요지

합병 자체만을 계기로 삼아 피합병법인으로부터 승계한 순자산을 합병 당시를 기준으로 평가한 금액이 합병대가에 미달한다고 하여 이를 제한 없이 영업권의 대가 또는 손금으로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 아래와 같이 변경한다.

피고가,

 1. 20XX. X. X. 원고에 대하여 한,

  가. 20XX사업연도 법인세 X원, 농어촌특별세 X원의 각 부과처분(각 가산세 포함, 이하 같다),

  나. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분

  다. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분 중 X원을 초과하는 부분,

  라. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분 중 X원을 초과하는 부분,

  마. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분 중 X원을 초과하는 부분,

  바. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분 중 X원을 초과하는 부분,

 2. 20XX. X. X. 원고에 대하여 한,

  가. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분

  나. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분

  다. 20XX사업연도 법인세 X원의 부과처분을 각 취소한다(원고는 이 법원에서 청구취지를 감 축하였다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19XX. X. X. ⁠“X 주식회사”(19XX. X. X. 경 ⁠“주식회사 XXXXX”로, 19XX. X. X. 경 ⁠“주식회사 XX”으로 각 상호를 변경하였다)라는 상호로 설립되어 화학섬유류 제조·가공·판매·수출입 및 그 대행업, 전자기계·기구 및 부품 제작·판매업, 전기기기 제작·판매업 등을 영위하여 온 회사이다. 원고는 19XX. X. 경 동일기업집단(XX그룹)에 속해있던 주식회사 X, X주식회사, X주식회사(이하 ⁠“X”이라 하고, 위 각 회사를 구 X과 함께 ⁠“X 등”이라 통칭한다)를 흡수합병(이하“이 사건 합병”이라 하였다). 망 조XX는 X그룹의 회장이자 원고의 최대주주(20XX. X. XX. 기준 특수관계인 지분 포함 X%보유)로서 X그룹 경영 전반을 총괄하면서 원고를 포함한 각 계열사에 영향력을 미쳐왔다.

나. XX지방국세청장은 20XX. X. XX.부터 20XX. X. XX. 까지 원고에 대한 법인제세통합조사를 실시한 후, 아래 ⁠[표1] 기재와 같이 합계 X원을 익금에 산입하거나 손금에 불산입하는 취지의 과세자료를 피고에게 통보하였다(다만, 순번 5 내지 17 부분은 원고가 이를 인정하여 다투지 않거나 조세심판원의 결정을 통해 관련 과세처분이 취소되어 제1심부터 이 사건의 심판대상이 아니었고, 순번 2,3,4 부분은 뒤에서 보는 바와 같이 원고가 당심에 이르러 관련 주장을 철회하고 청구취지를 감축하는 등으로 이 사건의 심판대상에서 제외되었다).

다. 피고는 20XX. X. X. 원고에 대하여, 20XX사업연도 법인세 X원(가산세 포함, 이하 같다), 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 농어촌특별세 X원, 20XX사업연도 농어촌특별세 X원, 20XX사업연도 농어촌특별세 X원, 20XX사업연도 농어촌특별세 X원을 각 증액경정·고지하였다(이하 위 각 경정·고지를 ⁠“제1경정처분”이라 한다).

 라. 원고는 제1경정처분의 납세고지서를 송달받기 전인 20XX. X. X. 쟁점②와 관련한 처분사유가 존재함을 전제로 20XX사업연도 법인세 과세표준 및 세액(부당과소신고가산세 적용)을 수정신고하면서 X원을 납부하였다.

 마. XX지방국세청장은 쟁점①,②를 포함한 여러 조세포탈 혐의와 관련하여 망 조XX와 원고의 대표이사였던 이XX을 각 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 혐의로 고발하였는데(이하 위 고발로 진행된 수사 및 형사재판을 ⁠“관련 형사사건”이라 한다), 피고는 관련 형사사건의 수사 결과 ⁠“가짜 매출원가 손비처리”가 추가로 확인되었다는 이유로 20XX. X. X. 원고에 대하여 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원, 20XX사업연도 법인세 X원을 각 추가 증액경정·고지하였다(이하 위 각 경정·고지를 ⁠“제2경정처분”이라 한다).

 바. 원고는 위 각 부과처분에 대해 일부 불복하여 20XX년 X월부터 X월까지 조세심판원에 조심20XX서X호, 조심20XX서X호, 조심20XX서X호로 심판청구를 제기한 다음, 20XX. X. XX. 이 사건 소를 제기하였다.

 사. 피고가 이 사건 소제기 이후에도 원고의 주장을 일부 받아들이거나, 조세심판원의 결정을 반영하거나, 제1심법원 및 이 법원의 조정권고를 받아들여 이 사건 각 처분액을 직권 감액하는 경정처분을 거듭한 결과 잔존 처분액은 청구취지와 같이 감액되었다(이하 제1경정처분으로 부과된 쟁점 ① 내지 ④ 관련 세액 중 제2경정처분으로 증액된 후 거듭된 경정처분으로 감액되고 남은 세액에 관한 각 법인세 및 농어촌특별세부과처분을 ⁠“이 사건 각 부과처분이라 한다).

