요지

무효에 대한 입증은 원고에게 있고, 실제 거래보다 증액된 세금계산서 수취에 대해 매입세액을 불공제한 처분은 정당하며, 거래상대방 관할세무서에서 정당하게 처리하였으므로 조세공평주의에도 위배되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 6. 3. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 9,572,950원, 2009년제2기 부가가치세 8,322,910원, 2010년 제1기 부가가치세 14,544,710원, 2011년 제1기 부가가치세 24,315,280원, 2011년 제2기 부가가치세 37,533,290원, 2012년 제1기 부가가치세 37,217,550원, 2009년 귀속 종합소득세 47,680,440원, 2010년 귀속 종합소득세 33,304,180원의 각 부과처분 및 2013. 6. 8.자 75,545,071원의 부가가치세 환급신청 중 41,057,251원에 대한 거부처분이 각 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1981. 5. 30.부터 대전 0구 00로 00번안길 7에서 ⁠‘00약품’라는상호로 의약품 도매업을 하였다.

나. 원고는 2013. 1.경 2012년 제2기의 매출세액을 107,757,207원으로, 매입세액을183,302,278원으로 신고하여 부가가치세 75,545,071원의 환급을 신청하였는데, 피고는 2013. 4. 1.부터 2014. 4. 19.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 과정에서 원고가 00제약 주식회사(이하 ⁠‘00제약’이라 한다)로부터 의약품을 매입하면서 실제매입가격보다 증액된 금액을 공급가액으로 기재한 매입세금계산서를 발급받아 매입세액을 과다 공제한 사실을 확인하였다.

다. 이에 피고는 2013. 6. 3. 원고에 대하여 ⁠‘00제약으로부터 공급받은 의약품의 공급가액을 실제보다 증액하는 방법으로 허위의 세금계산서를 발급받아 부가가치세 신고시 매입세액을 과다하게 공제하였다’는 이유로 관련 매입세액을 공제하지 아니하고 2009년 제1기 부가가치세 9,572,950원, 2009년 제2기 부가가치세 8,322,910원, 2010년 제1기 부가가치세 14,544,710원, 2011년 제1기 부가가치세 24,315,280원, 2011년 제2기 부가가치세 37,533,290원, 2012년 제1기 부가가치세 37,217,550원, 2009년 귀속 종합소득세 47,680,440원, 2010년 귀속 종합소득세 33,304,180원을 각 경정․고지하였고, 원고가 환급신청한 2012년 제2기 부가가치세 75,545,071원 중 41,057,251원의 환급을 거부하고 34,487,820원만을 환급하되 이를 체납액이나 납기 중에 있는 국세에 충당하기로 하였다(이하에서는 위 각 부가가치세 및 종합소득세 부과처분과 부가가치세 환급거부처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 8. 30. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2014. 3. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 갑 제4호증의1 내지 9, 갑 제5호증의각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 00제약으로부터 의약품을 공급받으면서 그 의약품의 통상적인 가격에서 에누리액을 제외한 나머지 금액을 매입가격으로 00제약에게 지급하였고, 그 매입가격에 상응하는 매입세금계산서를 발급받았으며, 00제약은 이와 별도로 원고에게 판매장려금을 지급하였는데, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정에 따르면 에누리액은 과세표준에 산입되지 않고 판매장려금은 과세표준에 산입된다. 그럼에도 피고는 00제약이 원고에게 지급한 판매장려금까지 에누리액으로 보아 그 금액이 부가가치세의 과세표준에 해당하지 않음을 전제로원고가 실제 매입가격보다 증액된 공급가격으로 매입세금계산서를 발급받았다고 판단하여 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 부가가치세법의 규정에 반하는 중대․명백한 하자가 있다.

2) 피고는 원고에게만 이 사건 처분을 하고 원고와 거래한 00제약에는 아무런 과세처분을 하지 아니하였는바, 이 사건 처분은 조세평등주의를 위반하여 무효이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 처분이 부가가치세법의 규정을 위반하였는지 여부

구 부가가치세법 제17조 제1항은 ⁠‘사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ’매출세액‘이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 ’매입세액‘이라 한다)을 공제한 금액으로 한다’라고 규정하면서 그 제1호에서는 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매입세액의 하나로 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ⁠‘다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’라고 규정하면서 그 제1호에서 ⁠‘제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액’을 그 중 하나로 규정하고 있다. 따라서 사업자가매입처로부터 발급받은 매입세금계산서에 기재된 공급가액이 사업자가 실제로 매입처에게 지급한 금액보다 증액된 경우에는 그 증액된 부분에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고는 00제약으로부터 공급받은 의약품의 통상적인 가격에서 에누리액을 제외한 나머지를 매입가격으로 하여 그 매입가격에 상응하는 매입세금계산서를 발급받았다고 주장하나, 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장, 입증할 책임이 있다고 할 것인바(대법원 2000. 3. 23. 선고 99두11851 판결 등 참조), 갑제9호증의1 내지 8, 갑 제11호증의 각 기재만으로는 원고가 00제약으로부터 공급받은 의약품의 실제 매입가격과 00제약으로부터 발급받은 매입세금계산서의 공급가액이 동일하다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 오히려 을제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 원고는 00제약에 지급한 실제 매입가격보다 증액된 금액을 공급가액으로 기재한 매입세금계산서를 발급받은 것으로 보인다. 또한 원고는 00제약으로부터 지급받은 판매장려금에 상당하는 금액을 증액하여 00제약으로부터 매입세금계산서를 발급받았다는 이유로 이 사건 처분을 받았다고 주장하나, 피고는 원고가 실제 매입가격보다 증액된 금액을 공급가액으로 기재한 매입세금계산서를 발급받았다는 이유로 이 사건 처분을 한 것이지 00제약으로부터 지급받은 판매장려금에 상당하는 금액을 증액하여 세금계산서를 발급받았다는 이유로 이 사건 처분을 한 것이 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 조세평등주의 위반 여부

원고는 과세관청이 00제약에게 아무런 과세처분을 하지 아니하여 이 사건 처분이 조세평등주의를 위반하였다고 주장하나, 원고가 00제약으로부터 발급받은 매입세금계산서에 기재된 공급가액이 실제 매입가격보다 증액된 것임은 앞서 본 바와 같고, 을 제5, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 피고는 원고의 위와 같은 매입세금계산서 과다수취에 대하여 00세무서에 자료통보를 한 사실, 00세무서장은 00제약에 대하여 세무조사를 실시한 후 00제약이 실제 매출액보다 증액된 금액을 공급가액으로 기재한 매출세금계산서를 발행하였다고 판단하여 00제약의 매출세액을 감소시켜 부가가치세 환급결정을 한 사실을 인정할 수 있는바, 00제약은 이 사건 처분과 관련하여 부가가치세 환급을 받아야 할 대상이지 과세처분을 받아야 할 대상이 아니므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價􈚓)을 합한 금액(이하"공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(􈗸價)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한용역의 시가

5. 폐업하는 경우: 재고재화의 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금(􈀿􈕚􇼚)·장려금(􈧄􈃷􇼚)과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세

금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

출처 : 대전지방법원 2016. 08. 17. 선고 대전지방법원 2015구합102513 판결 | 국세법령정보시스템