요지

누락수입에 대응하는 별도비용의 지출 증거에 대한 주장, 입증은 납세의무자가 하는 것이 경험칙과 형평의 원칙에 부합하다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 순번 1, 3, 4, 5 각 소득금액변동통지처분 및 2016. 8. 26. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 순번 2 소득금액변동통

지처분 중 2,403,151,228원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 681,628,523원의 부과처분 중 205,732,710원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 3,825,739원의 부과처분,별지 1 목록 순번 1, 3, 4, 5 각 소득금액변동통지처분 및 2016. 8. 26. 원고에 대하여한 별지 1 목록 순번 2 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 지위

원고는 광업 및 토사석채취업을 목적으로 하는 주식회사이고, ch은 원고의 대표

이사이며, jj는 원고의 감사이다.

나. 광업권 등 양도계약 체결

1) 원고는 2012. 4. 25. 주식회사 kk(이하 ⁠‘kk’이라 한다)과, kk에

원고의 광업권, 기기, 장비, 시설물 일체를 대금 40억 원에 포괄적으로 양도하는 계약

(이하 ⁠‘이 사건 양도계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 양도계약의 주요내용은 아

래와 같다[아래 ⁠‘’ 8항의 굴삭기 3대 중 ⁠‘강원’이라고만 표시된

굴삭기는 jj 명의로 2012. 2. 15. 등록된 강원00노0000 굴삭기(이하 ⁠‘이 사건 굴삭

기’라 한다)를 의미한다(을 제9호증의 1)].

2) 원고는 이 사건 양도계약 체결일 무렵 kk광업에 이 사건 양도계약에 따라 광

산, 기기, 장비, 시설물 일체를 인도하였다(제00호, 제00호 광업권에 관한 이전

등록은 2013. 5. 24. 이루어졌다)

다. 세무조사 및 원처분

1) 피고는 2015. 9. 21.부터 2015. 10. 30.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건

세무조사’라 한다)를 실시하여 그 결과를 토대로 2015. 12. 1. 원고에게 2012 사업연도법인세 712,039,770원을 추가로 부과하는 경정․고지처분과 2013 사업연도 법인세

14,640,330원을 추가로 부과하는 경정․고지처분을 하고, 아래 표와 같이 원고에게 소

득금액변동통지를 하였다.2)

2) 2012 사업연도 법인세 부과처분 및 각 소득금액변동통지처분의 구체적 경위

가) 이 사건 세무조사 당시 이 사건 양도계약에 따른 대금이 신고 누락된 사실,

ch이 원고 법인카드를 업무와 무관하게 사용하여 2011년 4,890,180원, 2012년

15,737,000원 등 합계 20,627,180원(이하 ⁠‘이 사건 법인카드 사용액’이라 한다)을 지출하였음에도, 원고가 이를 장부에 계상하지 않아 원고의 현금 자산이 위 사용액만큼 과다하게 계상된 사실이 밝혀졌다.

나) 피고는 이 사건 법인카드 사용액을 2011 사업연도와 2012 사업연도 익금에

산입하지 않았다.

다) 피고는 이 사건 양도계약에 따른 대금을 4,071,089,290원[= 이 사건 양도계약

상의 양도대금 40억 원 + 양수법인의 대납액 71,089,290원 U원고에게 사업을 양도하였던 dd주식회사(이하 ⁠‘dd’이라 한다)의 국세체납액 및 근로복지공단에 대한 미납액 이하 ⁠‘이 사건 양도대금’이라 한다]으로 보아 이를 2012 사업연도익금에 산입하고, 이에 대응하는 원가를 1,550,598,751원(원고가 취득하였던 광업권 중 에서 제000호 광업권만 그 취득가액을 2억 원으로 인정하여 그 금액을 포함시켰고,

광산물 취득가액은 포함시키지 않았다)으로 보아 이를 2012 사업연도 손금에 산입하였다.

라) 피고는 아래 표와 같이 이 사건 양도대금 중 3,109,830,498원이 사외유출되어

그 중 3,042,687,228원은 ch에게, 67,143,270원은 jj에게 각 귀속된 것으로 보고, 이 사건 법인카드 사용액은 ch에게 귀속된 것으로 보아, 앞서 본 것처럼 소득

금액변동통지처분을 하였다. 아래 표 중 이 사건 양도대금 3.5에 관한 피고의 처분

근거는 아래 ⑴, ⑵항과 같다.