 아. 한편, 관련 형사사건의 제1심(XX법원20XX고합X)은 20XX. X. XX. 망 조XX, 이XX에게 쟁점①에 대하여 유죄, 쟁점②에 대하여 무죄 취지의 판결을 선고하였고, 항소심(XX법원20XX노X) 역시 20XX. X. X. 쟁점①에 대하여 유죄, 쟁점② 및 그와 관련하여 예비적으로 추가된 공소사실에 대하여 모두 무죄 취지의 판결을 선고하였으며, 상고심(대법원20XX도X)은 20XX. X. XX. 쟁점①에 대하여 추가 심리가 필요하다는 취지에서 그 유죄판결을 파기하고, 쟁점② 관련 무죄판결에 대한 검사의 상고를 기각하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1,2,4,6,99,185,205,244,245호증, 을 제1,2,59,60,91,94,95,96호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 법원의 삼판범위

 원고는 청구취지 기재 각 부과처분에 대해 쟁점 ①,②,③,④에 대한 주장을 토대로 각 부과금액의 전부 또는 일부에 관한 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

 제1심판결에 대하여 원고와 피고는 각 자신들의 패소 부분에 불복하여 항소하였으나, 피고는 20XX. X. X. 이 법원의 조정권고에 따라 20XX사업연도 법인세 가산세 중 부당과소신고가산세 X원을 감액경정하여 원고에게 위 돈을 환급하고, 20XX. X. XX. 항소를 취하하였고, 원고는 위 각하 부분, 조정권고에 따른 감액경정 부분을 포함하여 쟁점 ②,③,④와 관련된 법인세 본세, 가산세에 관한 주장을 모두 철회하고 쟁점 ①에 관한 주장만을 유지하면서 청구취지 및 항소취지를 위와 같이 감축하였다.

 따라서 이 법원의 심판범위는 이 사건 각 부과처분 중 쟁점①에 관한 법인세, 농어촌특별세의 각 본세, 가산세 부분 중 원고가 불복하는 부분에 한정된다.

 3.원고의 주장

 가. 본세 과세표준에 관한 주장

 이 사건 회계분식은 원고가 X 등 또는 원고가 장부상 보유하였던 아래 ⁠[표2]기재와 같은 각 부실자산을 위 ⁠[표1] 순번 1의 가공의 기계장치 또는 매출원가로 대체한 것이다.

 그런데 다음과 같은 이유에서 위 각 부실자산은 해당 사업연도 법인세 산정 시 손금으로 산입되어야 하므로, 그만큼 원고가 납부하여야 할 해당 사업연도 법인세액은 줄게 된다.

 1) X으로부터 승계한 X억원의 부실자산([표2] 순번1)

 가) 주위적 주장 : 원고가 이 사건 합병 시 X의 실제자산가치를 초과하여 지급한 합병대가 X억원【=X억원 - ⁠[-X억원⎨=X억원(승계한 자산) - X억원(부실자산) - X억원(승계한부채)⎬], 이하 ⁠“이 사건 차액”이라 한다 】은 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ⁠“합병 당시 법인세법”이라 한다) 제17조 제3항 등에 따라 감가상각의 대상이 되는 영업권에 해당하는바, 이 사건 회계분식을 통해 산입된 손금은 형식적으로는 ⁠“유형고정자산에 대한 감가상각비 또는 매출원가”이지만 실질적으로는 ⁠“영업권에 대한 감가상각비”로서 5년에 걸쳐 손금산입 대상이 되므로, 그 영업권에 대한 감가상각비의 범위 내에서는 법인세 납세의무가 인정되지 않는다.

 나) 제1예비적 주장 : 만일 이 사건 차액 상당액의 영업권이 인정되지 않는다면, 이 사건 차액 또는 적어도 X의 채무초과액 X억원 ⁠(이하 ⁠“이 사건 채무초과액”이라 한다)은 합병 당시 법인세법 제9조 제3항의 ⁠“법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액”으로서 19XX사업연도 법인세 산정 시 손금으로 산입되어야 하고(합병법인의 순자산감소를 가져오는 합병은 그에 따른 이익이 피합병법인의 채권자들에게 돌아가므로 그 범위 내에서는 손익거래로 보아야 하고, 이는 부당행위계산 부인 대상에 해당하지도 아니한다), 그로 인한 결손금은 5년간 이월되어 20XX사업연도까지의 법인세 과세표준을 감소시킨다.

다) 제2예비적 주장 : 이 사건 합병의 실질은 채무초과 상태에 있어 자력으로 부채를 변제할 수 없었던 X의 이 사건 채무초과액에 해당하는 채무를 원고가 면책적으로 인수한 것이므로, 최소한 이 사건 채무초과액은 그 실질에 따라 19XX사업연도 법인세 산정 시 손금으로 산입되어야 한다.

