요지

생산원가 또는 구입원가가 실제로 발생하지 않았음에도 마치 그 매출원가가 발생한 것처럼 가공의 비용을 장부에 계상한 경우에 해당하며, 쟁점 매출원가 상당액이 사외로 유출되지 않았음을 증명하지 못하는 바 상여처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 22. XXXXX중공업 주식회사에 대하여 한 소득자를 UUU, 소득금액을 37,384,534,848원으로 하는 소득금액변동통지처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. XXXXX중공업 주식회사는 2001. 6. 15. 원래 주식회사 XXXXX의 디젤엔진소재 사업부문이 물적 분할됨에 따라 설립된 회사로서, 그 상호가 2005. 1. 1. XXXXXOOO 주식회사로, 2010. 3. 25. XXXXX메탈 주식회사로 변경되었다가 2013. 1. 3. 구 XXXXX중공업 주식회사를 흡수합병한 후 다시 상호를 XXXXX중공업 주식회사로 변경하였다(이하 ⁠‘XXXXX중공업’이라 한다).

나. XXXXX중공업은 2011년 사업연도 결산시 이라크 파워플랜트 프로젝트(Iraq Powerplant Project, 이하 ⁠‘IPP사업‘이라 하다) 관련 수입금액 약 661억 원에 대응하는 매출원가로 37,384,534,848원(이하 ⁠‘이 사건 매출원가’라 한다)을 계상하고, 2011년 사업연도 법인세 신고시 이 사건 매출원가를 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였다.

다. 피고는 2016. 12. 22. 위 법인세 경정결정에 있어 이 사건 매출원가를 손금불산입하면서 XXXXX중공업에게 소득의 종류를 ⁠‘상여’, 소득자를 ⁠‘UUU’, 소득금액을 ⁠‘37,384,534,848원’으로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).

라. XXXXX중공업은 이 사건 소득금액변동통지에 불복하여 2016. 12. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2018. 6. 21. 위 심판청구가 기각되었다.

마. 한편 XXXXX중공업은 2016. 8. 1. 회생절차개시결정을 받았다가 2019. 2. 12. 회생절차종결결정을 받았는데(서울회생법원 2010회합******), 회생회사 XXXXX중공업의 관리인이 2018. 8. 14. 이 사건 소송을 제기하였다가 원고가 위 회생절차종결로 2019. 5. 1. 이 사건 소송절차를 수계하였다(이하에서는 편의상 XXXXX중공업, 회생회사 XXXXX중공업 및 2013. 1. 3. 합병되기 전의 구 XXXXX중공업 주식회사도 시기에 따라 그 명칭을 구분할 필요가 없는 때에는 그냥 ⁠‘원고’라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 5호증, 을 11호증(가지번호 있는 것은 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 2008년경 미국 오라클(Oracle)사가 개발한 전사적자원관리시스템(Enterprise Resource Planning, 이하 ⁠‘ERP시스템’이라 한다)을 도입하는 과정에서 ① 기존 시스템과 신규 ERP시스템이 제대로 연동되지 않는 문제, ② 현장 실무자의 ERP시스템에 대한 이해 부족, ③ 빈번한 프로젝트 취소·변경에 따른 부품 전용(轉用)이 제때 ERP시스템에 입력되지 않은 상황 등이 원인이 되어 전산상으로 일부 재고자산이 매출원가에 적절히 대체되지 않는 문제점이 발생하였다.

이에 원고는 2009. 12.경 물류 태스크포스팀(Task Force Team, 이하 ⁠‘물류TFT’라 한다)을 구성하였고, 물류TFT는 재고실사 및 물류흐름 원인분석 작업을 통해 2008년부터 2011년까지 약 374억 원 상당의 재고자산이 실제로 사용되어 원가화되었음에도 불구하고 매출원가로 인식되지 않고 장부상 재고자산으로 남아 있는 사실을 확인하였다.

원고는 위 374억 원을 각 사업연도(2008년~2011년)의 손금에 산입하였어야 하나, 일단 이 사건 매출원가를 2011년 사업연도의 손금에 일괄 산입하여 매출원가로 처리하였다.

그런데 이 사건 매출원가는 원고의 제조원가에 대한 귀속시기 오류로서 2011년 사업연도의 손금에 해당하지 않는 것일 뿐, 원고가 과거에 실제로 매입하였거나 지출한 비용에 해당하므로, 가공비용이라고 할 수 없다.

