요지

매입자납부특례규정에 따라 구리 스크랩등을 공급받은 사업자가 납부한 부가가치세액을 공급한 사업자가 납부한 것으로 보아 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하는 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 20OO.OO.OO 원고에 대하여 한 2015년 제1기 부가가치세 OOO원의

환급을 구하는 경정청구에 관하여 한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 OO시 OO동 OOO-OO에서 ⁠‘AAA’이라는 상호로 고철 및 철스크랩 등의 도․소매업에 종사하고 있다. 원고는 위 사업장과 관련하여 2015년 제1기분 부가가치세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 피고는 20OO.OO.OO 원고가 2015년 제1기 과세기간 동안 거래(이하 ⁠‘이 사건 거래’라고 한다)에 관하여 가공세금계산서를 거래 상대방에게 교부하여 자료상 행위를 하였다는 사유로 각 매출세액, 매입세액 뿐만 아니라 원고가 위 가.항 기재와 같이 기납부한 부가가치세 OOO원(세액 중 10원 단위 미만은 모두 버림으로 한다, 이하 같다)을 모두 0원으로 경정하고, 세금계산서불성실 가산세 OOO원을 부과․고지(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라고 한다)하였다.

다. 원고는 20OO.OO.OO 피고에게 이 사건 거래가 가장거래라고 한다면 원고가 기지급한 부가가치세에 상당한 세액은 원고에게 환급해야한다는 사유로 OOO원(=기납부 부가가치세 OOO원 - 세금계산서불성실 가산세 OOO원, 이하 ⁠‘쟁점 세액’이라고 한다)의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 20OO.OO.OO 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라고 한다)을 하였다.

라. 원고는 20OO.OO.OO 조세심판원에 주위적으로 이 사건 거래가 가장거래가 아니라는 사유로 이 사건 부과처분의 취소를, 예비적으로 위 다.항 기재와 같은 사유로 기 납부한 부가가치세의 환급을 구하는 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 20OO.OO.OO. 이 사건 거래는 가장거래에 해당하므로 위 부과처분은 적법하다는 이유로 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다(이하 ⁠‘선행 행정심판’이라고 한다).

마. 또한, 원고는 20OO.OO.OO 조세심판원에 위 다.항 기재와 같은 사유로 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 20OO.OO.OO 조세특례제한법 제106조의9 제2항에 의하면 원고가 반환을 구하는 부가가치세를 실제 납부한 자는 원고가 아닌 원고의 매입자(매출처)이므로 원고는 이 사건 거부처분으로 인하여 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않았다는 이유로 원고의 청구를 각하하는 결정을 하였다(이하 ⁠‘후행 행정심판’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

조세특례제한법 제106조의9 소정의 매입자납부특례에 의하여 매입자가 납부한 부가가치세액은 매출자가 납부할 세액에서 차감되어야 하므로, 쟁점 세액에 관한 부가가치세를 실제로 납부한 자가 원고가 아닌 매입자라는 이유로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않았다는 항변

1) 피고는, 원고가 반환을 구하는 부가가치세의 실제 납부자는 원고가 아니라 원고의 매입자이므로, 원고는 이 사건 거부처분으로 인하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 사건 소는 부적법하다고 항변한다.

2) 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제

출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’를 들고 있다.

3) 살펴보면, 원고가 부가가치세법에서 정한 법정신고기한 내에 2015년 1기분 부가가치세에 관하여 각 과세표준신고서를 제출하였고, 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 내에 제출한 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액에 대하여 경정을 청구한 사실, 피고가 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞에서 본 바와 같으므로 원고는 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구권자에 해당한다고 할 것이어서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분에 대하여 원고는 그 취소를 구할 이익이 있다 할 것이다. 따라서 피고의 이 부분 본안 전 항변은 이유 없다.

나. 적법한 전심절차를 거치지 않았다는 항변

1) 피고는, 원고가 선행 행정심판에서 조세심판원으로부터 기각 결정을 받았음에도 불구하고 적법한 제소기간 내에 행정소송을 제기하지 않았는데, 다시 이 사건 거부

처분의 취소를 구하는 후행 행정심판을 청구하여 각하 결정을 받고, 이 사건 소를 제기하였으므로 이 사건 소는 제소기간 도과로 이미 확정된 내용을 다시 주장하는 것으로 부적법하다고 주장한다.

2) 납세의무자가 조세부과처분 자체의 위법을 다투는 소송과 구 국세기본법(2016.

12. 20. 법률 제14382호 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 제1호에 따라 원처분의 과세액 감액경정청구를 하였다가 그 거부처분의 위법을 다투는 소송은 그 소송물을 달리하는 것일 뿐 아니라 위 감액경정청구 규정의 문언내용과 감액경정청구제도의 취지 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자는 그 후 이루어진 과세관청의 증액경정처분에 대해서도 경정 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과하는 경우에는 그 증액경정처분에 대한 불복청구기간이 경과하였는지 여부와 상관없이 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 감액경정청구를 할 수 있다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두10792 판결 등 참조).

3) 갑 제1호증, 을 제2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 20OO.OO.OO 조세심판원에 주위적으로 이 사건 거래가 가장거래가 아니라는 사유로 이 사건 부과처분의 취소를, 예비적으로 부가가치세의 환급을 구하는 선행 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 20OO.OO.OO 원고의 예비적 주장은 판단하지 않은 채 원고의 청구를 기각하는 결정을 한 사실, 원고는 20OO.OO.OO 조세심판원에 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 후행 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 20OO.OO.OO 원고의 청구를 각하하는 결정을 한 사실을 인정할 수 있다.

