요지

원고는 스스로의 설립목적을 달성하기 위해 비과세사업을 겸영하고 있으며, 이 사건 매입세액은 이와 관련된 매입세액으로 불공제되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고가 신고 및 납부한 2014년 1기부터 2018년 2기까지의 부가가치세 중 별지1 ⁠[매입세액 불공제 내역] 기재 세액 합계 xx,xxx원에 관한 경정(환급)청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 일부 바꾸는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로(별지2 포함), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제3면 제5행부터 제8행까지를 다음 대괄호 안과 같이 고쳐 쓴다.

【라. 원고는 철도산업법 제31조에 따라 AAA와 ⁠‘일반철도 선로, 역시설 및 철도운영을 위한 건축물․건축설비, 선로 및 철도차량을 보수․정비하기 위한 선로보수기지, 차량정비기지 및 차량유치시설, 철도의 전철전력설비, 정보통신설비, 신호 및 열차제어설비, 철도노선간 또는 다른 교통수단과의 연계운영에 필요한 시설’ 등 원고가 관리하는 철도산업법 제3조 제2호 가목 내지 라목의 철도시설(이하 ⁠‘선로 등’이라 한다)을 임대하고, 사용료를 지급받는 계약(이하 ⁠‘이 사건 사용계약’이라 하고, 위 계약에 따라 임대용역을 공급하는 사업을 ⁠‘이 사건 임대사업’이라 하며, 지급받는 사용료를 ⁠‘선로사용료’라 한다)을 체결하였다.】

○ 제1심판결 제3면 제12행의 ⁠“철도시설 유지보수 위ㆍ수탁계약”을 ⁠“일반철도시설유지보수 위ㆍ수탁계약”으로, 같은 면 제13~14행의 ⁠“일반철도시설 유지보수에 관한 용역(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라 한다)을 위탁하고”를 ⁠“국가 소유의 일반철도에 대한 선로 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통 관제시설 등의 유지보수에 관한용역(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라 한다)을 위탁하고”로 각 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제3면 마지막 행의 ⁠“또한”부터 제4면 제2행까지를 다음 대괄호 안과 같이 고쳐 쓴다.

【또한 ⁠“AAA는 위탁사업비와 관련된 별도의 계정을 설정하고, 수입과 지출 을 AAA의 다른 회계와 구분하여 계리하여야 한다.”(제7조 제1항)고 정하고 있다.】

○ 제1심판결 제4면 제14행의 끝에 다음 대괄호 안의 내용을 추가한다.

【철도건설사업과 철도시설 유지관리 출연금에 관한 관리규정(국토교통부훈령, 2021. 3. 26. 일부개정)은 ⁠‘철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률’과 관련하여 국토교통부장관이 교부하는 출연금의 관리에 적용되는데, 위 관리규정에는 원고와 같은 출연사업자는 적법한 방법과 절차를 통해 출연금을 수령하여 출연금을 출연목적에 따라 적합하게 사용하여야 하고(제4조 제4항), 예산 편성 시 협의되지 않았던 사업을 내역사업 등으로 집행해서는 안 되며(제8조 제2항), 출연금의 집행 잔액은 국토부장관으로 반납하여야 한다(제12조 제1항)고 규정하고 있다. 이러한 관련 규정에 따라 원고는 국가로부터 이 사건 출연금을 받아 이를 ⁠‘일반철도시설 유지보수위탁’이라는 계정으로 다른 출연금과 구분하여 관리, 사용하였다. 】

○ 제1심판결 제5면 제7행의 ⁠“갑 제1, 2호증, 을 제1, 3 내지 5호증”을 ⁠“갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 3 내지 5, 9호증”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5면 제10행부터 제18행까지를 다음 대괄호 안과 같이 고쳐 쓴다.

【가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

1) 원고가 철도시설관리권에 터 잡아 AAA에 선로를 제공하고 이 사건 선로사용료를 징수하는 이 사건 임대사업은 부가가치세 과세사업임이 명백하고, 이 사건 임대사업과 일반철도시설 유지보수업무는 부가가가치세법상 하나의 사업을 구성한다.원고가 이 사건 임대사업을 영위함에 있어 AAA에게 선로 등을 안전하고 사용 가능한 상태로 제공할 의무가 있으므로, 이 사건 용역은 이 사건 임대사업을 영위하기 위하여 필수 불가결한 것이다. 이 사건 매입세액을 포함하여 원고가 이 사건 용역과 관련하여 지급한 부가가치세액 전부는 이 사건 임대사업과 관련된 매입세액에 해당하므로, 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에 따라 이 사건 매입세액도 매출세액에서 공제되어야 한다.

