요지

조세특례제한법상 중소기업의 실질적 독립성 여부를 판단기준에 해당하는 관계기업 판단시점은 직전 사업연도를 기준으로 해야하고, 해당 사업연도를 기준으로 할 수 없음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2014. 7. 7. 원고에게 한 2012년 사업연도 법인세 942,608,530원의 부과처분 을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 6. 20. 설립되어 자동화 설비 제작, 무역업 등을 영위하는 회사이

다.

나. 원고는 2009년 사업연도까지 조세특례제한법의 중소기업으로서 조세특례를 받다 가, 2010년 사업연도에 매출액이 100,000,000,000원을 초과하면서, 구 조세특례제한법

시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2

항 본문, 제1항 단서에 따라 2010년 사업연도부터 2013년 사업연도까지 유예기간의 적

용을 받게 되었다.

다. 원고는 2012. 10.경 종속회사인 AAHNS 주식회사를 설립(지분 약 94% 투자)하

였다. 2012년 사업연도 기준 원고는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라

외부감사의 대상이 되는 기업이고, 2012. 12. 31. 기준 AAHNS 주식회사의 매출액은

없으나, 원고의 매출액은 148,319,631,037원이며, 자기자본은 104,500,000,000원이다.

라. 원고는 2013. 4. 1. 피고에게 2012년 사업연도 법인세를 신고하면서 구 조세특례

제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조에 따라 중

소기업에 대한 특별세액 감면을 적용한 세액을 신고하였다.

마. 피고는 2012. 12. 31. 기준으로 원고가 AAHNS 주식회사와 관계기업으로 매출

액 합계가 100,000,000,000원 이상이므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3

호, 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제3조 제1항 제2호 다.목에 정한 기준을 충족하지 못하여, 구 조세특례제한법 시행령

제2조 제2항 단서 제3호에 따라 유예기간이 적용되지 않는다고 판단하고, 2014. 7. 7.

원고에게 2012년 사업연도 법인세 신고시에 원고가 적용한 중소기업특별세액감면을

배제한 법인세 942,608,530원을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 2014. 9. 17. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하였으나, 2015. 3.

30. 기각결정을 받았다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호, 제1항 제3호에 의하면 중소기

업의 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합하지 않은

기업에 해당되는 경우 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다. 그런데 원고가 구 중소

기업기본법 제3조 제1항 제2호 다.목의 관계기업에 해당하려면, 구 중소기업기본법 시

행령 제2조, 제3조의2 제1항에 따라 직전 사업연도 말일인 2011. 12. 31. 원고와 AA

HNS 주식회사가 지배종속관계에 있어야 하는데, 당시 AA HNS 주식회사는 설립되어

있지도 않았으므로, 2012년 사업연도에 원고는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항

제2호 기준을 충족하고 있었다. 그런데도 피고는 해당 사업연도 말일인 2012. 12. 31.

을 기준으로 원고와 AAHNS 주식회사의 지배종속관계 여부를 판단하고 이 사건 처분 을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하 고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있 는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서

‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 요구하 고 있다. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 ⁠‘제1항의 규정을 적용함에 있어서

중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1

호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 때에는 최초로 그 사유가 발

생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고,

유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판

정한다’고 규정하면서, 단서 제3호로 중소기업이 ⁠‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외

의 기업에 해당되는 경우’에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 한편 구

조세특례제한법 시행령 제2조 제4항은 ⁠‘제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액, 발행

주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른

관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한

다’고 규정하고 있었으나, 같은 법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정

되기 전의 것) 제2조는 ⁠‘중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따른 관계

기업에 속하는 기업인지’ 여부에 관한 판단의 기준시기를 규정하고 있지 않다가, 구 조

세특례제한법 시행규칙이 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제2조 제8

항으로 ⁠‘영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따

른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.‘는

규정이 신설되었고 그 부칙 제1조로 위 규칙은 공포일부터 시행한다고 규정하였다.

2) 한편 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항은 중소기업은 다음 각 호의 기준 을 모두 갖춘 기업이라고 하면서 제2호에 ⁠‘소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각

목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업’을 규정하고 있고, 다.목으로 ⁠‘관계기업에 속

하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기

자본 또는 자산총액이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하

나에 해당하는 기업’을 들고 있다. 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호는 ⁠‘"관계기

업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업 이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기

업의 집단을 말한다.’고 정의하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1항 본

문은 ⁠‘지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다

음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업과 그 다른 국내기업의 관계를 말

한다’고 규정하고 있다.

3) 헌법 제38조는 ⁠“모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.”

고 규정하고, 제59조는 ⁠“조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”고 규정함으로써 조세법

률주의를 채택하고 있다. 이러한 조세법률주의의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기

관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격

하게 해석·적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을

의미한다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 판결 참조).

위 규정과 같이 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호에 의하면, 외부감사의

대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의

관계에 있게 되는 경우 그 기업 집단이 ⁠‘관계기업’이 되는데, 제3조의2에 의하면, 지배

기업이 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출

자자인 경우 상호간에 ⁠‘지배 또는 종속의 관계’가 성립한다. 원고가 2012. 10. AA HNS

주식회사를 설립하여 주식 94%를 가진 최다출자자가 된 사실은 앞서 본 바와 같고, 원

고의 사업연도가 매년 1월 1일부터 12월 31일까지인 점은 당사자 사이에 다툼이 없으

므로, 원고와 AA HNS 주식회사는 2013. 1. 1.부터 관계기업이 될 수 있고, 2012.에는

관계기업이 될 수 없다. 중소기업기본법 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세 부

과를 위한 범위 결정에는 차이가 있어서 조세 부과를 위한 경우 해당 사업연도 말을

기준으로 하는 것이 합리적이라고 할 여지가 있기는 하지만, 위 각 규정을 문언에 따

라 해석·적용할 경우 원고와 AA HNS 주식회사가 2012.에는 관계기업으로 될 수 없음 이 명백하다. 원고로서는 2012. 10. AA HNS 주식회사를 설립하여 관계기업이 되더라 도 2012.에는 조세특례를 받는 중소기업으로 간주된다고 충분히 기대할 수 있었다. 이 와 달리 관계기업 해당 여부를 2012년 사업연도 말일을 기준으로 판단하는 것은 법률

해석의 한계를 벗어나는 확장·유추적용으로서 허용될 수 없다.

그런데도 피고는 2012. 13. 31.을 기준으로 관계기업 해당여부를 판단하여 원고 에 대한 중소기업특별세액감면을 배제하고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 대구지방법원 2015. 09. 09. 선고 대구지방법원 2015구합21546 판결 | 국세법령정보시스템