산업집적지 경쟁력 강화사업 지원금의 세액공제 제외 여부

요지

복수의 법령이 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진근거가 될 수 있는 것이고 산업기술혁신촉진법은 산업집적지 경쟁력 강화사업의 추진근거이므로 해당 지원금은 조특법 제10조의2 제1항 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당하는 것이며 세액공제 대상이 되는 일반연구·인력개발비에서 제외되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 12. 2. 원고에 대하여 한 법인세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 OO시 OO구 OO1로 169-28에 소재한 AAA모터(AAA-motor) 제조·도매업을 영위하는 법인이다.

 나. 원고는 2011. 8. 26. BBB공단(이하 ⁠‘이 사건 공단’이라 한다)과 ⁠‘생산기술사업화 지원사업 협약’을 체결하고(협약기간 2011. 9. 1.부터 2012. 8. 31.), 이 사건 공단으로부터 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업비’로 국비 OOOO원을 지원받았다(이하 ⁠‘이 사건 지원금’이라 한다).

 다. 원고는 2012 사업연도에 일반연구 및 인력개발비로 OOOO원을 지출하고, 해당금액을 세액공제 대상금액으로 보아 2012 사업연도 법인세 신고시 OOOO원을 공제받았다.

 라. 피고는 원고의 2012년 연구 및 인력개발비 OOOO원 중에서 이 사건 공단에서 지원받은 금액에서 지출된 OOOO원은 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법’이라 한다) 제10조의2에서 정하고 있는 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법시행령’이라 한다) 제9조 제8항에 따라서 세액공제 대상이 되는 일반연구·인력개발비에서 제외되어야 한다고 판단하고, 원고의 2012년 연구 및 인력개발비 세액공제액을 OOOO원에서 OOOO원으로 감액경정 하고, 이에 따라서 2013, 2. 2. 원고에게 2012 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 28. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2014. 6, 13. 기각되자, 여기에 불복하여 2014. 9. 12. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 주장 및 판단

 가. 원고의 주장

 1) 제1주장

 조특법 시행령 제9조 제8항에 의하여 세액공제에서 제외되는 조특법 제10조의2 소정의 ⁠‘연구개발출연금등’은 해당 사업연도에 익금으로 산입하지 아니한 것만을 의미한다. 그러나 원고는 이 사건 지원금을 2012년의 익금에 산입하였으므로 조특법 제10조 제1항에 의하여 세액공제의 대상이 된다.

 2) 제2주장

 이 사건 지원금은 산업집적활성화 및 공정설립에 관한 법률(이하 ⁠‘산집법’이라 한다)에 근거하여 수령한 지원금이며, 조특법 제10조의2 제1항 및 조특법 시행령 제9조의2 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘산업기술혁신 촉진법(이하 ’촉진법’이라 한다)’에 따른 지원금이 아니다. 따라서 조특법 시행령 제9조 제8항이 적용될 수 없다.

 나. 관계법령

 별지와 같다.

 다. 판단

 1) 제1주장에 대한 판단

 조특법 제10조 제1항은 ⁠‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.’라고 규정하면서 제3호에서 ⁠‘제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 ⁠“일반연구·인력개발비”라 한다)’를 세액공제 대상의 하나로 열거하고 있으며, 같은 조 제2항은 ⁠‘제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’라고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조특법 시행령 제9조 제8항은 ⁠‘법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력 연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.’라고 규정하고 있다, 한편, 조특법 제10조의2 제1항은 ⁠‘내국인이 2012년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 ⁠「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 ⁠“연구개발출연금등” 이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.’라고 규정하고 있다.

 위 각 규정을 종합하여 보면, 법인이 조특법 제10조의2 제1항에서 정하는 ⁠‘연구개발출연금등’을 지원받은 경우에는 조특법 제10조 제1, 2항, 조특법 시행령 제9조 제8항에 따라서 이를 법인세 세액공제의 대상에 포함시킬 수 없는 것이고, ⁠‘연구개발출연금등’ 을 해당 사업연도의 익금에 산입할 것인지 아니면 해당 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 조특법 제10조의2 제2항에 따라서 이를 지출하는 사업연도의 익금에 산입할 것인지 여부를 선택할 수는 있으나, 이를 해당 사업연도의 익금에 산입하였는지 여부와 세액공제의 대상에 포함되는지 여부는 아무런 관련이 없는 것으로 해석된다.