 2)베트남 은행들에 대한 구상금채권([표2]순번2)

 가) 베트남 X, X Bank에 대한 구상금채권

 (1) 주위적 주장:원고는 위 은행들에 대한 각 구상금채권 중 각 원금 일부를 변제받으면서 나머지 원리금 채권을 포기하는 합의를 하였고, 포기한 원리금 채권X원(이하 ⁠“채권포기액”이라 한다)은 그 채권포기 합의일이 속하는 20XX 사업연도 손금에 해당하는데, ⁠[표2]순번 1 관련 주장에 따른 손금산입이 인정되면 위 금액만큼 20XX 사업연도의 이월결손금으로 법인세 과세표준을 감소시킨다.

 (2)예비적 주장 : 만일 위 채권포기액을 20XX 사업연도의 손금으로 산입할 수 없다고 본다면, 위 채권포기액 상당의 채권은 5년의 상사소멸시효, 민법상 3년의 단기소멸시효, 또는 베트남법상 2년의 소제기기간이 완성된 20XX, 20XX 또는 20XX사업연도의 손금으로서 그만큼 해당 사업연도의 법인세 과세표준을 감소시킨다.

 나) X Bank에 대한 구상금채권

 (1) 주위적 주장 : 위 구상금채권은 19XX. X. X.부터 19XX. X. X. 까지 발생한 사무관리비용 상환청구권으로서 구 섭외사업(2001. 7. 1. 법률 제6465호 국제사업으로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 적용되어야 할 우리 상법상 소멸시효 5년이 도과하는 20XX년부터 20XX년까지 순차적으로 소멸하였으므로, 해당 사업연도의 손금에 산입되어야 한다.

 (2) 예비적 주장 : 만약 위 구상금채권이 민법상 3년의 단기소멸시효 또는 베트남법상 2년의 소제기기간이 적용된다면 20XX년 이전 사업연도의 손금에 해당되지만, 이 경우에도 모두 해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 소득금액에서 공제되어야 하고, ⁠[표2] 순번 1 관련 주장에 따른 손금산입이 인정되면 위 금액만큼 20XX사업연도의 이월결손금으로 법인세 과세표준을 감소시킨다.

 3) X 등의 미회수 매출채권([표2] 순번3)

 이 부분 채권 합계 X억원은 X 등에서 발생한 매출채권으로서 원고가 20XX년경까지 채권회수팀을 구성하여 소멸시효 중단을 위한 청구 등을 마지막 때인 20XX년 경으로부터 5년이 경과한 20XX년 경에 상법상 소멸시효가 완성되었으므로, 20XX사업연도의 손금에 산입되어야 한다.

 4) 20XX사업연도 환평가이익([표2] 순번4)

 원고가 20XX 사업연도에 회수가능성이 없어 환평가를 하지 않아도 될 베트남 은행 구상금채권과 X 등의 미회수 매출채권에 대하여 환평가를 하여 익금산입한 환평가이익은 익금불산입되어야 하는 바, ⁠[표2] 순번 1 관련 주장에 따른 손금산입이 인정되면 그로 인한 결손금이 20XX사업연도까지 이월되므로, 위 20XX사업연도의 익금불산입으로 인한 결손금 역시 이월되어 20XX 사업연도 법인세 과세표준을 감소시킨다.

 5) 미국 X 지점 및 X 공장 신축 관련 손실([표2] 순번 5,6)

 구 X의 X 사건 지점 운영과 관련한 손실(X억원)은 19XX년경 확정되었고, 구 X은 X 공장 건설을 위해 약 X억원의 개발비를 지출하였으나 공장 건설이 19XX년 경 무산되었으므로, 이들 손실은 19XX사업연도의 손금에 산입되어야 하는바, ⁠[표2] 순번 1 관련 주장에 따른 손금산입이 인정되면 그로 인한 결손금이 20XX사업연도까지 이월되므로, 이들 손실액 상당의 19XX사업연도 결손금은 이월되어 20XX사업연도 과세표준을 감소시킨다.

나.장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세에 관한 주장

 원고는 X 등의 부실자산과 관련하여 실제로 발생한 손금을 명목이나 기간을 달리하여 회계처리 한 것에 불과하다. 즉, 원고가 가공 기계장치에 대한 감가상각비나 가공 매출원가를 계상한 과세기간 동안 동액 상당의 X 등의 부실자산이 영업권 상각 등을 통해 손금으로 인정될 수 있었는바, 이 사건 회계분식은 영업권 상각이 아닌 기계장치 감가상각비 등으로 손금 명목을 달리 계상한 것에 불과하다. 나아가, 이 사건 차액 등이 손금으로 인정되면 그 후 사업연도에 원고가 손금으로 계상한 가공 기계장치의 감가상각비 등은 결국 원고의 손금을 나중으로 이연하여 인식한 것에 불과하여 전체적으로 보면 국가의 세수감소가 발생하지 않고, 오히려 원고에게 불리하다.

