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특수관계법인 간 기계장치 거래·인건비의 법인세 손금 인정요건

수원지방법원 2021구합65065
판결 요약
법원은 납세의무자가 선택한 법적 형식을 존중하되, 실제 거래관계와 인력 사용 실태를 엄격히 조사해 법인세 손금 및 매입세액 인정 여부를 판단했습니다. 기계장치 매입형식은 과세관청이 특별사정 없는 한 인정하되, 인건비는 실제 근무 실체가 중요하다는 점을 명확히 했습니다.
#특수관계법인 #기계장치 매입 #법적형식 존중 #인건비 손금 #실제 근무
질의 응답
1. 특수관계법인으로부터 매입한 기계장치에 대해 과세관청이 거래형식을 부인할 수 있나요?
답변
기본적으로 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따라 거래관계를 인정해야 하며, 가장행위나 조세회피 특별사정이 없는 한 과세관청이 임의로 부인할 수 없습니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 '납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 한다'고 판시하였습니다(대법원 2015두49320 판례 참조).
2. 특수관계회사 간 인건비 지급 시 손금산입이 인정되기 위한 요건은 무엇인가요?
답변
직원이 실제로 해당 법인의 업무를 수행해야만 인건비가 손금산입으로 인정됩니다. 다른 회사 업무를 한 인력에 대한 인건비는 손금인정이 불가합니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 해당 직원들이 실제로 원고가 아닌 다른 회사의 업무를 했으므로 인건비를 손금에 산입할 수 없다고 명확히 판시하였습니다.
3. 세무조사에서 거래실체를 다르게 본 경우, 납세자는 어떤 점을 소명해야 하나요?
답변
기계장치 실구매자와 자금 흐름에 대한 계약서, 차용증, 송금내역 등 구체적 자료로 법적 형식의 실체를 뒷받침해야 합니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 차용증, 송금내역, 이자약정 등 자료 부존재시 과세관청의 실질과세 주장을 인정하기 어렵다고 하였습니다.
4. 법적 형식만으로 기계장치 매입거래가 부인될 수 있나요?
답변
서류나 등기 등 문서상의 형식만으로 실제 거래를 완전히 부인할 수는 없으며, 대금 지급 주체와 실질 사용회사 등을 종합적으로 봅니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 계약서, 견적서 등 형식적 자료가 다르더라도 실제 거래관계 전체를 심리, 형식만으로 부인하지 않는다고 하였습니다.
5. 조세심판원 일부 인용결정 후 재조정된 세액 산출은 어떻게 이뤄지나요?
답변
일부 부당 처분을 취소하고, 실질 거래등을 반영해 정당세액만큼만 법인세, 부가가치세를 감액합니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결 주문 및 결론 부분에 조세심판원 결정 반영 후 증분 부분만 취소된 세액 산정을 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

과세관청은 특별한 사정이 없는 한,납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 하는바, 원고가 특수관계법인으로부터 제빵용 기계장치를 2억원에 매입한 사실이 인정되고, 직원들은 2016. 및 2017. 원고가 아닌 소외 회사의 업무를 수행하였으므로 위 직원에 대한 인건비는 원고 손금에서 제외되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2021구합65065 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAAA

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2022. 10. 27.

판 결 선 고

2023. 1. 12.

주 문

1. 피고가 2018. 11. 30. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 11. 30. 원고에 대하여 한 2016년 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2017년도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고(변경 전 상호: 주식회사 CCCCCC)는 제과제빵 및 도소매업 등을 영위하는 회사로 카페 가맹사업을 영위하는 주식회사 DDDDDD(이하 ⁠‘DDDDDD’라 한다)에 과자, 빵 등을 공급하고 있다.

 나. 원고는 2016. 11. 1. DDDDDD가 2014년 6월 및 7월에 합계 430,500,000원에 취득한 제빵기계설비, 터널오븐 등, 냉동판넬, 파이롤러, 급배기후드(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 기계장치’라 한다)를 200,000,000원에 매입하였다고 계상하였고, 2016, 2017 사업연도에 오FF, 문GG에게 급여로 합계 209,000,000원을 지급하고 4대 보험료로 22,000,000원을 지출한 후 총 231,000,000원을 인건비 등으로 계상하여 2016년 제2기 부가가치세 및 2016, 2017 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

 다. □□지방국세청장은 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지 원고에 대한 통합조사를 실시하여, ① 원고가 2016. 11. 1. DDDDDD로부터 이 사건 기계장치를 200,000,000원에 매입한 것이 아니라 2014년 6월 및 7월에 DDDDDD로부터 430,500,000원을 차용하여 위 기계장치를 취득하였다가 2016. 11. 1. DDDDDD에 200,000,000원을 상환한 것으로 보아 그 차액인 230,500,000원을 채무면제이익으로 하여 익금산입하고, ② 2016년 제2기에 DDDDDD로부터 교부받은 공급가액 200,000,000원의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하였으며, ③ 2016년 및 2017년에 오FF과 문GG에게 지급한 인건비 등 총 231,000,000원 중 48,000,000원은 가공급여에 해당하고 나머지 183,000,000원은 오FF, 문GG이 원고가 아닌 다른 회사에서 근무하였다는 이유로 원고의 손금으로 인정할 수 없다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

 라. 이에 따라 피고는 2018. 11. 30. 원고에게 2016 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2017 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 경정․고지하였다.