⑴ 3 금액에 관하여

㈎ 2011년 2억 500만 원: 금진광업이 이 사건 양도계약에 따라 승계한 원고의

2011. 5. 26.자 차입금(채권자 000자원공사) 중 00 인수자금으로 사용되었던 2억 500만 원

㈏ 2012년 2,403,151,228원: 2012. 4. 25. 계약금으로 ch 개인계좌에 입금된

금원 3억 원 + 원고가 2012. 10. 31. 중도금으로 수령한 21억 원 중 귀속이 불분명한

금액 1,473,151,228원 + 금진광업이 이 사건 양도계약에 따라 승계한 원고의 2012. 11.5.자 차입금(채권자 00자원공사) 중 ch의 개인계좌로 입금된 금액(6억 5,000 만 원)에서 00주유소로 이체된 금액(2,000만 원)을 제외한 나머지 6억 3,000만 원

㈐ 2013년 374,536,000원: 2013. 5. 20. 잔금으로 ch 개인계좌로 입금된 금

액(2억 원)에서 0000주유소에 이체된 금액(25,464,000원)을 제외한 나머지

174,536,000원 + 2013. 8. 12. ch이 잔금으로 수령한 5,000만 원(수표로 수령) +

2013. 9. 17. ch이 잔금으로 수령한 5,000만 원(수표로 수령) + 2013. 11. 20. 잔금 으로 엄창열 개인계좌로 입금된 1억 원

㈑ 2014년 6,000만 원: 잔금으로 ch의 개인계좌에 2014. 1. 27. 입금된

2,000만 원 + 2014. 4. 3. 입금된 1,000만 원 + 2014. 6. 30. 입금된 3,000만 원

⑵ 5 금액에 관하여

㈎ 2012년 65,143,270원: 이 사건 양도대금 중 jj 명의로 등록된 이 사건

굴삭기의 할부대금을 변제하는 데 사용된 금원

㈏ 2014년 200만 원: 2014. 5. 21. 잔금으로jj의 개인계좌에 입금된 금액

라. 전심절차 및 경정

1) 이의신청

원고는 위 다.의 1)항 기재 각 처분에 불복하여 2016. 1. 5. 피고에게 이의신청을

하였고, 피고는 이를 일부 받아들여 2016. 2. 29. 2012 사업연도 법인세 4,394,610원,

2013 사업연도 법인세 4,374,130원3)을 각 감액경정하였다.

2) 조세심판청구

가) 원고는 이에 불복하여 2016. 5. 24. 조세심판원에 조세심판을 청구하였다(조심

2016중2123). 조세심판원은 원고의 심판청구를 일부 받아들여 2016. 7. 20. 다음과 같이 재조사결정을 하였다.

나) 피고는 재조사결정에 따라 2016. 8. 4.부터 2016. 8. 22.까지 재조사(이하 ⁠‘이

사건 재조사’라 한다)를 실시하여, 그 결과를 토대로 2016. 8. 26. 위 다.의 1)항 표 순번 3 소득금액변동통지처분을 취소하고, 같은 표 순번 2 소득금액변동통지처분의 소득금액을 65,143,270원 증액하는 처분을 하였으며, 2016. 10. 5. 2012 사업연도 법인세20,410,200원4), 2013 사업연도 법인세 3,724,240원5)을 각 감액경정하였다. 이와 관련한 구체적인 내용은 다음과 같다.

⑴ 피고는 이 사건 재조사 당시, 제000호 광업권의 명의가 2000. 9. 20. 0000개발에서 jj로 이전된 것과 관련하여(위 광업권의 명의는 2000. 8. 21. dd에서 원고 및 0000개발 공동명의로 변경되었고, 2000. 9. 20. 원고와 jj공동명의로 변경되었다), 위 광업권의 실질적인 취득자는 jj가 아닌 원고이고, 그취득대가로 4,450만 원을 지출한 사실(당시 jj에게 양수대가를 지불할만한 경제적능력이 없었고 2015. 12. 19. jj가 임의탈퇴하여 광업권 명의가 원고 단독 명의로

된 점, 0000개발에서 2000년 2기 부가가치세 신고 시 원고에게 4,450만 원의 세금

계산서를 발행한 점을 근거로 하였다), jj 명의로 된 이 사건 굴삭기의 실제 소유

자가 jj가 아닌 원고라는 사실을 인정하였다(jj가 원고에게 위 굴삭기를 대여

하고 임차료를 수취한 적이 없는 점을 근거로 하였다).

⑵ 위 재조사 결과에 따라 피고는 2012 사업연도에 제64210호 광업권 매수대금

4,450만 원을 추가로 손금산입하였다. 그리고 이 사건 굴삭기의 할부대금 65,143,270원과 관련하여 위 다.의 1)항 표 순번 3의 소득금액변동통지처분을 취소하고, 위 금액이 원고 대표이사인 ch에게 귀속된 것으로 보아 같은 표 순번 2의 소득금액변동통지

처분의 금액을 위 금액만큼 증액하였다.

다) 피고는 2016. 8. 29. 원고에게 재조사결과를 통지하였고, 원고는 2016. 11. 24.

이 사건 소를 제기하였다.