2) 설령 원고가 과세사업인 이 사건 임대사업과 비과세사업인 일반철도 유지보수사업을 겸영하고 있는 것으로 보더라도, 이 사건 매입세액을 포함하여 원고가 지급한 이 사건 용역 관련 부가가치세액 전부는 과세사업과 비과세사업 모두에 관련되므로 공통매입세액에 해당하는데, 이 공통매입세액을 과세사업과 비과세사업에 안분 계산할 수 있는 합리적인 방법이 없으므로, 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.】

○ 제1심판결 제5면 마지막 행부터 제11면 제7행까지를 다음 대괄호 안과 같이 고쳐 쓴다.

【다. 판단

1) 원고가 일반철도시설과 관련하여 비과세영업을 겸영하는지 여부

구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1호는 ⁠“부가가치세는 ⁠‘사업자가 행하는 용역의 공급’에 대하여 부과한다.”고 규정하고, 제11조 제1항은 ⁠“‘용역의 공급’은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것으로 한다.”고 규정하며, 제12조 제2항은 ⁠“사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 철도산업법, 국가철도공단법, 한국철도공사법 등 관계 법령의 내용과 앞서 본 사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 철도시설의 건설 및 관리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 일반철도 선로를 임대하는 일부 과세사업을 영위함으로써 과세사업과 비과세사업을 겸영한다고 보아야 한다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).

① 원고는 철도시설의 유지보수업무(‘기존 철도시설의 현상유지 및 성능향상을 위한 점검․보수․교체․개량 등 일상적인 활동’을 말한다)를 포함한 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 그 집행조직으로 설립된 공법인이다.

② 원고의 설립 목적은 기본적으로 국민의 교통편의 증진과 국민경제의 건전한 발전이라는 공익적 목적에서 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업 등의 비과세사업을 영위함에 있다.

③ 일반철도시설 유지보수업무는 이 사건 임대사업과 별개로 국가철도공단법이나 이 사건 관리위탁계약에 의하여 원고가 수행하여야 하는 철도시설 관리업무 중 하나이다. 원고는 관련 법령에 따라 국가가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 국가로부터 출연금을 교부받고 일반철도시설 유지보수용역을 일반 공중에 무상으로 공급하였으므로, 위 용역의 공급은 원고가 스스로의 설립목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다(대법원 2023. 8. 31. 선고 2020두56834 판결 참조).

④ 국가는 원고가 철도시설의 유지보수비를 회수할 수 있도록 원고에게 철도시설을 관리하고 그 철도시설을 사용하거나 이용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있는 권리(철도시설관리권)를 설정하여 주었고(철도산업법 제26제 제1항, 국가철도공단법 제25조 제1항 참조), 그에 따라 원고는 AAA에게 선로 등 일반철도시설을 사용하게 하고 AAA로부터 선로사용료를 징수하는 이 사건 임대사업을 영위하게 되었다.

⑤ 원고가 문서로 AAA와 이 사건 사용계약을 체결한 것은 2014. 3. 25. 이 처음으로, 그 이전에는 국가가 AAA와 이 사건 사용계약과 유사한 계약을 문서화하여 두었으므로, 이 사건 사용계약에 따른 이 사건 임대사업과 원고의 비과세 사업인 일반철도시설 관리사업은 당초에는 그 계약의 주체가 달랐다.

⑥ 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행 과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반한다.

2) 이 사건 매입세액이 비과세영업에 안분되는지 여부

가) 관련 법리

구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ⁠‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ⁠‘면세사업 등’으로 규정하고 있다.

그리고 구 부가가치세법 제40조는 ⁠“사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.”라고 규정하고 있다.

따라서 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 시행령’이라 한다) 제81조 제1항의 규정을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 할 것이다 ⁠(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).

한편 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되어 2018. 2. 13. 시행된 부가가치세법 시행령(이하 ⁠‘개정 시행령’이라 한다) 제81조 제1항은 면세공급가액을 산정함에 있어 면세사업 등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액을 합하도록 규정하고 있으므로, 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우에도, 개정 시행령 제81조 제1항의 규정을 적용하여 비과세사업과 과세사업의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산할 수 있다.

나) 구체적 판단

앞서 인정할 사실, 앞서 채택한 증거들, 갑 제6호증, 을 제6호증의 각 기재에 의하여 인정되는 사실 및 관계 법령의 내용으로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 매입세액은 ⁠‘일반철도시설의 관리’라는 비과세사업에 안분되었다고 봄이 타당하므로, 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.