 또한 설령 과세관청의 부과권 행사의 관점에서는 원고가 이 사건 차액 등을 기계장치로 대체하여 감가상각비 등으로 처리한 행위로 인하여 과세권 행사가 곤란하게 된 부분이 있더라도, 과세관청으로서는 위 가공 기계장치 등에 대한 장부와 증빙서류를 대조하거나 법인세, 부가가치세 신고내용을 비교, 대조하는 방법으로 위 가공 기계장치 등의 존재를 충분히 적발할 수 있었다. 따라서 원고가 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 하였다고 볼 수 없다.

 그렇다면, 전체적으로 원고의 행위는 세금의 ⁠“선 과다납부, 후 과소납부”에 해당하고 ⁠“사기 기타 부정한 행위”가 성립하지 않아 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세의 적용대상이 아니다.

 나아가, 원고는 IMF 외환위기 당시 정부와 은행의 모순되는 요구를 모두 수용하면서 정상적인 기업활동을 영위하기 위하여 이 사건 합병 등의 행위를 할 수 밖에 없었던 것이고, 그 과정에서 국가의 조세수입이 감소하는 결과도 발생하지 않았으므로, 원고에게 일반과소신고가산세 외에 부당과소신고가산세의 제재까지 가하는 것은 헌법상 과잉금지의 원칙과 자기책임의 원리에 반하는 위법·부당한 처분이다.

 4. 관계 법령

 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 내용은 이 판결 별지 ⁠“관계 법령(추가)”을 추가하는 것 외에는 제1심판결 별지 ⁠“관계 법령”과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다(단 이 법원의 심판대상에서 제외된 쟁점들에 관한 구 국제조세조정에 관한 법률 및 그 시행령, 구 상속세 및 증여세법, 구 외국환관리법, 상표법, 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 부분을 제외한다).

 5.판단

 가. 본세 과세표준에 관한 주장에 대하여

  1) X로부터 승계한 X억원의 부실자산 관련([표2] 순번1)

  가) 인정사실

  이 법원이 이 부분에 관하여 적을 내용은 제1심판결 제24면 제16행부터 제29면 제4행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

  나) 주위적 주장 및 제1예비적 주장에 대하여

  (1) 관련 법리

  이 사건 합병 당시의 기업회계기준 ⁠(1998. 12. 12. 전부개정되기 전의 것)과 합병회계준칙(1998. 4. 1. 증권관리위원회) 제6조 제1항은 회사의 합병 시 피합병회사의 순자산을 초과하는 합병대가에 대해 그 초과액을 영업권으로 계상하도록 규정하였다. 반면, 합병 당시 법인세법에서는 영업권의 개념에 대한 규정이 없었고, 다만 법인세법 시행령 제49조에서 상각자산의 종류 중 하나로 영업권을 규정하고, 동법 시행규칙 제27조는 영업권을 무형고정자산으로 5년간 정액으로 상각할 수 있다고 규정하고 있었을 뿐인데, 과세관청은 법인세법 기본통칙에 따라 합병 시 영업권의 범위를 합병 시 피합병법인의 상호, 거래관계, 영업상의 비결 등으로 사업상 가치가 있어 유상으로 취득한 가액이라고 해석하여왔다. 이러한 합병 당시 법인세법이 적용되는 합병 관련 사건에서 대법원은, 영업권을 ⁠“그 기업의 전통, 사회적 신용, 그 입지조건, 특수한 제조기술 또는 특수거래관계의 존재 등을 비롯하여 제조판매의 독점성 등으로 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치”라고 정의하면서, 위와 같은 초과수익력이 구비되어야 영업권으로 인정할 수 있다는 취지로 판시한 바 있다(대법원 1985. 4. 23. 선고 84누281 판결, 대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결, 대법원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결 등 참조, 이 사건 관련 형사사건에서도 대법원은, 합병시 효성물산의 순자산을 초과하여 지급한 합병대가를 영업권으로 인정하여 감가상각비 등으로 손금산입하여야 한다는 피고인들의 주장에 대해, ⁠“원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 것은 관련 기업회계기준에 따른 것일 뿐이고, 피합병법인인 효성물산의 상호·거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 대가를 지급한 것으로 보기 어려우므로, 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다고 판단한 원심은 정당하고, 거기에 세법상 영업권의 자산 인정 요건과 손금산입에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다”고 판시하여, 위와 같은 법리를 확인하였다).

 이후 법인세법이 1998. 12. 28. 개정되고, 이에 따라 1998. 12. 31. 전부 개정된 법인세법 시행령은 영업권을 무형고정자산의 하나로 규정하고 감가상각자산으로 열거하면서, 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 ⁠“합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서, 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것”에 한하여 이를 감가상각자산으로 본다는 규정을 신설하여 합병 시 영업권의 개념을 명확히 하였다(위 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 가목, 제4항).

