요지

이 사건 시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로, 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학기술 활동’에 해당하지 않는다고 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 6. 10. 원고에 대하여 한 2012사업연도 법인세 O원, 2013사업연도 법인세 O원, 2014사업연도 법인세 O원에 대한 각 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

  이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 원고가 거듭 강조하는 주장을 포함하여 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지 및 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제4면 제13행의 ⁠“활동”을 ⁠“활동(이하 ⁠‘서비스 활동’이라 한다)“으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 제15행의 ⁠“[별표 6]”을 ⁠“[별표 6](이하 ⁠‘이 사건 별표’라 한다)”으로, 제17행의 ⁠“구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]”을 ⁠“이 사건 별표” 로 각 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5면 제4행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

  『 2) 판단기준

    구 조세특례제한법 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제 제도를 두고 있고, 제9조 제2항 제1호는 ’연구ㆍ인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용‘으로 정의하고 있으며(다만 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구·인력개발비에 해당한다)’, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항은 ⁠“법 제9조 제2항 제1호에서 ’대통령령으로 정하는 비용‘이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.”라고 규정하고, 구 조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발을 ⁠“과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동”과 ⁠“새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 구분하고 있다. 따라서 전산시스템의 위탁개발비용이 이 사건 세액공제를 적용받는 연구개발비에 해당하기 위해서는 그 위탁개발이 ’과학기술활동‘에 해당하는 경우이어야 한다. 여기서 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정한 연구개발인 ’과학기술활동‘이란 ’과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미하고, 연구개발이 과학기술활동에 해당하기 위해서는 해당 연구개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 하며, 결과의 불확실성은 연구개발 활동 자체에 내재된 속성이므로, 위탁연구개발이 연구개발로 인정될 수 있기 위해서는 위탁자뿐만 아니라 연구개발 활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 한다. 위와 같이 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학기술 활동’은 ⁠‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술 활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발 활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두56510 판결 참조).』

   ○ 제1심판결 제5면 제3행의 ⁠“2)”를 ⁠“3)”으로 고쳐 쓴다.

   ○ 제1심판결 제5면 아래에서 제3, 4행의 ⁠“구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22, 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것)”을 ⁠“구 기초연구법 시행령”으로 고쳐 쓴다.

   ○ 제1심판결 제7면 제2행의 ⁠“있었다.” 다음에 아래의 내용을 추가한다.

  『원고는 이 사건 시스템에 대하여 금융권 최초로 데이터 품질인증 A등급을 획득하였음을 과학기술 진보성의 근거로 들기도 하나(갑 제25호증 참조), 위 품질인증은 이 사건 시스템을 통해 수집한 데이터의 품질을 평가한 것에 불과하고, 설령 해당 시스템으로 업무처리가 개선됨에 따라 데이터의 정합률이 향상될 수 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 위 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 해소하는 ⁠‘과학기술 활동’에 해당한다고 평가하기는 어려운 점 등을 감안하면, 이를 이 사건 시스템 자체의 과학기술 진보성을 입증하는 근거로 보기는 어렵다(원고가 들고 있는 대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두48359 판결의 사안은, 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하고, 알고리즘을 전면적으로 재설계하였으며, 그 과정에서 다수의 특허를 등록하는 등에 비추어 해당 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당한다고 판단된 것으로, 이 사건과는 사안을 달리한다).』

  ○ 제1심판결 제7면 아래에서 제3행의 ⁠“3)”을 ⁠“4)”로 고쳐 쓴다.

  ○ 제1심판결 제8면 제6, 7행의 ⁠“2010. 2. 18. 대통령령 제22037호”를 ⁠“2010. 3. 26. 대통령령 제22085호”로 고쳐 쓴다.

  ○ 제1심판결 제11면 제7행부터 제11행까지 부분을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

   『 5) 소결론

    이상 살핀 여러 사정을 종합하면, 이 사건 시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것으로서, 그 목표와 결과 등에 비추어 볼 때 이 사건 시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로, 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학기술 활동’에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 다른 한편, 설령 이 사건 시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는 금융서비스 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스 활동의 경우 ⁠‘자체 연구개발에 필요한 비용’만 세액공제의 대상으로 규정되어 있는 이상, 서비스 활동의 위탁연구개발비는 이 사건 세액공제의 적용대상이 아니다.

    결국, 이 사건 시스템의 위탁개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학기술 활동’에 해당하지 않는다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 항소이유 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 모두 이유 없다.』

○ 제1심판결 제23면 ⁠‘구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것)’ 부분을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

   『■ 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 3. 23. 기획재정부령 제342호로 개정되기 전의 것)

     제7조(연구 및 인력개발비의 범위)

     ① 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말한다.

     1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

   ■ 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것)

    제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

     5. ⁠“연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

     6. ⁠“연구시설”이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다.

   제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준)

   ① 법 제14조제1항제2호에서 ⁠“연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

    1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

    2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5명 이상

    3. 제1호에도 불구하고 미래창조과학부령으로 정하는 과학기술 분야연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설연구소: 2명 이상

    4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하며, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설연구소: 7명 이상

    5. 그 밖의 기업부설연구소: 10명 이상

   ② 법 제14조제1항제2호에서 ⁠“연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 ⁠“전담부서”라 한다)를 말한다.

   ⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 특정연구개발사업 참여기관 등이 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 미래창조과학부령으로 정한다.

   ■ 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것)

  제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준)

  ③ 기업부설연구소등의 연구전담요원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자격기준을 갖추어야 한다. 이 경우 제3호부터 제6호까지의 기준은 중소기업에만 적용하되, 중소기업이 설립한 기업부설연구소등에서 제3호부터 제6호까지의 자격 중 어느 하나에 해당하는 자격을 갖추고 연구전담요원으로 근무하던 자가 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업이 된 후에도 계속하여 그 기업부설연구소등의 연구전담요원으로 근무하는 경우에는 해당 기업이 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업에 해당할 때까지는 연구전담요원의 자격을 갖춘 것으로 본다.

     1. ⁠「대학설립ㆍ운영 규정」 별표 1에 따른 자연과학계열ㆍ공학계열 및 의학계열(이하 ⁠“자연계분야”라 한다)의 학사 이상 학위를 가진 사람으로서 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람

     2. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의 기사 이상 기술자격을 가진 사람

     3. 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공한 자연계분야 전문학사 또는 이와 같은 수준의 학력이 있다고 인정되는 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상(3년제 전문대학을 졸업한 경우에는 1년 이상) 근무한 사람

     4. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의 산업기사 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상 근무한 사람

     5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 고등학교를 졸업(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 고등학교로 지정ㆍ고시되기 전에 그 학교를 졸업한 경우를 포함한다)하고 기업의 연구개발활동과 관련된 분야에서 4년 이상 근무한 사람

      가. 「초ㆍ중등교육법 시행령」제90조제1항제10호에 따른 산업수요 맞춤형 고등학교

      나. 「초ㆍ중등교육법 시행령」제91조제1항에 따른 특정분야의 인재양성을 목적으로 하는 특성화고등학교

    6. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의 기능사 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 4년 이상 근무한 사람. 끝.』

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2025. 05. 16. 선고 서울고등법원 2021누62180 판결 | 국세법령정보시스템