마. 이 사건 소송 계속 중 추가 감액경정

1) 원고는 이 사건 소송 과정에서 2012 사업연도 법인세 부과처분과 관련하여 ⁠‘구

조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다)에서 규정한 중소기업특별세액 감면은 경정 후의 산출세액, 과세표준,감면대상 소득금액을 기준으로 재계산하여야 한다. 이에 따라 중소기업특별세액 감면액 산출오류부분만을 기초로 감면액을 다시 산정하면 35,416,985원이 된다. 그런데 피고는 29,810,548원만을 감면하였으므로 그 차액인 5,606,437원(= 35,416,985원 －

29,810,548원)을 추가로 감면하여야 한다’고 주장하였다. 피고는 위 주장을 받아들여

2017. 7. 17. 2012 사업연도 법인세 5,606,437원을 감액경정하였다.

2) 원고는 이 사건 소송 과정에서 2013 사업연도 법인세 부과처분과 관련하여 ⁠‘원

고는 2013 사업연도 법인세 신고 시 결손금이 32,709,813원 발생한 것으로 신고하면서결손금 소급공제 환급신청을 하여 6,541,963원을 환급받았다. 그리고 피고는 2013 사업연도 법인세 경정을 하면서 원고로부터 위 환급금 6,541,963원을 모두 추징하였다.

그런데 전심절차와 그에 따른 감액경정을 거치면서 원고의 2013 사업연도 결손금은

16,407,863원으로 감소하였다. 이와 같이 결손금이 감소한 경우에는 환급금 전액이 아

니라 결손금이 감소된 비율에 해당하는 금액만큼만 추징하여야 한다. 이에 따라 계산

하면 환급액은 3,825,742원이 된다. 따라서 제2 부과처분 중 3,825,742원을 초과하는

부분은 취소되어야 한다’고 주장하였다. 피고는 위 주장을 받아들여 2017. 7. 17. 2013사업연도 법인세 2,716,211원을 감액경정하였다.

바. 감액경정 및 증액경정에 따라 남은 처분

1) 법인세 부과처분(이하 아래 순번에 따라 ⁠‘제1, 2 부과처분’이라 한다)

2) 소득금액변동통지처분[이하 아래 순번에 따라 ⁠‘제1 내지 5 소득금액변동통지처

분’이라 하고 이를 합하여 ⁠‘이 사건 각 소득금액변동통지처분’이라 한다 ]당초 한 처분은증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하는 점에 비추어(대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결 등 참조), 소송의 대상이 되는 2012 귀속 소득금액변동통지처분은 2016. 8.26.자 소득금액변동통지처분이 된다 ]

2. 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 2와 같다.

나. 제1 부과처분에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

가) 원고가 제출한 자료에 의하면 제0001호 광업권을 4억 5,000만 원에 취득한

사실을 충분히 인정할 수 있으므로, 위 광업권 취득금액 4억 5,000만 원도 손금산입되

어야 한다(이하 ⁠‘제1 주장’이라 한다).

나) 원고가 제출한 자료에 의하면 광산물(규석)을 4억 8,000만 원에, 제0005호 광

업권을 5억 원에 각 취득한 사실을 충분히 인정할 수 있다. 그리고 위 광산물은 2002.

8.경 태풍루사로 인해 소실되었고 위 광업권은 2006. 6. 27. 등록말소되기는 하였으나 이 사건 양도계약의 목적물은 개개의 자산이 아니라 원고의 사업 그 자체이고, 위 광

산물 및 광업권은 원고의 사업을 위하여 지출된 손실 또는 비용에 해당하므로 손금산

입되어야 한다. 구체적인 내용은 다음과 같다(이하 ⁠‘제2 주장’이라 한다).

⑴ 자산의 평가손실은 원칙적으로 손금에 산입하지 않지만(법인세법 제22조 본

문), 예외적으로 법인세법 제42조 제3항 각 호의 자산에 대해서는 그 자산의 감액사유 가 발생한 그 사업연도의 장부상에 손금으로 계상한 경우에 한하여 손금산입을 할 수

있다[법인세법 제22조 단서, 제42조 제3항, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제78조 제3항].

한편, 구 법인세법 시행령 제19조 각 호에서 손비의 범위에 관하여 구체적으로 정하고

있지만 이는 예시규정이고, 법인세법 제19조, 구 법인세법 시행령 제19조 제20호에 의

하면 법인세의 손금은 반드시 특정한 익금에 직접 대응하는 것에만 한정되지 않고 그

법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되 는 통상적인 것도 포함된다.

⑵ 이러한 규정에 따라 이 사건에 관하여 보면 원고는 위 광산물과 광업권을 취

득할 당시 이를 장부상에 사업용 재고재산(광산물의 경우), 사업용 무형고정자산(광업

권의 경우)으로 계상하지 않았고, 그로 인해 위 각 자산이 멸실되었음에도 그 평가손실을 장부에 계상할 수 없었으므로 위 각 자산에 관한 손금산입 사업연도를 멸실 당시

사업연도인 2002 사업연도(광산물의 경우), 2006 사업연도(광업권의 경우)로 볼 수는

없다.