 나아가 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법에서는 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에 그 자산을 피합병법인으로부터 양도받은 것으로 보고, 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 손금에 산입하는 금액 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다고 규정하면서, 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우에는 피합병법인의 상호 ·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 경우에 한하여 손금산입을 허용하고 있다(위 법인세법 제44조의2 제1,3,4항, 동 시행령 제80조의3 제2,3항).

 한편, 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 사업상 가치를 추단할 수 없다(대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결 등 참조).

 (2) 구체적 판단

 앞서 인정한 사실, 증거들과 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 위 법리에 비추어 보면, 영업권의 개념에 대한 명확한 규정이 없었던 합병 당시 법인세법에서도 법인 합병에 있어 감가상각의 대상이 되는 영업권으로 인정받기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있었어야 한다고 해석할 것인데(합병 당시 법인세법 제17조 제3항에 의해 기업회계기준에 따라 영업권으로 보는 것은 모두 법인세법상 영업권으로 취급하여야 한다는 취지의 원고 주장은 앞서 본 판례들의 취지에 비추어 받아들일 수 없다), X의 부실자산과 부채 등으로 산정한 이 사건 차액은 그러한 영업권에 대한 대가라고 볼 수 없고, 나아가 이 사건 차액 또는 채무초과액이 합병 당시 법인세법 제9조 제3항에서 정한 손금에 해당한다고 볼 수도 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주위적, 제1예비적 주장은 이 사건 차액 또는 채무초과액의 구체적인 내용을 따져볼 필요 없이 이유 없다.

 (가) 원고가 회계장부에 X에 대한 합병대가와 순자산가액 간 차액인 X억 원을 영업권으로 계상한 것은 당시 시행중이던 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, X이 자산보다 채무가 많은 상태였음에도 이 사건 합병 당시 X이 X의 상호 등을 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 그 사업상 가치를 평가하여 합병대가를 지급하였다고 볼 만한 별다른 증거가 없다. 이는 이 사건 채무초과액이나 이를 포함하는 이 사건 차액에 대해서도 마찬가지이다.

 (나) 합병은 합병법인이 피합병법인의 주주들에게 보유 주식에 대한 대가로 합병법인의 주식을 지급하고 피합병법인의 자산을 포괄승계하면서 기업조직을 변경하는 자본거래가 주된 내용으로서, 법인의 담세력에 따라 순소득을 과세대상으로 하는 법인세법의 차원에서는, 특별한 사정이 없는 한, 합병 그 자체로 합병법인에게 손익을 발생시킨다고 볼 것이 아니라, 합병법인이 합병 이후 승계한 자산을 처분할 때 합병법인의 손익으로 인식하여 처분 당시의 사업연도 법인세 과세표준에 영향을 미친다고 보는 것이 합병에 관한 종래의 통설인 인격합일설과 법인세법의 권리의무확정주의에 따른 논리적 귀결이라고 할 수 있다. 나아가, 합병대가가 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 적정한 가액을 초과하거나 미달하여 합병 전후로 합병법인의 관점에서는 순자산의 변화가 생겼다고 평가할 수 있는 경우라도, 이는 인격적 합일을 가져온 자본거래에서 초래된 결과라는 점에서, 법인세법상 법인의 통상적인 영업활동으로 발생한 손익과 동일하게 취급할 수 없는 것이다.

 다만, 합병계약에 따라 합병의 경우에도 손익거래가 포함될 수 있고, 자본거래에서 초래된 결과라고 하더라도 합병으로 인하여 생긴 합병법인의 순자산의 변화에 대해 합병을 계기로 합병등기일이 속한 과세연도의 과세표준에 고려하는 것이 적정과세를 위해 바람직한 부분도 있을 것이므로, 합병 당시 법인세법 이래 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 이전의 법인세법은 이러한 부분에 대하여 조세정책적인 견지에서 제한적으로 합병대가와 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 차액 등을 익금 또는 손금에 산입하도록 규정하여 오다가, 2009. 12. 31. 개정에 이르러 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 양도받은 것으로 보면서, 이에 대한 법인세법상의 취급방식을 대폭 수정한 것으로 이해된다.

 그렇다면 합병 당시 법인세법령상 명확한 근거 없이 합병 자체만을 계기로 삼아 피합병법인으로부터 승계한 순자산을 합병 당시를 기준으로 평가한 금액이 합병 대가에 미달한다고 하여 이를 제한 없이 영업권의 대가 또는 손금으로 보아야 한다고 볼 수는 없다. 그렇게 본다면 이러한 형태의 합병이 조세회피수단으로 남용되어 과세의 공평성을 해치게 될 것임이 명백하다.

 (다) 앞서 본 바와 같이 이 사건 합병 당시 대법원 및 과세관청 실무는 합병대가와 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 차액을 전부 영업권으로 계상하도록 하고 있던 기업회계기준과 달리, 기업회계기준에 따라 계상된 금액 중 실제 영업권의 대가라고 평가할 수 있는 경우에 한하여 이를 영업권으로 인정하여 감가상각이 가능하다고 해석하여 왔고, 이러한 입장은 위와 같은 차액을 영업권의 대가로 볼 수 없다면 원고의 영업과 관련하여 발생한 통상적인 비용이라고 보기 어려워 손금에 포함될 수 없음을 전제한 것으로 이해할 수 있는바, 이 사건 차액이 초과수익력을 가지는지 여부와 상관없이 이를 영업권에 대한 대가로 보아야 한다거나 원고의 손금으로 인정하여야 한다는 주장은 위와 같은 대법원의 해석에 저촉된다.

