요지

관세법 제106조 제1항에 따른 수입부가가치세를 환급받기 위해서는 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받아야 하고, 매입세액 공제를 위해서 세무서장에게 수정수입세금계산서를 제출하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 8. 26. 원고에게 한 2013년 제1기 부가가치세 환급액을 00,000,000원에

서 0,000,000원으로 감액결정한 처분을 취소한다(2013. 8. 28.은 2013. 8. 26.의 오기이다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 5. 3. 설립되어 국내외 자원개발 및 구리 판매업을 영위하는 회사이다. 원고는 2013. 4. 5.부터 2013. 5. 17.까지 A국 소재 ⁠‘CC’와 구리고철 100톤을 수입하기로 하는 계약을 체결하였다.

나. 원고는 수입통관절차를 진행하면서 2013. 5. 29. DD세관장에게 수입부가가치세00,000,000원을 납부한 후 수입세금계산서 3장(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)을 교부받았다. 그런데 원고는 수입통관된 물품이 구리고철이 아닌 모래임을 확인하고, 이를 폐기하였다.

다. 원고는 피고에게 2013년 제1기 부가가치세 확정신고시 이 사건 세금계산서를 매입세액으로 공제하여 합계 00,000,000원의 부가가치세 환급신청을 하였다. 이에 대하여피고는 2013. 8. 26. 원고에게 ⁠“수입물품이 구리고철임을 전제로 DD세관장으로부터이 사건 세금계산서를 수취하였으나, 실제 수입물품은 모래이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 이 사건 세금계산서는 세관장의 수정수입세금계산서 교부대상이고, 매입세액 공제대상이 아니다.”는 이유로, 아래와 같이 이 사건 세금계산서의 매입세액과 초과환급신고 가산세를 제외한 0,000,000원을 환급결정하였다 ⁠(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

부가세 환급신청금액 00,000,000원 원고 환급신청액이 사건 세금계산서 매입세액 00,000,000원 불공제 초과환급신고 가산세 0,000,000원 불공제처분액의 10% 환급결정액 0,000,000원 환급결정액

라. 원고는 이에 불복하여 2013. 9. 30. 이의신청을 하였으나, 2013. 10. 30. 피고로부터 기각결정을 받았다. 원고는 2014. 1. 20. 심사청구를 하였으나, 2014. 5. 26. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 15호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 구리고철의 수입통관을 위하여 적법하게 이 사건 세금계산서를 발급받았고, 적법하게 교부된 세금계산서에 대하여는 수정세금계산서를 교부받거나 수정신고 할 수 없으므로, 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는다. 또 전단계 세액공제법을 채택하고 있고, 관세청으로부터 납부한 수입부가가치세를 환급받을 수 없으므로, 관세청으로부터 징수당한 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 원고는 CC의 실체여부 및 신용정보, 거래물량을 직접 확인하고 직원 2인을 B국으로 파견하여 선적물품에 대한 확인 및 검수를 하였다. 또 해당 물품에 대한 제3자 검수보고서, 신용장 및 선하증권의 정보가 정확히 일치함을 확인하는 등 선량한 관리자로서 주의의무를 다하였다. 따라서 원고는 선의의 거래당사자에 해당하므로, 이 사건 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다.

나. 관계법령

제2조 【사전확인】

④ 해당 거래 품목과 동일 품목의 시장 거래가격을 비교하여 시장 거래가격보다 현저히 낮을 경우 그 사유를 분석하여 타당성이 인정될 경우에만 거래를 진행한다.

제3조 【현장확인】

① 신규 거래 법인의 사업장 주소 방문 및 실제 해당 사업 영위 여부를 조사한다.

② 신규 거래 법인의 사업장에 거래 물품 실물 존재 여부 확인한다.

- 계약상 제시한 물량 대비 보유재고 물량 충분히 있는지 검토

③ 신규 거래 법인의 해당 사업을 영위할 수 있는 사업장 제반시설의 존재 여부 파악한다.

- 필요시 야적장의 임대차계약서 사본 확인

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 아래와 같이 총 4회에 걸쳐 CC과 구리고철을 수입하는 계약을 체결하고, 수입신용장을 개설하였다.

(2) 원고는 2013. 4. 18.부터 2013. 4. 20.까지 구리고철의 실물확인 및 선적검수 참관을 위하여 직원 2명을 B국으로 파견하였다. 원고 직원들은 2013. 4. 24. ⁠“현지 야드는 월 600~800톤을 핸들링하는 규모로 보기 어렵고, 영업활동을 하는 분위기도 보이지 않았다. CC 측으로부터 보안을 고려하여 현 야드를 선택하였고 주요 물량은 페낭에 소재하고 있다는 설명을 들었다.”는 내용의 해외출장 보고서를 작성하였다. 한편 원고의 회사내규인 ⁠‘자원사업부 신규매입거래규정’은 아래와 같다.

