요지

피고가 이 사건 쟁점 인건비, 사택임차료, 컨설팅 용역 수수료를 법인의 업무와 직접 관련이 없는 지출로서 손금에 불산입한 처분은 적법하고, 수입금액 기준으로 주업을 판단함에 있어 원고는 부동산매매업을 영위하는 것으로 보아 이 사건 토지는 비사업용토지에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 7. 1. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 법인세 00,000,000원, 2018년 귀속 법인세 000,000,000원, 2019년 귀속 법인세 000,000원, 2018년도 1기분 부가가치세 00,000,000원, 2018년도 2기분 부가가치세 0,000,000원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 2014. 2. 13. 농산물 생산 및 사육, 유통, 가공, 판매 등(농산물 재배 및 가공․유통)을 목적으로 설립된 농업회사법인이다.

○ 00지방국세청장은 2021. 4. 1.부터 2021. 5. 14.까지 원고에 대하여 세무조사(통합조사, 이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라고 한다)를 실시하여 아래와 같은 사실을 확인하였다.

○ 00지방국세청장은 2021. 5. 27. 위 조사결과 내용에 따라 피고에게 ⁠‘이 사건 인건비, 사택 임차료, 컨설팅용역 수수료는 손금 불산입하고, 이 사건 매입세금 계산서 수취분에 대한 부가가치세 매입세액은 불공제하는 한편, 이 사건 토지 양도분에 대해서는 토지등 양도소득에 대한 법인세 등, 법인세 000,000,000원, 부가가치세 00,000,000원 합계 000,000,000원을 과세하는 것으로 하여 아래와 같이 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.

○ 피고는 위 세무조사결과 통보에 따라 2021. 7. 1. 원고에 대하여 2017년 사업연도 법인세 00,000,000원(가산세 포함), 2018년 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세포함), 2019년 사업연도 법인세 000,000원(가산세 포함), 2018년 제1기 과세기간 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2018년 제2기 과세기간 부가가치세 0,000,000원(가산세 포함)을 각 경정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

○ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 10. 1. 심사청구를 하였으나, 국세심사위원회는 2021. 12. 15. 위 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

○ 원고가 CCC 등에게 지급한 이 사건 인건비는 정당한 인건비 지급으로 인정된 원고의 다른 직원들과 비교하여 볼 때 일부 근무조건과 형태에 개별적인 차이가 있을 뿐 원고의 직원으로 근무한 직원에 대한 정당한 지급이고, 이 사건 사택임차료 또한 직원에게 정당하게 지급한 경비이므로 손금에 산입되어야 한다.

○ 원고가 유한회사 EE와 컨설팅계약을 체결한 후, 농산물 슈퍼마켓 및 관련 전자상거래업을 준비하였으나 수익성이 기대치에 미치지 못하여 해당 사업을 중도에 포기하였음에도 이미 지급한 컨설팅용역수수료를 반환받지 못하였고, 원고의 사정으로 계약이 해지되어 보수를 전액 지급한 것이므로 이에 대하여 손금으로 인정하지 않는 것과 부가가치세 매입세액을 공제하지 않는 것은 부당하다.

○ 이 사건 토지는 원고의 주주인 000, 000, QQQ 등이 계속하여 경작을 해온 토지이고, 2016년도 지방세 세무조사 당시 실무관의 현장 출장결과 이 사건 토지에서 쌀 경작이 이루어지는 등 영농에 사용된 사실이 명백하게 확인되었으므로, 이 사건 토지의 양도차익에 대한 법인세 신고를 사업용으로 신고한 것은 정당하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 제1처분사유에 관한 판단

가) 인정사실

원고의 주주현황과 원고의 2018 사업연도 및 2019 사업연도 근로소득지급내역, 이 사건 인건비 손금불산입 내역은 아래와 같고, 이에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

나) 구체적인 판단

앞서 본 인정사실 및 앞서 본 증거와 을 제8, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정을 종합하여 보면 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 인건비를 손금산입하기에 부족하고 이 사건 인건비 부분을 손금불산입 대상으로 한 이 사건 제1처분사유는 타당하다.

○ 법인세법 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(손비)라 한다]의 금액으로 한다’고 정하고, 제2항은 ⁠‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다.

○ 법인세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 참조).

○ 이 사건 세무조사 과정에서 확인된 원고의 업무일지 서류에서는 업무팀장 FFF, 법무팀장 000, 경리담당 000 등이 경매업무와 회사 내부 업무 등을 수행한 기록은 있으나 CCC 등이 업무를 수행한 기록은 발견되지 않았다.

○ 이에 00지방국세청장은 원고에 대하여 직원 업무분장, 조직도, 근무이력, 출근기록부 등의 소명 자료 제출을 요구하였음에도 원고는 이에 응하지 않았고, 원고는 원고의 다른 직원들과 비교하여 볼 때 CCC 등이 일부 근무조건과 형태에 개별적인 차이가 있을 뿐이라고 주장하면서도 CCC 등이 수행한 구제척인 업무내용을 밝히지도 않았다.

