요지

최초계약서 및 수정계약서만으로는 매매계약서, 영수증 등 중요한 부분이 미비하여 실거래가액을 인정할 수 없는 경우에 해당하므로 매매사례가액, 감정가액, 기준시가에 의해 산정해야 함에도 최초계약서 양도가액을 적용하여 산정한 처분은 위법하며, 최초계약서와 수정계약서상 매매목적물과 매도인이 달라 최초 계약서에서 정한대로 매매계약이 체결되었다고 볼만한 사정이 없고 원고들에게 지급한 매매대금과 수정계약서상 금액이 불일치하여 수정계약서의 금액을 실거래대금으로 보기 어려움

판결내용

아래의 내용과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 피고 @@@세무서장이 2022. 2. 1. 원고 김AA에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 273,229,750원 중 222,186,893원을 초과하는 부분, 원고 김CC에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 202,172,450원 중 164,146,282원을 초과하는 부분 및 피고 ###세무서장이 2022. 2. 7. 원고 김BB에게 한 2019년 귀속 양도소득세 185,866,510원 중 150,907,291원을 초과하는 부분의 각 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고 @@@세무서장이 2022. 2. 1. 원고 김AA에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 273,229,750원 중 222,186,893원, 원고 김CC에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 202,172,450원 중 164,146,282원 및 피고 ###세무서장이 2022. 2. 7. 원고 김BB에게 한 2019년 귀속 양도소득세 185,866,510원 중 150,907,291원의 각 부과 처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다.

청구 취지

피고 @@@세무서장이 2022. 2. 1. 원고 김AA에게 한 2019년 귀속 양도소득세 273,229,750원(가산세 포함), 원고 김CC에게 한 2019년 귀속 양도소득세 202,172,450원(가산세 포함)의 부과처분 및 피고 ###세무서장이 2022. 2. 7. 원고 김BB에게 한 2019년 귀속 양도소득세 185,866,510원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들, 김DD, 김EE, 김FF은 2009. 7. 27. ⁠‘대전 bb구 aa동 산OO-1 임야 19,140㎡’에 관하여 2008. 12. 29.자 협의분할에 의한 상속을 원인으로 하여, 김DD 2970.1460/19140 지분, 원고 김BB, 김EE 각 2970.1440/19140 지분, 원고 김AA 2970.1441/19140 지분, 원고 김CC 2970.1461/19140 지분, 김FF 4289.2758/19140 지분에 대한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

나. ⁠‘대전 bb구 aa동(이하 ⁠‘aa동’이라고만 한다) 산OO-1 임야 19,140㎡’는 2009. 8. 25. ⁠‘aa동 산OO-1 임야 18,908㎡’와 ⁠‘aa동 산OO-3 임야 232㎡(이하 ’산OO-3 토지 ⁠‘라 한다)’ 분할되었고, ⁠‘aa동 산OO-1 임야 18,908㎡’는 2015. 12. 11. 다시 ⁠‘aa동 산OO-1 임야 8,632㎡(이하 ’산OO-1 토지‘라 한다)’와 ⁠‘aa동 산OO-4 임야 10,276㎡’로 분할되었다. 이후 ⁠‘aa동 산OO-4 임야 10,276㎡‘는 2017. 9. 7. ’aa동 산OO-4 임야 2,052㎡‘(이하 ⁠‘산OO-4 토지’라 한다), ⁠‘aa동 산OO-5 임야 2,056㎡’(이하 산OO-5 토지 ⁠‘라 한다), ’aa동 산OO-6 임야 2,056㎡‘(이하 ’산OO-6 토지‘라 한다), ’aa동 산OO-7 임야 2,056㎡‘(이하 ’산OO-7 토지‘라 한다), ’aa동 산OO-8 임야 2,056㎡‘(이하 산OO-8 임야’라 한다)로 분할되었다(‘산OO-1 토지, 산OO-3 토지, 산OO-4 토지, 산OO-5 토지, 산 22-6 토지, 산OO-7 토지, 산OO-8 토지’를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다).