 마. 원고는 이에 불복하여 2019. 7. 3. 심판청구를 제기하였고,1) 조세심판원은 2021. 1. 12. 이 사건 기계장치에 관한 원고의 주장을 일부 받아들여 ⁠‘피고가 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원과 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분은 DDDDDD가 기계장치 대금 430,500,000원 중 260,000,000원의 기계장치를 취득한 후 2016. 11. 1. 원고에게 양도한 것으로 하여 법인세와 부가가치세의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 내용의 일부 인용결정을 하였는데, 구체적으로 이 사건 기계장치 중 제빵기계설비, 냉동판넬, 급배기후드의 경우 원고가 2014년에 DDDDDD로부터 그 대금 상당액인 170,500,000원을 차용하여 이를 취득하였고, 나머지 기계장치인 터널오븐 등, 파이롤러의 경우 원고가 2016. 11. 1. DDDDDD로부터 매입한 것으로 판단하였다.

 바. 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 2021. 1. 26.경 채무면제이익을 230,500,000원에서 95,500,000원으로 감액하여 2016 사업연도 법인세를 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로, 매입세액 12,500,000원을 추가로 공제하여 2016년 제2기 부가가치세를 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로 각 감액하여 경정․고지하였다2)(이하 위 2018. 11. 30. 자 부과처분 중 감액되고 남은 부분과 2017 사업연도 법인세 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

 아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

○ 이 사건 기계장치는 모두 DDDDDD가 2014년에 매입하여 2016년에 원고에게 양도한 것이다. 피고는 위 기계장치 중 일부만 DDDDDD가 2014년에 매입하여 2016년에 원고에게 양도한 것으로 판단하였으나, 이 사건 기계장치를 구분하여 일부는 DDDDDD가, 나머지는 원고가 매입하였다고 볼 아무런 근거가 없다. 따라서 이 사건 기계장치 중 일부만을 원고가 2014년에 매입하였음을 전제로, 해당 대금을 채무면제이익으로 보아 익금산입하고 관련 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않은 것은 위법하다.

○ 오FF, 문GG은 원고에 입사하여 마케팅과 관련된 업무를 수행하였고, 2018년에 이르러서야 원고에서 HHH메이커스로 소속을 옮긴 것이다. 오FF, 문GG은 원고의 영업을 위해 마케팅 업무를 수행한 것이므로 그 결과 HHH메이커스의 영업에 도움이 되었다고 하더라도 원고 고유의 업무를 수행한 것으로 보아야 한다. 따라서 피고가 오FF, 문GG에게 인건비 등으로 지급한 합계 183,000,000원을 원고의 손금으로 인정하지 않은 것은 위법하다.

3. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 이 사건 기계장치 관련 부분

  1) 관련 법리

납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2017. 4. 7. 선고 2015두49320 판결 참조).

  2) 사실관계

   가) DDDDDD는 카페 가맹사업을 영위하면서 원고가 제조한 과자, 빵 등을 카페 가맹점에 공급하는 사업을 영위해 왔는데, DDDDDD와 원고의 대표자는 모두 명MM이었다.

   나) DDDDDD는 III이엔씨 주식회사(이하 ⁠‘III이엔씨’라 한다)와 사이에 2014. 5. 30. ⁠‘터널오븐 등’을, 2014. 7. 14. 파이롤러를 각 납품받는 내용의 물품공급계약서를 작성하였는데, 위 각 물품공급계약서에는 원고가 수신인으로 기재된 견적서가 첨부되어 있었다. 한편 원고는 2014. 6. 2. JJ산업과 사이에 JJ산업 소유의 제빵기계설비를 매수하는 내용의 매매계약서를 작성하였고, 2014. 7. 8. 주식회사 K엔지니어링(이하 ⁠‘K엔지니어링’이라 한다)으로부터 냉동판넬에 관한 견적서를 받았으며, 2014. 7. 10. III이엔씨로부터 급배기후드에 관한 견적서를 받았다.

   다) DDDDDD는 이 사건 기계장치의 취득대금으로 합계 430,500,000원(부가가치세 별도)을 위 각 판매처에 지급하였는데, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

순번

취득일

명칭

취득가액

판매처

1

2014. 6. 2.

제빵기계설비

69,500,000원

JJ산업

2

2014. 6. 4.

터널오븐 등

195,000,000원

III이엔씨

3

2014. 7. 14.

냉동판넬

90,000,000원

K엔지니어링

4

2014. 7. 17.

파이롤러

65,000,000원

III이엔씨

5

2014. 7. 24.

