요지

해외자회사 미수이자 및 이행보증수수료 미수취가 부당행위계산과 정상가격에 의한 과세조정 적용대상이 되며 외부과제용역 참여한 연구요원의 인건비가 연구인력개발세액 공제 대상에 해당되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

 청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 9. 5. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세0원 부과처분 중 0원을 초과하는 부분(각 가산세 포함) 농어촌특별세 0원 부과처분 중 0원을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

 이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 종합하여 다시 살펴보더라도, ⁠“① 원고가 해외의 제1쟁점 자회사들(각 약칭은 제1심판결에서 정한 바에 따른다. 이하 같다)로부터 이 사건 자체조달금 대여에 따른 이자수익을 계상하지 않은 것을 구 국제조세조정법에서 정한 ⁠‘정상가격에 의한 과세조정 적용대상’에 해당한다고 본 다음, ⁠‘원가가산방법’을 적용하여 그 자금거래에 대한 정산가격을 산정한 피고의 처분은 적법하고, ②　 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 인건비전부를 구 조세특례제한법에서 정하고 있는 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 피고의 처분은 적법하며, ③ 원고가 해외 자회사들에 대한 이행보증을 하고도 그 보증수수료를 수취하지 않은 것을 구 국제조세조정법에서 정한 ⁠‘정상가격에 의한 과세조정 적용대상’ 또는 구 법인세법에서 정한 ⁠‘부당행위계산부인 대상’에 해당한다고 본다음, 위험접근법에 따라 그 보증수수료를 산정한 피고의 처분은 적법하고, ④ 원고가주장하는 사정이나 그 제출의 증거들만으로는, 이러한 판단을 뒤집고 이 사건 법인세산정방식 및 그 계산결과에 위법이 있다고 보기 어렵다.”는 취지의 제1심 사실인정과단은 정당하다.

따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 거듭 강조하는 주장에 대한 아래와 같은 당심 판단을 추가하는 것 이외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 대여 거래에서의 정상가격 판단 시 ⁠‘자금조달의 원천’을 고려할 수 있는지 여부

1) 원고의 주장 이 사건 자체조달금 대여와 관련하여, 대여 거래에서의 정상가격 판단 시 ⁠‘자금조달의 원천’은 그 고려요소가 되지 못하고, 대여 거래에 수반되는 위험요소로서 대여의 목적이 되는 사업의 특성 및 채무자의 신용도 등이 고려요소가 되어야 한다. 따라서 피고가 이에 관하여 ⁠‘자금조달의 원천’을 고려하여 정상가격에 의한 과세조정 적용대상에서 제외한 것은 위법하다.

2) 관련 법리

구 국제조세조정법 제4조 제1항에 의하면, 과세당국은 거래 당사자의 어느 한쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 이와 같은 ⁠‘정상가격에 의한 과세조정’ 제도는 현행 세법상 부당행위계산 부인제도의 일종이다. 따라서 위 규정에 따른 ⁠‘정상가격에 의한 과세조정’ 대상에 해당하는지에 대하여는 구 법인세법상의 부당행위계산 부인에서와 마찬가지로, 경제인의 입장에서 볼 때부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우인지에 따라 결정되어야 한다. 여기서 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

제1심에서의 인정사실 및 그 인용증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 ⁠‘대여의 목적이 되는 사업의 특성 및 채무자의 신용도 등’의 고려요소 이외에 ⁠‘자금조달의 원천’ 또한 구 국제조세조정법 제4조 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘정상가격’에 해당하는지에 관한 중요한 고려요소라고 보아야 한다. 원고가 주장하는 사정이나 그 제출의 증거들만으로는, ⁠‘자금조달의 원천’도 고려요소의 하나로 보아 산정한 피고의 이 부분 법인세 부과 및 그 계산에 어떠한 위법이 있다고 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 정부(한국석유공사)로부터 지원받은 이 사건 대출금 미화 0달러만으로는 이 사건 제1쟁점 자회사들에 대한 지원 자금이 부족하게 되자, 이를 보충하기 위해 2008년부터 2010년까지 자체적으로 외화사채를 발행하여 이 사건 자체조달금인 미화 0달러를 조달하였다.

