요지

구 소득세법 제88조 제1항의 양도란 그 형식에 불구하고 소유권이전의 대가가 이씅면 모두 포함하므로 강제수용도 그 소유권이전의 대가가 있는 이상 위 ⁠‘양도’에 포함됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 주위적 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2018. 7. 1. 원고에게 한 2015년 귀속 양도소득세(본세)

253,427,450원, 농어촌특별세 8,944,490원, 가산세 120,030,390원의 부과처분은 무효임 을 확인한다. 예비적으로, 피고가 2018. 7. 1. 원고에게 한 2015년 귀속 양도소득세(본세) 253,427,450원, 농어촌특별세 8,944,490원, 가산세 120,030,390원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 OO시 OO읍 OO리 OOOO 외 2필지(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 그

지상 건물(이하 이 사건 토지와 위 지상 건물을 통칭하여 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 아래와 같이 2006년경부터 2008년경까지 사이에 취득하였고, 이 사건 부동산은 ⁠‘AA 학운3 일반사업단지 조성사업(7차)’에 편입되어 2015. 10. 15. 위 사업의 시행자 AA시장․AA골드밸리PFV(주)에 수용되었다.

나. 원고가 양도소득세를 신고하지 아니하자, 피고는 이 사건 부동산에 관한 손실보상금 2,708,226,225원을 양도가액으로, 취득가액을 1,585,474,565원으로 하고, 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면율 15%를 적용하여, 2018. 7. 1. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 371,093,810원(신고․납부불성실가산세 117,666,365원 포함) 및 농어촌특별세 11,308,520원(납부불성실가산세 2,364,030원 포함)를 결정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2018. 12.

13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 청구에 관하여

원고는 아래와 같은 사유들을 들면서 과세요건이 성립하지 아니하였음에도 양도

소득세를 부과하여 조세법률주의를 위반한 이 사건 처분은 하자가 중대․명백하여 무효라고 주장한다.

가) 수용은 승계취득이 아니라 원시취득이므로 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항의 자산의 양도 및 자산의 이전에 해당하지 아니하고, 특별한 희생에 대한 보상인 수용 보상금은 수용객체의 변형물 내지 전보금에 불과하므로 양도소득에 해당하지 아니한다.

나) 이 사건 토지는 공익사업인 ⁠‘AA 학운3 일반사업단지 조성사업’의 공공용지 및 체비지인 산업용지로 100% 충당되었으므로, 구 소득세법 제88조 제2항에 따라 양도로 보지 아니한다.

다) 설령 이 사건 토지가 수용된 것이 구 소득세법상 양도에 해당한다고 하더라도, 현재에도 실효되지 않고 효력이 존속한다고 보아야 하는 구 조세감면규제법(1993.12. 31. 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제16조 제3항 내지 구 조세특례제한법(1998.12. 28. 법률 제5584호로 전부 개정된 것) 부칙 제9조 제2항 및 제3항이 적용되어 양도소득세 면제의 대상이 된다.¹⁾

2) 예비적 청구에 관하여

가) ⁠(1) 이 사건 부동산의 양도가액은 구 소득세법 제114조 제7항 및 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제164조 제9항 제1호에 따라 수용토지의 보상액과 보상액 산정의 기초가 되는 기준시가 중 적은 금액으로 하여야 하고, ⁠(2) 이 사건 부동산에 대한 수용보상금 중 461,577,670원은 지장물 이전 보상금이므로 양도가액에서 제외되어야 하므로, 이와 달리 양도가액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.²⁾

나) 등기부상 원고의 이 사건 부동산 소유권 취득일은 2006. 12. 15.이나 사실은2006. 9. 5.에 대금을 완불하였으므로, ⁠‘9년 이상 10년 미만의 장기보유특별공제’를 적용해야 함에도 그러하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

다) 원고는 2015. 12. 30.에 납부할 세액이 없다고 신고하였으므로 무신고로 볼 수 없고, 피고가 세액을 확정하여 납세고지서를 송달한 때(납기 이후)로부터 가산세를부과할 수 있다고 보아야 하는데, 피고는 위 2015. 12. 30.부터 이 사건 처분을 할 때까지 2년 6개월 동안 방치하였으며, 위 방치기간에 가산세를 부과할 근거법률이 존재하지 아니하므로, 위 방치기간(913일)에 대한 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 청구에 대한 판단

가) 수용 관련 주장에 대하여

구 소득세법 제88조 제1항은 ⁠“양도란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.”라고 규정하고 있는데, 여기서 유상이전이라 함은 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등의 경우는 물론이고 대물변제나 대위변제, 경매나 공매절차에서의 취득 등 그 형식에 불구하고 소유권이전의 대가가 있으면 모두 포함하므로, 자산의 처분이 소유자의 자의에 의한 것인지 또는 자의에 의하지 않은 것인지의 문제는 위 법률 규정상 ⁠‘양도’에 해당되는지 여부를 판단하는 데 아무런 영향을 미치지 않는다. 강제수용도 그 소유권이전의 대가가 있는 이상 위 ⁠‘양도’에 포함되므로, 자의에 의한 자산의 이전이 아니라고 하여 이를 양도로 볼 수 없게 되는 것은 아니다(헌법재판소 2011. 10. 25. 선고 2010헌바134 결정, 대법원 1995. 4. 11. 선고 94누8020 판결 등 참조). 따라서 수용이 원시취득의 성격을 가지고 있다고 하더라도, 구 소득세법 제88조 제1항의 양도에 해당한다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