피고소인들은 원고에 접근하여 국제시세보다 14%~20% 가량 저렴한 파격적인 가격을 제시하였는데, 이는 피고소인들의 편취범의를 보여준다. 구리는 국제시장에서 수요가 매우 많은 금속으로 환금성이 높아 정상적으로 훨씬 싼 가격에 거래되는 일은 없다.

이 사건 발생 직후 A국 런던으로 파견하여 사실관계를 파악하도록 하였는데, CC은 실체가 없는 페이퍼컴퍼니로 확인하였다. 피고소인 FFF이 운영하는 주식회사 EE도 주소지에 다른 사업체가 존재하는 것을 확인하였다.

(3) 원고는 2013. 5. 29. 00은행 서교동 금융센터를 통해 선적서류를 인수하면서 구리고 철 계약금액 합계 000,000.00달러를 결제하고, 수입통관절차에 따라 DD세관장 에게 수입부가가치세를 납부한 후 수입신고필증을 교부받았다. 원고는 2013. 5. 31. 수입물품이 구리고철이 아닌 모래임을 확인하고, 2013. 6. 4. 서울중앙지방검찰청에 CC의 국내 에이전트 FFF 등을 특정경제범죄가중처벌에관한법률위반(사기)죄로 고소하였다. 원고가 제출한 고소장 내용은 아래와 같다.

(4) 원고는 2013. 8. 1. 의왕시 폐기물처리장에서 컨테이너에 담겨있던 모래를 폐기하였다. 원고는 2014. 9. 17. 수입부가가치세에 관하여 관세법(2013. 8. 13. 법률 제 12027호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조의3 제2항에 따라 경정청구를 하였으나, 2014. 11. 11. DD세관장으로부터 ⁠“수입신고물품을 수입통관 후 국내 반입하여 세관장 승인없이 임의로 폐기하였다.”는 이유로, 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 12, 13, 14호증(가지번호 포함), 을 제3, 4, 5호증의 각 기재, 갑 제5호증의 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 재화수입에 대한 부가가치세 과세 및 환급절차에 관하여

(가) 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제4항, 제16조 제5항은 ⁠“재화의 수입에 대한 부가가치세는 관세의 과세가격과 관세·개별소비세·주세·교육세·농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세를 합한 금액으로 한다. 세관장은 수입재화에 대하여 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다.”고, 제19조의2, 제23조 제3항은 ⁠“납세의무자가 관세법에 따라 관세를 신고·납부하는 경우에는 수입부가가치세를 함께 신고·납부하여야 한다. 수입부가가치세는 세관장이 관세법에 따라 징수한다.”고 규정하고 있다. 한편 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조는 ⁠“수입세금계산서는 사업자가 발급하는 세금계산서 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다.”고 규정하고, 부가가치세법 제16조 제1항 후단, 동 시행령 제59조는 수정세금계산서 발급사유 및 발급절차에 대하여 규정하고 있다.

그리고 부가가치세법 시행령 제71조 제1항, 제2항은 ⁠“세관장이 부가가치세를 징수하는 때에는 관세법 제38조의2 제1항, 제2항(보정), 제38조의3 제1항(수정신고), 같은 조 제2항(경정청구), 같은 조 제3항(후발적 경정청구)을 준용한다. 세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 관세법 제106조(계약내용과 다른 물품에 대한 관세환급)에서 정한 위약물품에 해당하는 경우 세관장은 부가가치세를 지체없이 환급하여야 한다. 이 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급하고, 이를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다.

한편 관세법 제4조는 ⁠“수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세 등 내국세의 부과·징수·환급·결손처분 등에 관하여 부가가치세법의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다.”고, 제106조는 ⁠“수입신고가 수리된 물품이 계약 내용과 다른 경우 보세구역에 있다가 해당 물품을 다시 수출하거나 1년 내에 보세구역에 반입하여 세관장의 승인을 받아 폐기하였을 때에는 관세를 환급한다.”고, 제119조 제6항은 ⁠“수입물품에 부과하는 내국세 등의 부과, 징수, 감면, 환급 등에 관한 세관장의 처분에 불복하는 자는 이 절에 따른 이의신청·심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.”고 규정하고 있다.

(나) 위 규정을 종합해보면, 재화를 수입하는 자에 대한 수입부가가치세는 세관장이 처분권자이고, 수입부가가치세 납부·환급에 관해서는 관세법에 별도의 규정을 두고 있으며, 관세법이 부가가치세법에 우선하여 적용된다. 따라서 수입신고가 수리된 물품이 계약내용과 다른 경우 수입부가가치세를 환급받기 위해서는 관세법 제106조 제1항에 따라 ⁠‘해당 물품을 보세구역에 반입하여 세관장의 승인을 받아 폐기한 후’ 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받아야 하고, 매입세액 공제를 위해서 세무서장에게 수정수입세금계산서를 제출하여야 한다.