급배기후드

11,000,000원

III이엔씨

합계

430,500,000원

   라) 원고는 2016. 11. 1. DDDDDD에 200,000,000원을 지급하였고, 2016년 제2기에 DDDDDD로부터 같은 금액 상당의 매입세금계산서를 교부받았다.

[인정근거] 갑 제1, 7, 8, 10호증, 을 제15 내지 18, 22, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  3) 판단

   앞에서 인정한 사실에 의하면 아래와 같은 사정이 인정된다.

  ① ㉠ 제빵기계설비(순번 1)에 관하여 2014. 6. 2. 원고와 JJ산업 사이에 매매계약서가 작성되었고, ㉡ 터널오븐 등(순번 2)에 관하여 2014. 5. 30. DDDDDD와 III이엔씨 사이에 원고가 수신인으로 기재된 견적서가 첨부된 물품공급계약서가 작성되었으며, ㉢ 냉동판넬(순번 3)에 관하여 2014. 7. 8. 원고와 K엔지니어링 사이에 견적서가 작성되었고(계약서는 제출되지 않았다), ㉣ 파이롤러(순번 4)에 관하여 2014. 7. 14. DDDDDD와 III이엔씨 사이에 원고가 수신인으로 기재된 견적서가 첨부된 물품공급계약서가 작성되었으며, ㉤ 급배기후드(순번 5)에 관하여 2014. 7. 10. 원고와 III이엔씨 사이에 견적서가 작성되었다(계약서는 제출되지 않았다). 이와 같이 당사자가 다르게 기재된 계약서, 견적서와 같은 서류만으로는 이 사건 기계장치를 실제 공급받는 자가 누구인지를 가리기 어렵다.

  ② 이 사건 기계장치의 매매대금은 전부 DDDDDD가 지급하였고, DDDDDD는 원고로부터 자신의 가맹사업에 필요한 과자, 빵 등을 공급받는 거래관계에 있었으므로 이 사건 기계장치의 취득에 관하여 이해관계가 없다고 볼 수 없다.

  ③ 이 사건 기계장치는 2014년 6월 내지 7월 사이에 공급되었고, 원고가 DDDDDD에 공급하는 과자, 빵 등의 제조를 위한 것인데, 그 중 일부는 원고가, 나머지는 DDDDDD가 구입할 이유를 찾기 어려우며, 나누어 구입하기로 하면서 DDDDDD가 그 대금을 전부 지급할 이유도 없다.

  ④ 원고는 III이엔씨를 상대로 부당이득반환을 구하는 소(○○○○지방법원 △△지원 2016가단101004)를 제기하였는데, 원고가 위 소송에서 청구한 부당이득금은 자신이 직접 지급한 도우컨디셔너, 케익데포지터, 워터젯머신의 계약금 상당액이다. 위 각 설비는 급배기후드가 아니므로, 위와 같은 사정은 급배기후드의 실제 취득자가 원고라는 점을 인정할 만한 근거가 되기 어렵다.

  ⑤ III이엔씨의 대표자 이LL이 작성한 진술서(을 제14호증)는 원고 공장에 납품한 기계장치에 관하여 원고 측의 요청으로 계약서와 세금계산서를 모두 DDDDDD 명의로 작성하였다는 내용인데, DDDDDD가 그 취득대금을 III이엔씨에 지급한 이상 원고가 사실과 다른 계약서와 세금계산서 작성을 부탁한 것으로 보기는 어렵다.

  ⑥ DDDDDD가 원고에게 위 기계장치 대금 상당액을 빌려주었다는 점에 관해서도 원고와 DDDDDD 사이에 작성된 차용증이나 송금내역 등의 자료가 전혀 없으며, 변제기나 이자 약정 등이 있었다고 볼 증거도 없다.

  이와 같은 사정을 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거를 종합해보더라도 원고와 DDDDDD 사이에 200,000,000원에 관한 이 사건 기계장치 매입거래 금액이 사실과 다르다거나 그 거래의 일부는 차용금 채무 변제를 가장한 것이라고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

 나. 인건비 관련 부분

  1) 갑 제9호증, 을 제10, 11, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고로부터 인건비 등을 지급받은 오FF, 문GG은 2016년과 2017년에 원고가 아닌 주식회사 HHH메이커스(이하 ⁠‘HHH메이커스’라 한다)의 업무를 수행한 것으로 보인다.

  ① 카페 가맹사업을 영위하던 DDDDDD가 대표자 명MM의 횡령 등으로 가맹점을 유치할 수 없는 상황에 이르자, 2015년 7월경 ⁠‘NNN39’라는 신규 브랜드를 사용하는 HHH메이커스를 설립하여 카페 가맹사업을 계속하였다.

  ② 오FF은 2018. 10. 22. □□지방국세청에 출석하여 2016년과 2017년에 HHH메이커스 및 NNN39 관련 업무를 수행하였다는 취지로 진술하였고, 문GG 역시 2018. 10. 31. 2016년과 2017년에 HHH메이커스에 근무하면서 마케팅, 브랜드 블로그 관리, 체험단 진행, CF 촬영 등의 업무를 담당했다는 내용의 진술서를 제출하였다.

