요지

이 사건 처분은 이미 사업연도가 종료됨으로써 과세요건이 완성된 사실·법률관계에 대하여 이 사건 단서조항을 소급적용한 것이 아니라, 이 사건 단서조항의 시행 후 종료되는 사실·법률관계에 대하여 위 규정을 적용한 것으로 부진정소급입법에 해당한다. 따라서 2016 사업연도 이전 발생한 이 사건 결손금에 대하여도 이 사건 단서조항이 적용되어야 한다.

판결내용

붙임 내용과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

   피고가 별지1 목록 각 ⁠‘거부처분일’에 원고에게 한 같은 목록 각 ⁠‘사업연도’ 귀속 각 ⁠‘경정청구세액’란 기재 금액의 법인세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 이 사건 처분의 경위

   가. 원고는 2005. 4. 19. 설립되어 자회사 지분소유를 통해 자회사의 사업내용을 지배하는 지주사업 등을 영위하는 법인이다. 주식회사 □□□□□(이하 ⁠‘□□□□□’이라 한다)은 1999. 1. 26. 설립되어 임대업 등을 영위하는 법인으로 원고의 완전 자회사였으나, 2022. 12. 30. 원고에게 흡수합병되었다.

   나. 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1호는 ⁠‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때 공제하는 내용의 이월결손금공제 규정을 두고 있었다. 그러나 2015. 12. 15. 개정된 법인세법(이하 ⁠‘제1 개정 법인세법’이라 한다) 제13조 단서는 이월결손금 공제한도를 ⁠‘각 사업연도 소득의 80/100’으로 제한하였고, 2017. 12. 19. 개정된 법인세법(이하 ⁠‘제2 개정 법인세법’이라 하고, 제1 개정 법인세법과 합하여 ⁠‘개정 법인세법’이라 한다) 제13조 단서는 이월결손금 공제한도를 ⁠‘각 사업연도 소득의 60/100’으로 축소하였다(이하 위 각 단서조항을 ⁠‘이 사건 단서조항’이라 한다).

   다. 원고(□□□□□)는 2009~2014 각 사업연도에 결손금(이하 ⁠‘이 사건 결손금’이라 한다)이 발생하였고, 2016~2019 각 사업연도 소득의 60~80%의 이월결손금 공제한도를적용하여 법인세를 신고⋅납부하였다. 원고(□□□□□)는 2022. 3. 28.부터 2022. 7. 11.까지 피고에게 2016~2019 각 사업연도 법인세에서 이월결손금을 공제 한도 없이 전액 공제해 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 6. 7. 및 2022. 8. 29. 별지1 기재와 같이 이를 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

   라. 원고(□□□□□)는 이 사건 각 처분에 불복하여 2022. 9. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 11. 30. 2016~2017 각 사업연도 경정청구 부분을 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 있는 서증은 가지번호 포

함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

   이 사건 결손금은 모두 개정 법인세법이 시행되기 전인 2016 사업연도 이전에 발생하였는바, 원고는 구 법인세법 제13조 제1호에 따라 향후 10년의 기간 동안 각 사업연도 소득 범위 내에서 이를 모두 공제받을 수 있었다. 그러나 납세자의 신뢰보호, 조세평등원칙 등을 고려하여 법인세법 이월결손금 규정을 합목적적으로 해석하면, 이 사건 단서조항은 ⁠‘2016 사업연도 이후 새롭게 발생하는 결손금’부터만 적용되어야 하고, 이 사건 결손금과 같이 그 이전 이미 발생⋅확정된 결손금에 대하여는 적용되어서는 안 된다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

   가. 이 사건 단서조항의 개정 연혁과 입법취지

    1) 이월결손금 공제 대상 기간의 변천

     1949년 법인세법 제정 시에는 직전 사업연도에서 발생한 결손금의 이월공제를 규정하였고, 1961년 법인세법 개정 시부터 각 사업연도 개시일 전 2년 이내에 개시한사업연도에서 발생한 이월결손금을 과세표준에서 공제하도록 규정하였다. 이후, 1971년 개정 시 3년, 1988년 개정 시 5년(2008. 12. 31. 이전에 개시한 사업연도), 2008년 개정 시 비로소 10년으로 이월결손금 공제 대상기간을 점차 확대하였다. 그에 따라 구 법인세법 제13조(이하 ⁠‘개정 전 조항’이라 한다)는 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 산정할 때 각 사업연도의 소득 범위에서 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 발생한 결손금 등을 아무런 공제한도 없이 모두 과세표준에서 공제할 수있도록 정하고 있었다.