나) 체비지 관련 주장에 대하여

구 소득세법 제88조 제2항이 도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우를 양도의 개념에서 제외시키고 있는 취지는, 환지의 경우에는 토지의 교환·분합이 이루어지고 환지청산금을 수령하며 체비지로 충당되는 것과 같은 자산의 유상이전이 수반되는 것이 필수적이나, 환지처분이라고 하는 행정처분에 의하여 종전의 토지를 환지로 변환함으로써 국가·지방자치단체의 재정 부담이 없이 토지의 사적 소유권을 침해하지 않으면서 대규모의 공익사업을 종합적으로 수행할 수 있으며, 아울러 공공용지를 확보하고 효율적인 토지이용으로 유도할 수 있다는 공익적 목적사업의 원활한 수행을 지원하기 위한 정책적 고려뿐 아니라, 실제로 환지처분을 토지소유자 중심으로 보면 그 토지의 지목이나 지번이 변경되더라도 신구의 소유권이 계속되므로 이를 가리켜 자산의 유상양도라고 할 수 없다는 면에서 그것을 토지의 양도라 볼 수 없다(대법원 1978. 4. 11. 선고 78누12 판결 참조)는 법리를 반영한 것으로도 볼 수 있다. 일반적으로 수용방식으로 이루어지는 개발사업의 경우 그 사업지역에 포함된 토지는 결국 사업시행자에게 소유권이 이전될 것이 예정되어 있는 것이나, 환지방식으로 이루어지는 개발사업의 경우에는 환지계획에 따라 종전 토지가 환지로 변경되고, 지목이 대지로 변경되는 것일 뿐 소유권이 계속되는 것으로 그 절차 및 효과가 서로 다르다. 따라서 구 소득세법 제88조 제2항 제1호 및 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것)에서 정하는 보류지란 환지방식의 의한 사업 시행의 경우 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 공공용지 또는 체비지로 사용하기 위하여 보류한 토지를 의미하는 것이므로, 이 사건 에서 ⁠‘AA 학운3 일반사업단지 조성사업’의 사업시행자가 이 사건 토지를 수용함으로써 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도가 이루어진 것으로 보아야 하고, 그와 같이 수용에 의하여 자산이 양도된 다음에는 사업시행자가 이 사건 토지를 공공용지 또는 사업비용에 충당하기 위하여 사용하였다고 하더라도 이미 성립한 양도소득세의 납세의 무에 영향을 미치지 아니한다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2000두5531 판결 취지 참조).

따라서 구 소득세법 제88조 제2항의 보류지로서 양도소득세 부과대상이 아니라는 원고의 주장은 이유 없다.

다) 양도소득세 면제 대상 관련 주장에 대하여

조세법령이 개정되면서 그 부칙에서 개정조문과 관련하여 별도의 경과규정을 두지 아니한 경우에는 '납세의무가 성립한 당시'에 시행되던 법령을 적용하여야 하는데(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결 참조), 양도소득세는 예정신고·납부하는 소득세로서(소득세법 제105조), 양도소득세 납세 의무의 성립시기는 양도한 날이 속하는 달의 말일이고[구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제2항 제2호], 이 사건 부동산의 양도일은 2015. 10. 15.이므로, 이 사건 처분에 있어서는 2015. 10. 31. 당시에 시행되던 법령을 적용하여야 한다.

구 조세특례제한법(2015. 7. 24. 법률 제13448호로 개정되어2015. 10. 25. 시행 된 것) 제77조 제1항 제3호은 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면한다.’고 규정하고 있고, 위 법 부칙 제2조는 ⁠‘이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.’규정하고 있다. 위 규정에 따라 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에서 양도소득세 면제 대상이라는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 예비적 청구에 대한 판단

가) 양도가액 관련 주장에 대하여

(1) 구 소득세법 제114조 제7항은 ⁠‘제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.’고 규정하여 ⁠‘양도 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확정할 수 없는 경우’에 ⁠‘기준시가’ 등에 따라 추계조사할 수 있다고 한 규정이고, 같은 법 시행령 제164조 제9항 제1호는 수용이 된 경우의 토지·건물의 기준시가 산정방법에 관한 규정이다.