  ③ 명MM에 대한 형사사건(■■■■지방법원 2020고합1102)에서 오FF은 원고에 입사하여 마케팅팀에서 카페 가맹점의 디저트 제품을 홍보하기 위한 파워블로그 섭외, 신제품 소개, 홈페이지 작성 등의 업무뿐 아니라 HHH메이커스가 운영하는 NNN39카페 가맹점에서 판매하는 디저트 제품을 홍보하기 위한 업무도 담당하였다는 취지로 증언하였고, 문GG은 원고에서 근무하면서 ⁠‘OO디퍼런트’, ⁠‘NNN39’를 일반 소비자에게 알리는 대외적인 홍보 업무와 HHH메이커스가 운영하는 NNN39 카페 가맹점에서 판매하는 디저트 제품 홍보 업무도 담당했다는 취지로 증언하였다.

  그러나 ㉠ 원고는 자체 브랜드를 가지고 있지 않았고, 원고 조직도에 마케팅팀은 존재하지 않으며, 업무분장이 표시된 원고 소속의 직원 명단에 오FF, 문GG은 제외되어 있는 점, ㉡ 원고의 사업내용은 DDDDDD 또는 HHH메이커스가 영위하는 카페 가맹사업의 가맹점에 과자, 빵 등을 제조․공급하는 것이므로 원고 입장에서 자신의 상호였던 ⁠‘OO디퍼런트’나 가맹점에 공급되는 과자, 빵 등을 일반 소비자에게 직접 홍보할 필요성이 크지 않아 보이는 점, ㉢ 오FF은 □□지방국세청에서 디저트메 이커스의 업무를 수행하였다는 취지로 진술하였고 문GG 역시 같은 내용의 진술서를 제출한 점 등에 비추어 볼 때, 오FF, 문GG의 위 증언이 2016년과 2017년에 원고의 업무를 수행하였다는 취지의 증언으로 보기는 어렵다.

  2) 그렇다면 원고가 2016년과 2017년에 오FF, 문GG에게 인건비 등으로 지급한 183,000,000원 상당은 원고의 손금에서 제외되어야 하고, 이를 전제로 피고가 원고에게 2016, 2017 사업연도 법인세를 부과한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

 다. 정당세액의 산정

  위 가.항에서 인정한 바에 따르면, 피고가 ① 원고의 2016 사업연도 소득금액에 포함시킨 채무면제이익 95,500,000원은 위 소득금액에서 제외되어야 하고, ② 원고의 2016년 제2기 매입세액에서 제외한 7,500,000원은 위 매입세액에 포함되어야 한다.

  결국 원고의 2016 사업연도 법인세 정당세액 및 2016년 제2기 부가가치세 정당세액은 아래 표 기재와 같으므로, 이 사건 처분 중 2016 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 정당세액인 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2016 사업연도 법인세

정당세액(원)

비고

소득금액

xxx,xxx,xxx

채무면제이익 95,500,000원

세율

20%

산출세액(ⓐ)

xx,xxx,xxx

최저한세 적용대상 공제감면세액(ⓑ)

xx,xxx,xxx

차감세액(ⓒ)

xx,xxx,xxx

가산세액(ⓓ)

신고불성실가산세

x,xxx,xxx

납부불성실가산세

x,xxx,xxx

지급명세서

불성실 가산세

xxx,xxx

소계

xx,xxx,xxx

총결정세액(ⓔ=ⓒ+ⓓ)

xx,xxx,xxx

기납부세액(ⓕ)

xx,xxx,xxx

차감징수할세액(ⓔ-ⓕ)

xx,xxx,xxx

세액 24,499,570원 감소

2016년 제2기 부가가치세

정당세액(원)

비고

매출세액

xxx,xxx,xxx

매입세액

xxx,xxx,xxx

납부세액

xxx,xxx,xxx

기납부세액

xxx,xxx,xxx

가산세

세금계산서불성실가산세

-

신고불성실가산세

-

납부불성실가산세

-

소계

-

차감고지(환급)세액

-xx,xxx,xxx

세액 xx,xxx,xxx원 감소

5. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.


1) 원고가 오FF과 문GG에게 지급한 급여 중 48,000,000원이 가공급여라는 점에 대해서는 다투지 않았다.

2) 피고는, 원고가 2016. 11. 1. DDDDDD에 지급한 200,000,000원 중 터널오븐 등, 파이롤러의 장부상 가액인 125,000,000원은 매입 대금으로, 나머지 75,000,000원은 차용금의 일부 변제액으로 지급된 것으로 보고 나머지 차용금 95,500,000원을 원고의 채무면제이익으로 판단하여 익금산입하는 한편, 원고가 2016년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제한 20,000,000원 중 터널오븐 등, 파이롤러의 매입세액 12,500,000원을 제외한 7,500,000원을 불공제하였다.