 따라서 이와 다른 전제를 바탕으로 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 제2주장에 대한 판단

 앞서 살펴본 바와 같이 조특법 제10조 제1, 2항, 조특법 시행령 제9조 제8항에 의하면 조특법 제10조의2 제1항에서 정하는 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당하는 지원금을 수령하여 연구개발비로 지출한 금액은 세액공제의 대상이 되지 않는바, 조특법 제10조의2 제1항은 ⁠‘연구개발출연금등’을 ⁠‘「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산’으로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조특법 시행령 제9조의2 제1항은 ⁠‘대통령령으로 정하는 법률’의 하나로 촉진법을 열거하고 있는바, 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 지원금은 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업비’ 명목으로 지급된 것이므로, 촉진법이 산업집적지 경쟁력 강화사업의 추진근거가 되는 법령이라면 이 사건 지원금은 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당한다고 할 것이다.

 그런데 앞서 살펴본 인정사실 및 증거들에 을 제3, 4호증의 각 기재를 더하여 보면, 이 사건 공단의 이 사건 지원금 지출은 산업통상자원부 고시인 ⁠“지역산업지원사업 공통운영요령(이하 ⁠‘이 사건 운영요령’이라 한다)”에 따라서 이루어진 것인데, 이 사건 운영요령 제3조 제5호가 이 사건 운영요령의 적용 사업의 범위를 정하면서 ⁠‘촉진법에 의한 산업집적지 경쟁력 강화사업’을 그 중 하나로 들고 있는 이상, 촉진법은 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진근거가 된다고 할 것이고, 따라서 그에 따라 지급된 이 사건 지원금은 조특법 제10조의2 제1항이 정하고 있는 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당한다고 판단된다. 따라서 이 사건 지원금이 세액공제의 대상이 되지 않는다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 적법하고 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

 원고는 국세청이 이 사건 공단에 이 사건 지원금의 지급 근거가 된 법령이 무엇인지 여부를 문의하였고, 이에 대하여 이 사건 공단이 ⁠‘이 사건 지원금의 지급 근거가 된 법령은 산집법 제22조의 3임’이라는 취지로 답변을 하였으므로, 이 사건 지원금의 지급 근거가 된 법령은 산집법뿐이고 따라서 세액공제에서 제외되는 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당하지 않는다는 취지로 주장하고, 을 제4호증의 기재에 의하면 이 사건 공단이 직원이 국세청장장에게 원고가 주장하는 바와 같은 취지로 답변한 사실을 인정할 수 있으나, ① 이 사건 운영요령 제3조 제5호는 이 사건 운영요령의 적용 사업범위에 대하여 ⁠‘산집법, 균특법(국가균형발전특별법을 의미한다), 촉진법에 의한 산업집적지 경쟁력 강화사업’이라고 규정하고 있어서 복수의 법령이 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진근거가 될 수 있는 것이고(따라서 촉진법이 위 사업의 추진근거인 이상 다른 법령 역시 그 추진근거에 해당한다고 하더라도 이 사건 지원금은 ⁠‘연구개발출연금등’에 해당하는 것이다), ② 이 사건 지원금의 근거 법령이 무엇인지 여부는 법령의 해석·적용에 관한 사항으로 이 사건 공단이 판단하는 사항이 아니라 법원에 권한에 속하는 사안인바, 이 사건 공단의 위와 같은 답변이 산집법만이 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진 근거이고 이 사건 지원금의 지급 근거 법령이라는 취지라면, 앞서 살펴본 이 사건 지원금의 지급 근거에 대한 해석과는 다름에 불과하므로, 결국 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2015. 06. 18. 선고 서울행정법원 2014구합72606 판결 | 국세법령정보시스템