그런데 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건은 수용재결과 이의재결에 의하여 수용보상금으로 양도가액이 확인되는 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에서 양도가액을 기준시가로 추계하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조 제1항은 건축물등에 대하여는 이전에 필요한 비용으로 보상하여야 하나, ⁠‘건축물등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우’, ⁠‘건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우’ 등에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제33조 제1항, 제2항은 건축물(담장 및 우물 등의 부대시설 포함)에 대하여는 그 구조․이용상태․면적․내구연한․유용성 및 이전가능성 그 밖에 가격형성에 관련되는 제요인을 종합적으로 고려하여 평가하고, 건축물의 가격은 원가법으로 평가한다고 규정하고 있으며, 원가법이라 함은 가격시점에서 대상물건을 재조달하는데 소요되는 가격에서 감가수정을 하여 대상물건에 대한 가격시점 현재의 가격을 구하는 방법을 말한다(같은 법 시행규칙 제2조 제9호). 위 관련 규정과 갑 제1호증의 3, 4, 갑 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 부동산에 관한 보상금 중 지장물 보상금 461,577,670원은 건물에 대한 가격보상인 것으로 보이므로, 위 금액은 양도가액에 포함됨이 타당하고, 위 금액이 단순한 이전 비용에 불과하여 양도가액에서 제외되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

나) 장기보유특별공제 관련 주장에 대하여

구 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에 의하면, 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기일 등에 의하여 정하여야 한다. 갑 제6호증의 기재에 의하면, 이 사건 부동산에 관한 매매계약서가 2006. 9. 5.자로 작성되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 위 증거만으로는 원고가 위 날짜에 대금을 모두 지급하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그렇다면, 피고가 위 규정들에 따라 등기사항전부증명서 접수일을 기준으로 보유기간을 산정한 것은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

다) 가산세 관련 주장에 대하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두4761 판결 참조). 세법을 숙지하지 못하여 법에 위반된 신고를 한 경우에도 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유라고는 할 수 없다(대법원 1991. 11. 26. 선고 91누5341 판결 참조).

구 소득세법 제105조 제1항은 ⁠‘토지 또는 건물을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.’고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제169조 제1항은 ⁠‘법 제105조 제1항에 따라 예정신고를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 양도소득과세표준예정신고 및 납부계산서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.’고 규정하고 있으며, 구 국세기본법 제47조의2 제1항은 ⁠‘납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다.’고 하여 무신고가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 구 국세기본법 제47조의4 제1항은 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니한 경우 금융기관 연체대출이자율 등을 고려한 이자상당액을 납부불성실가산세로 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, ⁠(1) 갑 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재에 의하면, 원고가 앞서 본 ⁠‘2.의 가. 1) 가)항’과 같은 주장사유(원시취득인 수용은 양도가 아니고, 수용보상금은 양도소득이 아니다)로 양도소득세 과세대상이 아니라는 내용의 ⁠‘신고사유서’를 2015. 12. 30. 발송하여, 위 신고사유서가 2016. 1. 15. 피고에게 송달된 사실은 인정되나, 위 ⁠‘신고사유서’는 구 소득세법 시행령 제169조 제1항이 정하는 ⁠‘양도소득과세표준예정신고 및 납부계산서’에 해당하지 아니하고, 원고가 세법을 숙지하지 못하여 납부할 양도소득세의 세액이 없다고 잘못 신고하였다고 하더라도 이를 들어 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유라고 할 수 없으며, ⁠(2) 구 국세기본법 제47조의2 제1항, 제47조의4 제1항, 구 소득세법 제105조 제1항, 같은 법 시행령 제169조 제1항에 가산세에 부과할 근거법률이 존재하므로, 가산세 부과처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

라. 소결

주위적 청구 및 예비적 청구에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분 은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고의 구체적 주장은 아래와 같다.

   “조세감면규제법이 1981. 12. 31. 법률 제3481호로 전부 개정되면서 ⁠‘수용 등 공익사업의 시행에 필요한 토지에 대하여는 양도세를 면제한다’는 규정을 신설하였는데, 위 법률이 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되면서 그 부칙 제16조(양도소득세등에 관한 경과조치) 제3항은 ⁠‘1992년 12월 13일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다’고 규정하였고, 위 법률이 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부 개정되면서 ⁠‘조세특례제한법’으로 변경되었고, 그 부칙 제9조(일반적 경과조치)는 제2항은 ⁠‘이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다’고 규정하고 있었다. 전부 개정된 법률에서 종전 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도 규정을 두고 있지 않았다고 하더라도, 종전 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 효력이 존속하므로, 위 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항의 규정은 조세특례제한법(법률 제5584호) 부칙 제9조 제2항, 제3항에 의하여 조세감면규제법 내지 조세특례제한법에서 계속 적용되고 있다고 보아야 하고, 위 부칙 제16조 제3항은 ⁠‘토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다’고 해석되어야 하므로, 1992. 12. 31. 이후에 공익사업 부지에 편입된 토지에 대하여 2019. 6. 20. 현재 보상할 경우에도 양도소득세를 면제하여야 한다.”

2) 원고는 ⁠‘필요경비가 1,090,218,910원(= 취득가액 1,073,260,000원 + 취득세 12,721,110원 + 감정비 1,281,500원 + 감정비 2,506,300원 + 등기비 450,000원)’이라고 주장하기도 하나, 피고가 위 금액보다 더 큰 금액인 1,585,474,565원을 취득가액으로 하여 원고에게 유리하게 양도소득세를 산정한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이에 관하여는 더 나아가 살피지 아니한다.

출처 : 인천지방법원 2019. 11. 26. 선고 인천지방법원 2019구단290 판결 | 국세법령정보시스템