② 당시 원고는 아무런 조건이나 대가가 없는 무상의 외화사채를 발행한 것이 아니라 일정한 이율에 따른 이자를 약정하고 자금을 조달한 것인데, 그 외화사채의 연도별 평균 차입이율은 2010년 0%, 2011년 0%, 2012년 0%, 2013년 0%,2014년 0%, 2015년 0%(전체 평균 이율은 약 0%)에 달한다.

③ 원고는 제1쟁점 자회사들에 대하여 탐사단계가 종료되는 시점까지 아무런 이자수익을 계상하지 않았음에도, 이 사건 자체조달금 마련을 위해 소요된 외화사채에 대하여는 1년 평균 약 미화 0달러의 이자를 확정적으로 지급해야만 한다.

④ 게다가 원고는 이 사건 자체조달금을 마련하여 제1쟁점 자회사들에게, 탐사, 개발, 생산단계로 진행되는 해외자원개발 사업에 필요한 자금을 대여한 것인데, 고위험·고소득의 사업 속성상 탐사 실패의 경우에는 원금조차 받지 못하는 위험이 따르게 된다.

⑤ 원고는 2012년부터 2014년까지 호주에서 해외자원개발 사업(LNG 개발‧생산)을 위해 설립한 자회사에 대하여는 개발단계에서 자금을 대여한 후, 수익이 발생하지 않는 동안에도 연 0의 이율의 이자를 수취한 적도 있다.

⑥ 이와 같은 거래 당시의 여러 사정을 종합 고려하여 보면, 이 사건 자체조달금을 대여하는 것 자체가 합리적인지, 나아가 그와 같은 대여에 어느 정도의 이자를 수취하는 것이 합리적인지에 관하여는, 그 ⁠‘대여의 목적이 되는 사업의 특성 및 채무자의 신용도 등’만이 아니라, 그 ⁠‘자금조달의 원천’이 가지는 금전채무로서의 특성 즉, 채무액, 변제기한이나 약정이자, 담보나 보증 여부, 기타 상환 조건, 기한이익의 상실, 지연손해금율 등을 종합적으로 고려하는 것이 사회통념이나 상관행에 비추어 합리적이라고 할 것이다.

⑦ 원고가 고액의 이자비용을 지급하며 융통한 이 사건 자체조달금을 고위험·고소득의 해외자원개발 사업을 수행하는 비특수관계자에게 대여하는 경우에도, 과연특수관계자와 동일하게 아무런 이자를 수취하지 않았을 것인지는 ⁠‘경제적 합리성’의 관점에서 볼 때 이를 수긍하기 어렵다.

⑧ 원고가 해외자원개발 사업법에 따른 정부의 자금융자 업무를 대행하는 한국석유공사로부터 지원받은 돈은, 이른바 ⁠‘성공불 융자금’으로서, 같은 법 제11조 제3항, 같은 법 시행령 제11조의3 제1항 제1호 등의 규정에서 정해진 바에 따라 그 대출원리금의 전부 또는 일부의 상환이 면제될 수 있다.

그러나 이와 전혀 다른 ⁠‘자금조달의 원천’을 가진 이 사건 자체조달금에 위 법령이 적용된다고 볼 아무런 근거를 찾을 수 없다. 이 사건 자체조달금을 해외자원개발 사업법에 따른 정부의 융자자금과 달리 취급한다고 하더라도, 이는 법령의 적용에 따른 당연한 결과일 뿐이지, 그것만으로 이 사건 자체조달금의 대여에 관한 ⁠‘경제성’이나 ⁠‘합리성’ 판단에 영향을 미치는 것도 아니고, 위 법령의 내용과 다른 해석을 한다고 하여 원고에 대해서만 차별적 취급을 하는 것이라고 할 수 없다.

나. 대여 거래에서 ⁠‘프로젝트 파이낸싱 거래’나 ⁠‘한국석유공사의 해외자원개발사업자금 대여 거래’를 비교대상거래로 하여 정상가격을 산출하여야 하는지 여부

1) 원고의 주장 이 사건 자체조달금 대여 거래와 관련하여, 정상가격 판단 시 ⁠‘프로젝트 파이낸싱 거래’나 ⁠‘한국석유공사의 해외자원개발 사업자금 대여 거래’를 비교대상거래로 하여 정상가격을 산출하는 것이 가장 합리적이고, 이에 의하면 정상이자율은 ⁠‘0’이다. 따라서 피고가 이와 달리 일반적인 사채차입이자율을 적용하여 정상가격을 산출한 것은 구 국제조세조정법 제5조 제1항에서 정하고 있는 정상가격의 산출방법 원칙에 위배되므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 관계 규정

구 국제조세조정법 제4조 제1항에 규정된 ⁠‘정상가격’이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다(같은 법 제2조 제1항 제10호). 그리고 구 국제조세조정법 제5조 제1항에서는, ⁠“정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여, 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호), 대통령령으로 정하는 그 밖의 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 하되, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용하도록 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제4조 제3항에서는 위 제6호의 방법이란 ⁠‘법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적 이라고 인정되는 방법(제6조의2 제3항의 방법을 포함한다)을 말한다’라고 규정하고 있다.