⑶ 그렇다면 위 각 자산이 법인세법 제19조에 정한 손금에 해당하는지 살펴보아

야 한다. 이 사건 양도계약은 그 목적물이 개개의 자산이 아니라 원고의 사업 그 자체

인 점, 원고는 동우자원개발로부터 광산사업을 인수할 때 위 광산물과 광업권을 매수

할 의사가 없었으나(위 광업권의 광구는 다른 광업권의 광구들과 달리 그 광구에서 채

굴되는 광산물의 종류나 시장성 등에 관해 수익성을 담보할 수 없었고, 위 광산물도

수익성을 담보할 수 없었다), dd로부터 이를 매수하지 않으면 광산사업 중

어느 것도 양도하지 않겠다는 압박을 받아 부득이하게 매수한 점을 보면 위 광산물과

광업권의 취득가액은 이 사건 양도계약의 목적물인 사업 그 자체의 취득금액에 해당한다.

다) 원고가 이 사건 법인카드 사용액을 장부에 계상하지 않는 바람에 장부상 원고

의 현금자산이 과대계상되었다. 따라서 피고로서는 현금자산을 감액하는 세무조정(손금산입)을 함과 동시에 같은 금액을 업무무관비용임을 이유로 익금산입하는 세무조정을하여 그 귀속자에 대한 소득처분을 했어야 한다. 그럼에도 피고는 이와 같은 조치를

취하지 않았으므로 제1 부과처분은 위법하다(이하 ⁠‘제3 주장’이라 한다).

라) 이 사건 양도대금은 구 조세특례제한법 제7조에서 정한 중소기업특별세액 감

면대상 소득에 해당한다. 이에 따라 중소기업특별세액 감면액을 다시 산정하면

91,246,633원이 된다. 따라서 차액 61,436,085원(= 91,246,633원 - 당초 신고액

29,810,548원)을 추가로 감면하여야 한다(이하 ⁠‘제4 주장’이라 한다).

2) 판단

가) 제1, 2 주장에 관하여

⑴ 취득가액을 인정할 수 있는지(제1, 2 주장 공통)

㈎ 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입 에 대응하는 별도비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액 에 가산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 점에 관하여는 그

별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장·증명하도록 하는 것이 경험칙과 형평의 원칙 에 부합한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결 등 참조).

㈏ 원고가 이 부분 주장을 증명할 자료로, ⁠‘dd이 ch에게 제0001호 광업권을 대금 4억 5,000만 원에 양도한다’는 취지의 1998. 12. 20.자 광업권양도계약서(갑 제5호증의 1), dd이 위 매매대금으로 2억 3,000만 원, 2억 2,000만원을 각 수령하였다는 취지의 각 영수증(갑 제5호증의 2, 3), ⁠‘dd이 원고에게 제0005호 광업권을 대금 5억 원에 양도한다’는 취지의 1998. 4. 15.자 광업권 매수계약서(갑 제6호증의 1), dd이 위 매매대금으로 1억 원, 8,000만 원, 3억 2,000만 원을 각 수령하였다는 취지의 각 영수증(갑 제6호증의 2, 3, 4), ⁠‘dd이 ch에게 광물 약 6만 톤을 4억 8,000만 원에 양도한다’는 취지의 1998. 9. 15.자 광물에 관한 계약서(갑 제7호증의 1), dd이 위 매매대금으로 1억 원, 5,000만 원,1억 1,000만 원, 1억 4,000만 원, 8,000만 원을 각 수령하였다는 취지의 각 영수증(갑제7호증의 2 내지 6)을 제출하였다.

㈐ 그러나 갑 제3호증의 1, 2, 3, 갑 제5호증의 1, 을 제11 내지 14호증의 각 기

재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가

제출한 자료만으로는 위 각 자산의 취득금액을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할

증거가 없다.

1. 위와 같이 거액의 거래를 하면서도 원고가 dd에 해당금원을 지급하였다고 볼만한 아무런 금융자료(계좌거래내역이나 수표)가 없는 점은 이해하기 어렵고, 위와 같은 거액을 현금으로 주었다고 보기도 어렵다.

② 원고는 2012 사업연도 법인세 경정 시 대응원가로 인정받은 제0000호 광

업권 취득가액의 증빙자료로 ⁠‘dd이 ch에게 제000호 광업권, 제0001호 광업권을 대금 2억 원에 매도한다’는 내용의 1998. 4. 15.자 계약서(갑 제3호증의1), dd이 위 매매대금으로 1998. 4. 25. 1억 원, 1998. 4. 30. 1억 원을 각지급받았다는 취지의 각 영수증(갑 제3호증의 2, 3)을 제출하였다. 그런데 원고가 제0001호 광업권 취득가액의 증빙자료로 제출한 1998. 12. 20.자 계약서(갑 제5호증의1)에는 ⁠‘1998. 4. 15. 제0001호 광구를 명시한 것은 잘못 명시되었으니 지울 것’,

‘1998. 4. 15. 양도한 광업권은 제0000호 광구를 양도한 것이다’라는 기재와 함께 ⁠‘제

0001호 광업권을 4억 5,000만 원에 매도한다’고 기재되어 있다. 위 각 계약서와 영수

증의 내용에 의하면 원고는 1998. 4. 15. dd로부터 제0001호 광업권을 제000호 광업권과 함께 2억 원에 매수하여 그 대금을 모두 지급하고 난 후 그로부터약 8개월 뒤에 위 계약이 잘못되었다며 다시 제0001호 광업권에 관하여 대금을 4억5,000만 원으로 하여 계약서를 작성하였다는 것인데, 이는 거래내용이나 금액에 비추어 매우 이례적인 것이어서 원고가 제출한 자료를 쉽사리 믿기 어렵다(게다가 원고는 전심절차에서 제0001호 광업권의 취득가액을 손금으로 산입하여야 한다는 주장을 한적도 없다).