따라서 원고가 2011년 사업연도에 이 사건 매출원가를 비용으로 회계처리하였더라 도 그 성질상 ⁠‘사외유출’이 존재하지 않으므로, 이 사건 매출원가를 대표자 상여로 소득처분한 이 사건 소득금액변동통지는 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라 한다) 제67조에 의하면, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분하고, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제106조 제1항에 의하면, ① 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분하며(제1호), ② 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 소득처분한다(제2호).

나) 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용액 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는자가 증명하여야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두4053 판결 등 참조).

한편, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) 원고는 선박용 엔진부품 및 모듈, 선박기자재를 생산하고 이를 계열회사인 XXXXX엔진 주식회사(이하 ⁠‘SSS엔진’이라 한다) 등에 납품하여 왔다.

나) 구 XXXXX중공업 주식회사(이하 ⁠‘SSS중공업’이라 한다)는 2011. 5. 경 이라크 전력청과 900MW 디젤발전소 건설 프로젝트로서 IPP사업 계약을 체결하였는데, 당시 계열회사인 SSS엔진, 원고와 사실상 컨소시엄의 형태로 위 IPP사업을 수주하였다.

다) SSS중공업은 IPP사업과 관련한 이익 약 3,000억 원을 계열회사의 기여에 따라 배분하기로 결정하였고, 원고는 2011. 11. 30. SSS엔진과 ⁠‘IPP 000 메탈자가 모듈품 사양확정 합의’를 하였는데, 그 내용은 원고가 SSS엔진에 IPP사업과 관련하여 공급한 발전용 엔진 196대에 소요되는 부품(자가제작품)의 매출액을 판매단가 인상을 통하여 기존 약 503억 원에서 약 1,164억 원으로 증액하는 것이었다.

라) 원고는 2011년 사업연도 표준손익계산서의 매출액 란에 1,113,236,284,563원을, 매출원가 란에 1,050,451,223,450원을 계상하였는데, 위 매출액에는 IPP사업 관련 수입금액 증가분 약 661억(= 1,164억 원 - 503억 원)이 포함되어 있고, 위 매출원가에는 이 사건 매출원가 37,384,534,848원이 포함되어 있었다.

마) 피고는 2015. 3. 19.부터 2015. 11. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고(이하 ⁠‘1차 세무조사’라 한다), 2015. 11.경 이 사건 매출원가를 가공원가로 보아 손금불산입한 후 대표자 상여로 처분하는 과세예고통지를 하였다.

바) 원고는 2015. 12.경 국세청에 과세전적부심사청구를 하였는데, 국세청은 2016. 6. 17. ⁠‘2008년~2011년 원재료 매입액 374억 원의 실제 매입 여부와 실제 매출원가 해당 여부를 재조사한다’는 내용의 결정을 하였다.

사) 피고는 2016. 7. 4.부터 2016. 9. 9.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여(이하 ⁠‘2차 세무조사’라 하고, 1차 세무조사와 합하여 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다), 2016. 9.경 이 사건 매출원가를 가공원가로 보아 손금불산입한 후 대표자 상여로 처분하는 과세예고통지를 하였다.

아) 원고는 2016. 10. 7. 국세청에 과세전적부심사청구를 하였으나, 국세청은 2016. 12. 21. 불채택 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 4, 21호증, 을 1, 2, 4, 5, 8, 11호증의 각 기재, 증인 LLL의 일부 증언, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 매출원가가 가공의 비용을 장부에 계상한 경우에 해당하는지 여부

가) 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고(구 법인세법 제19조 제1항), 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액은 위 손비에 해당한다(구 법인세법 제19조 제1호). 또한 손금의 귀속사업연도는 원칙적으로 해당 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고(구 법인세법 제40조 제1항), 수익비용대응의 원칙(Principle of matching costs with revenuse)에 따라 손금은 해당 사업연도의 익금에 대응하는 손비의 합계액으로 한다.

