요지

제반사정에 비추어 보면 매매계약서에 기재된 취득가액을 부인한 것은 정당하며, 적법한 방법으로 실지조사를 통해 확정한 토지의 실지거래가액에 의한 취득가액을 초과하여 토지 취득에 필요경비가 발생하였다고 볼 자료는 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2003. 1. 4. **시 **구 **면 **리 2** 등 3필지 6,811m²(이후 분할 및 합병되었고, 이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하여 그 지상에 2014. 5. 19.부터 2016. 8. 8.까지 공장건물 1,181m²(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하였다.

나. 원고는 2016. 8. 8. 이 사건 토지 중 6,228m²와 이 사건 건물을 주식회사 **에게 3,570,000,000원에, 이 사건 토지 중 583m²를 김**에게 80,000,000원에 각 양도하고, 2016. 10. 31. 이 사건 토지 및 건물 양도에 대하여 이 사건 토지의 취득가액을 매매계약서(이하 ⁠‘이 사건 매매계약서’라 한다)에 기재된 1,586,000,000원으로 계산하여 2016년 귀속 양도소득세 203,160,530원을 신고․납부하였다.

다. 피고는 2022. 1. 26.부터 2022. 3. 6.까지 이 사건 토지 및 건물 양도에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 제출한 이 사건 토지의 취득 당시 이 사건 매매계약서는 소급 작성된 것으로 진정한 매매계약서로 볼 수 없어 이 사건 매매계약서에 기재된 취득가액 1,586,000,000원을 부인하여 금융조사내역과 양도자들의 진술 등 여러 사정을 고려하여 이 사건 토지의 실제취득가액을 554,700,000원으로 경정하였으며, 이 사건 건물의 취득가액에 종합소득세(사업소득금액) 필요경비로 계상한 이 사건 건물의 감가상각비가 포함된 사실을 발견하고 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제3항에 따라 이 사건 건물의 취득가액에서 감가상각비 16,000,000원을 차감하여, 2022. 5. 1. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 318,697,610원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

   1) 이 사건 매매계약서를 통하여 이 사건 토지의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 있고, 이 사건 매매계약서의 매매대금을 취득가액으로 인정할 수 없다고 하더라도 피고가 인정한 취득가액은 너무 적게 책정되었다.

   2) 이 사건 토지 취득 후 분할 및 지목변경 등으로 인하여 이 사건 토지의 취득가액은 지목이 변경된 2014년 기준 개별공시지가를 반영한 환산취득가액에 의하여야 함에도 피고가 일방적으로 매매사례가액 등에 따라 임의로 취득가액을 정하였다.

   3) 원고가 이 사건 토지의 용도 변경하면서 지출한 개발부담금 154,044,460원도 필요비용으로 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

  별지1 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

 1) 이 사건 토지의 취득가액 산정

   소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원한고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조). 한편, 소득세법상 과세표준을 정하기 위한 실지조사는 특별한 방법상의 제한이 없으므로, 근거과세의 원칙에 위배되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지조사 방법이라고 볼 수 있다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

   살피건대, 을 제3 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정들에 의하면, 피고는 적법한 실지조사의 방법에 의하여 이 사건 토지의 실지거래가액을 정하였다고 할 것이고, 이 사건 매매계약서의 취득가액을 부인한 것은 정당하다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

   ① 원고는 이 사건 매매계약서에 기재된 취득가액 1,586,000,000원이 실제 매입가액이라고 주장하나, 원고도 이 사건 매매계약서가 소급하여 부동산 중개인이 작성하였다는 점을 자인하고 있고, 위 매매계약서의 매도인은 김**으로만 기재되어 있으나 이 사건 토지의 매도인은 김** 이외에도 박**, 정**이 있다.

   ② 세무조사 과정에서 이 사건 토지의 매도인 김**의 아들이나 정**은 이 사건 토지 매매 당시 평당 20~30만원으로 정하여 양도하였다고 진술하고, 이 사건 토지 인근의 부동산 중개사도 2000년 초반 이 사건 토지 주변의 농지시세는 평당 25~30만원으로 형성되어 있었다고 진술하였는데, 이는 이 사건 매매계약서상 기재된 평당 77만원과는 그 차이가 상당히 크다.