다. 김FF은 2016. 7. 8. 이GG에게 산OO-1 토지와 산OO-3 토지, ⁠‘aa동 산OO-4 임야 10,276㎡‘의 김FF 소유 지분 전체에 관하여 2016. 7. 1.자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 김DD가 사망함에 따라 2017. 4. 6. 산OO-1 토지와 산 22-3 토지, ⁠‘aa동 산OO-4 임야 10,276㎡‘의 김DD 소유 지분에 관하여 2016. 8. 12. 자 협의분할에 의한 상속을 원인으로 원고 김BB 1188.0584/19140 지분, 김EE, 원고 김AA, 원고 김CC 각 594.0292/19140 지분에 대한 각 소유권이전등기가 마쳐졌다. 김EE은 2018. 3. 27. ⁠‘산OO-1 토지, 산OO-4 토지, 산OO-5 토지, 산OO-6 토지, 산 22-7 토지, 산OO-8 토지’의 김EE 소유 지분 전체에 관하여 zz개발 주식회사에게 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳐주었고, 이후 2018. 3. 30.자 공유물분할을 원인으로 하여 ⁠‘산OO-4 토지’는 zz개발 단독 소유로, ⁠‘산OO-5 토지’는 이GG 단독 소유로, ⁠‘산OO-6 토지’는 원고 김AA 단독 소유로, ⁠‘산 22-7 토지’는 원고 김CC 단독 소유로, ⁠‘산OO-8 토지’는 원고 김BB 단독소유로 각 소유권이전등기가 마쳐졌다.

라. 원고들, 이GG, zz개발은 2019. 4. 15. 산OO-1, 산OO-4, 산OO-5, 산OO-6, 산 22-7, 산OO-8(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 쟁점토지’라 한다)과 aa동 178-3 전 817㎡를 주식회사 &&(이하 ⁠‘&&’이라고만 한다)에게 매매대금 합계 9,000,000,750원(이 사건 쟁점토지만의 매매가액은 8,490,997,000원)에 양도하기로 하는 계약서(이하 ⁠‘최초계약서’ 라 한다)를 작성하고, 같은 날 산OO-1 토지에 관하여 && 앞으로 가등기를 마쳤다. 이후 원고들, 이GG, HHH은 2019. 9. 27. 다시 이 사건 쟁점 토지만을 &&, 박NN, 박PP, 김QQ, 신RR, 박SS(이하 ⁠‘&& 등’이라 한다)에게 매매대금 8,376,100,00원에 양도하기로 하는 계약서(이하 ⁠‘수정계약서’라 한다)를 작성하고, 이 사건 쟁점 토지에 관하여 2019. 9. 27.자 매매를 원인으로 하여 && 등에게 소유권이전등기를 마쳐주었다. 최초계약서 및 수정계약서에 따른 이 사건 쟁점토지에 관한 매매계약의 내용을 정리하면 아래 표 기재와 같다.

마. 원고들은 2019. 11. 28. 수정계약서상의 양도가액을 적용하여 2019년 귀속 양도 소득세로, 원고 김AA는 191,720,190원, 원고 김BB은 259,330,060원, 원고 김CC은 235,517,190원을 각 신고·납부하였다.

바. %%세무서장(이하 ⁠‘조사관서’라 한다)은 HHH이 양도소득세를 신고하고도 납부 하지 아니하자 2021. 11. 1.부터 2021. 12. 31.까지 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 조사 결과 원고들이 이 사건 쟁점토지의 양도가액을 HHH에게 과다 책정하는 등 양도가액을 임의로 배분한 것으로 보아 최초계약서상의 양도가액을 실지거래가액으로 적용하여 양도소득세를 경정할 것을 피고들에게 통보하였다.

