물류대행업 매입세액 전액 공제 가능 기준은?

요지

이 사건 매입세액은 원고가 협력업체를 위해 물류대행업을 영위하게 됨에 따라 필수적으로 수반되는 비용으로서 물류대행업으로 인한 매출세액에 대응하는 것이므로, 전액을 매출세액에서 공제해야 한다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2014. 1. 16. 원고에 대하여 한 2012년 제1기 부가가치세 000,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 2012. 2. 29. 주식회사 △△△로부터 ⁠‘□□□’라는 상호의 슈퍼마켓 00점을 양수한 후 2012. 6.말 기준 전국에 00개의 슈퍼마켓을 운영하며 최종소비자들에게 식품 및 생활필수품을 판매하는 등 유통업을 영위하는 비상장법인이다.

나. 원고의 사업 형태

1) 원고는 협력업체들로부터 매입한 각종 상품을 원고가 직접 운영하는 매장(이하‘직영점’이라 한다)을 통해 최종소비자에게 판매하거나 다른 사업자가 운영하는 상품취급점에 판매하는 ⁠‘상품유통업’, 협력업체가 각종 상품을 물류센터에 입고시키면 이를 원고의 직영점 또는 상품취급점으로 운송하는 ⁠‘물류대행업’ 등을 영위하였는데, 상품유통업은 원고가 공급하는 재화의 종류에 따라 부가가치세의 과세·면세가 달라지는 과세·면세 겸영사업, 물류대행업은 부가가치세 과세사업이다.

2) 원고는 협력업체에게 물류센터로 입고된 상품을 원고의 직영점 또는 상품취급점으로 운송하는 용역 등 물류대행용역을 공급하고 그 대가로 ⁠‘물류대행수수료’를 지급받는 한편, ○○○ 주식회사, 주식회사 ○○(이하 ’○○‘이라 한다) 및 △△△로부터 위 물류대행용역을 공급받고 그 대가로 ’물류용역비용‘을 지급하였다.

다. 2012년 제1기 부가가치세 신고·납부

원고는 2012. 7. 25. 2012년 제1기 부가가치세 신고시 물류대행업에 대한 매입세

액합계 000,000,000원을 과세·면세 겸영사업인 상품유통업과 관련된 공통매입세액으로 보아 원고 회사 전체의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분하여 이 사건 매입세액 중 000,000,000원을 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고·납부하였다.

라. 경정청구

원고는 2013. 11. 20. 피고에게 이 사건 매입세액은 모두 과세사업인 물류대행업에 대한 매입세액이므로 전액이 매출세액에서 공제되어야 한다는 이유로 2012년 제1기 부가가치세 매입세액 000,000,000원의 환급을 구하는 부가가치세 경정청구를 하였다.

마. 이 사건 처분 및 불복

피고는 2014. 1. 16. 원고에게 이 사건 매입세액이 공통매입세액에 해당한다는 이

유로 위 경정청구를 거부하였고(이하 '이 사건 처분'이라고 한다), 원고는 이에 불복하여 2014. 4. 21. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 10. 13. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 8 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고

원고는 협력업체와 사이에 상품공급계약과 별개로 배송수수료 계약을 체결하여 그 계약에 근거하여 협력업체에게 물류대행용역을 제공하고 그 대가로 물류대행수수료를 지급받아 상품매출과 구별하여 회계처리하면서 위 매출세액을 전액 과세로 신고·납부하는 한편, 협력업체에게 위 물류대행용역을 제공하기 위하여 물류대행업체로부터 동일한 용역을 제공받고 그 대가로 물류용역비용을 지급하며 상품매입과 구별하여 회계처리하였다. 따라서 이 사건 매입세액은 과세사업인 물류대행업에 사용되는 매입세액으로서 실지 귀속이 분명한 경우에 해당하므로 그 전액이 매출세액에서 공제되어야 하는바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

원고와 상품공급계약을 체결한 협력업체가 원고와 별도로 상품공급계약을 체결한 상품취급점까지 상품을 운송해야 할 의무는 없으므로 원고가 협력업체로부터 상품을 물류센터로 입고받아 이를 검수·보관하고 거래처별로 분류하여 상품취급점까지 운송하는 것은 과세·면세 겸영사업인 원고 자신의 상품유통업과 관련된 용역인 점, 이와 달리 만약 협력업체에게 원고와 거래한 상품취급점까지 상품을 운송해야 할 의무가 있다고 본다면 원고는 협력업체와 상품취급점 사이의 중개업자에 불과하게 되는 점 등을 고려하면, 원고가 협력업체에 공급하는 용역은 물류센터에 입고된 상품을 협력업체를 대신하여 원고의 직영점까지 운송하는 정도에 불과하다. 반면 원고가 물류대행업체로부터 공급받는 용역은 물류센터에 입고된 상품의 보관, 분류, 검수, 원고의 직영점 내지 상품취급점까지의 운송, 나아가 반품 처리에 관한 것까지 포함하는 것으로, 원고가 협력업체에게 공급하는 용역과 물류대행업체로부터 공급받는 용역의 범위가 일치하지 않는다. 따라서 이 사건 매입세액을 실지 귀속이 불분명한 공통매입세액으로 본 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

  별지 기재와 같다.

다. 인정사실

 1) 원고와 협력업체 중 한곳인 ◇◇◇ 사이에 체결된 직매입 거래계약의 주요내용은 다음과 같다.

 2) 원고와 물류대행업체 중 ○○, ○○○와 사이에 체결된 물류대행계약의 주요내용은 다음과 같다.

 3) 원고와 물류대행업체 중 △△△와 사이에 체결된 계약의 주요내용은 다음과 같다.

라. 판단

1) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 제6호의 각 규정은, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2012. 8. 31. 대통령령 제24076호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 ⁠‘면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액’의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있다.

