요지

나대지 위에 주택을 건축하여 주택과 부수토지의 보유기간이 다르게 된 경우에는 전체 토지 보유기간이 아닌, 주택부수토지로서의 보유기간을 적용하여 세율을 계산하는 것이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 9. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2019. 1. 21. ○○시 ○○면 AA리 287-33(이하 ⁠‘AA리 287-33’이라 한다) 임야 1,488㎡ 중 BBB 소유 지분(15058분의 14381) 중 3분의 2(면적대비 661.4㎡, 이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 90,000,000원에 취득하였다. 위 AA리 287-33 토지는 2021. 6. 24. 지목이 임야에서 대로 변경되었다. 나. 원고는 2019. 1. 21. BBB로부터, 같은리 287-29 도로 1,579㎡에 관하여 BBB 소유 지분 중 16,390분의 686 지분을 6,000,000원에 취득하고, 같은리 287-32 임야 393㎡에 관하여 BBB 소유 지분 중 8분의 2 지분을 9,000,000원에 취득하였다.

 다. 원고는 2021. 6. 30. 이 사건 토지 지상에 단독주택(1층 75.69㎡, 이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)을 신축하여 취득하고 2021. 8. 9. 그 명의의 소유권보존등기를 마쳤다.

  AA리 287-33 토지는 2021. 12. 16. 분할되어 면적이 992㎡로 되었고 분할된 496㎡는 같은리 287–38에 이기되었다.

 라. 원고와 CCC은 2022. 3. 24. AA리 287-33 대 992㎡ 중 CCC이 보유한 지분 3분의 1(면적대비 330.6㎡)과 같은리 287-38 대 496㎡ 중 원고가 보유한 지분 3분의 2를 교환하기로 하는 토지교환계약을 체결하여 원고가 2022. 3. 30. AA리 287-33 대 992㎡(=661.4㎡ + 330.6㎡)를 취득하였다.

 마. 원고는 2023. 2. 12. DDD에게, 이 사건 토지를 포함한 AA리 287-33 대 992㎡, 이 사건 주택, 같은리 287-29 도로 1,579㎡ 중 16,390분의 686 지분과 같은 리 287-32 도로 393㎡ 중 8분의 2 지분(이하 위 토지들을 이 사건 건물과 함께 통칭할 경우 ⁠‘이 사건 양도 부동산’이라 합니다)을 대금 3억 4천만 원에 모두 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고 2023. 3. 13. DDD에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

 바. 원고는 2023. 4. 7. 이 사건 양도 부동산 중 이 사건 토지에 대하여 토지의 양도소득 과세표준에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제2호에 따라 이 사건 주택의 2년 미만 보유에 따른 60%의 세율을 적용하는 등으로 2023년 귀속 양도소득세 53,259,690원을 신고·납부하였다.

  원고는 2023. 7. 11. 피고에게 이 사건 양도 부동산 중 이 사건 주택과 CCC으로부터 토지교환으로 취득한 AA리 287-33 대 992㎡ 중 CCC으로부터 취득한 3분의 1 토지의 보유기간은 모두 2년 미만이지만 이 사건 토지의 보유기간은 2년 이상이므로 이 사건 토지의 양도소득 과세표준에 대하여는 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따라 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율(24%)이 적용되어야 한다고 주장하면서 경정청구를 하였다.

  피고는 2023. 9. 7. 원고에게, 이 사건 주택의 보유기간이 1년 이상 2년 미만이고 이 사건 토지는 이 사건 주택에 딸린 토지에 해당하므로 이 사건 토지의 양도소득 과세표준에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제2호에 따른 원고에 의해 신고된 당초 세율이 적용된다는 이유로, 경정을 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

 사. 원고는 2023. 10. 24. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 4. 15. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

  보유기간이 다른 주택과 토지를 양도함에 있어서는 그 자산별로 따로 세율을 적용하여 산출세액을 산정하여야 한다. 이 사건 토지는 원고가 2년 이상 보유하고 있어 양도소득 과세표준에 대하여 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따라 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율(24%)이 적용되어야 한다. 따라서 피고가 소득세법 제104조 제1항 제2호에 따라 이 사건 토지가 이 사건 주택에 딸린 토지로 보고 이 사건 주택의 보유기간을 기준으로 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만에 해당함을 전제로 양도소득 과세표준에 60%의 세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 판단

   1) 관련 법령 및 법리

    소득세법 제94조는 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득으로 한다고 규정한다. 소득세법 제104조 제1항은 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 ⁠“양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다고 규정하고, 제1호로 소득세법 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산은 소득세법 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)로, 제2호로 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것은 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60], 제3호로 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것은 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)으로 정하고 있다.

    소득세법 시행령 제167조의5는 소득세법 제104조 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 해당 주택이 정착된 면적에 지역별로「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지 중「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 호에서 ⁠“수도권”이라 한다) 내의 토지 중 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 내의 토지는 3배(제1호 가목), 수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지는 5배(제1호 나목), 수도권 밖의 토지는 5배(제1호 다목)의 각 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지이고 그 밖의 지역의 토지에 대하여는 10배(제2호)의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정한다.