출처 : 수원지방법원 2023. 01. 12. 선고 수원지방법원 2021구합65065 판결 | 국세법령정보시스템

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판결 요약
법원은 납세의무자가 선택한 법적 형식을 존중하되, 실제 거래관계와 인력 사용 실태를 엄격히 조사해 법인세 손금 및 매입세액 인정 여부를 판단했습니다. 기계장치 매입형식은 과세관청이 특별사정 없는 한 인정하되, 인건비는 실제 근무 실체가 중요하다는 점을 명확히 했습니다.
#특수관계법인 #기계장치 매입 #법적형식 존중 #인건비 손금 #실제 근무
질의 응답
1. 특수관계법인으로부터 매입한 기계장치에 대해 과세관청이 거래형식을 부인할 수 있나요?
답변
기본적으로 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따라 거래관계를 인정해야 하며, 가장행위나 조세회피 특별사정이 없는 한 과세관청이 임의로 부인할 수 없습니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 '납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 한다'고 판시하였습니다(대법원 2015두49320 판례 참조).
2. 특수관계회사 간 인건비 지급 시 손금산입이 인정되기 위한 요건은 무엇인가요?
답변
직원이 실제로 해당 법인의 업무를 수행해야만 인건비가 손금산입으로 인정됩니다. 다른 회사 업무를 한 인력에 대한 인건비는 손금인정이 불가합니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 해당 직원들이 실제로 원고가 아닌 다른 회사의 업무를 했으므로 인건비를 손금에 산입할 수 없다고 명확히 판시하였습니다.
3. 세무조사에서 거래실체를 다르게 본 경우, 납세자는 어떤 점을 소명해야 하나요?
답변
기계장치 실구매자와 자금 흐름에 대한 계약서, 차용증, 송금내역 등 구체적 자료로 법적 형식의 실체를 뒷받침해야 합니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 차용증, 송금내역, 이자약정 등 자료 부존재시 과세관청의 실질과세 주장을 인정하기 어렵다고 하였습니다.
4. 법적 형식만으로 기계장치 매입거래가 부인될 수 있나요?
답변
서류나 등기 등 문서상의 형식만으로 실제 거래를 완전히 부인할 수는 없으며, 대금 지급 주체와 실질 사용회사 등을 종합적으로 봅니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결은 계약서, 견적서 등 형식적 자료가 다르더라도 실제 거래관계 전체를 심리, 형식만으로 부인하지 않는다고 하였습니다.
5. 조세심판원 일부 인용결정 후 재조정된 세액 산출은 어떻게 이뤄지나요?
답변
일부 부당 처분을 취소하고, 실질 거래등을 반영해 정당세액만큼만 법인세, 부가가치세를 감액합니다.
근거
수원지방법원-2021-구합-65065 판결 주문 및 결론 부분에 조세심판원 결정 반영 후 증분 부분만 취소된 세액 산정을 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

과세관청은 특별한 사정이 없는 한,납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 하는바, 원고가 특수관계법인으로부터 제빵용 기계장치를 2억원에 매입한 사실이 인정되고, 직원들은 2016. 및 2017. 원고가 아닌 소외 회사의 업무를 수행하였으므로 위 직원에 대한 인건비는 원고 손금에서 제외되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2021구합65065 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAAA

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2022. 10. 27.

판 결 선 고

2023. 1. 12.

주 문

1. 피고가 2018. 11. 30. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 11. 30. 원고에 대하여 한 2016년 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2017년도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고(변경 전 상호: 주식회사 CCCCCC)는 제과제빵 및 도소매업 등을 영위하는 회사로 카페 가맹사업을 영위하는 주식회사 DDDDDD(이하 ⁠‘DDDDDD’라 한다)에 과자, 빵 등을 공급하고 있다.

 나. 원고는 2016. 11. 1. DDDDDD가 2014년 6월 및 7월에 합계 430,500,000원에 취득한 제빵기계설비, 터널오븐 등, 냉동판넬, 파이롤러, 급배기후드(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 기계장치’라 한다)를 200,000,000원에 매입하였다고 계상하였고, 2016, 2017 사업연도에 오FF, 문GG에게 급여로 합계 209,000,000원을 지급하고 4대 보험료로 22,000,000원을 지출한 후 총 231,000,000원을 인건비 등으로 계상하여 2016년 제2기 부가가치세 및 2016, 2017 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

 다. □□지방국세청장은 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지 원고에 대한 통합조사를 실시하여, ① 원고가 2016. 11. 1. DDDDDD로부터 이 사건 기계장치를 200,000,000원에 매입한 것이 아니라 2014년 6월 및 7월에 DDDDDD로부터 430,500,000원을 차용하여 위 기계장치를 취득하였다가 2016. 11. 1. DDDDDD에 200,000,000원을 상환한 것으로 보아 그 차액인 230,500,000원을 채무면제이익으로 하여 익금산입하고, ② 2016년 제2기에 DDDDDD로부터 교부받은 공급가액 200,000,000원의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하였으며, ③ 2016년 및 2017년에 오FF과 문GG에게 지급한 인건비 등 총 231,000,000원 중 48,000,000원은 가공급여에 해당하고 나머지 183,000,000원은 오FF, 문GG이 원고가 아닌 다른 회사에서 근무하였다는 이유로 원고의 손금으로 인정할 수 없다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

 라. 이에 따라 피고는 2018. 11. 30. 원고에게 2016 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2017 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 경정․고지하였다.