그런데 원고는 수입물품을 보세구역에 반입하여 세관장의 승인을 받아 폐기하지 않고 임의로 폐기하였으므로, 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받을 수 없다. 또한 피고도 수정수입세금계산서를 받지 않은 이상 당초 수입세금계산서에 기하여 매입세액 공제를 할 수밖에 없다.

(2) 부가가치세법상 매입세액 공제에 관하여

(가) 부가가치세법 제17조 제1항은 ⁠“납부세액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 매출세액에서 공제되는 매입세액은 사업자가 자기 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급·수입한 재화에 대한 부가가치세액을 말한다.”고 규정하고 있다. 또 제2항은 ⁠“세금계산서를 발급받지 않은 경우 또는 발급받은 수입세금계산서에 필요적 기재사항 전부 또는 일부가 적히지 아니하거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하고 있다.

또 사실과 다른 세금계산서는 공급받는 자가 이를 알지 못하였고 알지 못한데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없고, 사실과 다르다는 사정을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다.

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 이 사건 세금계산서는 세금계산서상 수입물품과 실제 수입물품이 다른 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고는 앞서 본 바와 같이 세관장으로부터 이에 대하여 수정수입세금계산서를 발급받지 못하였으므로, 이 사건 세금계산서상 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없다.

한편 원고가 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였으므로, 매입세액 공제되어야 한다고 주장하므로 보건대, ① 원고의 ⁠‘자원사업부 신규매입거래규정’ 제2조 제4항에 의하면, ⁠“시장거래가격보다 현저히 낮을 경우 그 사유를 분석하여 타당성이 인정될 경우에만 거래를 진행하여야 한다.”고 규정하고 있는데, 원고는 수입물품의 가격이 국제시세보다 14%~20% 가량 저렴함에도 사유분석을 하지 아니한 점, ② 원고의 고소장 내용과 같이 구리고철은 국제시장에서 수요가 매우 많은 금속으로서 환금성이 매우 높기 때문에 국제 거래시세보다 훨씬 싼 가격에 거래되는 것은 이례적인 점, ③ 원고는 월 600~800톤을 취급하는 야드로 보기에는 인적도 없고, 영업활동을 하는 분위기도 보이지 않아 의구심을 가지고 있었던 점, ④ 원고는 국내에 있는 CC의 에이전트 사업장 소재지를 사전에 확인하지 아니한 점 등을 고려할 때, 원고는 ⁠“CC이 비정상적 영업을 하고 있다고 의심할 수 있는 상황이었음에도 주의의무를 다하지 않았다.”고 봄이 타당하므로, 원고에게는 사실과 다른 세금계산서임을 알지 못한 데에 과실이 있다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 정당한 사유가 존재하지 아니하므로, 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관계법령

 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제13조(과세표준)

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세·개별소비세·주세·교육세·농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세를 합한 금액으로 한다.

제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다.

이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다.

제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

제19조의2(재화의 수입에 대한 신고·납부) 제2조 제1항 제2호의 납세의무자가 ⁠「관세법」에 따라 관세를 신고·납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고·납부하여야 한다.

제20조(세금계산서합계표의 제출) ① 사업자는 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따라 세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 "매출·매입처별 세금계산서합계표"라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고(제18조 제2항 본문이 적용되는 경우에는 해당 과세기간의 확정신고)와 함께 제출하여야 한다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 거래기간

3. 작성 일자

4. 거래기간의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제23조(징수)

③ 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 ⁠「관세법」에 따라 징수한다.

 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제56조(수입세금계산서) 법 제16조 제5항에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다.

제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차) ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우 : 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부의 표시를 하여 작성하고 발급한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 부의 표시를 하여 발급한다.

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우(법 제17조 제2항 제2호의2 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다.

9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.

② 일반과세자에서 법 제25조 제1항에 따른 간이과세자(이하 "간이과세자"라 한다)로 과세유형이 전환된 후 과세유형전환 전에 공급한 재화 또는 용역에 대하여 제1항 각 호의 사유가 발생한 경우에는 제1항 각 호의 절차에도 불구하고 당초 세금계산서 작성일자를 수정세금계산서의 작성일자로 적고, 비고란에 사유발생일을 부기한 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 수정세금계산서를 발급할 수 있다.

제71조(재화의 수입에 대한 징수) ① 세관장이 법 제23조 제3항에 따라 부가가치세를 징수하는 때에는「관세법」 제11조, 제16조, 제17조, 제19조, 제38조 내지 제39조, 제41조 및 제43조를 준용한다.

