요지

단순한 사실관계의 확인이나 질문조사에 그치는 경우는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않음

판결내용

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 사업 영위 및 종합소득세 신고

1) 원고는 다음 ⁠[표 1] 기재와 같이 사업자등록을 마친 뒤 다음 ⁠[표 1] 순번 1번기재 사업자와 관련하여 OO OO구 OO동 XXX 지상에 ⁠‘AAA’라는 이름의 공동주택을 신축하여 2012. XX. XX. 사용승인을 받고 2012. XX. XX.경부터 분양하였고, ⁠[표 1] 순번 2, 3번 기재 사업자와 관련하여 OO OO구 OO동 XX외 1필지 지상에 ⁠‘BBB’이라는 이름으로 오피스텔 56호, 도시형생활주택 39세대의 공동주택과상가 4호(이하, ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하여 2015. XX. XX. 사용승인을 받고 2015. XX. XX.경부터 분양하였다.

2) 원고는 2012년, 2014년 귀속 종합소득세를 신고하면서 수입금액 및 종합소득금액을 다음과 같이 신고하였다 .

3) 원고는 2013년 귀속 종합소득세와 관련하여, 직전 연도인 2012년에 발생한 사업수입금액 4,700,000원이 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제143조 제4항 제2호 나목에 규정된 기준금액에 미달하여 원고가 단순경비율 적용대상자에 해당한다는 이유로 위 ⁠[표 1] 순번 1번 기재 사업장에서 발생한 수입금액에 단순경비율을 적용하여 산출한 XX원을 사업소득금액으로 신고하고 그에 따라 산출된 종합소득세를 납부하였다.

4) 원고는 2015년 귀속 종합소득세와 관련하여, 직전 연도인 2014년에 발생한 사업수입금액 23,504,500원이 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제143조 제4항 제2호 가목 또는 나목에 규정된 기준금액에 미달하여 원고가 단순경비율 적용대상자에 해당한다는 이유로 위 ⁠[표 1] 순번 2, 3번 기재 사업장에서 발생한 수입금액(이 사건 건물의 분양수입금액)에 단순경비율을 적용하여 산출한 합계 XX원 등을 사업소득금액으로 신고하고 그에 따라 산출된 종합소득세를 납부하였다.

나. □□세무서장의 원고에 대한 1차 세무조사 및 원고의 수정신고 등

1) □□세무서장은 원고가 2013년, 2015년 귀속 종합소득세를 신고하면서 단순경비율을 적용하여 사업소득금액을 산출한 것이 적정한지 여부를 확인하기 위해 2017. 4. 20.부터 2017. 4. 24.까지 원고에 대한 현장 확인을 실시한 뒤 2017. 4. 27. 원고에게 ⁠‘현장 확인을 통해 제출된 자료만으로는 2013년, 2015년 귀속 종합소득세 신고 유형 적정 여부에 대한 판단을 하기 어려우므로 추후 절차에 따라 결정될 것이다’라고통지하였다.

2) □□세무서장은 2017. 11. 9. 원고에게 다음과 같이 세무조사를 실시하겠다고통지한 뒤 2017. 11. 9.부터 2017. 11. 28.까지 세무조사를 실시하였다(이하, ⁠‘이 사건 1차 조사’라 한다).

3) 원고는 2017. 11. 24. □□세무서장에게 ⁠[표 1] 순번 2, 3번 기재 사업장에서발생한 사업수입금액에 관한 사업소득금액을 기존의 XX원에서 구 소득세법시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제143조 제3항 제1호에 규정된 기준경비율 방식(기준소득금액과 비교소득금액 중 더 낮은 금액을 소득금액으로 결정하는 방식)에 따라 산출된 XX원으로 수정하는 것을 비롯하여 2015년 귀속 종합소득세에 관하여 수정신고를 하였고, 그에 따라 산출된 2015년 귀속 종합소득세 XX원을 추가 납부하였다.

4) □□세무서장은 이 사건 1차 조사 결과 원고가 2012년 귀속 종합소득세를 신고하면서 4,700,000원(사업수입)을 허위로 신고하고 2014년 귀속 종합소득세를 신고하면서 23,504,500원(사업수입)을 허위로 신고한 것을 확인하였고, 위 1차 조사 이후 원고에게 2012년 수입금액을 20,400,000원에서 15,700,000원으로, 2014년 수입금액을 43,904,500원에서 20,400,000원으로 경정하고 그에 따라 1,150,809원 및 213,276원을 환급하는 등의 내용으로 2012년, 2014년 귀속 종합소득세를 경정․고지하였다.