사. 이에 피고 @@@세무서장은 2022. 2. 1. 원고 김AA에 대하여 2019년 귀속 양도소득세를 273,229,750원(가산세 103,054,990원 포함)으로, 원고 김CC에 대하여 2019년 귀속 양도소득세를 202,172,450원(가산세 75,418,560원 포함)으로, 피고 ###세무서장은 2022. 2. 7. 원고 김BB에 대하여 2019년 귀속 양도소득세를 185,866,510원(가산세 69,335,780원 포함)으로 각 경정·고지하였다(이하 통틀어 ⁠‘당초 처분’이라 한다).

아. 원고들은 당초 처분에 불복하여 2022. 4. 19. 대전지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, 대전지방국세청장은 2022. 6. 16. 부당과소신고가산세 적용을 취소하고 일반과소신고가산세를 적용하여 세액을 경정하라는 내용의 일부인용 결정을 하였다.

자. 이후 피고 @@@세무서장은 원고 김AA에 대하여 당초처분 중 51,042,857원을, 원고 김CC에 대하여 당초처분 중 38,026,168원을 각 감액경정하였고, 피고 ###세무서장은 2022. 2. 7. 원고 김BB에 대하여 당초처분 중 34,959,219원을 감액경정하였다(당초처분 중 이와 같이 경정되고 남은 원고들에 대한 2019년 귀속 양도소득세의 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

차. 원고들은 이에 불복하여 2022. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 13. 원고들의 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 소 중 이 사건 각 처분액을 초과하는 부분에 관한 소의 적법 여부

가. 직권으로 살피건대, 과세관청이 조세부과처분을 한 뒤에 그 불복절차 과정에서 당초 부과처분의 일부를 직권으로 취소, 감액하는 내용의 경정결정을 한 경우 위 경정 처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 위 경정결정 이후에 당초의 부과처분이 위법하다고 하여 다투는 경우에는 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 되고(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결 등 참조), 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 잃어 더 이상 존재하지 않는 것이므로, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다고 할 것이다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 등 참조).

나. 위와 같은 법리에 따르면, 원고들이 당초 처분액 전체의 취소를 구하고 있음은 기록상 명백하고, 원고들이 취소를 구하는 당초 처분 중에서 앞서 인정한 바와 같이 피고들이 경정을 통해 일부 취소한 부분은 효력이 상실되어 더 이상 존재하지 않는다고 할 것이다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 처분액을 초과하는 부분, 즉 원고 김AA에 대한 2019년 귀속 양도소득세 273,229,750원 중 222,186,893원을 초과하는 부분, 원고 김CC에 대한 2019년 귀속 양도소득세 202,172,450원 중 164,146,282원을 초과하는 부분, 원고 김BB에 대한 2019년 귀속 양도소득세 185,866,510원 중 150,907,291원을 초과하는 부분에 관한 취소청구 부분은 이미 소멸하고 없는 처분에 대한 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

원고들은 수정계약서에 따라 이 사건 쟁점토지를 && 등에게 양도하였고, 수정계약서상 양도가액을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다. 최초계약서는 &&으로부터 계약금을 지급받아 이 사건 쟁점토지에 대한 압류 등을 해제하고 && 앞으로 가등기를 마쳐주기 위하여 작성된 가계약서에 불과하고, 수정계약서와는 그 매매목적물과 매매당사자가 달라 최초계약서상 양도가액을 이 사건 쟁점토지의 실지거래가액으로 볼 수 없다. 수정계약서상 양도가액이 원고들, 이GG, HHH 사이의 지분 비율과 일치하지 아니하는 이유는 HHH이 이 사건 쟁점토지에 대한 개발비용을 모두 부담하였기 때문에 HHH의 권리가액을 양도가액에 포함시켜 준 것이고, 실제로 이 사건 쟁점토지의 매매대금은 HHH의 채무 변제로 대부분 지급되었다. 따라서 원고들 이 신고한 수정계약서상 양도가액은 이 사건 쟁점토지의 실지거래가액에 해당함에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 최초계약서상 양도가액을 기준으로 양도소득세를 경정 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 쟁점토지를 양수한 &&이 2021. 12. 14. 조사관서에 제출한 확인서의 내용은 아래와 같다.