3) 구체적 판단

위 인정사실 및 인용증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 자체조달금에 대하여 ⁠‘원가가산방법’에 따라 정상가격을 산정하는 것이, 구 국제조세조정법 제5조 제1항에서 정한 가장 합리적인 방법으로 계산한 정상가격 산출방법이라고 봄이 타당하다. 원고가 주장하는 사정이나 그 제출의 증거들만으로는, 이러한 판단과는 달리 원고가 제시하는 ⁠‘프로젝트 파이낸싱 거래’나 ⁠‘한국석유공사의 해외자원개발 사업자금 대여 거래’를 비교대상거래로 하여 정상가격을 산출하는 것이 가장 합리적이라거나, 피고의 ⁠‘원가가산방법’에 따른 정상가격산출에 위법이 있다는 점을 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유없다.

① 이 사건 자체조달금 대여 거래의 특수성, 거래 규모, 거래 내용, 거래 당시의 특별한 사정 등을 감안하여 볼 때, 이에 대하여는 다음과 같은 이유로 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제3호에서 정하고 있는 원가가산방법에 따라 정상가격을 산정하는 것이 타당하다.

㉮ 이 사건 자체조달금 대여 거래는, 탐사, 개발, 생산단계로 진행되는 해외자원개발 사업에 필요한 자금을 외화사채를 발행하는 방법으로 외부에서 유상으로 조달하여 제1쟁점 자회사들에게 대여한 것이다. 원고는 제1쟁점 자회사들에 자체조달금을 대여하고 이자를 거치기간까지 받지 않으면서도 탐사사업의 성공 시에만 자금조달원가보다 적은 이자를 받는 것으로 약정하였다.

㉯ 이와 가장 유사한 통상적인 사례로는, 원고가 이 사건 자체조달금 대여 거래와는 별도로 정부(한국석유공사)로부터 지원받은 이 사건 대출금 미화 9,557만 6,908달러를 이 사건 제1쟁점 자회사들에 ⁠‘성공불융자금’으로 지원한 사례를 선정할 수 있다. 따라서 이를 기초로 하여 구 국제조세조정법 제5조 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘원가가산방법(제3호)’에 따라 정상가격을 산정할 수 있다.

㉰ 원고가 정부로부터 지원받은 이 사건 대출금에는 ⁠‘에너지 및 자원산업 특별회계이자율’에 따른 이자지급이 약정되어 있다. 위와 같은 ⁠‘에너지 및 자원산업 특별회계이자율’에 따른 이자는 원고가 이 사건 대출금 지원받는 데 소요된 원가에 포함된다고 할 수 있다. 따라서 이와 유사한 거래인 이 사건 자체조달금의 원가에도 ⁠‘에너지 및 자원산업 특별회계이자율’에 따른 이자가 원가로 가산될 수 있다.

㉱ 원가가산방법에 따라 정상가격을 산정하려면 그에 대한 이윤을 가산하여야 한다. 그런데 피고는 이 사건 자체조달금의 정상가격을 산정하면서 ⁠‘에너지 및 자원산업 특별회계이자율’에 0%를 가산하여 계산함으로써, 0%의 가산이율 부분만큼을 이윤으로 산정하였다. 피고가 적용한 위 약정이율이, 이 사건 자체조달금에 대한 차입이자율(연도별 차입이율의 전체 평균은 약 0%이다)보다도 낮은 가격이라는 점을 감안하면, 이는 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제3호에서 정하고 있는 합리적인 이윤이 가산된 정상가격 범위 내에 있다고 할 것이다.