    2) 이월결손금 공제 범위의 변천

     가) 제1 개정 법인세법 제13조에 이 사건 단서조항이 신설되면서, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 모든 내국법인은 각 사업연도 소득의 100분의 80까지만 이월결손금공제를 할 수 있도록 그 공제 범위를 축소하는 규정이 도입되었다.

     나) 이후 제2 개정 법인세법 제13조 단서에 2019 사업연도 귀속 소득의 공제 범위에 대하여 100분의 60(2018. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지 개시하는 사업연도는 100분의 70)까지 이월결손금 공제를 할 수 있게 다시 그 공제 범위가 축소되었다.

     다) 그리고 2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정된 법인세법 제13조 단서는 2023 사업연도 귀속 소득의 공제 범위를 다시 100분의 80까지 확대하였다.

    3) 이월결손금 공제 한도 도입의 취지

     가) 법인세법상 결손금이란 당해 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 말하고(법인세법 제14조제2항), 이월결손금이란 당해 사업연도 개시일 전에 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 채 당해 사업연도로 이월된 결손금을 말한다(법인세법 제14조 제3항).

     나) 법인세법상 각 사업연도의 소득계산에 있어서는 사업연도 독립의 원칙이 적용되므로, 각 사업연도의 소득계산은 당해 사업연도의 익금과 손금으로 충당하고 이전사업연도의 결손금을 다음 사업연도에 반영할 수 없음이 원칙이다(법인세법 제14조, 제40조). 다만 이를 관철하면 결손법인이 자본유지도 하지 못한 채 조세를 부담하는 다소 불합리한 결과를 초래할 수 있다. 이를 방지하기 위하여 법인세법은 결손금의 이월공제 제도를 마련하여 일정한 기간 내에 발생한 결손금에 한하여 그 후 사업연도의과세표준에서 공제할 수 있도록 허용하고 있는바, 법인세법상의 이월결손금 공제제도는 조세부담의 형평성과 법인의 자본유지 등의 정책적 고려에 따라 시행되고 있는 것이다.

     다) 개정 전 조항에 의하면, 이월결손금 공제를 통해 소득금액 전액을 공제받을수가 있었는데, 과거 발생한 결손으로 대규모 이월결손금이 발생한 법인의 경우 당해연도에 이익이 발생하더라도 이월결손금 공제를 통하여 과세표준을 0원으로 맞추어 법인세를 전혀 내지 않는 경우가 발생하게 되었다. 이에 따라 이 사건 단서조항은 이월결손금 공제제도를 유지하되 이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 연간 공제 한도를 설정하여 흑자법인으로 하여금 매년 최소한의 법인세 부담을 하게 하기 위하여 신설된 것이다. 다만 중소기업의 자금난 해소와 지원을 위하여 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업에 관하여 소득금액 전액 공제를 허용하였고, 전체적으로 결손이거나 구조조정 중인 법인에 대하여도 법인세를 부과하지 아니하고자 하는 이월결손금 제도의 기본적인 취지를 반영하여 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하는 기업은 소득금액 전액 공제를 허용하면서, ⁠‘회생계획 을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인에 해당하는 기업’의 구체적인 범위에대하여 시행령에 위임하였다.

     라) 한편 법인세법 제72조에 규정된 결손금의 소급공제 제도 역시 일정한 중소기업을 대상으로 조세정책적 차원에서 전년도 납부세액을 환급받을 수 있도록 마련된제도로서 공평과세의 실현이라는 측면에서 제한적⋅예외적으로 인정하고 있는바, 그 합헌성 여부에 대하여 의문을 제기한 경우는 현재까지 없는 것으로 보인다.

   나. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

    1) 관련 법리

     가) 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실⋅법률관계에 작용하는지 아니면 현재진행 중인 사실⋅법률관계에 작용하는지에 따라 ⁠‘진정소급입법’과 ⁠‘부진정소급입법’으로구분된다. 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이고 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량 과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌법재판소 2008. 5. 29. 선고 2006헌바99 결정, 헌법재판소 2017. 7. 27. 선고 2016헌바275 결정 등 참조).