2) 원고들, 김FF, 김EE 및 김DD는 2012. 12.경 XX건설 주식회사(대표이사 HHH) 및 주식회사 @@@@@(대표이사 김**)에 대하여 아래와 같은 내용의 ⁠‘토지개발 행위에 따른 위임 약정서’를 작성하였다.

3) 한편, HHH은 2012. 9. 3.부터 2019. 12. 2. XX건설 주식회사가 해산간주될 때까지 위 주식회사의 대표이사로 재직하였고, 2019. 5. 16. 부동산개발업 등을 영위하는 zz개발의 대표이사로 취임하였다.

4) 2019. 4. 15.자 최초계약서상 토지의 매도인은 원고들, 이GG 및 zz개발이었고, 최초계약서에는 이 사건 쟁점토지 뿐만 아니라 원고 김BB과 원고 김AA가 각 1/2지분씩 공유하고 있었던 aa동 178-3 전 817㎡도 매매목적물로 포함되어 있었다.

5) 이 사건 상속토지에 대한 최초계약서상 특약사항의 주요 내용은 아래와 같다.

6) 이 사건 쟁점토지의 매매대금 지급과 관련한 매수인 &&의 금융거래내역은 아래 표 기재와 같다.

라. 판단

1) 관련 법리

가) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항은 ⁠‘제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다’고 규정하고 있고, 구 소득세법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의2 제1항, 제3항에 의하면, 양도자가 실지거래가액으로 신고하여야 하는 경우에도 장부 등의 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 없어 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액으로 할 수 없고, 추계조사의 방법을 적용하여 차례로 매매사례가액, 감정가액, 환산가액에 의하여야 하며, 이러한 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 기준시가에 의하여야 한다.

나) 한편, 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 참조).

다) 양도소득의 산정에 있어 납세의무자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 취득 및 양도에 관한 매매계약서 등을 제출하였다면, 과세관청으로서는 매매계약서 등이 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 매매계약서상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 이 경우 그러한 특별한 사정이 있다는 점은 과세관청이 이를 증명하여야 한다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누3183 판결 등 참조). 다만, 매매계약서의 진정성립을 인정할 증거가 없고 납세의무자가 주장하는 실지거래가액이 기준시가 내지 통상적인 거래가액과 현저히 차이가 나는 경우 등에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 있다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누5810 판결 등 참조).

2) 구체적인 판단 살피건대, 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제19호증의 기재, 증인 HHH의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 최초계약서 및 수정계약서만으로는 이 사건 쟁점토지를 양도할 당시의 실지거래가액을 인정할 수 없고, 원고들이 이 사건 쟁점토지를 양도할 당시의 실지거래가액 확인을 위 하여 필요한 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비하여 취득 당시의 실지거래가액을 확인ㆍ인정할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다. 그렇다면 피고들로서는 추계조사의 방법을 적용하여 차례로 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가에 의하여 양도가액을 산정하였어야 함에도 불구하고, 최초계약서상 양도가액을 실지거래가액으로 적용하여 양도소득세를 산정한 이 사건 각 처분은 위법하다.

가) 먼저, 최초계약서에 따라 이 사건 쟁점토지의 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는지 여부에 관하여 살펴본다.

(1) 하나의 법률관계를 둘러싸고 각기 다른 내용을 정한 여러 개의 계약서가 순차로 작성되어 있는 경우 당사자가 그러한 계약서에 따른 법률관계나 우열관계를 명확하게 정하고 있다면 그와 같은 내용대로 효력이 발생한다. 그러나 여러 개의 계약서에 따른 법률관계 등이 명확히 정해져 있지 않다면 각각의 계약서에 정해져 있는 내용 중 서로 양립할 수 없는 부분에 관해서는 원칙적으로 나중에 작성된 계약서에서 정한 대로 계약 내용이 변경되었다고 해석하는 것이 합리적인바(대법원 2020. 12. 30. 선고 2017다17603 판결), 수정계약서보다 먼저 작성된 최초계약서에서 정한대로 계약이 체결되었다고 볼 만한 특별한 사정이 인정되어야 할 것이다.