    한편, 소득세법에서 ⁠“주택에 부수되는 토지”란 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 뜻하고 주거용 건물과 한 울타리 안에 있는 토지는 특별한 용도구분이 있는 등의 다른 사정이 없는 한 주택의 부수 토지라고 보아야 한다(대법원 1992. 8. 18. 선고 91누10367 판결 등 참조).

  2) 구체적 판단

   앞서 든 증거들, 을 제 8, 9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지가 소득세법제104조 제1항 제2호에서 정한 ⁠‘주택에 딸린 토지’에 해당한다는 이유로 건물인 이 사건 주택과 별도로 보유기간을 산정하지 아니하고 이 사건 주택(이에 딸린 토지 포함)의 보유기간에 따른 세율을 양도소득 과세표준에 적용한 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다. 이 사건 처분에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

      가) 원고는 2019. 1. 21. 이 사건 토지를 취득하고 이 사건 토지 지상에 이 사건 주택을 신축하여 2021. 6. 30. 취득(사용)하였다가 이 사건 토지가 포함된 AA리 287-33 토지 및 이 사건 주택을 2023. 3. 13. 양도하였다. 이 사건 주택이 신축된 부지 등에 해당하는 이 사건 토지는 2021년 초경 AA리 287-33 토지에 대한 개발행위허가에 따른 단독주택 부지 조성 사업에 따라 개발된 토지로서 주택부지 조성사업 결과 등에 따라 토지의 개별공시지가가 상승하였다.

      나) 원고는 2023. 2. 12. 이 사건 토지를 포함한 AA리 287-33 대 992㎡와 이 사건 주택 등을 일체로 양도하였다.

      다) 앞서 본 바와 같이 소득세법 시행령 제167조의5는 ⁠‘주택에 딸린 토지’를 해당 주택이 정착된 면적에 지역별로 각 호의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지라고 정의하면서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지가 아닌 그밖의 토지에 대하여는 해당 주택이 정착된 면적의 10배 이내라고 규정하고 있다. 이 사건 토지는 같은 법 시행령 제167조의5 제2호의 국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역 밖의 토지에 해당한다. 이 사건 주택 면적이 등기부에 75.69㎡, 건축물대장에 78.44㎡로 기재되어 있으므로 위 조항에 따라 산정된 이 사건 주택에 딸린 토지의 범위는 그 주택 면적의 10배 이내인 756.9㎡ 또는 784.4㎡가 되며, 한편 이 사건 토지의 면적이 661.4㎡이므로 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제167조의5에 따라 산정된 주택에 딸린 토지의 범위 내에 있다. 이에 대해 원고는 이 사건 토지에 이 사건 양도 부동산 중 AA리 287-29 및 287-32 각 도로의 면적 164.338㎡를 더하면 위 조항이 정한 주택이 정착된 면적의 10배를 초과한다고 주장하나, AA리 287-29 및 287-32 토지는 도로로서 주택에 딸린 토지인 이 사건 토지와 용도 자체가 다르고, 이 사건 주택에만 전용으로 사용하는 도로가 아니고 다른 주택(세대)과 함께 사용하는 사도에 해당하는 것으로 보이므로 이들 도로는 위 조항에서 정한 주택에 딸린 토지로 볼 수 없다.

      라) 이 사건 토지는 이 사건 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 그 면적, 현황 등에 비추어 소득세법 제104조 제1항 제2호에서 말하는 ⁠‘주택에 딸린 토지’에 해당하고, 달리 이 사건 토지가 사회통념상 이 사건 주택과 별도의 사용용도를 가진 토지라고 인정할 만한 증거가 없다.

      마) 이 사건 토지는 소득세법 제104조 제1항 제2호에서 말하는 주택에 딸린 토지이고 이 사건 주택의 보유기간이 1년 이상 2년 미만이므로 위 조항에 따라 양도소득세를 산정함에 있어 이 사건 토지에 대한 양도소득 과세표준에 같은 호가 정한 세율인 60%가 적용된다.

      바) 국세청 및 기획재정부도 나대지 위에 주택을 건축하여 주택과 부수토지의 보유기간이 다르게 된 경우에 전체 토지 보유기간이 아닌 주택 부수토지로서의 보유기간을 적용하여 세율을 정하여 오고 있다.

      사) 그 밖에도 소득세법 제104조 제1항 각 호 외의 본문은 ⁠“다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 세액으로 한다고 하면서, 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.”고 규정하고 있는데, 설령 원고 주장에 따라 이 사건 토지에 대해 소득세법 제104조 제1항 제1호의 기본세율을 일응 적용한다고 하더라도, 이 사건 토지가 주택에 딸린 토지에 해당하는 이상 그 보유기간은 1년 이상 2년 미만으로 보게 되고, 이러한 경우 앞에서 본 바와 같이 소득세법 제104조 제1항 제2호에 따라 60% 세율이 적용되므로, 결국 이 사건 토지에 대한 세액은 하나의 자산이 소득세법 제104조 제1항 각 호의 세율 중 둘 이상에 해당하는 경우로서 기본세율과 60% 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하게 된다(즉 이러한 경우에도 60%의 세율이 적용된 세액으로 된다).

3. 결론

 그렇다면 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2025. 05. 27. 선고 수원지방법원 2024구단13518 판결 | 국세법령정보시스템