므로, 원고는 도관회사가 아니라 수익적 소유자라고 주장한다. 그러나 일본의 경우 cc는 비과세대상임에 비하여 원고는 아일랜드 거주자로서 10%의 세율을 적용하여 과세할 수 있으므로, 일본 과세당국은 원고를 수익적 소유자로 인정하는 것이 더 유리하다. 독일 역시 미국 또는 아일랜드와의 조세협약상 양자 모두 독일 내 원천소득에서 배제하고 있으므로, 독일 과세당국이 원고를 도관회사로 인정할 별다른 실익이 없다. 또한 조세회피 목적이 있는지 여부는 회피 대상인 개별 국가별로 판단되어야 하는 것이므로, 설령 독일이나 일본이 원고의 수익적 소유자성을 인정하였다 하더라도, 이는 이 사건 계약 체결 당시 또는 이 사건 사용료 지급 당시 원고가 대한민국 조세의 회피를 목적으로 설립된 법인으로서 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자가 아님을 인정하는 데에 방해가 되지 않는다.

  14) ee은 피고를 상대로 선행 처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하였는데, 위 사건에 대한 항소심 법원은 2019. 9. 25. 앞서 본 바와 같은 여러 사정을 근거로 삼아 cc가 선행 사용료 소득의 실질적 귀속자에 해당한다는 이유로 선행 처분을 일부 취소하는 판결을 선고하였다(피고의 상고가 이 사건 변론종결 이후인 2020. 2. 6. 심리불속행으로 기각되어 위 항소심 판결이 2020. 2. 10. 확정되었다).

5. 이 사건 사용료 소득을 한․미 조세협약상의 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부

 가. 원고의 주장 요지

  설령 미국 법인인 cc가 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자로 인정되어 이 사건 사용료 소득에 관해 한․아일랜드 조세협약의 적용이 부인되고 한․미 조세협약이 적용된다 하더라도, 이 사건 사용료 소득 중 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없으므로, 이 사건 거부처분 중 이에 대응하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

 나. 관련 법리

  1) 구 법인세법 제2조 제1항 제2호 등은 외국법인에 대하여는 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.

  그런데 구 법인세법 제93조는 ⁠“외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 ⁠“다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ⁠‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ⁠‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있다.

   한편 한․미 조세협약 제14조 제4항은 ⁠“본 조에서 사용되는 ⁠‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서, 제a호에서 ’문학․예술․과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고, 제6조는 ⁠“이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서, 제3항에서 ⁠“제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다.

  2) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 ⁠“비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국 법인의 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 미국 법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한․미 조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한․미 조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한․미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국 법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한․미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국 법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국 법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로, 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

 다. 구체적인 판단

  1) 이 사건 사용료 소득이 한․미 조세협약상 국내원천소득에 해당하는지 여부

    위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사용료 소득 중 국내에 등록된 특허권의 사용료 소득만 구 법인세법 제93조 제8호가 규정하고 있는 외국법인의 국내원천소득에 해당하고 나머지 사용료 소득은 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 이 사건 거부처분 중 위 나머지 사용료 소득에 대응하는 부분은 위법하다.

  2) 처분사유의 추가

    이에 대하여 피고는 예비적 처분사유로 이 사건 사용료 소득 중 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 해당하는 부분이 ⁠‘기타소득’에 해당한다고 주장하면서, 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목, ⁠(차)목을 처분근거로 추가하였다.

    그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 사용료는 ee에 특허 사용권을 부여하고 그 대가로 지급받은 금원이므로 구 법인세법 제93조 제8호의 ⁠‘권리 등을 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가’에 해당함이 명백하고, 구 국제조세조정에 관한 법률과 한․미 조세협약의 해석상 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가를 국내원천소득으로 볼 수 없다 하여 이 사건 사용료의 법적 성격까지 바뀌는 것은 아니다.

    또한 이 사건 사용료 소득이 구 법인세법 제93조 제10호의 기타소득에 해당하기 위해서는 ⁠‘국내에 있는 부동산 및 그 밖의 자산이나 국내에서 경영하는 사업과 관련하여 받은 보험금․보상금 또는 손해배상금’[(가)목]이거나, ⁠‘국내에서 하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 생긴 소득 또는 이와 유사한 소득’[(차)목]에 해당하여야 하는데, 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 사용료가 위와 같은 요건을 구비하고 있다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

  3) 이 사건 거부처분의 취소 범위(정당세액의 계산)

    앞서 본 바와 같이 국내에 등록된 특허권의 사용료는 이 사건 제1사용료 중 26,893,680원, 이 사건 제2사용료 중 1,197,663원이고, 한․미 조세협약에 따라 이러한 사용료 소득만 구 법인세법 제93조 제8호가 규정하고 있는 외국법인의 국내원천소득으로서 법인세 원천징수대상에 해당하는바, 원고가 피고에게 경정을 청구할 수 있는 정당세액을 계산하면 아래 표 기재와 같다(피고의 2019. 12. 3.자 준비서면 참조). 따라서 이 사건 거부처분 중 제1사용료의 경우 4,034,052원, 제2사용료의 경우 179,649원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

(단위: 원)

6. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 02. 13. 선고 서울행정법원 2019구합62987 판결 | 국세법령정보시스템