㉲ 원고는 이 사건 대출금 약정 당시 정부와 사이에 탐사사업이 상업적 생산에 이르지 못하고 종료된 경우에는 대출원리금의 상환을 전부 또는 일부 면제할 수 있도록 하는 특약을 하였다. 그러나 이는 원고가 추진하는 해외자원개발 사업의 특수성이 반영된 ⁠‘해외자원개발 사업법’이라는 특별법에 기초한 것일 뿐이므로, 그와 같은 법률의 규정에 따른 이자면제 약정이 정상원가에 영향을 미치는 것으로 볼 수는 없다.

㉳ 이에 대하여 원고는, 원가가산방법이 재화의 제조 판매나 용역을 제공하는 경우에 적용될 뿐, 이 사건과 같은 자금 대여의 경우에는 적용될 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제3호의 문언 내용, 다른 각호에서 정한 산정방법과의 관계에 비추어 볼 때 위 조항은 ⁠‘자금거래’의 경우에도 적용된다고 봄이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

② 원고는, ⁠‘프로젝트 파이낸싱 거래’나 ⁠‘한국석유공사의 해외자원개발 사업자금대여 거래’를 비교대상거래로 하여 비교가능 제3자 가격방법에 따라 정상가격을 산출하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 위 인정사실과 인용증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건에서 원고가 주장하는 대상 사례를 기초로 하거나, 정상이자율을 ⁠‘0’으로 하는 ⁠‘비교가능 제3자 가격방법’에 따라 정상가격을 산출할 수는 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

㉮ 원고와 정부 사이의 이 사건 대출금 대여 거래는, 해외자원개발 사업이라는 특수성이 반영되어 ⁠‘해외자원개발 사업법’과 그 융자기준(산업자원부 고시)에 따라 탐사사업이 상업적 생산에 이르지 못하고 종료된 경우 대출원리금의 전부 또는 일부의 상환이 면제되는 특수한 거래이다. 이와 같은 거래는 특별법에 따른 대출원리금의 전부 또는 일부 면제가 적용되지 않는 일반 거래와는 거래 상황과 그 이자 면제 약정에 관한 합리성이 같다고 볼 수 없다. 이러한 점을 감안하면, 위 거래와 이 사건 자체조달금 대여 거래가 통상적인 거래로서 그 정상가격을 비교할 수 있는 경우라고 보기 어렵다.

㉯ 설령 ⁠‘비교가능 제3자 가격방법’에 의하여 정상가격을 산정할 수 있다고 하더라도, 원고가 주장하는 이자면제(또는 이자 미발생) 내용은 특별법에 기초한 것일 뿐이지, 이자율을 ⁠‘0’으로 하여 계산한 가격이 경제적인 합리성을 갖춘 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 정상가격이라고 볼 수는 없다.

㉰ 원고는 해외자원개발 사업(LNG 개발‧생산)을 목적으로 호주에 설립한 자회사0에 개발단계에서 자금을 대여한 다음, 해당 사업에 따른 수익이 발생하지 않는 기간에 대하여도 ⁠‘비교가능 제3자 가격법’에 따라 연 0%의 이율에 따른 이자를 수취한 사실이 있을 뿐이다. 이 부분 이자율은 이 사건에서 피고가 원가가산방법을 적용하여 산정한 이자율보다 훨씬 높다.

㉱ 결국 이 사건 대출금 대여 거래를 기초로 합리적인 범위 내에서 정상가격을 산정하게 되면, 앞서 본 ⁠‘원가가산방법’에 의하는 경우와 비슷한 결과를 가져올 수 밖에 없다.

㉲ 한편 이 사건 자체조달금 대여 거래는, 해외자원개발 사업에 필요한 자금을 대여한 것으로서, 그 사업의 성격, 신용도, 자금원천의 출처, 대여 조건, 담보 제공여부 등의 제반 사정을 감안하여 볼 때, 일반적인 ⁠‘프로젝트 파이낸싱 거래’와는 그 속성이 유사하다고 볼 수 없다.

㉳ 특히 이 사건 자체조달금 대여 거래는 탐사에 성공하는 경우에 그 대여원리금을 지급하도록 정하는 ⁠‘고위험’의 거래에 해당함에도, 원고는 담보권 설정 등 최소한의 채권보전조치도 전혀 취하지 않았다. 이러한 조건까지도 유사한 대여 거래 상황에서, 비특수관계자 간의 ⁠‘프로젝트 파이낸싱’ 거래가격이 있다는 자료를 찾을 수 없다.