 (라) 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법에서부터는 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에 그 자산을 피합병법인으로부터 양도받은 것으로 보고 있다는 점을 감안하면, 이 사건 합병 그 자체가 원고의 순자산을 감소시키는 손익거래의 성질을 가진다고 주장할 여지가 없지 않으나, 그렇게 보는 경우에도, 이 사건 차액 또는 채무초과액이 합병 당시 법인세법 제9조 제3항의 손금으로 인정될 수는 없다고 판단된다. 원고의 주장 자체에 의하더라도 이 사건 합병은 X의 부실자산과 부채를 인수하는 것이 주된 목적이었다는 것이므로, 원고가 주장하는 여러 사정들을 고려하더라도 이를 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출한 손실 또는 비용이라거나, 일반적으로 용인되는 통상적인 비용으로서 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용으로서 손금의 성격을 가진다고 보기 어렵다. 또는 이는 원고가 특수관계인인 X 또는 X 주주의 이익을 위하여 행한 경제적 합리성 없는 거래로서 조세의 부당 감소를 초래하므로 부당행위계산 부인 대상이 된다고 보일 뿐이다.

 (마) 이와 같이 이 사건 차액 또는 채무초과액이 합병 당시 법인세법령에 의하여 영업권의 대가로 인정되지 않고, 달리 손금으로 인정할 수 있는 명확한 근거가 없으며, 나아가 1998. 12. 28. 개정된 이후의 법인세법에 의하더라도 영업권의 대가라거나 손금에 해당한다고 볼 수 없음이 명백한 점에 비추어 보면, 이를 합병 당시 법인세법 제9조 제3항의 손금에도 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하고, 원고의 주장처럼 합병 당시 법인세법에서는 사업관련성, 통상성 등 손금의 요건을 명시한 규정이 없었다고 하여 달리 볼 바 아니다.

 (바) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 차액은 이 사건 합병 당시까지 누적된 X의 부실자산과 채무를 포함하여 산정한 것이고, 특히 부실자산에는 이 사건 합병 이전의 사업연도에 X의 결손금으로 귀속되어야 함에도 이 사건 회계분식으로 숨겨진 부분이 포함되어 있음을 알 수 있다.

 합병 당시 법인세법 제8조 제1항 제1호에 의하면 결손금 이월공제기간이 5년이므로, 이 사건 합병 이전인 1992년까지 발생한 X의 부실자산으로 인한 결손금 중 이 사건 회계분식으로 숨겨진 부분은, 정상적으로 회계 처리되었다면 이 사건 합병 이전에 모두 소멸하여야 마땅한 것임에도 불구하고, 원고의 주장대로라면 이 사건 합병을 계기로 X의 부실자산에 대하여 그 발생연도나 발생원인, 부실화된 사유 등 구체적인 내용을 따질 필요 없이 합병등기일을 기준으로 평가한 다음 일괄하여 합병법인의 손금으로 인정하게 되는바, 이는 합병을 수단으로 합병 당시 법인세법 제17조 제1항에 따른 권리의무확정주의와 위와 같은 결손금 이월공제제도를 잠탈하는 결과가 된다.

 나아가, 합병 당시 법인세법 제43조 제5항은 ⁠“내국법인의 합병에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 합병한 날 현재 당해 내국법인에 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 그날 현재의 그 법인의 자기자본의 총액에서 그 상당하는 금액과 상계하여야 한다. 다만, 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며 미공제이월결손금이 있을 때에는 이를 없는 것으로 본다.”고 규정하여, 합병을 계기로 피합병법인의 이월결손금이 위와 같은 과정을 거쳐 소멸하는 것으로 취급하고 있는바, 원고의 주장대로라면 사실상 합병 당시 회계상 드러나지 않았던 X의 이월결손금이 제한 없이 원고에게 승계되는 효과가 발생하여, 위 조항의 취지에도 어긋난다.

 다) 제2예비적 주장에 대하여

 국세기본법 제14조 제2항은 ⁠“세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식고 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”라고 규정하고 있다. 이러한 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에도 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).