 마. 원고는 이에 불복하여 2019. 7. 3. 심판청구를 제기하였고,1) 조세심판원은 2021. 1. 12. 이 사건 기계장치에 관한 원고의 주장을 일부 받아들여 ⁠‘피고가 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원과 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분은 DDDDDD가 기계장치 대금 430,500,000원 중 260,000,000원의 기계장치를 취득한 후 2016. 11. 1. 원고에게 양도한 것으로 하여 법인세와 부가가치세의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 내용의 일부 인용결정을 하였는데, 구체적으로 이 사건 기계장치 중 제빵기계설비, 냉동판넬, 급배기후드의 경우 원고가 2014년에 DDDDDD로부터 그 대금 상당액인 170,500,000원을 차용하여 이를 취득하였고, 나머지 기계장치인 터널오븐 등, 파이롤러의 경우 원고가 2016. 11. 1. DDDDDD로부터 매입한 것으로 판단하였다.

 바. 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 2021. 1. 26.경 채무면제이익을 230,500,000원에서 95,500,000원으로 감액하여 2016 사업연도 법인세를 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로, 매입세액 12,500,000원을 추가로 공제하여 2016년 제2기 부가가치세를 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로 각 감액하여 경정․고지하였다2)(이하 위 2018. 11. 30. 자 부과처분 중 감액되고 남은 부분과 2017 사업연도 법인세 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

 아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

○ 이 사건 기계장치는 모두 DDDDDD가 2014년에 매입하여 2016년에 원고에게 양도한 것이다. 피고는 위 기계장치 중 일부만 DDDDDD가 2014년에 매입하여 2016년에 원고에게 양도한 것으로 판단하였으나, 이 사건 기계장치를 구분하여 일부는 DDDDDD가, 나머지는 원고가 매입하였다고 볼 아무런 근거가 없다. 따라서 이 사건 기계장치 중 일부만을 원고가 2014년에 매입하였음을 전제로, 해당 대금을 채무면제이익으로 보아 익금산입하고 관련 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않은 것은 위법하다.

○ 오FF, 문GG은 원고에 입사하여 마케팅과 관련된 업무를 수행하였고, 2018년에 이르러서야 원고에서 HHH메이커스로 소속을 옮긴 것이다. 오FF, 문GG은 원고의 영업을 위해 마케팅 업무를 수행한 것이므로 그 결과 HHH메이커스의 영업에 도움이 되었다고 하더라도 원고 고유의 업무를 수행한 것으로 보아야 한다. 따라서 피고가 오FF, 문GG에게 인건비 등으로 지급한 합계 183,000,000원을 원고의 손금으로 인정하지 않은 것은 위법하다.

3. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 이 사건 기계장치 관련 부분

  1) 관련 법리

납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2017. 4. 7. 선고 2015두49320 판결 참조).

  2) 사실관계

   가) DDDDDD는 카페 가맹사업을 영위하면서 원고가 제조한 과자, 빵 등을 카페 가맹점에 공급하는 사업을 영위해 왔는데, DDDDDD와 원고의 대표자는 모두 명MM이었다.

   나) DDDDDD는 III이엔씨 주식회사(이하 ⁠‘III이엔씨’라 한다)와 사이에 2014. 5. 30. ⁠‘터널오븐 등’을, 2014. 7. 14. 파이롤러를 각 납품받는 내용의 물품공급계약서를 작성하였는데, 위 각 물품공급계약서에는 원고가 수신인으로 기재된 견적서가 첨부되어 있었다. 한편 원고는 2014. 6. 2. JJ산업과 사이에 JJ산업 소유의 제빵기계설비를 매수하는 내용의 매매계약서를 작성하였고, 2014. 7. 8. 주식회사 K엔지니어링(이하 ⁠‘K엔지니어링’이라 한다)으로부터 냉동판넬에 관한 견적서를 받았으며, 2014. 7. 10. III이엔씨로부터 급배기후드에 관한 견적서를 받았다.

   다) DDDDDD는 이 사건 기계장치의 취득대금으로 합계 430,500,000원(부가가치세 별도)을 위 각 판매처에 지급하였는데, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

순번

취득일

명칭

취득가액

판매처

1

2014. 6. 2.

제빵기계설비

69,500,000원

JJ산업

2

2014. 6. 4.

터널오븐 등

195,000,000원

III이엔씨

3

2014. 7. 14.

냉동판넬

90,000,000원

K엔지니어링

4

2014. 7. 17.

파이롤러

65,000,000원

III이엔씨

5

2014. 7. 24.