     나) 법인세의 과세기간, 즉 사업연도는 법인세 과세표준과 세액을 산정함에 있어서 기초가 되는 시간적 단위로서, 각 사업연도의 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 공제한 금액이 법인세 과세표준이 되고, 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액이 된다. 이와 같이 과세표준을 구성하는 일부 손익항목은 거래시기마다 확정되는 것이 아니라 사업연도가 종료된 시점에서 구체적으로 그 금액의 확정이 가능하므로, 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세표준이 확정되면서 이를 내용으로 하는 과세요건이 완성되고 그 때 조세채무가 성립한다[헌법재판소 2004. 7. 15. 선고 2003헌바45, 56, 82(병합) 결정 등 참조]. 그런데 당기 사업연도 종료 당시에 과세표준에서 공제되지 않은 결손금은 차후 사업연도의 소득금액 공제요소가 될 수 있어 차후 사업연도 종료 시에 소득금액에서 그 이월된 결손금의 공제가 확정될 때까지는 그 공제여부가 불확정적인 상태로 남아 있으므로, 그 이월된 결손금과 관련된 사실⋅법률관계는 그 결손금이 발생한 당해 사업연도 종료 시에 완성되거나 종결된다고 볼 수 없다.

    2) 구체적 판단

     가) 위 인정사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 결손금이 원고(□□□□□)의 2009~2014 각 사업연도에 발생한 사실, 이 사건 결손금의 최초 공제는 원고가 2016 사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서 이루어진 사실을 각인정할 수 있고, 이에 따르면 이 사건 결손금의 공제 여부가 확정됨으로써 그와 관련된 사실⋅법률관계가 완성된 것은 제1 개정 법인세법이 시행일인 2016. 1. 1. 이후임이 명백하다. 그러므로 이 사건 각 처분은 이미 사업연도가 종료됨으로써 과세요건이 완성된 사실⋅법률관계에 대하여 이 사건 단서조항을 소급적용한 것이 아니라, 이 사건 단서조항의 시행 후 종료되는 사실⋅법률관계에 대하여 위 규정을 적용한 것이다. 이는 원칙적으로 허용되는 부진정소급입법에 해당한다. 결국 2016 사업연도 이전 발생한 이 사건 결손금에 대하여도 이 사건 단서조항이 적용되어야 한다.

     나) 부진정소급입법의 경우라도 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 문제되나, 아래의 각 사정을 종합해 보면, 이 사건 결손금에 관하여 이 사건 단서조항에서 정하는 공제한도를 적용하는 것이신뢰보호원칙에 위배된다거나 조세평등주의 또는 응능부담의 원칙에 반한다고 보기도어렵다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하다.

      (1) 이 사건 단서조항은 안정된 세수를 확보하는 한편 실질적인 조세부담의 공평을 실현하고자 조세정책적 차원에서 도입된 것이고, 법률을 개정함에 있어 경과규정을 어떻게 규정할 것인지는 원칙적으로 입법자가 합리적 재량의 범위 내에서 정책적 판단에 따라 결정할 문제이다.

      (2) 기득권 보호 내지 종래 법적 상태의 존속에 대한 신뢰보호를 위하여 일정한 유예기간을 부여하는 경과규정을 마련하지 않았다는 것만으로 언제나 합리적 재량의 범위를 현저히 벗어난 자의적 조치에 해당한다거나 사회통념상 불합리하다고 할 수는 없다. 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세⋅재정 정책을 탄력적⋅합리적으로 운용할 필요성이 매우 크고, 따라서 조세에 관한 법규⋅제도는 항시 신축적으로 변할 수밖에 없으므로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라는 기대나 신뢰가 항상 보호될 수도없다.

      (3) 이 사건 단서조항에도 불구하고 공제한도를 넘어선 결손금은 그대로 소멸하는 것이 아니라 남은 공제기간 동안 계속 이월되어 추가 공제를 받을 수 있는바, 이를 고려하면 이 사건 단서조항의 공제 한도 설정으로 말미암아 납세자인 기업의 실질적 세부담이 크게 증가하였다고 보기 어렵다. 이러한 사정에 비추어 보면, 공제 한도의 설정으로 인해 당해 사업연도의 납세금액에 사실상 차이가 발생할 수 있다는 사정만으로 이 사건 단서조항에 근거한 이 사건 각 처분이 조세평등주의나 응능과세의 원칙에 반하는 불합리한 처분이라고 할수 없다.

      (4) 원고가 막연히 개정 전 조항에 따라 이월결손금 공제 혜택이 그대로 유지될 것이라고 신뢰하였다고 하더라도, 이러한 신뢰는 단순한 기대에 불과할 뿐이어서 이를 헌법상 권리로서 보호하여야 할 신뢰라고 보기 어렵다. 개정 전 조항의 존속에 대한 원고의 신뢰가 이 사건 단서조항으로 추구하는 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 할 수도 없다.

5. 결론

   그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2023. 10. 25. 선고 수원지방법원 2023구합62114 판결 | 국세법령정보시스템