 위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 합병은 X그룹의 진로, 경영상황, 채권자와의 관계 등을 고려하여 X와 X등이 합병의 시기와 방법, 합병의 범위를 스스로 선택하여, 상법에서 정한 절차를 거쳐 이루어진 것으로서, 합병으로서의 실질을 갖추었다고 보일 뿐이고, 원고가 주장하는 사정이나 제출한 증거등을 종합하여 보더라도 당시 X의 채무를 면책적으로 인수하기 위한 목적만으로 합병의 외양만을 갖춘 것에 불과하다고 보기에 부족하다. 그렇다면, 가사 이 사건 합병의 주된 동기가 X의 채무를 원고에게 귀속시키기 위한 것이었다고 하더라도, 이는 원고가 스스로 선택한 흡수합병의 효과에 따라 피합병법인인 X의 권리의무를 포괄적으로 승계하면서 X의 채무도 포괄적으로 승계한 것으로서, 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 것이라고 볼 수도 없고, X의 부실자산과 채무 부분만을 이 사건 합병과 별도로 분리하여 원고가 이 사건 채무초과액에 관한 채무를 X로부터 면책적으로 인수한 것으로 세법상 취급하여야 한다고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

 2) X은행들에 대한 구상금채권([표2]순번2) 및 X의 미회수 매출채권 관련([표2] 순번3) 주장에 대하여

 가) 인정사실

 이 법원이 이 부분에 적을 내용은 다음과 같이 일부 고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결 제32면 제9행부터 제41면 그림상자 아래 제2행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 ○ 제1심판결 제34면 글상자 아래 제5행의 ⁠“제안을 받아들여” 다음에 ⁠“구상금 채권 원금의 25%만 지급받고 나머지 구상금 원리금채권 X원에 관하여 어떠한 청구도 하지 않기로 합의하고,”를 추가한다.

 ○ 제1심판결 제35면 제2행의 ⁠“지급받는 데 동의하였으며”를 ⁠“지급받고 나머지 구상금 원리금채권을 포기하기로 합의하고”라고 고쳐 쓴다.

 ○ 제1심판결 제41면 그림상자 아래 제1,2행의 ⁠[인정근거]에 ⁠“을 제103, 104호증”을 추가한다.

 나) 판단

 (1) X 은행들에 대한 구상금채권의 존재 여부

 원고가 제출한 증거들과 이를 통해 앞서 인정한 사실 등에 비추어, 원고의 X 은행들에 대한 구상금채권의 존재와 미회수 사실 자체는 관련 계약서 등에 의해 일응 증명되었다고 볼 여지가 상당하다[피고가 들고 있는 X,X의 각 진술(을 제16,17,32,35호증)만으로 이와 달리 보기는 어렵다]. 피고는 법인세 신고 시 ⁠“대손충당금 및 대손금조정명세서”를 제출하지 않아 해당 사업연도의 손금에 산입될 수 없다고 주장하나, 신고조정사항은 기업회계기준에 따라 작성된 재무제표상 대손금으로 반영하였는지, 손금산입 절차를 거쳤는지 여부와 무관하게 손금으로 인정되는 것이므로 위 주장은 받아들일 수 없다.

 (2) X, X Bank에 대한 구상금채권 관련 주장에 대하여

 (가) 관련 법리

  특수관계자 외의 자와의 거래에서 발생한 채권으로서 채무자의 부도발생 등으로 장래에 회수가 불확실한 어음·수표상의 채권 등을 조기에 회수하기 위하여 당해 채권의 일부를 불가치하게 포기한 경우 그 채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 있는 때에는 그 채권포기액을 손금에 산입할 수 있다고 볼 것이고(대법원 2023. 5. 18. 선고 2022두31570, 31578 판결 등 참조), 손금의 귀속사업연도는 그 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도가 된다.

 대손금의 형태는 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸된 경우와 법적으로는 소멸되지 않았으나 채무자의 자산상황, 지급능력 등에 비추어 자산성의 유무에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우로 구분할 수 있는데, 전자는 당연히 회수할 수 없게 된 것이므로 법인이 이에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 여부에 관계없이 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸되어 당연히 회수할 수 없게 된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되는 것이지, 법인이 대손으로 회계상 처리를 한 사업연도의 손금에 산입될 수 없고(대법원 1990. 3. 13. 선고 88누3123 판결 등 참조), 후자는 채권 자체는 그대로 존재하고 있으므로 그 회수불능이 명백하게 되어 대손이 발생했다고 법인이 회계상 처리를 했을 때에 한하여 세무회계상 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 볼 것이다.

 (나) 구체적 판단

 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 인정한 바에 의하면 X, X Bank에 대해 일부 구상금채권을 회수하고 나머지 구상금채권을 포기한 2002년경 채무면제로 인하여 나머지 구상금채권이 소멸하였고, 이러한 원고의 채무면제 행위는 당시 위 은행들로부터 구상금채권 전부를 회수할 수 없는 상황에서 부득이하게 그 일부라도 회수하기 위하여 이루어진 조치라고 인정되며, 그러함 채무면제 행위에 대해 객관적으로 정당한 사유가 인정된다고 보기에 충분하다. 따라서 위 채권포기액은 이에 대한 구상금채권이 법적으로 소멸된 날이 속하는 2002사업연도의 손금에 산입되어야 할 것이고, 이와 달리 위 각 채무면제에도 불구하고 각 나머지 구상금채권이 법적으로 소멸되지 않은 상태로 있다가 나중에 우리나라 또는 X의 법률에 의한 소멸시효 또는 소제기기간이 도과할 때인 20XX년, 20XX년 또는 20XX년에 소멸되었음을 전제로 한 원고의 나머지 주장은 받아들일 수 없다.