⑵ 이미 멸실된 자산의 취득가액을 손금으로 인정할 수 있는지(제2 주장 관련)

갑 제10호증의 기재에 의하면 제0005호 광업권은 2006. 6. 27. 개발의무불이행 으로 소멸등록된 사실을 인정할 수 있고, 원고는 dd로부터 취득한 광물이

2002. 8.경 멸실되었다고 주장하는바, 다음과 같은 이유로 위 각 자산의 취득금액은

2012 사업연도의 손금으로 볼 수 없다.

즉, 원고가 이 사건 양도계약의 목적물이라고 주장하는 원고의 영업이라는 것도

원고의 개개의 유․무형의 재산과 경제적 가치를 갖는 사실관계가 서로 유기적으로 결

합하여 수익의 원천으로 기능하는 것을 의미한다. 그런데 위 광산물과 광업권은 이 사

건 양도계약으로부터 상당기간 이전에 멸실된 자산인 점, 이 사건 양도계약은 양도대

상이 되는 유․무형의 재산을 일일이 나열하여 명확히 특정하면서 그와 같이 특정된

재산을 양도․양수한다고 명시하고 있는데, 위 광산물과 광업권은 여기에 포함되어 있

지 않은 점, 원고가 제출한 자료(갑 제3 내지 7호증의 각 계약서와 영수증)에 의하더라도 위 광산물과 광업권은 현존하는 광업권과 그 가격이 별도로 책정되어 있어(개개의목적물별로 계약서를 작성하였다) 위 광산물과 광업권의 가액이 현존하는 광업권의 가액에 포함되었다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 위 광산물과 광업권은 이 사건 양도계약 당시에는 원고의 영업을 구성하고 있는 유․무형의 재산이라고 보기 어렵고,

위 자산취득이 이 사건 양도계약 당시 경제적 가치를 갖는 사실관계라고 보기도 어렵

다. 따라서 위 광산물과 광업권은 이 사건 양도계약의 대응원가에 해당하지 않는다(게

다가 법인세법 제22조, 법인세법 제42조 제3항, 구 법인세법 시행령 제78조 제3항에서 정한 자산의 평가차손의 손금산입에 관한 규정은 법인세법 제19조 제2항의 ⁠‘이 법에서 달리 정하고 있는 것’에 해당하므로, 원고가 위 광산물과 광업권의 취득가액을 멸실된 해당 사업연도에 계상하지 않은 이상 이를 더 이상 손금으로 산입할 수 없다).

⑶ 원고의 위 각 주장은 이유 없다.

나) 제3 주장에 관하여

과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의

하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므 로, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출·결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법

한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니

하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정

당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아닌바(대법원

2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조), 원고의 이 부분 주장에 따르더라도 세무조정을 하지 않은 피고의 잘못이 제1 부과처분의 과세표준과 이를 전제로 하는 세액에영향을 미치는 것은 아니므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 제4 주장에 관하여

구 조세특례제한법 제7조 제1항에서 규정한 ⁠‘당해 사업에서 발생한 소득’이라 함은

감면대상사업의 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미하고 그 소득을 금융기

관에 예치하여 얻은 이자수익이나 당해 사업을 타에 양도함으로써 얻게 된 특별이익

등은 여기에 포함되지 않는다(대법원 2006. 2. 10. 선고 2005두12824 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 이 사건 양도대금은 원고의 사업을 타에 양도함으로써 얻게 된

특별이익이지 감면대상사업인 광업 활동에서 직접 발생한 소득이 아니므로, 구 조세특

례제한법 제7조 제1항에 정한 당해 사업에서 발생한 소득으로 볼 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 소결론

제1 부과처분은 적법하다.

다. 제2 부과처분에 관한 판단

앞서 1. 마.의 2)항에서 본 것처럼 피고는 원고의 주장을 받아들여 그 주장대로 감액

경정처분을 하였는바, 원고는 그 이후인 2017. 10. 11. 제출한 청구취지변경 신청서를

통해 위 경정 후 남은 제2 부과처분의 취소를 구하면서도 그 위법사유에 관하여는 아

무런 주장을 하지 않고 있다. 이러한 사정에 비추어 원고의 이 부분 청구는 이유 없고, 제2 부과처분은 적법하다.

라. 소득금액변동통지처분에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

가) 이 사건 법인카드 사용액을 익금에 산입하지 않았음에도 소득처분을 하고, 이 를 전제로 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다(이하 ⁠‘제1 주장’이라 한다).