다. □□세무서장의 원고에 대한 2차 세무조사 및 종합소득세 경정처분

1) □□세무서장은 2021. 3. 8. 원고에게 다음과 같이 세무조사를 실시하겠다고 통지한 뒤 2021. 3. 15.부터 2021. 6. 14.까지 세무조사를 실시하였다(이하, ⁠‘이 사건 2차 조사’라 한다).

2) □□세무서장은 이 사건 2차 조사 결과 위 ⁠[표 1] 순번 2번 기재 사업장에서 발생한 총 수입금액(분양수입금액) XX원 중 XX원에 대하여는 업종코드 451102(주거용 건물 건물건설업)를 적용하여야 하나 나머지 XX원은 오피스텔 분양수입금이어서 업종코드 703021(비주거용 건물 개발 및 공급업)을 적용하여야 한다고 판단하였고, 이에 따라 2021. 5. 13. 원고에게 ⁠[표 1] 순번 2번 기재 사업장에 관한 사업소득금액을 기존 XX원에서 XX으로 경정하고 2015년 종합소득세액 XX원을 경정․고지하는 한편 비주거용 건물(이 사건 건물 중 오피스텔) 분양에 대한 토지등 매매차익 예정신고 무신고 가산세 XX원, XX원, XX원, XX원을 경정․고지하였다(이하, 통틀어 ⁠‘이 사건 각처분’이라 한다).

라. 전심절차 경유

원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 8. 9. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 심판청구가 2022. 10. 18. 기각되었다.

마. 사무의 승계

｢국세청과 그 소속기관 직제｣[별표 1]이 OO지방국세청에 □□세무서가 소속된 것으로 규정하였다가 2022. 2. 22. OO지방국세청에 □□세무서를 대신하여 남동세무서가 소속된 것으로 개정(대통령령 제32478호)되어 2022. 4. 22. 시행됨에 따라 피고가 □□세무서장으로부터 이 사건 각 처분에 관한 사무를 승계하였다.【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 7, 8, 10, 11, 14호증, 을 제1호증의 1,2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3, 4호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고

① □□세무서장이 2015년 귀속 종합소득에 대한 현장 확인을 실시한 뒤 이 사건 1차 조사를 하였고, 원고로 하여금 2015년 귀속 종합소득에 관하여 수정신고를 하게 함으로써 추가 납부세액이 XX원이 발생한 것을 이 사건 1차 조사의 주요성과로 보고하는 등 □□세무서장이 원고가 단순경비율을 적용하여 신고한 2015년 귀속 소득금액 및 세액의 적정성을 확인하기 위해 이 사건 1차 조사를 한 점,

② □□세무서장이 이 사건 1차 조사 당시 원고에게 2015년 귀속 종합소득세 신고에 관한 증빙자료 및 해명자료를 제출할 것을 요청하였고, 이에 따라 원고가 2015년 체결된 분양계약서 및 사용승인필증 등의 자료를 제출한 점 등에 비추어, □□세무서장은 이사건 1차 조사를 통해 원고의 2015년 귀속 종합소득에 대하여도 조사를 하였다고 보아야 한다.따라서 이 사건 2차 조사는 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하, ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 중복세무조사에 해당하므로, 이 사건 2차 조사에 기초하여 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 피고

1) □□세무서장은 이 사건 1차 조사 당시 원고가 2013년, 2015년 귀속 종합소득세를 신고하면서 단순경비율을 적용한 것이 적정한 것인지를 확인하기 위해 원고가 신고한 2012년 귀속 사업수입금액 4,700,000원, 2014년 귀속 사업수입금액 23,504,500원의 가공 여부만을 확인하였을 뿐 원고로부터 2015년 귀속 종합소득세 관련 자료를 제출받아 검토하거나 상당한 시일에 걸쳐 장부 등을 조사한 사실이 없다.

  □□세무서장이 원고에게 일부 자료의 제출을 요구하였더라도, 소명자료 제출을 요구하는 행위가 세무조사에 포함된다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 1차 조사가 원고의 2015년 귀속 종합소득세에 관한 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 2차 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 설령 이 사건 2차 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 보더라도, 원고가 2017. 11. 24. 수정신고를 하면서 이 사건 건물 중 오피스텔의 분양수입에 관하여 업종코드 703021을 적용하여야 함에도 업종코드 451102를 적용하는 방법으로 소득금액을 축소 신고하는 한편 위 오피스텔에 관한 토지등 매매차익 예정 신고 등을 하지 않은 사실이 신고자료, 건축물대장, 실거래가 신고자료 조회 등의 자료를 통해 명백히 확인되므로, 이 사건 2차 조사는 구 국세기본법제81조의4 제2항 제1호에 규정된 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는경우’로서 재조사가 허용되는 경우에 해당한다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관계 규정

별지 기재와 같다.