① 이 사건 사용계약은 ⁠“원고는 관계 법령 및 본 계약서에 의하여 일반철도운행에 적합한 건전한 선로 등을 제공하여야 한다.”(제6조 제3항)고 규정하고 있으므로 원고가 과세사업인 이 사건 임대사업과 관련하여 AAA에 이행해야 할 급부의 내용에는 이 사건 용역이 포함되어 있다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2016두30187 판결은 이 사건 선로사용료로 상계된 용역대금 관련 매입세액이 매출세액에서 공제되어야 한다는 취지로 판단한 바 있다). 또한 이 사건 용역이 원고의 일반철도시설 관리 등의 비과세사업과 관련된 것임은 분명하다. 따라서 이 사건 용역(이 사건 선로사용료로 상계된 부분과 이 사건 출연금으로 지급된 부분 모두를 포함한다)과 관련된 매입세액은 공통매입세액에 해당하고, 이 사건 용역을 과세사업 관련 부분과 비과세사업 관련 부분으로 구분할 방법도 없어 그 실지귀속을 구분할 수 없으므로, 구 시행령 제81조를 유추적용하여(2018. 2. 13.부터는 개정 시행령 제81조 제1항을 적용하여) 불공제 대상인 매입세액을 계산하여야 한다.

② 2018. 2. 12.까지의 과세기간에 대하여는 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하여 구 시행령 제81조 제1항을 바로 유추적용할 수 없고, 구 시행령 제81조 제4항 각 호의 방법도 그 방법의 내용에 비추어 이 사건에 그대로 적용할 수 없다. 그런데 원고는 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 이 사건 출연금을 교부받는 것으로, 이 사건 출연금은 일반철도시설 관리사업 수행에 필요한 경비로서 지원되었고, 원고도 위 사업 외의 다른 용도로 이 사건 출연금을 사용할 수 없는 점, 원고가 이 사건 출연금을 받은 이유는 위와 같은 공익적 목적에서 선로 유지보수 등의 일반철도시설 관리사업을 영위하도록 하고자 그 비용 및 손실을 보전함에 있는 점, 원고는 과세사업인 이 사건 임대사업을 하지 않더라도 비과세사업인 일반철도시설 관리사업을 수행하여야 하고 그동안 이 사건 임대사업을 통해 얻은 이 사건 선로사용료 전부를 이 사건 용역대금으로 투입하여 왔으므로 원고가 일반철도시설 관리사업을 영위함에는 적어도 이 사건 선로사용료와 이 사건 출연금을 합한 금액 상당이 필요한 점, 원고는 국가로부터 일반철도시설 관리사업을 위탁받으면서 철도시설관리권을 설정받아 AAA로 하여금 일반철도시설을 사용하게 하고 이 사건 선로사용료를 징수하여 일반철도시설 관리사업에 투입한 점 등을 모두 종합하여 보면, 원고의 비과세사업인 일반철도시설 관리사업의 공급가액을 ⁠‘이 사건 선로사용료와 이 사건 출연금의 합한 금액에서 이 사건 선로사용료를 공제한 나머지 금액인 이 사건 출연금 상당액’으로 평가하고, 다시 구 시행령 제81조 제1항으로 되돌아가 이에 준하는 방법으로 불공제 대상 매입세액을 계산함이 합리적이다.

③ 2018. 2. 12.까지의 과세기간에 대하여는 원고의 비과세사업의 공급가액을 이 사건 출연금 상당액으로 보고 구 시행령 제81조 제1항에 준하는 방법으로, 2018. 2. 13. 이후의 과세기간에 대하여는 개정 시행령 제81조 제1항의 방법으로, 각 공통매입 세액 중 불공제 대상 매입세액을 계산하면, 이 사건 매입세액과 같다. 과세사업 공급가 액과 비과세사업 공급가액의 비율이 7:3 정도이므로, 공통매입세액의 30% 정도가 비과세사업에 안분되어야 할 불공제 대상 매입세액이 되는데, 이 사건 매입세액이 공통매입세액의 30% 정도에 해당하기 때문이다.

④ 그 동안 원고는 이 사건 용역을 제공한 AAA로부터 세금계산서를 교부받음에 있어, 이 사건 용역대금 중 이 사건 선로사용료와 상계한 부분(용역대금의 약 70% 정도)의 세금계산서와 이 사건 출연금으로 지급하는 부분(용역대금의 약 30% 정도)의 세금계산서를 구분하여 교부받았다. 그리고 원고는 이 사건 출연금으로 지급된 용역대금 부분을 비과세사업과 관련된 것으로 판단하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고, 이 사건 선로사용료로 지급된 용역대금 부분의 매입세액만을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고 납부하여 왔다. 이러한 원고의 업무처리는 국가나 AAA와의 관계에서 관계 법령이나 관련 계약에 따라 이루어진 것으로 보이고, 구 시행령 제81조 제1, 4항을 곧바로 적용할 수 없는 이상 합리적인 안분계산의 방법을 정하는 문제는 원고와 과세당국의 판단을 우선하여야 하는 점에 비추어 보면, 그동안 원고와 국가, AAA가 사용하여 온 위 안분계산방법은 일응 합리적이라고 판단된다.

라) 소결론

결국 피고가 이 사건 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 것은 정당하므로, 이 사건 처분에는 원고 주장의 위법이 없다.】

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 하고, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전고등법원 2024. 07. 23. 선고 대전고등법원 2024누10834 판결 | 국세법령정보시스템