나) 피고는 2012 사업연도 법인세 경정 시에 익금산입한 이 사건 양도대금 중

3,007,687,228원을 상여로 소득처분하였음에도 원고에게 소득금액변동통지를 할 때는 이 사건 양도대금 중 소득처분한 금액을 3,109,830,498원으로 기재하였다. 이와 같이

법인세 경정 및 그에 따른 세무조정 내용, 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가

일치하지 않은 것은 피고가 소득처분 당시 제대로 계산을 하지 않았다는 것을 의미한

다. 따라서 이 사건 각 소득금액통지처분은 위법하다(이하 ⁠‘제2 주장’이라 한다).

다) 피고는 2012 사업연도 법인세 경정 시 익금으로 산입한 금액을 소득처분하였

으므로 원고에게 2012년 귀속 소득금액변동통지를 하였어야 한다. 그럼에도 피고는 임

의로 2011년부터 2014년 귀속으로 나누어 소득금액변동통지를 하였으므로 이 사건 각

소득금액변동통지처분은 위법하다(이하 ⁠‘제3 주장’이라 한다)

라) 이 사건 굴삭기의 실질적인 소유자는 원고이므로, 이 사건 양도대금으로 위 굴

삭기의 할부금액 65,143,270원을 변제하였다고 하여 그 이익이 ch에게 귀속되었다 고 할 수 없다. 따라서 위 금액을ch에 대한 상여로 소득처분할 수 없고, 이를 전

제로 위 금액에 대하여 소득금액변동통지처분(제2 소득금액변동통지처분 중 일부이다)

을 한 것은 위법하다(이하 ⁠‘제4 주장’이라 한다).

마) 피고가 이 사건 재조사 후 2016. 8. 26. ch을 소득자로 한 2012년 귀속 소

득금액변동통지처분을 경정하면서 65,143,270원을 증액하여 제2 소득금액변동통지처분을 한 것은 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙을 위반한 것이다(이하 ⁠‘제5 주장’이라 한다).

2) 판단

가) 제1 주장에 관하여

법인세법 제67조의 소득처분은 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함 에 있어서 익금에 산입한 금액이 법인의 내부에 유보된 것인지 또는 사외로 유출된 것

인지를 확정하고, 만일 당해 금액이 사외로 유출된 것이라면 누구에게 어떤 소득의 형

태로 귀속된 것인지를 특정하여 그 귀속자와 소득의 종류를 확정하는 세법상의 절차로

서 이미 특정과세연도에 귀속된 소득을 사후적으로 확인하는 절차이다(대법원 2008. 4.24. 선고 2006두187 판결 참조). 그리고 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 소득세법 시행령’이라고 한다) 제192조 제1항의법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 조세행정처분으로서, 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때원천징수하는 소득세 또는 법인세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정된다(대법원

2013. 9. 26. 선고 2011두12917 판결 참조). 이러한 소득처분과 소득금액변동통지의 취지와 효과 등에 비추어 보면, 익금에 산입하는 등으로 세무조정을 하지 않은 금액에

대해서는 소득처분을 할 수 없고, 이를 전제로 하는 소득금액변동통지도 할 수 없다고

보아야 한다.

그런데 피고가 이 사건 법인카드 사용액을 익금에 산입하지 않은 사실은 앞서 본

바와 같으므로, 위 금액에 대해서는 소득처분을 할 수 없다. 그렇다면 제1, 2 소득금액

변동통지처분 중 이 사건 법인카드 사용액에 관한 부분(제1 소득금액변동통지처분의

경우 4,890,180원, 제2 소득금액변동통지처분의 경우 15,737,000원)은 위법하고, 원고의위 주장은 이유 있다.

나) 제2 주장에 관하여

⑴ 이 사건 양도대금 중 이 사건 각 소득금액변동통지처분에 의하여 소득금액변

동통지된 금액이 총 3,109,830,498원6)인 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제1, 2, 3호증의 각 1의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 2012 사업연도 법인세 과세표준및 세액결정(경정)결의서에는 이 사건 양도대금 중 3,007,687,228원을 상여로 소득처분한 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다.

⑵ 한편, 을 제1, 2, 3호증의 각 1, 을 제6호증 1의 각 기재에 의하면, 피고 소속

공무원이 이 사건 재조사를 마치고 원처분일(2015. 12. 1.) 이전인 2015. 10. 30. 작성한 법인사업자 조사종결 보고서에는 이 사건 각 소득금액변동통지처분과 동일하게 ⁠‘이사건 양도대금 4,071백만 원 중 3,043백만 원은 ch에게, 67백만 원은 jj게 각 익금 산입 상여 처분하였다’고 기재되어 있는 사실, 2012 사업연도 법인세 과세표

준 및 세액결정(경정)결의서에는 이 사건 양도대금으로 익금 산입되어 소득처분된 금

액이 총 4,071,089,290원(= 상여 3,007,687,228원 + 기타 1,063,402,062원)인 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다.