나. 제2처분사유에 관한 판단

앞서 본 인정사실 및 앞서 본 증거와 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고가 2018. 4. 30.경 유한회사 DD이 소유한 이 사건 아파트를 임차한 후 같은 날 GGG와 사택사용계약서를 작성한 사실은 인정되나, 앞서 본 바와 같이 GGG가 원고에서 실제 근무한 사실이 없거나 업무를 수행하지 않은 점, 설령 GGG가 원고에서 실제로 근무하였다고 하더라도 GGG는 원고의 주식 10%를 보유한 QQQ의 배우자이자, 각 20%를 보유한 www, ZZZ의 모친이고, GGG의 자녀이자 주주인 WWW과 ZZZ이 2017. 7. 31.부터 계속해서 이 사건 아파트에 거주하고 있으며, 법인세법 제27조 제2호는 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서 법인세법 시행령 제50조 제2항은 ⁠‘해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금’ 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면 이 사건 아파트는 원고의 주장과 달리 주주의 친족인 GGG의 개인 거주용으로 사용된 것으로 보여 이 부분 원고의 주장도 이유 없다. 이 사건 제2처분사유에 따른 이 사건 처분도 적법하다.

다. 제3처분사유에 관한 판단

1) 인정사실

다툼 없는 사실 및 갑 제12호증, 을 제3, 4, 11호증의 각 기재에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

○ 원고의 특수관계법인인 주식회사 EE산업개발(이하 ⁠‘EE산업개발’이라고 한다)은 2017. 3. 7. 유한회사 0000와 0주 0구 00동 121에 있는 0000상가 건물 가동(이하 ⁠‘이 사건 상가’라고 한다) 지하층 B102호, 가동 1층 107호, 가동 2층 207호에 관하여 임대기간을 2017. 3. 7.부터 2018. 3. 6.로 하여 업종을 ⁠‘클럽(0-00 클럽)’하는 임대차계약을 체결하고 이 사건 상가를 임대하였다.

○ 원고는 2018. 4. 6. 슈퍼마켓(00슈퍼마켓)을 운영할 목적으로 이 사건 상가 지하층 B101호, B102호, 1층 107호, 2층 207호(이하 ⁠‘이 사건 상가 임차부분’이라고 한다)를 EE산업개발로부터 2018. 4. 6.부터 2020. 4. 5.까지 2년간 임차하는 사무실 임대차 계약(이하 ⁠‘이 사건 임대차계약’이라고 한다)을 체결하였다.

○ 원고는 2018. 5. 31. 특수관계법인인 유한회사 EE와 아래와 같은 내용의 슈퍼마켓 관련 전자상거래업 컨설팅계약(이하 이 사건 컨설팅계약‘이라고 한다)을 체결하였다.

○ 원고는 2018. 10. 5. EE산업개발과 아래와 같은 사유로 이 사건 임대차계약을 합의해지 하였다.

2) 관련 법리

부가가치세법 제11조 제1항은 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것(제1호) 내지 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것(제2호)을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 부가 가치세법상 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다 ⁠(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 취지 참조).

한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2013. 1. 10. 자 2012두21253 판결 등 참조).

3) 구체적인 판단

앞서 본 처분의 경위와 앞서 인정한 사실 및 앞서 본 증거, 을 제5, 10, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면 피고가 이 사건 컨설팅용역 수수료를 실제 용역제공 없이 지급된 것으로 보고 손금에 불산입하고 이 사건 매입세금계산서 수취분에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제한 이 사건 제3처분 사유는 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

○ 원고는 유한회사 EE와 슈퍼마켓 개설 및 이를 위한 제반 컨설팅이 포함된 이 사건 컨설팅계약을 체결하였다고 주장하고 있으나, 원고가 이 사건 컨설팅계약 체결 전인 2018. 5. 4. 세무대리인을 통하여 소매업 및 슈퍼마켓업을 업종 추가하고, 2018. 5. 15. 도소매 및 전자상거래업종을 추가하면서 사업자등록정정 신고를 하였으며, 원고의 직원인 FFF은 2018. 5. 15. 0주 0구청에서 통신판매업신고증을 수령하고 2018. 5. 25. 원고의 법인등기사항 목적사업을 추가하는 업무를 수행한 점, 유한회사 EE는 2015. 10. 1. 건축자재 및 한식업을 주업으로 설립된 후 2018. 5. 28. 슈퍼마켓, 체인점 개설 컨설팅업을 주종목으로 추가하였는데 유한회사 EE의 직원은 3명에 불과하고 직원 구성의 변경도 보이지 않아 이 사건 컨설팅계약 내용(갑 제9호증 설계도면)을 직접 수행할 수 있는지 의문이 들고, 컨설팅 용역을 외주발주한 사실도 확인되지 않는 점 등에 비추어 보면 유한회사 EE가 이 사건 컨설팅 용역을 수행할 수 있는 업체라고 보기 어렵고, 이 사건 컨설팅 용역과 관련하여 원고가 제출한 증거(갑 제9 내지 11호증)가 유한회사 EE가 수행한 것이라고 보기도 어렵다.