급배기후드

11,000,000원

III이엔씨

합계

430,500,000원

   라) 원고는 2016. 11. 1. DDDDDD에 200,000,000원을 지급하였고, 2016년 제2기에 DDDDDD로부터 같은 금액 상당의 매입세금계산서를 교부받았다.

[인정근거] 갑 제1, 7, 8, 10호증, 을 제15 내지 18, 22, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  3) 판단

   앞에서 인정한 사실에 의하면 아래와 같은 사정이 인정된다.

  ① ㉠ 제빵기계설비(순번 1)에 관하여 2014. 6. 2. 원고와 JJ산업 사이에 매매계약서가 작성되었고, ㉡ 터널오븐 등(순번 2)에 관하여 2014. 5. 30. DDDDDD와 III이엔씨 사이에 원고가 수신인으로 기재된 견적서가 첨부된 물품공급계약서가 작성되었으며, ㉢ 냉동판넬(순번 3)에 관하여 2014. 7. 8. 원고와 K엔지니어링 사이에 견적서가 작성되었고(계약서는 제출되지 않았다), ㉣ 파이롤러(순번 4)에 관하여 2014. 7. 14. DDDDDD와 III이엔씨 사이에 원고가 수신인으로 기재된 견적서가 첨부된 물품공급계약서가 작성되었으며, ㉤ 급배기후드(순번 5)에 관하여 2014. 7. 10. 원고와 III이엔씨 사이에 견적서가 작성되었다(계약서는 제출되지 않았다). 이와 같이 당사자가 다르게 기재된 계약서, 견적서와 같은 서류만으로는 이 사건 기계장치를 실제 공급받는 자가 누구인지를 가리기 어렵다.

  ② 이 사건 기계장치의 매매대금은 전부 DDDDDD가 지급하였고, DDDDDD는 원고로부터 자신의 가맹사업에 필요한 과자, 빵 등을 공급받는 거래관계에 있었으므로 이 사건 기계장치의 취득에 관하여 이해관계가 없다고 볼 수 없다.

  ③ 이 사건 기계장치는 2014년 6월 내지 7월 사이에 공급되었고, 원고가 DDDDDD에 공급하는 과자, 빵 등의 제조를 위한 것인데, 그 중 일부는 원고가, 나머지는 DDDDDD가 구입할 이유를 찾기 어려우며, 나누어 구입하기로 하면서 DDDDDD가 그 대금을 전부 지급할 이유도 없다.

  ④ 원고는 III이엔씨를 상대로 부당이득반환을 구하는 소(○○○○지방법원 △△지원 2016가단101004)를 제기하였는데, 원고가 위 소송에서 청구한 부당이득금은 자신이 직접 지급한 도우컨디셔너, 케익데포지터, 워터젯머신의 계약금 상당액이다. 위 각 설비는 급배기후드가 아니므로, 위와 같은 사정은 급배기후드의 실제 취득자가 원고라는 점을 인정할 만한 근거가 되기 어렵다.

  ⑤ III이엔씨의 대표자 이LL이 작성한 진술서(을 제14호증)는 원고 공장에 납품한 기계장치에 관하여 원고 측의 요청으로 계약서와 세금계산서를 모두 DDDDDD 명의로 작성하였다는 내용인데, DDDDDD가 그 취득대금을 III이엔씨에 지급한 이상 원고가 사실과 다른 계약서와 세금계산서 작성을 부탁한 것으로 보기는 어렵다.

  ⑥ DDDDDD가 원고에게 위 기계장치 대금 상당액을 빌려주었다는 점에 관해서도 원고와 DDDDDD 사이에 작성된 차용증이나 송금내역 등의 자료가 전혀 없으며, 변제기나 이자 약정 등이 있었다고 볼 증거도 없다.

  이와 같은 사정을 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거를 종합해보더라도 원고와 DDDDDD 사이에 200,000,000원에 관한 이 사건 기계장치 매입거래 금액이 사실과 다르다거나 그 거래의 일부는 차용금 채무 변제를 가장한 것이라고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

 나. 인건비 관련 부분

  1) 갑 제9호증, 을 제10, 11, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고로부터 인건비 등을 지급받은 오FF, 문GG은 2016년과 2017년에 원고가 아닌 주식회사 HHH메이커스(이하 ⁠‘HHH메이커스’라 한다)의 업무를 수행한 것으로 보인다.

  ① 카페 가맹사업을 영위하던 DDDDDD가 대표자 명MM의 횡령 등으로 가맹점을 유치할 수 없는 상황에 이르자, 2015년 7월경 ⁠‘NNN39’라는 신규 브랜드를 사용하는 HHH메이커스를 설립하여 카페 가맹사업을 계속하였다.

  ② 오FF은 2018. 10. 22. □□지방국세청에 출석하여 2016년과 2017년에 HHH메이커스 및 NNN39 관련 업무를 수행하였다는 취지로 진술하였고, 문GG 역시 2018. 10. 31. 2016년과 2017년에 HHH메이커스에 근무하면서 마케팅, 브랜드 블로그 관리, 체험단 진행, CF 촬영 등의 업무를 담당했다는 내용의 진술서를 제출하였다.

