요지

원고들은 토지 취득 직후 단시일 내에 이 사건 각 건물을 철거하지는 아니한 점 등으로 보아 원고들이 당초부터 이 사건 각 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 이 사건 각 건물을 매수한 것이 명백하다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고 서대문세무서장이 2020. 8. 1. 원고 김○○에게 한 2019년 귀속 양도소득세122,387,440원의 부과처분, 피고 서인천세무서장이 2020. 8. 1. 원고 구○○에게 한 2019년 귀속 양도소득세 129,645,450원의 부과처분, 피고 부천세무서장이 2020. 8. 5. 원고 윤○○에게 한 2019년 귀속 양도소득세 129,645,450원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2003. 6. 16. ○○구 ○○동 1244-18 대 448.6㎡ 및 지상 1층 건물 154.92㎡(이하, 부동산은 지번으로만 표시하기로 하되, 건물만을 특정할 때에는 ⁠‘이사건 제1건물’이라 한다)와 같은 동 1244-20 대 163.5㎡ 및 지상 1층 건물 100.75㎡를,2007. 4. 13. 같은 동 1244-19 대 244.5㎡ 및 지상 건물 666.9㎡(이하 건물만을 특정 할 때에는 ⁠‘이 사건 제2건물’이라 하고, 이 사건 제1건물과 함께 ⁠‘이 사건 각 건물’이라 한다)를 각 3분의 1지분씩 공동으로 취득한 뒤, 1244-20 건물은 2005. 8. 24., 이 사건 각 건물은 2013. 5. 10. 각 철거하고, 2016. 9. 2. 위 토지들 위에 건물을 신축한 다음 2019. 8. 30. 위 토지들과 신축 건물을 102억 5,000만 원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

나. 원고들은 별지1 신고내역 기재와 같이 2019. 10. 30. 피고들에게 2019년 귀속 양도소득세 359,530,937원씩을 각 신고· 납부하였다.

다. 피고들은 원고들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 1244-18 토지 및 이 사건제1건물의 실제거래금액이 원고들이 신고한 16억 2,000만 원이 아닌 9억 5,200만원으로 확인하고 이를 경정하고, 이 사건 각 건물은 이 사건 양도자산에 포함되지 아니하고 철거되었으므로 그 취득가액을 양도가액에서 공제할 필요경비로 볼 수 없다고 판단한 다음(다만, 먼저 철거된 1244-20 건물의 취득가액은 필요경비로 인정하였다), 관련규정에 따라 별지2 취득가액산정내역 기재와 같이 1244-18 토지 및 이 사건 제1건물, 1244-19 토지 및 이 사건 제2건물을 기준시가에 따라 안분계산하여 필요경비에서 이사건 각 건물의 취득가액을 제외하고, 신축건물의 공사비용 중 미반영된 240,398,636원을 필요경비에 포함하여 별지3 경정내역과 같이 원고들이 납부할 세액을 다시 산정하여, 피고 서대문세무서장은 2020. 8. 1. 원고 김○○에게 2019년 귀속 양도소득세122,387,440원(가산세 포함), 피고 서인천세무서장은 2020. 8. 1. 피고 구○○에게 2019년 귀속 양도소득세 129,645,450원(가산세 포함), 피고 부천세무서장은 2020. 8. 5. 원고 윤○○에게 2019년 귀속 양도소득세 129,645,450원(가산세 포함)을 각 결정․고지하였다(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 이에 원고들이 불복하여 2020. 8. 21. 피고들을 상대로 조세심판원에 행정심판을제기하였으나 2020. 11. 26. 그 심판청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제10호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호가 있는 경우, 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

  이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

 1) 원고들은 2003. 6. 30. 위 1244-18, 1244-20의 부동산을 취득할 당시 구 건물을 철거하고 그 토지를 이용하여 상가를 신축하여 분양 또는 임대할 목적이었다. 실제 원고들은 매매계약 직전인 2003. 6. 12. 매도인 명의로 건축허가를 받아 2003. 8. 12.원고들 앞으로 건축관계자 변경신고를 완료하였고, 그 무렵 이 사건 제1건물 및 1244-20건물의 임차인들을 모두 퇴거시키고 철거 목적으로 건물을 폐쇄시키고 1244-20 건물을 2005. 8. 24. 철거하였다. 원고들은 2007. 4. 13. 인접한 1244-19 부동산을 취득한후 2007. 7. 27. 위 건축허가에 1244-19 토지를 포함하는 것으로 건축계획을 변경하였다. 그러나 이 사건 제2건물 임차인들이 2010. 3.경 최종 퇴거하고, 금융위기 여파로 공사가 지연되어 2013. 5. 10.에서야 이 사건 각 건물이 철거되었고, 이후 공사업체의 부도 등으로 공사가 중단되어 결국 2016. 9. 2. 신축건물이 완공되었다. 그러나 이 사건 각 건물은 오직 철거를 목적으로 토지와 함께 매입하였기 때문에 그 취득가액은 모두 토지의 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 자본적 지출액에 해당하므로 이 사건 양도차익 산정에 있어 필요경비로 공제되어야 한다.

