요지

이 사건 사용료 중 국외에 등록되었으나 국내에는 등록되지 않은 특허권 부분은 그 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2021. 3. 30. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 1,046,517,931원의 경정청구거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

피고의 원고에 대한 별지 체납액 목록 기재의 과세부과처분은 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 특허를 개발 및 확보해 이를 대여하는 사업을 영위하는 미합중국 법인이다.

나. 원고는 2017. 3. 29. BBB 주식회사(이하 ⁠‘BBB’라고 한다)와 원고 및 원고의 관계

사인 DDD(이하 ⁠‘관계회사’라고 한다)가 미국 등 세계 각국에 등록하였거나 출원 중인

별지1, 2 목록 기재와 같은 특허권 87개(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 각 특허권’이라 한다)에

관하여 다음과 같은 내용의 특허 라이선스 계약(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결

하였다.

다. BBB는 2017. 4. 17. 위 특허 라이선스 대금 미화 *,***,***달러(*,***,***,***원,

이하 ⁠‘라이선스 대금’이라 한다)를 원고에게 지급하였고, 2017. 5. 10. 라이선스 대금을

국내원천소득으로 보아 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와

탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ⁠‘한미조세협약’이라 한다) 제14조

제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 법인세 *,***,***,***원을 원천징수하여 피고 에게 신고‧납부하였다.

라. 원고는 2021. 2. 8. BBB가 지급한 라이선스 대금 중 국내에 등록되지 않은 82개

특허권에 관한 사용료 *,***,***,***원(이하 ⁠‘이 사건 사용료’라고 한다)은 국내원천소득에

해당하지 않는다는 이유로 해당 부분에 관한 원천징수 세액 *,***,***,***원의 환급을

구하는 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2021. 3. 30. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의

것, 이하 같다) 제93조 제8호에 따라 특허권의 국내등록 여부와 관계없이 국내에서 제조‧

판매 등에 사용된 경우에는 국내원천소득에 해당한다고 보아 원고의 경정청구를 거부

하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 4. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하

였으나, 조세심판원은 2021. 10. 14. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

 ⁠[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호를

포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

가) 이 사건 사용료는 국내에 등록되지 않고 미국이나 제3국에 등록된 특허권의

사용에 대한 대가로 지급받은 소득이므로, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에

따라 국내원천소득에 해당하지 않는다.

나) 이미 존속기간이 경과하여 소멸한 특허권도 국내에 등록된 특허가 아니고,

구 법인세법 제93조 제8호 나목, 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정하는 ⁠‘발명,

기술 등에 관한 비공개 정보’에 해당하지 않으며, 이것이 국내에서 BBB의 제품 제조에

실제 사용되었다는 점도 확인되지 않았다. 따라서 이에 관한 사용료도 국내원천소득에

해당하지 않는다.

2) 피고의 주장

가) 한미조세협약은 특허권의 사용지를 사용료소득의 원천지로 보는 ⁠‘사용지주의’를

채택하면서도 ’사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한미조세협약

제2조 제2항에 따라 ⁠‘사용’의 의미를 국내법에 따라 판단하여야 한다. 그런데 구 법인세법은

제93조 제8호 단서 후문에서 ⁠“해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조‧판매

등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고

규정하였으므로, 미국에 등록된 특허권이라 하더라도 국내에서 제조‧판매에 사용된 경우

그 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다.

나) 이 사건 각 특허권에는 이미 존속기간이 경과하여 소멸한 특허권이 포함되어

있는데, 이는 특허권과 구분되는 특허권 이외의 무형자산에 해당한다. 따라서 이에 관한

사용료로 지급된 금원은 국내원천소득인 구 법인세법 제93조 제8호 나목의 ⁠‘산업상․상업상․

과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우’에 해당한다.

다) 설령 이 사건 사용료가 사용료소득으로서 국내원천소득에 해당하지 아니한다고

하더라도, 이 사건 사용료는 원고와 BBB 사이에 있었던 특허권 침해소송의 소취하 또는

분쟁의 종결 내지 재발 방지에 대한 대가로 교부된 것이므로 구 법인세법 제93조 제10호

차목의 기타소득(사례금)에 해당한다. 이와 같은 기타소득에는 원천징수세율 20%가 적용

되어야 하는바, 원천징수세율 15% 기준으로 징수‧납부된 원천징수세액에 대한 경정청구를

거부한 피고의 이 사건 처분은 결국 적법한 납부세액의 범위 내에 있어 적법하다.

라) 원고가 이 사건 사용료의 실질귀속자로서 한미조세협약을 적용받을 수 있는지에

관하여 원고가 증명책임을 부담하는데, 이에 관한 증명이 이루어지지 않았다.

나. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

다. 판단

1) 국내 미등록 특허권(미국 및 제3국) 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는

경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제5항, 제98조

제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는

자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법

제93조는 ⁠“외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서,

제8호에서 ⁠“다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서

"권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서

사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는

국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로

보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이

필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고

국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된

것으로 본다.”고 규정하고 있다. 한편 한미조세협약 제14조 제4항은 ⁠“본 조에서 사용

되는 ⁠‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서, 제a호에서 ⁠‘문학⋅예술⋅과학

작품의 저작권 또는 영화필름⋅라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권,

특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는

권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는

모든 종류의 지급금’을 규정하고 있고, 제6조 제3항에서 ⁠“제14조 제4항에 규정된 재산의

사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의

사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로

취급된다.”고 규정하고 있다.

나) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서

등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조⋅판매

등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하

였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의

것, 이하 같다) 제28조는 ⁠“비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는

소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”고

규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미합중국법인의

특허권 등이 국내에서 제조⋅판매 등에 사용된 경우 미합중국 법인이 그 사용의 대가로

지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단하여야 한다.

그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권

자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에

관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미합중국

법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의

사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7.

선고 2005두8641 판결 등 참조), 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는

특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을

관념할 수도 없다. 따라서 미합중국 법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는

등록하지 아니한 경우에는 미합중국 법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의

대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고

2012두18356 판결 등 참조).

다) 위 규정 및 법리에 의하면, 이 사건 사용료 중 국외에 등록되었으나 국내에는

등록되지 않은 특허권 부분은 그 특허권이 국내에서 제조‧판매 등에 사실상 사용되었는지

여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유있다.

2) 소멸한 특허권 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 제93조 제8호 (나)목은 산업상⋅상업상⋅과학상의 지식⋅경험에

관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하는 대가를 국내원천소득으로 정하고 있고, 이는

지식재산권의 대상이 될 수 있는지 여부와 관계없이 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에

관한 비공개 정보를 사용하는 대가를 말한다(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결

등 참조). 그리고 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따르면 저작권, 비밀

공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등의 사용 또는

사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에

대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

나) 감액경정청구를 받은 과세관청은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이

세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에

대하여 조사‧확인할 의무가 있는바(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261판결 등 참조),

존속기간이 경과하여 소멸한 특허권에 관한 사용료가 국내원천소득에 해당한다는 점에

대하여는 원칙적으로 피고에게 증명책임이 있다고 보아야 할 것이다.

다) 살피건대, 피고가 제출한 증거들만으로는 존속기간이 경과하여 소멸한 특허권이

발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 정보에 해당한다거나, 이러한 정보가

국내에서 BBB의 제품을 제조하는 데 사용되었다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를

인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 사용료 중 존속기간이 경과하여 소멸한 특허권에

관한 부분을 국내원천소득으로 보기 어렵다.

3) 이 사건 사용료가 구 법인세법 제93조 제10호 차목의 기타소득에 해당하는지

여부 이 사건 계약 제4조 제5항은 ’당사자들은 이 사건 계약, 이 사건 계약의 조건 및

본 계약으로 이어진 논의 및 협상이 당사자들 간의 민사소송 등을 우호적으로 해결하

기 위한 노력의 일환으로 이루어진 것임을 인정하고 이에 동의한다‘고, 제4조 제6항은

당사자들이 소송취하 신청서를 공동으로 제출한다는 취지로 규정하고 있는바, 이 사건

사용료에 소취하 등의 대가가 일부 포함되었다고 볼 여지가 있긴 하다.

그러나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들,

즉 이 사건 계약의 주된 부분은 원고가 BBB에 원고 및 관계회사가 유한 이 사건 각

특허권을 포괄적으로 사용할 권리를 부여하고, 그에 대한 대가를 지급받는 것인 점, 이

사건 계약의 명칭도 ⁠“특허 라이선스 계약”인 점 등을 고려하면 이 사건 사용료는 이 사건

각 특허권의 사용료에 해당한다고 봄이 타당하다. 더욱이 구 법인세법 제93조 제10호에서는

‘제1호부터 제9호까지에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는

소득’을 기타소득으로 정하고 있을 뿐이므로, 이 사건 사용료가 일단 구 법인세법 제93조

제8호에서 정한 사용료소득에 해당하는 이상, 위 소득이 구 법인세법 제93조 제10호

차목의 기타소득에 해당한다고 볼 수는 없다.

4) 원고가 이 사건 사용료의 실질귀속자에 해당하는지 여부

가) 국세기본법 제14조 제1항은 ⁠“과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는

거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는

자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있다. 세금부과처분의 취소

소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있고, 이는 소득의

귀속 명의와 실질 귀속의 괴리 여부가 다투어지는 경우에도 마찬가지이다(대법원 2018.

6. 28. 선고 2018두35025 판결 등 참조).

나) 위 법리에 의하면, 원고가 명의와 달리 이 사건 사용료의 실질귀속자에 해당

하지 않는다는 점은 과세관청인 피고가 증명해야 한다. 그러나 피고가 제출한 증거들만

으로는 원고가 이 사건 사용료의 실질귀속자에 해당하지 않는다는 점을 인정하기 부족

하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

5) 소결

따라서 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은

위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 10. 17. 선고 서울행정법원 2021구합78442 판결 | 국세법령정보시스템