(2) 최초계약서상 산OO-1 토지의 매도인 중 일부와 산OO-4 토지의 매도인은 당시 위 각 부동산의 지분소유권자였던 zz개발이고, 수정계약서상 매도인은 대림개발의 지분을 이전받은 HHH인 사실은 앞서 본 바와 같다. 또한 최초계약서상 매매목적물로 포함된 aa동 178-3 전 817㎡는 수정계약서상 매매목적물에서는 제외되어 있고, aa동 178-3 전 817㎡에 관하여는 2021. 5. 18.에 이르러서야 2021. 5. 3.자 매매를 원인으로 하여 && 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다. 이와 같은 사정들을 고려하면 최초계약서와 수정계약서는 그 매매목적물 및 매도인이 달라 서로 양립할 수 없는 부분이 존재하고, 달리 최초계약서에서 정한대로 매매계약이 체결되었다고 볼 만한 특별한 사정을 찾아 볼 수 없다.

(3) 나아가, &&이 이 사건 쟁점토지에 대한 매매대금으로 지급한 총액이 약 8,410,697,000원인 사실은 앞서 본 바와 같은데, 이는 최초계약서상 이 사건 쟁점토지 양도가액 합계인 8,490,997,000원과 일치하지 아니하고, 달리 최초계약서에 기재된 양도가액을 이 사건 쟁점토지 양도 당시의 실지의 거래대금 그 자체로 볼 만한 사정이 없으므로, 최초계약서상 양도가액을 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없다.

나) 다음으로, 원고들이 신고한 수정계약서상 양도가액을 기준으로 실지거래가 액을 인정할 수 있는지에 관하여 본다.

(1) 수정계약서에 따른 산OO-1 토지에 대한 매매대금 합계 3,832,500,000원을 원고들, 이GG 및 HHH의 이 사건 상속토지에 대한 각 지분비율대로 배분하면, 원고 김AA 713,672,632원,

원고 김CC 713,673,032원, 원고 김BB 832,618,114원, 이GG 858,863,610원, HHH 713,672,612원인바, 위 각 금액을 수정계약서상 개인별 양도가액과 비교하면, HHH의 경우에는 양도가액이 2배 이상 증가한 반면 원고들의 경우에는 지분 비율에 따른 양도가액의 약 68% 수준에 불과한바, 이는 공유자들의 지분비율에 따라 거래가액을 산정하는 통상적인 방법에 의한 경우와 현저히 차이가 나는 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