2) 설령 이 사건 각 건물의 취득가액이 필요경비로 공제되지 않더라도, 1244-18 부동산 및 1244-19 부동산 취득 당시 매매가액이 토지와 건물을 구분하지 아니하고 일괄적으로 결정되었는바, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 토지의 취득가액을 산정함에 위법이 있다.

3) 설령 이 사건 각 건물의 취득가액이 필요경비로 공제되지 않더라도, 이 사건 처분 중 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 인정사실

1) 원고들은 2003. 6. 16. 이○○ 외 2명으로부터 1244-18 토지 및 이 사건 제1건물을 9억 5,200만 원에, 이○○으로부터 1244-20 부동산을 3억 원에 취득하면서 각 대지와 건물의 가격을 따로 산정하지 않았고, 이 사건 제1건물의 임대차계약을 승계하였다. 이 사건 제1건물의 임차인 2명 중 1명은 2003. 6.경 퇴거하고, 나머지 1명은 2003.11. 7. 원고들로부터 임대차보증금을 받고 퇴거하였다.

2) 당시 원고들은 매도인들과 사이에 특약사항으로 ⁠‘매도인 명의로 건축허가를 신청하고, 잔금일 이후 매수인 명의로 변경한다.’는 조항을 두었고, 그에 따라 2003. 6. 12. 이○○ 외 3명의 명의로 1244-18, 1244-20 대지에 ⁠‘지하 2층, 지상 6층, 연면적2,548.43㎡’의 제1종근린생활시설 신축허가를 받아 2003. 8. 12. 원고들 앞으로 건축관계자 변경신고를 완료하였다. 이후 1244-20 건물이 2005. 8. 24. 철거되었다.

3) 원고들 소유의 1244-18, 1244-201) 토지는, 코너에 위치한 1244-19 토지를 둘러싼 ⁠“┓” 형태였는데, 원고들은 2007. 4. 13. 이○○으로부터 1244-19 토지 및 이 사건제2건물을 13억 5,500만 원에 취득한 후 2007. 7. 27. 기존 건축허가에 위 1244-19 토지를 추가하여 대지를 ⁠“□” 형태로 만들어 ⁠‘지하 1층, 지상 6층, 연면적 2,893.87㎡’로 건축허가 변경허가를 받았다.

4) 1244-19 부동산 매매계약 당시 ⁠‘본 계약은 포괄양수도 계약이고, 현 상태에서의 계약이다’라는 특약사항을 두었고, 이에 부동산임대업을 영위하였던 매도인으로부터 원고들이 부동산 임대업과 그와 관련한 토지 및 건물 등을 전부 승계함에 따라 원고들은 2007. 3. 30. ⁠‘○○프라자’라는 상호로 1244-18, 1244-19에 부동산임대업 사업자등록을 하였고 기존 임대차계약을 승계하여 임대업을 영위하였는데, 2008년부터 2009년까지 임대수입 신고 및 부가가치세 납부는 아래 표와 같다.

5) 이 사건 제2건물 취득 당시 5개 점포에 임차인들이 입주하고 있다가 2007. 7.20.부터 2010. 3. 31.까지 각 퇴거하였고, 이○○와 그 세대원 3인이 원고들의 허락 아래 2009. 4. 9.부터 2010. 8. 16.까지 이 사건 제2건물 중 4층에 전입하여 거주하였다.

6) 이 사건 각 건물은 2013. 5. 10. 철거되었고, 2016. 9. 2. 상가건물이 신축되었다.