나) 앞서 본 바와 같이 원고는 IPP사업 관련 수입금액 약 661억 원에 대응하는 매출원가로 이 사건 매출원가를 계상하였는데, 위 수입금액은 IPP사업과 관련한 SSS중공업의 이익 3,000억 원을 계열회사인 SSS엔진과 원고의 기여에 따라 상호 분배한 것으로서 그에 대응하는 별도의 매출원가를 발생시킬 수 없다. 그럼에도 원고는 위 수입금액 661억 원의 매출원가가 발생한 것처럼 이 사건 매출원가를 장부에 계상하였고, 이로 인하여 원고의 2011년 사업연도 표준손익계산서상의 매출원가는 이 사건 매출원가의 금액만큼 과대 계상되는 반면, 매출총손익과 당기순손익은 이 사건 매출원가의 금액만큼 과소 계상되는 결과가 되었는바(이 사건 매출원가는 원고의 2011년 사업연도 당기순손익 약 67억 원의 5배가 넘는 금액이다), 이 부분에 관하여는 IPP사업과 관련한 별도의 생산원가 또는 구입원가가 실제로 발생하지 않았음에도 마치 그 매출원가가 발생한 것처럼 가공의 비용을 장부에 계상한 경우에 해당한다.

4) 이 사건 매출원가가 사외유출되었는지 여부

가) 이 사건 매출원가가 IPP사업에 실제로 투입되지 않았음에도 원고는 장부에 IPP사업 관련 수입금액에 대응하는 매출원가로 이 사건 매출원가를 계상하였으므로, 이 사건 매출원가 상당의 금액은 특별한 사정이 없는 한 원고의 지배관리권의 범위를 벗어나 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 원고가 이 사건 매출원가 상당의 금액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정을 증명하여야 한다.

나) 그런데 앞서 든 증거들, 을 6, 7, 9, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 과거에 이 사건 매출원가 상당의 금액을 실제로 매입하거나 지출하였고, 위 금액이 다른 제품의 생산에 투입되어 매출원가로 대체되었음이 증명되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(1) 원고는 물류TFT가 재고실사 및 물류흐름 원인분석 작업을 통해 2008년부터 2011년까지 374억 원 상당의 재고자산이 실제로 사용되어 원가화된 사실을 확인하였고, 위 374억 원을 2011년 사업연도의 손금에 일괄 산입하였다고 주장한 다. 그런데 원고가 제출한 물류TFT구성안(갑 8호증)에 의하면, 물류TFT의 전체 활동기간은 ⁠‘2010. 1. 4. ~ 2010. 3. 31.’이고, 위 기간 중 ⁠‘현황 조사 및 분석’과 관련된 기간은 ⁠‘2010. 1. 5. ~ 2010. 1. 13.(9일)’에 불과한바(나머지 기간은, 향후 관리방안 정리 및 보고, Data 추출 및 정비, Data 정비 및 System 개선, 개선방안 및 결과 적용 방안 도출, TFT 최종결과보고 등으로 ERP시스템의 안정화 활동에 해당한다), 물류TFT가 당시 원고의 2010년, 2011년 사업연도 미대체 매출원가까지 조사하였는지 의문이 든다.

(2) 원고는 이 사건 세무조사 당시 피고에게 미투입품목 목록(을 4호증)을 제출하였고, 이 사건 소송에서 미대체매출원가 내역(갑 11호증)을 제출하였는데, 위 자료들은 모두 물류TFT의 구성원이 아닌 원고의 직원이 작성한 엑셀 파일에 불과하다. 그런데 원고는 물류TFT 결과보고, 재고실사 자료, 인계서류 등 물류TFT와 관련된 자료는 보관되어 있지 않다면서 이를 제출하지 못하고 있는바, 위 미대체매출원가 내역 등에 기재된 품목들이 물류TFT가 재고조사 등을 통해 확인한 품목들과 일치하는지를 확인할 방법이 없다.

(3) 피고는 이 사건 세무조사 당시 원고로부터 미대체매출원가 내역 및 관련 매입·매출액 증빙자료를 제출받아 이를 정밀하게 비교, 검토하였는데, 아래〈표1〉기재와 같이 원고 주장의 미대체매출원가 내역 중 비정상적인 품목들의 금액(순번1, 2, 3)이 전체금액 대비 87%에 해당되어 자료의 신빙성이 크게 결여되어 있었다(나머지 13%에 해당하는 품목들도 ⁠‘매출액≥매출원가≥매입액’의 일반적인 원가흐름에 부합하다는 것일 뿐이지, 그것만으로 위 품목들이 실제 제품의 생산에 투입되었음에도 장부상 매출원가로 대체되지 않은 재고자산으로 인정된다는 것은 아니다).