⑶ 위 인정사실과 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 과 같은 각 사정에 의하면, 피고가 이 사건 양도대금 중 소득처분한 금액은 소득금액

6) 이 사건 각 소득금액변동통지처분 금액 합계액 3,130,457,678원 - 이 사건 법인카드 사용액 20,627,180원변동통지된 3,109,830,498원이라 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

㈎ 2012 사업연도 법인세 과세표준 및 세액결정(경정)결의서의 기재에 의하더라 도 피고가 이 사건 양도대금을 전부 익금 산입하여 그 중 일부를 상여로 소득처분하려

했음을 알 수 있고, 다만 위 결의서에는 피고가 그 귀속을 일부 달리하여 소득처분한

것으로 기재되어 있을 뿐이다. 그리고 소득처분은 소득자에 대한 소득세나 법인에 대

한 법인세 부과처분 이전에 법인의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 그

귀속을 정하는 과세관청의 확인행위일 뿐 소득자나 법인에 대한 행정처분은 아닌데다 가, 피고가 이러한 소득처분을 하였다고 해서 곧바로 원고의 원천징수의무가 성립하는

것은 아니며, 원고에 대한 소득금액변동통지가 있어야만 비로소 원고의 원천징수의무 가 성립되는바, 이러한 소득처분 및 법인에 대한 소득금액변동통지의 기능과 성격을

볼 때, 법인세 과세표준 및 세액결정(경정)결의서와 소득금액변동통지서의 기재가 다른 이 사건에서 과세관청인 피고의 의사(소득처분한 금액)는 위 결의서가 아니라 법인인

원고에게 직접 원천징수의무를 부과하는 서류인 이 사건 각 소득금액변동통지서에 정

확히 표시되어 있다고 봄이 타당하고, 단순히 위 결의서상의 금액과 소득금액변동통지

된 금액이 다르다는 것만으로(위 결의서상의 금액은 오기로 보인다) 곧바로 피고가 계

산을 제대로 하지 않아 소득처분을 잘못하였고 소득금액변동통지처분도 잘못된 것이라 고 볼 것은 아니다.

㈏ 특히 피고 소속 공무원이 작성한 법인사업자 조사종결 보고서를 보면 피고는

원처분 이전에 이 사건 양도대금에 대하여 이 사건 각 소득금액변동통지처분과 같은

금액으로 소득처분을 하려했음을 명확히 알 수 있고, 앞서 1.의 다.2).라).항에서 본 것

처럼 소득금액변동통지된 금액의 산정근거에 대해서 분명히 밝히고 있기도 하다.

다) 제3 주장에 관하여

⑴ 과세관청이 법인세법 제67조에 의한 소득처분을 하면 그 소득은 소득세법 제

17조 제1항 제4호(배당소득), 제20조 제1항 제3호(근로소득), 제21조 제1항 제20호(기

타소득)에 근거하여 소득세의 과세대상이 된다. 이러한 소득처분에 의한 의제소득의 경우는 현실귀속소득의 경우와 달리 당해 소득금액이 지급되었다는 사실에 과세근거를

두는 것이 아니라 소득금액이 지급된 것으로 의제하는 것에 불과하므로, 그 소득금액

의 수입시기와 지급시기(원천징수의무의 성립․확정시기)를 법령의 규정에 의하여 정

해줄 필요가 있다. 이에 따라 소득세법 시행령은 제46조 제6호(배당소득), 제49조 제1

항 제3호(근로소득), 제50조 제1항 제2호(기타소득)에 소득자의 수입시기를 의제하는

규정을, 소득세법은 제131조 제2항 제1호(배당소득), 제135조 제4항(근로소득), 제145

조의2(기타소득)에 소득의 지급시기를 의제하는 규정을 두고 있다. 위 규정 중 상여 처분에 의한 근로소득에 대해서 구체적으로 보면, 소득자의 수입시기는 ⁠‘당해 사업연도중의 근로를 제공한 날’이 되고(소득세법 시행령 제49조 제1항 제3호), 원천징수의무자인 법인의 그 근로소득의 지급시기는 구 소득세법 시행령 제192조의 소득금액변동통지를받은 날이 된다(소득세법 제135조 제4항). 이러한 규정에 의하면 상여 처분에 따른근로소득에 관한 소득세의 귀속연도는 대상 금액이 익금 산입된 사업연도 중 근로를제공한 날이 된다.

⑵ 이 사건에 관하여 구체적으로 살핀다.

㈎ 피고는 이 사건 양도대금을 2012 사업연도 익금에 산입하고 그 중 일부인

3,107,830,498원을 ch에 대한 상여, 2,000,000원을 jj에 대한 상여로 소득처분

하였다. 위와 같이 소득처분한 금액은 근로소득에 해당하는데, 이러한 피고의 법인세

경정내용에 따르면(피고의 법인세 경정이 타당한지는 별론으로 하고), 위 근로소득의

수입시기는 당해 사업연도 즉, 2012 사업연도 중 근로를 제공한 날인 2012 사업연도가된다. 따라서 피고가 위 법인세 경정에 따라 소득금액변동통지를 하려했다면 귀속연도를 모두 2012년도로 했어야 한다.