7) 한편, 아래 표 기재와 같이 이 사건 제1건물은 원고들이 소유권을 취득한 2003.5. 12.부터 멸실 될 때까지 대출시 공동담보로 제공되었고, 이 사건 제2건물 역시 공동담보로 제공되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 25호증, 을 제1 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 이 사건 각 건물 취득가액이 토지를 위한 자본적 지출액에 해당하여 필요경비로 공제되어야 하는지 여부

1) 관계 법령

별지4 관계 법령 기재와 같다.

2) 관계 법리

소득세법 제97조 제1항에 의하면, 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로 토지와는 별개인 건물의 취득가액 등은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다. 다만 예외적으로, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다(대법원1990.1. 25. 선고 89누53 판결 참조). 뿐만 아니라 기존건물을 철거하여 나대지 상태로 양도하지 아니하고 그 지상에 새 건물을 건축하여 양도하는 경우에도 위와 같은 요건을 갖춘 때에는 기존건물의 취득가액이나 철거비용 등은 양도소득의 필요경비로서 공제하는 것이 옳을 것이다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조).

3) 앞서 인정한 사실 및 앞서 거시한 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 각 사정, 즉 이 사건 각 건물은 2013. 5. 10.에서야 비로소 철거되었는데, 이는 원고들이 이 사건 제1건물을 취득한 때로부터 9년 9개월, 이 사건 제2건물을 취득한 때로부터 6년 1개월이 각 지난 시점으로서 원고들은 1244-18, 1244-19 토지 취득 직후 단시일 내에 이 사건 각 건물을 철거하지는 아니한 점, 원고들은 이 사건 제1건물의 임대차계약을 승계하였고 이 사건 제1건물 취득 이후 2003. 11. 7.경까지 임차인이 이를 사용하였던 점, 원고들은 1244-20 건물을 철거할 무렵인 2005년경에는 이 사건 제1건물을 철거할 수 있었음에도 철거하지 아니한 채 수차례 대출 과정에서 이를 공동담보로 제공하여왔던 점, 원고들은 2007. 4. 13. 1244-19 부동산에 관하여 기존 임대차계약을 승계하는 조건으로 이를 취득하였고, 2007. 3. 30. 부동산임대업 사업자등록을 마치고 3년 가까이 이 사건 제2건물을 임대하여왔으며, 그 임대수입에 대하여 2008,2009년도 부가가치세를 납부한 점, 원고들은 이○○ 및 그 가족들로 하여금 이 사건 제2건물에 거주하게 한 점, 임대수입이 낮거나 담보가치가 낮다고 하더라도 그 효용가치가 없다고 단정할 수는 없는 점 등에 비추어보면, 원고들이 당초부터 이 사건 각 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 이 사건 각 건물을 매수한 것이 명백하다고 볼 수 없다.

라. 이 사건 각 건물 취득가액 산정에 잘못이 있는지 여부

구 소득세법 제100조 제1항 내지 제4항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조는 양도차익을 계산함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 정하고 있다.

앞서 거시한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고들은 2003. 6. 16. 1244-18 및 이 사건 제1건물을 9억 5,200만 원에 취득하면서 대지와 건물의 가격을 따로 산정하지 않았고, 2007. 4. 13. 1244-19 및 이 사건 제2건물을 13억 5,500만 원에 취득하면서 대지와 건물, 주택의 가격을 따로 산정하지 아니한 사실이 인정되는바, 이는 취득당시 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하므로, 피고가 위 관련 규정에 따라 별지2 취득가액산정내역 기재와 같이 토지와 건물 등을 기준시가에 따라 안분계산한 것은 적법하므로, 이를 다투는 원고들의 주장은 이유 없다.

마. 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결 등 참조).

2) 앞서 인정한 바와 같이 원고들이 이 사건 양도에 있어 이 사건 각 건물의 취득가액이 필요비용으로 공제될 것이라고 판단한 것은 자기 나름의 해석에 의한 착오에 불과하다고 보이므로, 원고들에게 철거된 이 사건 각 건물의 취득가액을 필요경비에서 제외하고 이 사건 양도에 관한 소득세를 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지4

관계 법령

▣ 구 소득세법 (2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

▣ 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제 30395호로 개정되기 전의 것)

제67조(즉시상각의 의제)

① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제163조(양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의 2. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의 2. ⁠「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의 3. ⁠「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

▣ 소득세법 시행규칙

제79조(양도자산의 필요경비 계산등)

① 영 제163조제3항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. ⁠「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 끝.

출처 : 서울행정법원 2022. 01. 14. 선고 서울행정법원 2021구단54609 판결 | 국세법령정보시스템