   ③ 원고는 이 사건 토지의 매수 대금의 자금 원천과 관련하여 ** **구 **동 ***-7 **아파트 상가 제**동 제**층 제1-1호(이하 ⁠‘**아파트 상가’라 한다)를 담보로 2001. 11. 2. 900,000,000원의 근저당 담보대출금, 2002. 1. 31. 975,000,000원의 근저당 담보대출금을 각 실행하였고, 위 대출금으로 이 사건 토지를 취득하였다고 주장하였으나, 2001. 11. 2. 담보대출금 900,000,000원은 **아파트 상가 취득일자와 근저당설정일자가 같아 **아파트 상가의 잔금으로 사용한 것으로 보이고, 2002. 1. 31. 975,000,000원의 대출금은 대출계좌에서 대출 실행 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 이 사건 매매계약서의 중도금 지급일인 2002. 12. 18.보다 1년 정도 전에 미리 대출을 받은 것으로 보여 거래 일반의 관행에 반한다.

  ④ 원고는 이 사건 토지에 관하여 2002. 8. 14. 매매예약에 기한 가등기를 경료하였는데, 당시 원고 명의 계좌에서 5회에 걸쳐 인출된 합계 금액은 554,700,000원으로 이를 근거로 계산한 이 사건 토지의 평당 가액은 26만원이다.

  ⑤ 원고가 매수한 이 사건 토지의 공시지가가 2006년에는 2002년에 비하여 3배 이상 상승한 점에 비추어 원고가 주장하는 2006년 이 사건 토지와 인접한 토지의 매매가격을 이 사건 토지 취득 당시의 유사매매가격으로 볼 수도 없다.

  ⑥ 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거가 되는 과세표준에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 필요경비는 납세의무자에게 유리할 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하는데, 피고가 적법한 방법으로 실지조사를 통해 확정한 이 사건 토지의 실지거래가액에 의한 취득가액인 554,700,000원을 초과하여 이 사건 토지의 취득에 필요경비가 발생하였다고 볼 자료는 없을 뿐만 아니라 원고가 주장하는 제반 사정에 비추어 보더라도 동일하다.

2) 2014년 기준 개별공시지가를 반영한 환산취득가액 적용 여부

  구 소득세법 제97조 제1항에 의하면 이 사건 토지 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용하여야 하나 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분을 함에 있어 피고는 접법하게 확정한 실지거래가액을 적용하였으므로 환산취득가액을 적용해야 한다는 주장은 이유 없다.

 설사 이 사건 토지 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 적용한다고 하더라도, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호에 명확하게 ⁠‘취득 당시의 기준시가’라고 규정되어 있고, 원고도 이 사건 양도와 관련하여 장기보유특별세액공제를 적용한 사정을 감안하면 지목이 변경된 2014년이 아닌 이 사건 토지 취득 당시의 공시지가로 계산한 이 사건 토지의 환산취득 가액은 187,359,563원(양도 당시의 실지거래가액 3,032,304,400원 x 취득 당시의 기준시가 109,692,500원/ 양도당시의 기준시가 1,775,308,400원)으로, 으로, 원고에게 유리하게 이 사건 토지의 취득 당시 환산취득가액과 필요경비 개산공제액의 합계액(190,650,338원)과 자본적 지출액과 양도비의 합계액(352,403,437원) 중 큰 금액인 352,403,437원을 이 사건 토지와 건물 양도소득의 필요경비로 보아 정당세액을 계산하면 별지2 기재와 같이 611,717,210원으로 이 사건 처분은 환산가액을 적용한 경우 정당세액인 위 금액보다 적으므로 결국 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 개발부담금 154,044,460원 공제 여부

 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건물의 양도와 관련한 필요경비로서 개발부담금 154,044,460원, 토지조성사업비 등 504,000,000원을 공제하였으므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

3.결론

  원고의 청구는 이유 없어 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 07. 12. 선고 서울행정법원 2022구단72673 판결 | 국세법령정보시스템