㈏ 먼저 제2 소득금액변동통지처분에 관하여 보면, 제2 소득금액변동통지서에

기재된 이 사건 양도대금으로 인한 소득금액 2,403,151,228원은 2012 사업연도 법인세경정 시 익금 산입되어 상여로 소득처분된 금액에 포함된 금액이다. 결국 위 소득금액에 대해서는 해당 사업연도의 법인세 익금 산입과 소득처분이 이루어진 것이므로, 위소득금액에 대한 제2 소득금액변동통지처분은 적법하다.

㈐ 다음으로 제1, 3, 4, 5 소득금액변동통지처분에 관하여 보면, 제1, 3, 4, 5 소

득금액변동통지는 2011, 2013, 2014 사업연도에 각 해당 금액을 익금산입하여 ch

이나 jj에게 상여로 소득처분하였다는 취지이다. 앞서 본 것처럼 익금에 산입하는

등으로 세무조정을 하지 않은 금액에 대해서는 소득처분을 할 수 없고, 이를 전제로

하는 소득금액변동통지도 할 수 없는데, 을 제1, 2, 3호증의 각 1, 을 제16, 17호증의

각 기재에 의하면 피고는 각 해당 사업연도에 해당 소득금액을 익금 산입하지도 않고

이를 상여로 소득처분하지도 아니한 사실이 인정된다. 결국 위 각 소득금액변동통지처

분은 해당 소득금액을 해당 사업연도의 익금에 산입하는 세무조정 및 이에 따른 소득

처분 없이 이루어진 통지에 해당하므로 위법하다.

라) 제4 주장에 관하여

국세기본법 제14조 제2항은 ⁠“세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익,

재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”고

규정하고 있고, 법인세법 제4조 제2항은 ⁠“법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관

한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.”고 규정하여 내용에 관한 실질과세의 원칙을 확인하고 있다. 이러한 내용에 관한 실질과세의 원칙은 과세물건의 해당성과 그 구분․과세표준의 산정․세율의 적용구분 등을판단함에 있어서 실질 또는 실체에 따르도록 요구하는 원칙이다.

이와 관련하여 국세청 훈령인 법인세법 기본통칙에서는 공부상의 등기가 법인의

명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 해당 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는

이를 법인의 자산으로 본다고 규정하고 있고, 차입금의 명의인과 실질적인 차용인이

다른 경우에는 실질적인 차용인의 차입금으로 하되 실질적인 차용인에 해당하는지의

여부는 금전대차계약의 체결․담보의 제공․차입금의 수령․각종 비용의 부담 등 차입 에 관한 업무의 실질적인 행위내용과 차입한 금액의 용도 등을 기준으로 판단한다고

규정하고 있다.

피고가 이 사건 재조사 당시 이 사건 굴삭기가 실질적으로 원고의 소유라고 판단

한 사실은 앞서 본 바와 같은데, 위 굴삭기가 이 사건 양도계약의 목적물에 포함되어

있는 점, kk은 실제로 위 굴삭기를 인도받았으며 2013. 2. 20. 소유권이전등록까

지 경료받은 점(을 제9호증의 2)을 고려하면 위와 같은 피고의 판단은 타당하다. 한편, 을 제15호증의 2, 을 제22호증의 각 기재에 의하면, 원고는 위 굴삭기를 jj 명의 로 취득하면서 위 굴삭기의 할부금 채무를 인수한 사실, kk은 이 사건 양도계약 에 따라 위 굴삭기를 양수하면서 그 할부금 잔액 65,143,270원의 채무를 그대로 인수

한 다음 위 금액을 kk의 부채인 장기미지급금으로 회계처리한 사실을 인정할 수

있는데, 위 인정사실에 의하면 위 65,143,270원은 사외유출되어 ch에게 귀속된 것 이 아니다.

따라서 위 금액을 ch에 대한 상여로 소득처분하고 이를 전제로 원고에게 소득

금액변경통지처분을 한 것(제2 소득금액변동통지처분 중 65,143,270원)은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(이와 같이 이 사건 굴삭기와 관련한 금액에 대하여 소득금액변동통지처분을 할 수 없다고 보는 이상 제5 주장에 대해서는 더 나아가 판단하지 않는다).

3) 소결론

결국 제1, 3, 4, 5 소득금액변동통지처분은 전부 위법하고, 제2 소득금액변동통지처

분은 그 중 2,403,151,228원(= 2,484,031,498원 - 이 사건 법인카드 사용액 중 2012년사용분 15,737,000원 - 이 사건 굴삭기 할부금 변제금액 65,143,270원)을 초과하는 부분이 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 청구는 이유 없

으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대법원 2018. 07. 26. 선고 강릉지원 2016구합50632 판결 | 국세법령정보시스템