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학교법인 부동산 양도차익 고유목적사업준비금 산입 가능성

대법원 2021두31535
판결 요약
학교법인이 수익용 부동산을 처분해 얻은 양도차익은 구 법인세법 시행령상 차감대상 금액이 아니므로, 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함됩니다. 단지 처분대금의 용도가 제한되었다고 해도 제외사유가 되지 않습니다.
#학교법인 #부동산 양도차익 #고유목적사업준비금 #손금산입한도 #수익사업 소득
질의 응답
1. 학교법인이 수익용 부동산을 팔아 생긴 양도차익도 고유목적사업준비금 손금산입 한도에 포함되나요?
답변
네, 수익사업에서 발생한 소득인 부동산 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함됩니다.
근거
대법원 2021두31535 판결은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액이 아니라면, 수익사업에서 발생한 소득이므로 고유목적사업준비금의 손금산입 한도에 들어간다고 보았습니다.
2. 부동산 처분대금 용도가 '수익용 기본재산 대체취득'으로 제한된 경우에도 양도차익을 고유목적사업준비금에 포함할 수 있나요?
답변
네, 처분대금의 용도 제한과 관계없이 해당 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도 산정에서 제외되지 않습니다.
근거
대법원 2021두31535 판결은 용도 제한만으로 수익사업 소득에서 제외될 수는 없고, 차감근거가 없으면 손금산입한도에 포함된다고 명확히 판시하였습니다.
3. 고유목적사업준비금 손금산입한도에 포함되는 소득은 어떻게 산정하나요?
답변
수익사업에서 발생한 소득에서 법에서 정한 결손금·기부금 등을 차감한 금액이 기준입니다.
근거
대법원 2021두31535 판결은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 규정에 따라 계산한다고 하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’으로서 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다.

판결내용

고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따라 ⁠‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ⁠‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다.

상세내용

대 법 원

제 2 부

판 결

사 건 2021두31535 법인세경정청구거부처분취소

원고, 상 고 인 학교법인 AA학원

피고, 피상고인 00세무서장

원 심 판 결 서울고등법원 2020. 12. 17. 선고 2020누42349 판결

판 결 선 고 2024. 7. 25.

주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 뒤에 제출된 상고이유보충서 기재는

상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 따르면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 사립학교법에 따라 설립된 학교법인인 원고는 20xx년경 당초 수익사업에 제공하던 부동산(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대하여 교육부장관으로부터 처분대금 용도를 ⁠‘수익용 기본재산의 대체취득’으로 하여 처분허가를 받은 다음 이를 양도하였고, 그 결과 처분이익이 0,000,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 부동산 양도차익’이라 한다) 발생하였다.

나. 원고는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항에 따라 00,000,000,000원을 고유목적사업준비금으로 설정하고, 같은 항 각호에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 합계 00,000,000,000원이 된다는 전제에서, 위 한도액 상당의 고유목적사업준비금을 손금산입하여 양도일이 속한 사업연도(20xx. 3. 1.~20xx. 2. 28., 이하 ⁠‘이 사건 사업연도’라 한다) 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 20xx. 9. 3. 피고에게 ⁠‘이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 이 사건 부동산 양도차익 상당액을 포함한 합계 00,000,000,000원이 되어야 한다.’고 주장하면서, 이 사건 사업연도 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 20xx. 10. 2. ⁠‘이 사건 부동산 처분대금의 용도가 수익용 기본재산의 대체취득으로 제한되어 있으므로 이 사건 부동산 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다.’는 이유로 이를 거부하였다.

2. 1, 2 상고이유에 관하여

가. 구 법인세법 제29조 제1항은 ⁠‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.’고 규정하면서, 제4호에서 ⁠‘제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액’을 합산하도록 정하고 있는데, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례규정인 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는 ⁠‘사립학교법에 따른 학교법인에 대해서는 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.’고 규정하고 있다.

또한 구 법인세법 제29조 제8항은 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항은 ⁠“법 제29조 제1항 제4호에서 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.”라고 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제29조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).

나. 위에서 본 법리와 관련 규정의 문언 내용 및 체계, 구 법인세법은 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지를 관철하기 위한 원칙적인 수단으로 과세관청의 사후관리 제도를 마련하고 있는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조) 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따라 ⁠‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ⁠‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다.

다. 앞서 본 사실관계를 위 법리 등에 비추어 살펴보면, 이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’으로서 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다.

라. 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 부동산 양도차익이 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 판단하였다.