○ 원고는 유한회사 EE에게 2018. 6. 22. 공급가액 000,000,000원, 2018. 7. 1. 공급가액 00,000,000원을 지급하고 이 사건 매입세금계산서를 수취한 것이라고 주장하나, 이 사건 컨설팅계약에 따르면 원고는 컨설팅계약 체결시(2018. 5. 31.) 계약금으로 000,000,000원을 지급하여야 하고, 2018. 6. 30.까지 중도금으로 00,000,000원을, 2018. 7. 31.까지 잔금으로 00,000,000원을 지급하기로 되어 있어 이 사건 컨설팅 계약에 따라 이 사건 컨설팅 수수료를 지급하였다고 보기도 어렵다.

○ 원고는 이 사건 컨설팅계약을 중도 포기하고 합의해지한 것이라고도 주장하나, 이 사건 컨설팅계약에 따르면 계약의 중도 해지는 서면 통지하기로 되어 있는데(제6조) 원고는 그 해지와 관련된 서류를 제출하지 않아 해지 시점을 명확하게 확인할 수 없고, 이 사건 컨설팅계약 기간은 2018. 7. 31.까지인데 원고가 2018. 10. 5. 이 사건 임대차계약을 해지한 점에 비추어 보면 이 사건 컨설팅계약을 중도포기 하고 해지하였다는 원고의 주장도 그대로 믿기 어렵다.

○ 이 사건 세무조사 당시 조사청에서 확인한 이 사건 상가 지하 1층에는 직전 임차인(유한회사 0000)이 사용한 것으로 보이는 소극장과 폐품인 가구, 비품 등이 그대로 남아 있었으며, 피고는 원고에게 이 사건 컨설팅용역 수수료와 관련하여 용역 결과물 등 구체적인 자료와 이 사건 상가의 지하실, 1층, 2층 일부의 임차료가 2017년 임대료 대비 고가임차임을 고려하여 실 사용관련 자료를 제출하여 줄 것을 요구하였으나 원고는 관련 자료를 제출하지도 않았다.

라. 제4처분사유에 관한 판단

앞서 본 증거 및 을 제6, 13, 14 각 기재, 이 법원의 00광역시 0구청장에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 피고가 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보고 토지 등의 양도소득에 대한 법인세를 추가 과세한 이 사건 제4처분 사유는 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

○ 구 법인세법(2020. 8. 18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 추가 납부하도록 규정하고, 같은 조 제2항 1호 가목에서는 ’제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 논밭 및 과수원을 말한다‘고 정하고 있으며, 법인세법 시행령 제92조의3 제3호에서는 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기간”이란 토지의 소유 기간이 3년 미만인 경우 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간으로 정하고 있다.

○ 원고는 2014. 7. 18. 이 사건 토지를 0,000,000,000원에 취득하고 취득일로부터 3년이 되지 않은 2017. 6. 30.경 농업회사법인 주식회사 00에 0,000,000,000원에 양도하면서, 이 사건 토지 양도차익에 대한 법인세 신고시 사업용으로 신고하였다.

○ 원고는 2014. 2. 13. 농업을 주된 사업으로 하는 농업회사법인으로 설립하였으나 2016. 9. 9. 농산물 도소매업을, 2018. 5. 4. 슈퍼마켓을, 2018. 5. 15. 전자상거래업 도소매업을 부업종으로 추가하였고, 2014년～2016년까지 법인장부에 영농을 위한 매입, 매출사실이 없으며, 원고의 표준손익계산서에 의하면 2017년부터 2019년까지 매출액 및 매출원가가 모두 0원인 점, 원고는 법인 소유의 이 사건 토지 외 다수 필지를 양도하면서 2017년 유형자산처분이익 0,000,000,000원으로 영업외 수익 발생, 2018년 유형 자산처분이익 0,000,000,000원, 2019년 유형자산처분이익 000,000,000원으로 법인세를 신고한 점 등에 비추어 보면 법인세법 시행령 제92조의5 제2항 제1호에 따라 수입금액 기준으로 주업을 판단함에 있어 원고는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인으로 부동산매매업을 영위하는 것으로 보는 것이 타당하다.

○ 원고는 이 사건 토지를 특수관계인이 직접 경작하였다고 주장하나, 이 사건 제4처분 사유는 이 사건 토지가 구 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 ⁠‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지’로서 비사업용 토지에 해당한다는 것이고, 원고가 이 사건 토지를 소유하던 2017년경에도 이 사건 토지 중 00동 591-7번지의 전 소유자인 000가 쌀 직불금을 수령한 점, 원고 법인의 농작물 관련 매출액이 없을뿐만 아니라 농업용 기자재 ․ 원자재 매입도 없는 점, 원고가 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 영농과 관계된 매입, 매출 자료를 법인장부로 전혀 입증하지 못하여 농업법인이 영농에 직접 사용했다고 볼 수 없어 0주 0구청이 감면된 취득세를 추징한 점 등에 비추어 보면 직접 경작하였다는 주장도 그대로 믿기 어렵다.

5. 결론

원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 광주지방법원 2023. 02. 02. 선고 광주지방법원 2022구합11156 판결 | 국세법령정보시스템