③ 이 사건 자체조달금 대여 거래의 특수성, 거래 규모, 거래 내용, 거래 당시의 특별한 사정 등을 감안하여 볼 때, 이 사건과 유사한 재판매가격, 공동실현 거래순이익, 통상의 거래순이익률을 산출하기 곤란하고, 그와 같은 산정지표가 적용될 수 있는 통상적인 거래 자료를 찾을 수 없다. 따라서 구 국제조세조정법 제5조 제1항에서 이와 같은 산정지표에 기초하여 정하고 있는 재판매가격방법(제2호), 이익분할방법(제4호),거래순이익률방법(제5호)에 따라 그 정상가격을 산정할 수 없다.

④ 설령 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제3호에 의한 정상가격 산출방법을 방법을 적용할 수 없다고 하더라도, 앞서 본 여러 사정을 종합하면, 피고가 산정한 정상가격은, 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제6호, 같은 법 시행령 제4조 제4항에서 정하고 있는 ⁠“거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법”에 해당한다고 볼 수도 있다.

다. 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 인건비를 일부라도 세액공제하여야 하는지 여부

1) 원고의 주장 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 인건비 전액에 대한 세액공제가 인정되지 않는다고 하더라도, 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원의 총 근무시간 중 용역에 참여한 시간을 제외한 부분에 해당하는 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상이 된다. 따라서 피고가 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 인건비가 구체적으로 얼마인지 구분하지 않고, 그 전액을 세액공제하지 않은 것은 위법하다.

2) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 따라서 법인세의 감면의 요건에 관한 증명책임은 그 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이며(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 1968. 10. 8. 선고 68누161 판결 등 참조), 이는 조세특례제한법에 따라 법인세에서 세액공제할 것인지를 판단하는 경우에도 같다.

3) 구체적 판단먼저 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원이, 그 과제용역 이외에 이 건 연구원의 연구업무를 일부 수행한 바가 있는지에 관하여 보건대, 원고가 주장하는 사정이나, 갑제29호증의 1 내지 9의 각 기재를 비롯하여 원고가 내세우는 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하다.

오히려 위 증거들에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원들은, 그 프로젝트에 참여한 기간 동안 해당 과제용역을 주로 수행한 것으로 보일 뿐이지, 이와 별개로 이 사건 연구소의 연구·개발업무를 수행한 것으로 보기는 어렵다.

① 이 사건 과제용역에 관한 협약서 및 연구계획서에는, 그 연구과제, 연구 목적, 연구기간과 수행방법, 연구책임자, 수행기관은 물론, 이를 수행하기 위한 구체적인 과업수행조직 구성원의 각 기능 및 책임이 정의되어 있고, 그에 상응하는 용역대가와 예산이 책정되어 있다.

② 이 사건 과제용역에는 ⁠“본 용역을 계획된 기간 내에 성공적으로 수행하기위하여 ⁠‘착수 초기부터 종료 시까지’ PROJECT 조직을 ⁠‘투입예정 조직편성도’와 같이 구성하여 운영한다.”라고 협약되어 있고1), 각 공정별 투입인력의 등급, 수, 투입 기간, 수행과제 등이 명시되어 있다.

③ 원고는 이 사건 과제용역을 그 연구계획서에 따라 완료한 다음, 발주기관으로부터 각 용역대가를 지급받았다.

④ 이와 같은 과제용역 내용 및 수행과정에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 과제용역에 투입하기로 한 연구요원들은 그 계획에 따라 그 프로젝트 기간 동안 해당 과제용역 업무에 투입되었던 것으로 보이고, 같은 기간 동안 이 사건 연구원의 타업무를 수행한 것으로 보이지는 않는다.

설령 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원이, 그 과제용역 수행 기간 동안에 이 사건 연구원의 다른 연구·개발업무를 일부 수행한 적이 있다고 하더라도, 앞서 본 사실및 사정에 비추어 보면, 위 연구요원들은 이 사건 연구소의 연구·개발업무에 전념하지않고 이와 직접적인 관련이 없는 이 사건 과제용역 업무를 병행하여 수행한 것에 해당할 뿐이므로, 그 연구‧인력개발업무를 전담한 것으로 평가할 수도 없다.

따라서 피고가 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 인건비 전액을 세액공제하지 않은 것은 적법하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구고등법원 2022. 07. 22. 선고 대구고등법원 2021누5308 판결 | 국세법령정보시스템