원심의 이러한 판단에는 구 법인세법 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산정 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대법원 2024. 07. 25. 선고 대법원 2021두31535 판결 | 국세법령정보시스템

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학교법인 부동산 양도차익 고유목적사업준비금 산입 가능성

대법원 2021두31535
판결 요약
학교법인이 수익용 부동산을 처분해 얻은 양도차익은 구 법인세법 시행령상 차감대상 금액이 아니므로, 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함됩니다. 단지 처분대금의 용도가 제한되었다고 해도 제외사유가 되지 않습니다.
#학교법인 #부동산 양도차익 #고유목적사업준비금 #손금산입한도 #수익사업 소득
질의 응답
1. 학교법인이 수익용 부동산을 팔아 생긴 양도차익도 고유목적사업준비금 손금산입 한도에 포함되나요?
답변
네, 수익사업에서 발생한 소득인 부동산 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함됩니다.
근거
대법원 2021두31535 판결은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액이 아니라면, 수익사업에서 발생한 소득이므로 고유목적사업준비금의 손금산입 한도에 들어간다고 보았습니다.
2. 부동산 처분대금 용도가 '수익용 기본재산 대체취득'으로 제한된 경우에도 양도차익을 고유목적사업준비금에 포함할 수 있나요?
답변
네, 처분대금의 용도 제한과 관계없이 해당 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도 산정에서 제외되지 않습니다.
근거
대법원 2021두31535 판결은 용도 제한만으로 수익사업 소득에서 제외될 수는 없고, 차감근거가 없으면 손금산입한도에 포함된다고 명확히 판시하였습니다.
3. 고유목적사업준비금 손금산입한도에 포함되는 소득은 어떻게 산정하나요?
답변
수익사업에서 발생한 소득에서 법에서 정한 결손금·기부금 등을 차감한 금액이 기준입니다.
근거
대법원 2021두31535 판결은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 규정에 따라 계산한다고 하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’으로서 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다.

판결내용

고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따라 ⁠‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ⁠‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다.

상세내용

대 법 원

제 2 부

판 결

사 건 2021두31535 법인세경정청구거부처분취소

원고, 상 고 인 학교법인 AA학원

피고, 피상고인 00세무서장

원 심 판 결 서울고등법원 2020. 12. 17. 선고 2020누42349 판결

판 결 선 고 2024. 7. 25.

주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 뒤에 제출된 상고이유보충서 기재는

상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 따르면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 사립학교법에 따라 설립된 학교법인인 원고는 20xx년경 당초 수익사업에 제공하던 부동산(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대하여 교육부장관으로부터 처분대금 용도를 ⁠‘수익용 기본재산의 대체취득’으로 하여 처분허가를 받은 다음 이를 양도하였고, 그 결과 처분이익이 0,000,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 부동산 양도차익’이라 한다) 발생하였다.

나. 원고는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항에 따라 00,000,000,000원을 고유목적사업준비금으로 설정하고, 같은 항 각호에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 합계 00,000,000,000원이 된다는 전제에서, 위 한도액 상당의 고유목적사업준비금을 손금산입하여 양도일이 속한 사업연도(20xx. 3. 1.~20xx. 2. 28., 이하 ⁠‘이 사건 사업연도’라 한다) 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 20xx. 9. 3. 피고에게 ⁠‘이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 이 사건 부동산 양도차익 상당액을 포함한 합계 00,000,000,000원이 되어야 한다.’고 주장하면서, 이 사건 사업연도 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 20xx. 10. 2. ⁠‘이 사건 부동산 처분대금의 용도가 수익용 기본재산의 대체취득으로 제한되어 있으므로 이 사건 부동산 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다.’는 이유로 이를 거부하였다.

2. 1, 2 상고이유에 관하여

가. 구 법인세법 제29조 제1항은 ⁠‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.’고 규정하면서, 제4호에서 ⁠‘제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액’을 합산하도록 정하고 있는데, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례규정인 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는 ⁠‘사립학교법에 따른 학교법인에 대해서는 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.’고 규정하고 있다.

또한 구 법인세법 제29조 제8항은 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항은 ⁠“법 제29조 제1항 제4호에서 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.”라고 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제29조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).

나. 위에서 본 법리와 관련 규정의 문언 내용 및 체계, 구 법인세법은 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지를 관철하기 위한 원칙적인 수단으로 과세관청의 사후관리 제도를 마련하고 있는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조) 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따라 ⁠‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ⁠‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다.

다. 앞서 본 사실관계를 위 법리 등에 비추어 살펴보면, 이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’으로서 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다.

라. 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 부동산 양도차익이 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 판단하였다.

원심의 이러한 판단에는 구 법인세법 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산정 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대법원 2024. 07. 25. 선고 대법원 2021두31535 판결 | 국세법령정보시스템