(2) 원고들은 HHH이 이 사건 쟁점토지 개발 및 허가에 투입한 비용을 권리로 인정하여 양도가액을 배분하여 이를 기준으로 수정계약서를 작성하였다는 취지로 주장한다. 구 소득세법 제97조 제1항 제2호는 ⁠‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것을 양도차익 계산 시 양도가액에서 공제할 필요경비’로 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제1호 및 제67조 제2항에 따르면 "자본적 지출"이란 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 의미하는바, HHH이 실제로 이 사건 쟁점토지의 가치를 증가시키기 위하여 개발 및 허가비용 등을 투입하였다면 이는 소득세법 제97조에 따른 필요 경비로서 양도가액에서 공제하는 것이 HHH의 입장에서 양도소득세를 절감할 수 있는 합리적인 방법이라 할 것인데, 달리 HHH이 양도가액에서 필요경비를 공제하는 방식이 아닌 양도가액 자체를 더 많이 배분받는 방식을 선택한 납득할 만한 동기를 찾아 볼 수 없다. 나아가, 수정계약서상 산OO-1 토지의 공유자별로 매매대금을 배분하면서 ⁠‘개발행위 인허가권, 설계 공사비등 일체 사항 포함’이라고 기재되었을 뿐 그 배분의 구체적인 근거나 HHH이 투입한 개발비용에 대한 자료 등은 포함되어 있지 아니하고, 증인 HHH도 이 법원에서 ⁠‘얼마의 비용을 들였는지 정확한 증거는 없다. 제가 받은 돈 중에서 공사비에 다 들어갔다는 이야기는 아니고, 이것 말고 다른 사업을 했기 때문에 다른 사업에 들어간 돈도 있다’는 취지로 진술한 점, HHH이 대표이사로 있었던 zz개발을 매도인으로 하여 최초계약서를 작성하였다가, zz개발로부터 HHH으로의 산OO-1 토지 및 산OO-4 토지에 관한 소유권이전등기, 수정계약서의 작성 및 이 사건 쟁점토지에 관한 && 등 명의의 소유권이전등기가 모두 2019. 9. 27. 동일한 일자에 이루어진 점, 원고들이 2012. 12.경 작성한 위임약정서는 김DD의 사망이나 김JJ, 김FF의 지분 이전으로 인하여 소유권 변동이 일어나기 전에 작성된 것이고 토지대금도 52억 원으로 기재되어 있어 수정계약서 작성 시에도 유효한 서류로 보기 어려운 점 등을 고려하면, 원고들, 이GG, HHH 및 && 사이에 HHH이 투입한 개발비용 등을 권리로 인정하여 양도가액을 배분하기로 하는 합의가 있었음을 인정하기 부족하고, 수정계약서상 이 사건 쟁점토지에 대한 양도가액이 임의로 배분되었을 가능성 을 배제할 수 없다.

(3) &&의 대표이사는 2021. 12. 14. ⁠‘이 사건 쟁점토지에 대한 수정계약서는 잔금 지급 시 매도인들의 요구에 의하여 작성되었다’는 취지의 확인서를 작성하였다.

(4) aa동 산OO-5, 산OO-6, 산OO-7, 산OO-8은 그 면적이 2,056㎡로 동일하고 위치 역시 인접하여 있으며 최초계약서상으로는 그 양도가액이 모두 1,280,909,000원으로 동일하였는데, 수정계약서에 의하면 그 양도가액이 원고 김AA 소유의 aa동 산OO-6에 대하여만 498,000,000원으로 나머지 토지들에 대한 각 양도가액인 622,000,000원과 상이한바, 이와 같은 수정계약서상 양도가액의 차이를 인정할 만한 합리적인 근거를 찾아볼 수 없다.

(5) 조사관서가 파악한 &&이 지급한 이 사건 쟁점토지의 매매대금액 중 원고들에게 직접 지급된 금액은 원고 김AA 983,900,000원, 원고 김CC 889,582,612원, 원고 김BB 889,300,000원으로, 수정계약서상 원고별 양도가액의 합계인 원고 김AA 984,300,000원, 원고 김CC 1,108,300,000원, 원고 김BB 1,189,300,000원과 일치하지 아니하여 수정계약서상 금액을 실지의 거래대금으로 보기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 피고 @@@세무서장이 2022. 2. 1. 원고 김AA에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 273,229,750원 중 222,186,893원을 초과하는 부분, 원고 김CC에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 202,172,450원 중 164,146,282원을 초과 하는 부분 및 피고 ###세무서장이 2022. 2. 7. 원고 김BB에게 한 2019년 귀속 양도소득세 185,866,510원 중 150,907,291원을 초과하는 부분은 부적법하여 이를 각 각하하고, 원고들의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 

관계 법령

■ 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제96조(양도가액) 

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는

것으로 한다.

 1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래

가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

  나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세 표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 ⁠(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

■ 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)

제67조(즉시상각의 의제)

① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위 액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

 3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

 4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로

의 이용가치가 없는 것의 복구

 5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제163조(양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서 류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

 1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 제176조의2(추계결정 및 경정)

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

 2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가 사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

 1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

 2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

 3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

 4. 기준시가

출처 : 대전지방법원 2024. 01. 25. 선고 대전지방법원 2023구단201432 판결 | 국세법령정보시스템