 그런데, 앞서 살핀 바와 같이 ⁠[표2] 순번 1 관련 주장에 따른 손금산입이 인정되지 않는 이상 위 금액만큼 20XX사업연도의 이월결손금으로 법인세 과세표준을 감소시킬 수 없는 것이다. 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

 (3) X Bank에 대한 구상금채권 관련 주장에 대하여

 위 인정사실에 의하면, X Bank에 대한 구상금채권은 X Bank가 개설한 신용장에 기초하여 19XX. X. X.부터 19XX. X. X.까지 발생한 것으로서, 구 섭외사업 제9조 단서, 제11조에 의하여 신용장 개설은행이 소재하는 나라인 X법이 그 준거법이라고 볼 것이고(대법원 1997. 5. 9. 선고 95다34385 판결 등 참조, 이와 달리 원고가 위 구상금채권을 사무관리비용 상환청구권이므로 그 준거법은 우리나라의 상법이라고 주장하면서 들고 있는 대법원 1994. 12. 9. 선고 94다38106 판결은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다), 당시 시행되던 X 상법 제242조는 모든 상행위에 적용되는 권리행사기간을 행위의 원인이 발생한 날로부터 2년으로 규정하고 있었으므로, 결국 위 구상금채권은 19XX년부터 20XX년 사이에 위 X 상법의 규정에 따라 소멸되었다고 볼 것이다. 이와 다른 전제에서 우리나라 법률에 따른 5년의 상사시효 또는 3년의 단기소멸시효가 적용되어야 한다는 원고의 주장은 모두 이유 없다.

 그런데, 앞서 살핀 바와 같이 ⁠[표2] 순번1 관련 주장에 따른 손금산입이 인정되지 않는 이상 위 금액만큼 20XX사업연도의 이월결손금으로 법인세 과세표준을 감소시킬 수 없는 것이다. 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장 역시 이유 없다.

 (4) X 등의 미회수 매출채권 관련 주장에 대하여

 이 법원이 이 부분에 적을 내용은 제1심판결 제45면 제17행부터 제47면 제10행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

3) 20XX사업연도 환평가이익, X X 지점 관련 손실, X 공작 신축 관련 손실에 관한 주장에 대하여

 원고의 이 부분에 관한 항소이유는 제1심에서의 주장과 크데 다르지 않고, 원고가 이 법원에 추가로 제출한 갑 제249, 250호증, 갑 제251, 252, 253, 261, 262, 263호증 등에 보태어 살펴보더라도, 제1심법원의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

 이에, 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 일부 내용을 삭제하거나 고치는 것 외에는 제1심 판결 제47면 제11행부터 제55면 제17행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 ○ 제1심판결 제47면 제11행의 ⁠“(5)를 ”가)“로, 제48면 제4행의 ”(나)“와 제49면 글상자 아래 제2행의 ”(다)“를 각 ”(1)“,”(2)“로 고치고, 제1심판결 제47면 제12행부터 제48면 제3행까지를 삭제한다.

 ○ 제1심판결 제49면 하단에서 제7행의 ⁠“(6)”을 ⁠“나)”로, 같은 면 하단에서 제6행의 ⁠“(가)”와 제51면 하단에서 제5행의 ⁠“(다)”를 각 ⁠“(1)”,“(2)”로 고치고, 제1심판결 제51면 표 아래 제2행부터 제7행까지를 삭제한다.

 ○ 제1심판결 제52면 제4행의 ⁠“(7)”을 ⁠“다)”로, 같은 면 제12행의 ⁠“(나)”와 제55면 제4행의 ⁠“다”를 각 ⁠“(1), ”(2)“로 고치고, 제1심판결 제52면 제5행부터 제11행까지를 삭제한다.

 4) 소결

 따라서 본세 과세표준에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

 나. 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세에 관한 주장에 관하여

 원고의 이 부분에 관한 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 원고가 이 법원에 추가로 제출한 제242, 243호증 등을 보태어 살펴보더라도, 제1심법원의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

 이에, 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 제61면 제3행의 ⁠“상당하다.”를 ⁠“상당하므로, 피고가 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하여 이 사건 각 부과처분을 한 것은 적법하고, 나아가 이러한 조치가 헌법상 과잉금지의 원칙이나 자기책임의 원리에 반한다고 볼 수는 없다. 따라서”라고 고치는 것 외에는 제1심판결 제56면 하단에서 제5행부터 제63면 하단에서 제7행까지와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 6. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심판결 중 이 법원의 심판범위에 해당하는 부분은 이와 결론이 같아 정당하다. 이에 대한 원고의 항소는 이유 없으므로, 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 10. 29. 선고 서울고등법원 2021누38606 판결 | 국세법령정보시스템