2) 그렇다면 이 사건의 쟁점은 이 사건 매입세액{물류용역비용}이 과세사업인 물류대행업 뿐만 아니라 과세·면세 겸영사업인 상품유통업에도 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액인지 여부라 할 것이고, 실지 귀속의 여부는 당해 재화나 용역이 대내적으로 어떤 사업 부문에 사용되어 실질적으로 효용을 미쳤느냐에 따라 좌우된다고 할 것이다.

이에 비추어 이 사건을 살피건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 비록 원고의 상품유통업이 원고와 협력업체 사이의 물류대행용역 거래를 창출한 측면이 있다 하더라도 이 사건 매입세액은 원고가 협력업체를 위해 물류대행업을 영위하게 됨에 따라 필수적으로 수반되는 비용으로서 물류대행업으로 인한 매출세액{물류대행수수료}에 대응하는 것이므로, 과세사업인 물류대행업에 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 있는 매입세액으로 보아 전액을 매출세액에서 공제해야 한다. 따라서 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

① 일반적으로는 상품유통업의 일환으로 재화를 공급함에 있어 물류대행용역이 통상적으로 부수되기 때문에 물류용역비용이 상품유통업에 사용된다고 볼 여지도 있다. 그러나, 원고는 자체 생산한 상품을 공급하는 것이 아니라 수백 여개의 협력업체들로부터 상품을 매입하여 공급하는 것이고, 위 협력업체들과 사이에 체결된 이 사건 직매입거래계약서 제6조 제1항에 의하면 협력업체가 원고의 점포(직영점을 의미하는 것으로 보인다) 또는 원고가 지정하는 장소까지 상품을 납품하여야 할 의무를 정하고 있는데 이는 채무자는 채권자의 주소지 또는 채권자가 지정하는 장소에 변제해야 한다는 민법상 지참채무의 원칙에도 부합할 뿐만 아니라, 계약의 일방당사자가 계약 상대방의 지시 등으로 급부과정을 단축하여 계약상대방과 또다른 계약관계를 맺고 있는 제3자에게 직접 급부하는 이른바 ⁠‘단축된 급부’가 허용되는 이상 위 지정장소에 상품취급점이 포함되지 못할 이유가 없으며, 실제로 협력업체는 납품장소가 원고의 직영점인지 상품취급점인지에 따른 구분 없이 원고에게 물류대행수수료를 지급하고 있는 것으로 보인다.

② 한편, 이 사건 직매입거래계약서 제6조 제6항에서 협력업체가 원고의 물류센터 혹은 원고의 직영점으로 상품을 납품하여 원고가 검수를 완료한 시점에 납품이 확정된다고 정하고 있는 것은 제6조 제5항에 따라 협력업체가 물류센터를 이용하여 납품할 것을 희망하는 경우를 전제하는 것으로 보이므로, 제6조 제6항만을 근거로 협력업체가 상품취급점으로 상품을 납품할 의무가 없다고 볼 수는 없다.

③ 이처럼 협력업체는 전국 각지에 위치한 원고의 직영점 또는 상품취급점까지 상품을 납품할 의무가 있고, 만약 협력업체가 전국적인 배송망을 갖추고 있다면 직접 원고의 직영점 또는 상품취급점으로 납품할 것이기 때문에 원고가 협력업체에 물류대행용역을 공급할 필요가 없다. 그러나 현실적으로 협력업체가 직접 원고의 직영점 또는 상품취급점까지 납품할 능력이 없으므로 원고가 비용을 부담하는 물류센터를 통하여 상품을 납품하기 위해 별도의 배송수수료 계약을 체결하게 된 것이므로, 물류용역 비용은 원고가 협력업체의 물류를 대행하게 됨에 따라 필수적으로 발생하게 된 비용이다.

④ 협력업체가 물류센터를 이용하지 않고 전국 각지에 위치한 원고의 직영점 또는 상품취급점으로 상품을 배송하려 하여도 원고의 주문을 파악하여 납품장소별로 분류하여 보관하는 등의 작업이 반드시 필요할 것으로 보일 뿐만 아니라, 이 사건 직매입거래계약서 제6조, 제13조의 내용을 살펴보더라도 원고가 협력업체에게 공급하는 용역은 ⁠‘물류센터를 이용한 납품’으로서 입고된 상품의 분류, 보관 등의 용역이 당연히 포함되어 있다. 나아가 이 사건 직매입거래계약서 제12조에 의하면 협력업체는 자신의 귀책사유로 인한 경우에는 납품확정 시점 이후에도 반품 업무를 처리하도록 되어 있으므로 이 또한 원고가 협력업체에게 공급하는 물류대행용역 중 하나로 볼 수 있다. 결국 원고가 협력업체에 공급하는 용역과 물류대행업체로부터 공급받는 용역의 범위 사이에 차이가 있다고 보기 어렵다.

⑤ 이 사건 경영제휴계약서 추가합의서의 내용에 의하면, ○○, ○○○와 달리 △△△는 ○○ 및 □□ 소재 물류센터를 통해 원고에게 물류대행용역을 공급하는 물류대행업체로서의 지위와 함께 직수입상품, 자체개발상품, 직접제조상품 등을 공급하는 협력업체로서의 지위도 가지고 있었으므로 원고가 △△△에 위 직수입상품, 자체개발상품, 직접제조상품에 대한 물류용역비용을 지급하지 않는 것은 당연하고 이러한 사정만으로 원고가 협력업체에 공급하는 용역과 물류대행업체로부터 공급받는 용역의 범위가 일치하지 않는다고 보기는 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2015. 08. 28. 선고 서울행정법원 2015구합50832 판결 | 국세법령정보시스템