② 세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 「관세법」 제106조에 규정하는 위약물품에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체없이 환급하여야 한다. 이 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급하고, 법 제20조에 따라 이를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 「관세법」 제38조 제5항 및 제46조에 따라 과오납부한 수입재화에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체없이 징수 또는 환급한다. 이 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급하고, 법 제20조에 따라 이를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 관세법(2013. 8. 13. 법률 제12027호로 개정되기 전의 것)

제4조(내국세등의 부과·징수) ① 수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세, 지방소비세, 개별소비세, 주세, 교육세, 교통·에너지·환경세 및 농어촌특별세(이하 "내국세등"이라 하되, 내국세등의 가산금·가산세 및 체납처분비를 포함한다)의 부과·징수·환급 등에 관하여 ⁠「국세기본법」, ⁠「국세징수법」, ⁠「부가가치세법」, ⁠「지방세법」, ⁠「개별소비세법」, ⁠「주세법」, ⁠「교육세법」, ⁠「교통·에너지·환경세법」 및 ⁠「농어촌특별세법」의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여

적용한다.

② 수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 내국세등의 체납이 발생하였을 때에는 징수의 효율성 등을 고려하여 필요하다고 인정되는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세의무자의 주소지(법인의 경우 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지)를 관할하는 세무서장이 체납세액을 징수할 수 있다.

제38조의2(보정) ① 납세의무자는 신고납부한 세액이 부족하다는 것을 알게 되거나 세액산출의 기초가 되는 과세가격 또는 품목분류 등에 오류가 있는 것을 알게 되었을 때에는 신고납부한 날부터 6개월 이내(이하 "보정기간"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 세액을 보정하여 줄 것을 세관장에게 신청할 수 있다.

② 세관장은 신고납부한 세액이 부족하다는 것을 알게 되거나 세액산출의 기초가 되는 과세가격 또는 품목분류 등에 오류가 있다는 것을 알게 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세의무자에게 해당 보정기간에 보정신청을 하도록 통지할 수 있다. 이 경우 세액보정을 신청하려는 납세의무자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 신청하여야 한다.

제38조의3(수정 및 경정) ① 납세의무자는 신고납부한 세액이 부족한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고(보정기간이 지난 날부터 제21조 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지로 한정한다)를 할 수 있다. 이 경우 납세의무자는 수정신고한 날의 다음 날까지 해당 관세를 납부하여야 한다.

② 납세의무자는 신고납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 2년이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다. 이 경우 경정의 청구를 받은 세관장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구한 자에게 통지하여야 한다.

③ 납세의무자는 최초의 신고 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되는 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 제2항 전단에 따른 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다.

④ 세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항 및 제3항에 따라 경정청구한 세액을 심사한 결과 과부족하다는 것을 알게 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하여야 한다.

제106조(계약 내용과 다른 물품 등에 대한 관세 환급) ① 수입신고가 수리된 물품이 계약 내용과 다르고 수입신고 당시의 성질이나 형태가 변경되지 아니한 경우 해당 물품이 수입신고 수리일부터 1년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 관세를 환급한다.

1. 외국으로부터 수입된 물품: 보세구역(제156조 제1항에 따라 세관장의 허가를 받았을 때에는 그 허가받은 장소를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 이를 반입하였다가 다시 수출하였을 것. 이 경우 수출은 수입신고 수리일부터 1년이 지난 후에도 할 수 있다.

2. 보세공장에서 생산된 물품: 보세공장에 이를 다시 반입하였을 것

② 제1항에 따른 수입물품으로서 세관장이 환급세액을 산출하는 데에 지장이 없다고 인정하여 승인한 경우에는 그 수입물품의 일부를 수출하였을 때에도 제1항에 따라 그 관세를 환급할 수 있다.

③ 제1항과 제2항에 따른 수입물품의 수출을 갈음하여 이를 폐기하는 것이 부득이하다고 인정하여 그 물품을 수입신고 수리일부터 1년 내에 보세구역에 반입하여 미리 세관장의 승인을 받아 폐기하였을 때에는 그 관세를 환급한다.

④ 수입신고가 수리된 물품이 수입신고 수리 후에도 지정보세구역에 계속 장치되어 있는 중에 재해로 멸실되거나 변질 또는 손상되어 그 가치가 떨어졌을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 관세의 전부 또는 일부를 환급할 수 있다.

제119조(불복의 신청)

⑥ 수입물품에 부과하는 내국세등의 부과, 징수, 감면, 환급 등에 관한 세관장의 처분에 불복하는 자는 이 절에 따른 이의신청·심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.

출처 : 서울행정법원 2015. 01. 16. 선고 서울행정법원 2014구합16248 판결 | 국세법령정보시스템