나. 이 사건 2차 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하는지 여부

  1) 관련 법리

        가) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다. 같은 취지에서 구 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다.

        이러한 관련 규정들의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법 취지,그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다(대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결 참조).

        나) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하, ⁠‘납세자 등’이라 한다)이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360판결 참조).

  2) 인정 사실

  갑 제4, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

        가) □□세무서장 측은 2017. 11. 9. 원고에게 다음과 같은 자료를 2017. 11.15.까지 제출할 것을 요청하였다(이하, ⁠‘이 사건 자료 요청’이라 한다).

        나) 원고가 제출한 aaa 명의 확인서(갑 제12호증)에는 ⁠‘이 사건 1차 조사 당시 원고의 세무대리인으로서 이 사건 자료 요청을 받고 분양주택 신축과 관련된 증빙자료(호실별 분양계약서, 2012년부터 2015년까지의 원고의 사업용 계좌 내역)를 종이로 인쇄하여 □□세무서장 측에 제출하였다’고 기재되어 있다.

3) 판단

□□세무서장이 이 사건 1차 조사 전 원고에 대한 현장 확인을 실시한 뒤 원고에게 ⁠‘현장 확인을 통해 제출된 자료만으로는 2015년 귀속 종합소득세 신고 유형 적정 여부에 대한 판단을 하기 어려우므로 추후 절차에 따라 결정될 것이다’라고 통지한사실, □□세무서장 측이 이 사건 1차 조사 당시 원고에게 2015년 귀속 종합소득세에 관한 자료를 제출할 것을 요청한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제6호증의 기재에 따르면 □□세무서장이 2017. 11.경 ⁠‘원고가 2015년 귀속 종합소득세를 기준경비율방식으로 산정하여 수정신고함으로써 XX원 상당의 추가납부세액을 적출하였다’는 내용의 조사 종결 보고서를 작성한 사실이 인정되며, □□세무서장의 위와 같은 자료 요청 및 이 사건 2차 조사는 모두 같은 세목 및 같은 과세기간(2015년 귀속 종합소득세)에 관한 것이기는 하다. 그러나 앞서 본 처분의 경위, 위 인정 사실과 갑 제14호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 1차 조사는 2015년귀속 종합소득세와 관련하여 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는간단한 질문조사에 그치는 것이어서 원고로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 원고의 영업의 자유에도 큰 영향이 없는 경우에 해당하므로, 재조사가 금지되는‘세무조사’에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

        가) □□세무서장은 원고가 이 사건 건물의 분양수입금액에 단순경비율을 적용하여 2015년 귀속 종합소득세를 신고한 것이 적정한지 여부를 확인하기 위해 이 사건 1차 조사 당시 원고에게 이 사건 건물 신축에 소요된 공사비 등을 확인할 수 있는자료의 제출을 1회 요청하였을 뿐, 2015년 귀속 종합소득세에 관하여 원고의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 원고를 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 과세표준이나 세액 결정에 관한 질문을 하는 등의 추가적인 조사행위를 하지는 않았다.

        나) 원고는 □□세무서장으로부터 이 사건 자료 요청을 받고 2015년 체결된 분양계약서 및 사용승인필증 등의 자료(갑 제14호증)를 제출하였다고 주장하고 있고, 원고가 제출한 aaa 명의 확인서(갑 제12호증)에는 ⁠‘원고가 이 사건 1차 조사 당시분양주택 신축과 관련된 증빙자료(호실별 분양계약서, 2012년부터 2015년까지의 원고의 사업용 계좌 내역)를 제출하였다’고 기재되어 있다. 그런데 원고는 주택 및 건물 신축판매업을 영위하면서 이 사건 건물을 신축․분양하였으므로 □□세무서장에게 제출하였다는 위 자료들을 당연히 보관․관리하고있었을 것으로 보이는 점, 원고가 위 자료를 준비․제출하기 위하여 감수한 부담의 정도 등 제반 사정을 종합하면, 원고가 □□세무서장의 요구에 따라 해당 자료를 제출하였다는 사정만으로 원고의 영업의 자유가 실질적으로 제한될 정도에 이르렀다고 보기 어렵다.

다. 소결 이 사건 1차 조사가 원고의 2015년 귀속 종합소득세에 대한 세무조사에 해당하지않는 이상 이 사건 2차 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 볼 수 없다. 이 사건 각 처분은 적법하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2024. 01. 26. 선고 인천지방법원 2023구합50299 판결 | 국세법령정보시스템