(4) 위〈표 1〉순번 1 기재의 미달투입 1,716건은 아래〈표 2〉기재와 같이 미제시 443건과 과소제시 1,273건으로 구분되는데, 원고가 당시 피고에게 제출한 매입액의 비율은 해당 매출원가 금액 대비 28%에 불과하였다.

(5) 원고의 매출구조는 선박용 엔진부품을 가공한 후 계열회사에 일정 이윤을 가산하여 판매하는 구조로서 일반적으로 판매된 제품 자체의 매출 손실이 발생할 수 없는 구조이다. 그런데 피고가 이 사건 세무조사 당시 원고가 제품별로 제출한 자료를 검토한 결과, 매출원가(기신고된 매출원가 + 미대체 매출원가)가 매출액을 훨씬 초과하는 경우가 대부분이었고, 위 매출원가는 매출액 대비 평균 4.8배에 이르렀다. 예를 들어, 피고는 원고가 세무조사 당시 예시로 든 샘플 중 제품 62번(반제품 271004230)과 그 상위 완성품 270100422A와 관련하여 ERP시스템을 토대로 물량흐름, 원가흐름을 검토하였는데, 위 제품 62번(반제품 2701004230)의 경우 원고가 주장하는 미대체매출원가는 22,069,200원이고, 그 상위제품의 매출금액은 45,000,000원이다. 그런데 위 제품 62번에는 매출원가 30,324,641원(= 재료비 5,324,641원 + 가공비 25,000,000원)이 이미 인식되어 있었고, 여기에 원고 주장의 미대체매출원가 22,069,200원을 합산하면, 결국 매출원가는 총 52,393,841원이 되어 매출액 45,000,000원을 초과하는 비정상적인 형태가 된다.

(6) 원고가 이 사건 세무조사 당시 주장한 미대체매출원가를 사업연도별로 구별하면, 아래〈표 3〉기재와 같은데, 특히 2010년 사업연도의 경우 당해 미대체 매출원가가 원고의 당기순이익의 140%에 이르고, 위와 같은 재무제표의 왜곡은 상장기업의 경영에 있어 묵과하기 어려울 정도의 중대한 수준에 해당하므로, 단지 ERP시스템의 불안정 등을 원인으로 위와 같은 현상이 발생하였다는 원고의 주장은 쉽사리 납득하기 어렵다.

(7) 원고는 이 사건 세무조사 과정에서 피고에게 ① 요구수량(Required)이 0, 투입수량(Issued)이 0인 자료 또는 ② 요구수량이 1, 투입수량이 0인 자료 3,000여 건이 ERP시스템상 원가반영이 되지 않은 자료라고 주장하였고, 피고는 원고 주장의 미대체 매출원가 이외에 다른 제품들에 대하여도 ERP시스템상의 작업지시서 등을조회하였는데, 요구수량이 1, 투입수량이 0인 자료는 186,799건에 이르고, 요구수량이 0, 투입수량이 0인 자료 또한 445,444건에 이르는 등 전산상 미투입처리는 위 미대체 매출원가 뿐만 아니라, 다른 제품들에 대하여도 광범위하게 발생하고 있었다(이에 대하여 원고는 ① 원고가 아닌 하도급 업체가 공급한 경우, 요구수량은 1이나 투입수량은 0으로 조회되고, ② 설계변경으로 투입되는 부품에 변경이 있는 경우, 요구수량과 투입수량 모두 0으로 조회된다고 주장하나, 이를 뒷받침하는 구체적인 자료를 제출하지 못하고 있고, 위와 같은 전산상 미투입처리 제품과 원고 주장의 미대체 매출원가와의 실질적인 차이점을 발견할 수 없다).

5) 이상의 사정을 종합하면, 이 사건 매출원가의 경우 가공의 비용으로서 그 가공비용액 상당의 원고의 수익이 사외유출되어 그 귀속이 불분명한 것으로 보아야 하므로, 피고가 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 따라 이 사건 매출원가 금액을 대표자 상여로 소득처분한 이 사건 소득금액변동통지는 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2019. 10. 31. 선고 부산지방법원 2018구합23191 판결 | 국세법령정보시스템