요지

3년 이상 종전 농지를 경작한 사람이 대토농지를 취득한 후 3년 이내에 공익목적사업으로 협의매수, 수용되는 경우 3년 이상 경작한 것으로 보아 종전 농지의 양도소득세가 감면된다는 의미임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6. 13. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 198,296,000원의 부과

처분을 취소한다.

  이 유

1.처분의 경위

가. 원고는 2006. 9. 25. 매매를 원인으로 ○○시 ○○면 ○○리 산 △△-△ 외 3필지 합계 74,223㎡(이하 ⁠‘종전 농지’라 한다)를 3,481,552,000원에 취득하여 2012. 3. 20.

4,320,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2012. 5. 31. 피고에게 종전 농지에 대하여 구 조세특례제한법(2015. 12.

15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 소정의 농지대토에 대한

양도소득세 감면신청을 하였고, 2013. 3. 11. ☆☆시 ☆☆면 ☆☆리 □□-□ 외 21필지

합계 35,112㎡(이하 ⁠‘이 사건 농지’라 한다)를 689,397,000원에 취득하였다.

다. 이 사건 농지는 2015. 8. 3. ☆☆시에 1,397,857,000원에 협의매수되었고, 원고는

2015. 10. 31. 피고에게 이 사건 농지에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 소정의 자

경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.

라. 피고는 원고가 이 사건 농지를 보유한 기간은 7년 10개월 19일[구 조세특례제한

법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조

제6항에 따라 종전 농지 보유기간인 5년 5개월 25일 및 이 사건 농지 보유기간인 2년

4개월 24일 합산함]에 해당하므로 구 조세특례제한법 제69조 소정의 8년 이상 자경기

간 요건을 충족하지 못하였다고 보아 감면세액을 부인하고, 2016. 6. 13. 원고에 대하여

2015년 귀속 양도소득세 198,296,000원을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 6. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2016.

12. 27. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는

것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 구 조세특례제한법 제69조 소정의 8년 자경기간 산정에 구 조세특례제한법 시행

령 제67조 제4항이 적용되는지 여부

1) 원고의 주장

새로운 대토농지를 취득한 후 3년 이내에 협의매수·수용되는 경우 3년 이상 경작한

것으로 간주하는 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항은 구 조세특례제한법

제69조 소정의 8년 자경기간 산정에도 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 농지의 경작

기간은 3년에 해당하여 종전 농지의 경작기간을 합산할 경우 8년 자경기간이 충족된다.

2) 판단

구 조세특례제한법 시행령 제67조 제3항은 구 조세특례제한법 제70조 제1항의

농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 구체화하여 규정하고 있고, 같은 법 시행령

제4항은 ⁠“제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3

년 이내에 토지보상법에 따른 협의매수· 수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우

에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.”고 규정하고 있다.

위 규정에 비추어보면, 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항은 종전 농지의 대토

농지에 대한 양도소득세 감면요건에 관한 것으로서, 3년 이상 종전 농지를 경작한

사람이 대토농지를 취득한 후 3년 이내에 공익목적사업으로 협의매수·수용되는 경우 3

년 이상 경작한 것으로 보아 종전 농지의 양도소득세가 감면된다는 의미이고, 위 규정 을 구 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 준용한다는 규정이 없는

이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 있어서 8년 자경요건 판단에 확대하여 적용

할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 대금을 청산한 날과 소유권이전등기접수일이 다른 경우 대금을 청산한 날을 양

도일로 볼 수 있는지 여부

1)　 원고의 주장

원고는 ☆☆시의 공익사업에 협조하기 위하여 잔금 수령 전에 소유권이전등기를 해준

것이므로, 이 사건 농지의 양도일은 소유권이전등기접수일인 2015. 8. 3.이 아닌 잔금

청산일인 2016. 2. 11.로 보아야 한다. 따라서 이 사건 농지의 경작기간은 2년 9개월에

해당하여 종전 농지의 경작기간을 합산할 경우 8년 자경기간이 충족된다.

2) 판단

소득세법 제98조는 ⁠“자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을

청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당

자산의 대금을 청산한 날로 한다.”고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령

제162조 제1항은 ⁠“대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는

경우"란 각 호의 경우를 말한다.”고 하면서 제2호1)에서 ⁠‘대금을 청산하기 전에 소유권

이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등 에 기재된 등기접수일’로 규정하고 있다.

위 규정에 비추어 보면, 이 사건 농지의 양도일은 잔금청산일인 2016. 2. 11.이 아닌

소유권이전등기일인 2015. 8. 3.에 해당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

라. 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호의 위헌 여부

1) 원고의 주장

소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호는 소득세법 제98조의 위임입법의 한계를 벗어

났고, 협의에 응하지 않아 토지가 수용된 사람이 협의매수된 사람보다 기간계산의

이익을 취하게 되므로 평등의 원칙에 위반되어 무효이다.

2) 판단

살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 소득세법 제98조는 그 문언상으로도 대금을 청산한

날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 대금을 청산한 날이

양도차익의 기준일이 되지 않을 수도 있음을 예정하고 있는 점, ② 소득세법 제98조 및 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호의 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소

득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여

러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을

모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한

규정에 해당하는 점(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 참조) 등에 비추어 보

면, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호가 위임입법의 한계를 벗어났다고 보기 어렵 고, 나아가 위 규정이 토지가 수용된 사람과 협의매수 된 사람 사이에 양도시기를

자의적으로 차별한다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 창원지방법원 2017. 08. 22. 선고 창원지방법원 2017구합50810 판결 | 국세법령정보시스템