4) 살펴보면, 국세기본법상 심판청구에 대한 재결이 있는 경우 동일한 처분에 대하여 다시 심판청구를 제기할 수 없으나(구 국세기본법 제55조 제9항), ⁠(1) 원고는 선행 행정심판과 달리 후행 행정심판 및 이 사건에서 이 사건 거래가 가장거래라는 점은 다투지 아니하였던 점, ⁠(2) 조세부과처분의 취소소송과 경정거부처분의 취소소송은 그 소송물을 달리하는 점, ⁠(3) 선행 행정심판에서 쟁점 세액의 환급을 구하는 원고의 예비적 주장은 판단된 사실이 없었던 점, ⁠(4) 조세심판원으로서는 선행 행정심판 과정에서 그 청구 당시에는 이루어지지 않았던 이 사건 거부처분의 위법사유를 심리․판단할 수 없었다고 보이는 점 등 사정을 종합하면, 경정청구 거부처분에 대한 조세심판 청구가 조세부과처분을 다투는 조세심판에 대한 중복청구라고 볼 수 없다.

5) 한편 적법한 행정심판 청구임에도 재결청이 부적법하다고 각하한 경우 적법한 행정심판절차를 거친 것으로 보아야 하는데, 위 가.항에서 본 바와 같은 이유로 후행 행정심판 청구는 적법함에도 조세심판원은 권리보호이익이 없다는 이유로 각하하였다.

6) 따라서 선행 행정심판에 관한 제소기간이 도과하였다고 하더라도 원고는 다른 위법사유를 내세워 이 사건 거부처분을 다툴 수 있고, 원고가 이 사건 거부처분(20OO.OO.OO)이 있음을 안 날로부터 90일 이내인 20OO.OO.OO 적법한 후행 행정심판을 청구한 이상 전심절차를 거치지 아니하였다는 피고의 이 부분 본안 전 항변은 받아들이지 아니한다.

4. 처분의 적법성 판단

가. 관련법령 등

구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의9 제1항은 구리 스크랩 등을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 ⁠‘구리 스크랩등사업자’라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩등 거래계좌를 개설하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 구리 스크랩 등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 부가가치세법 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 본문은 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩등 거래계좌를 사용하여 구리 스크랩등의 가액은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다고 규정하고 있다. 또한, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의13 제4항은 법 제106조의9 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 자’란 입금된 부가가치세액의 환급 및 국고에의 입금 등 부가가치세 매입자납부 특례제도를 안정적으로 운영할 수 있다고 인정되어 국세청장이 지정한 자를 말한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2016. 3. 14. 기획재정부령 제555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조의6 제1항은 영 제106조의13 제4항에 따라 국세청장으로부터 지정받은 자는 법 제106조의9 제3항에 따라 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 국세청장이 정하는 바에 따라 해당 사업자에게 환급할 수 있다고 규정하고 있다.

나. 판단 이 사건의 주된 쟁점은 매입자납부특례에 따라 원고의 매입자가 납부한 부가가치세액을 매출자인 원고가 납부한 세액으로 인정할 수 있는지 여부라고 할 것인데, 위 인정사실에 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 가공매출로 인하여 과세표준 및 매출세액을 경정함에 있어 매입자가 납부한 부가가치세액을 매출자인 원고의 기납부세액으로 공제하여 달라는 취지의 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다.

(1) 부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되 는 조세로서, 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 지는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만(부가가치세법 제3조), 사업자가 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수하고(부가가치세법 제31조), 사업자가 납부하여야 할 납부세액을 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산함으로써(부가가치세법 제37조, 전단계세액공제법) 결국 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다.

(2) 그런데 구리 스크랩등이 다른 폐자원에 비해 고가이고 지속적인 수요가 있어 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 일명 ⁠‘폭탄사업자’가 광범위하게 나타나자, 2013. 5. 10. 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩등 거래에 있어서 매입자가 부가가치세를 납부하는 매입자납부특례규정이 신설되었고, 2014. 1. 1.부터 시행되었다. 이와 같은 매입자납부특례제도의 도입배경과 앞서 본 부가가치세의 성격, 과세방법 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법상의 매입자납부특례규정은 조세탈루방지와 조세징수편의 등의 목적을 달성하기 위하여 특정 과세대상(구리 스크랩등)에 관하여는 공급자(매출자)가 매입자로부터 거래징수하여 부가가치세를 납부하는 대신 매입자에게 직접 부가가치세를 납부하도록 예외를 규정한 것으로 해석된다.

(3) 매입자납부특례규정에 따라 매입자가 납부한 부가가치세액의 공제 또는 환급에

있어서 구 조세특례제한법 제106조의9 제8항은 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조의6 제1항은 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 해당 사업자에게 환급할 수 있다고 규정하고 있다. 이는 매입자납부특례규정에 따라 구리 스크랩등을 공급받은 사업자(매입자)가 납부한 부가가치세액을 구리 스크랩등을 공급한 사업자(매출자)가 납부한 것으로 보아 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하는 것이라고 해석되며, 이 사건과 같이 가공매출로 인하여 매출세액 및 매입세액이 각 0원으로 경정되는 경우라고 하여 매출자가 최종 납부할 세액을 산출함에 있어 매입자가 납부한 부가가치세를 매출자의 기납부세액으로 공제하지 아니할 근거가 없다.

6. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 수원지방법원 2017. 10. 31. 선고 수원지방법원 2017구합63116 판결 | 국세법령정보시스템