  ③ 명MM에 대한 형사사건(■■■■지방법원 2020고합1102)에서 오FF은 원고에 입사하여 마케팅팀에서 카페 가맹점의 디저트 제품을 홍보하기 위한 파워블로그 섭외, 신제품 소개, 홈페이지 작성 등의 업무뿐 아니라 HHH메이커스가 운영하는 NNN39카페 가맹점에서 판매하는 디저트 제품을 홍보하기 위한 업무도 담당하였다는 취지로 증언하였고, 문GG은 원고에서 근무하면서 ⁠‘OO디퍼런트’, ⁠‘NNN39’를 일반 소비자에게 알리는 대외적인 홍보 업무와 HHH메이커스가 운영하는 NNN39 카페 가맹점에서 판매하는 디저트 제품 홍보 업무도 담당했다는 취지로 증언하였다.

  그러나 ㉠ 원고는 자체 브랜드를 가지고 있지 않았고, 원고 조직도에 마케팅팀은 존재하지 않으며, 업무분장이 표시된 원고 소속의 직원 명단에 오FF, 문GG은 제외되어 있는 점, ㉡ 원고의 사업내용은 DDDDDD 또는 HHH메이커스가 영위하는 카페 가맹사업의 가맹점에 과자, 빵 등을 제조․공급하는 것이므로 원고 입장에서 자신의 상호였던 ⁠‘OO디퍼런트’나 가맹점에 공급되는 과자, 빵 등을 일반 소비자에게 직접 홍보할 필요성이 크지 않아 보이는 점, ㉢ 오FF은 □□지방국세청에서 디저트메 이커스의 업무를 수행하였다는 취지로 진술하였고 문GG 역시 같은 내용의 진술서를 제출한 점 등에 비추어 볼 때, 오FF, 문GG의 위 증언이 2016년과 2017년에 원고의 업무를 수행하였다는 취지의 증언으로 보기는 어렵다.

  2) 그렇다면 원고가 2016년과 2017년에 오FF, 문GG에게 인건비 등으로 지급한 183,000,000원 상당은 원고의 손금에서 제외되어야 하고, 이를 전제로 피고가 원고에게 2016, 2017 사업연도 법인세를 부과한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

 다. 정당세액의 산정

  위 가.항에서 인정한 바에 따르면, 피고가 ① 원고의 2016 사업연도 소득금액에 포함시킨 채무면제이익 95,500,000원은 위 소득금액에서 제외되어야 하고, ② 원고의 2016년 제2기 매입세액에서 제외한 7,500,000원은 위 매입세액에 포함되어야 한다.

  결국 원고의 2016 사업연도 법인세 정당세액 및 2016년 제2기 부가가치세 정당세액은 아래 표 기재와 같으므로, 이 사건 처분 중 2016 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 정당세액인 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 2016년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2016 사업연도 법인세

정당세액(원)

비고

소득금액

xxx,xxx,xxx

채무면제이익 95,500,000원

세율

20%

산출세액(ⓐ)

xx,xxx,xxx

최저한세 적용대상 공제감면세액(ⓑ)

xx,xxx,xxx

차감세액(ⓒ)

xx,xxx,xxx

가산세액(ⓓ)

신고불성실가산세

x,xxx,xxx

납부불성실가산세

x,xxx,xxx

지급명세서

불성실 가산세

xxx,xxx

소계

xx,xxx,xxx

총결정세액(ⓔ=ⓒ+ⓓ)

xx,xxx,xxx

기납부세액(ⓕ)

xx,xxx,xxx

차감징수할세액(ⓔ-ⓕ)

xx,xxx,xxx

세액 24,499,570원 감소

2016년 제2기 부가가치세

정당세액(원)

비고

매출세액

xxx,xxx,xxx

매입세액

xxx,xxx,xxx

납부세액

xxx,xxx,xxx

기납부세액

xxx,xxx,xxx

가산세

세금계산서불성실가산세

-

신고불성실가산세

-

납부불성실가산세

-

소계

-

차감고지(환급)세액

-xx,xxx,xxx

세액 xx,xxx,xxx원 감소

5. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.


1) 원고가 오FF과 문GG에게 지급한 급여 중 48,000,000원이 가공급여라는 점에 대해서는 다투지 않았다.

2) 피고는, 원고가 2016. 11. 1. DDDDDD에 지급한 200,000,000원 중 터널오븐 등, 파이롤러의 장부상 가액인 125,000,000원은 매입 대금으로, 나머지 75,000,000원은 차용금의 일부 변제액으로 지급된 것으로 보고 나머지 차용금 95,500,000원을 원고의 채무면제이익으로 판단하여 익금산입하는 한편, 원고가 2016년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제한 20,000,000원 중 터널오븐 등, 파이롤러의 매입세액 12,500,000원을 제외한 7,500,000원을 불공제하였다.


출처 : 수원지방법원 2023. 01. 12. 선고 수원지방법원 2021구합65065 판결 | 국세법령정보시스템