요지

이 사건 매매계약체결 당시 이 사건 건물의 재산적 가치가 인정되고, 이 사건 건물의 철거는 이 사건 건물 공급 이후의 사정으로 봄이 타당하므로 매매당시 이 사건 건물의 가치가 없다고 할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 3. 27. 원고에 대하여 한 2019년 제2기분 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 4. 23. ccc과 사이에 별지 목록 기재 각 부동산을 매매대금 51억 원에 매도하는 매매계약(이하 '선행 매매계약'이라 한다)을 체결하였고, 다시 2019 1. 8. 별지 목록 제1 내지 6항 기재 각 부동산(별지 목록 제7항 기재 부동산이 도시계획시설사업에 편입됨에 따라 이를 제외함, 이하 '이 사건 각 부동산'이라 하고 그중 별지 목록 제6항 기재 건물을 '이 사건 건물'이라 한다)을 매매대금 5,094,267,100원에 매도하는 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였는데, 위 매매계약의 주요 내용은 다음과 같다.

※ 매매대금 및 지급일자

매매대금: x,xxx,xxx,xxx원

계약금: xxx,xxx,xxx원(지급일자 2019. 1. 10.)

중도금: 없음

잔금: x,xxx,xxx,xxx원(지급일자 2019. 3. 5.), 근저당권설정 채권최고액 xxx,xxx,xxx원은 잔금에서 이를 공제 후 지급한다.

나. 원고는 이 사건 건물을 사업장소재지로 하여 부동산 임대사업자로 등록한 후 부동산임대업을 영위하고 있었고, 2019. 3. 8. ccc에게 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐준 후에도 2019년 하반기까지 이 사건 건물에서 임대업을 행하다가 2019. 12. 31. 폐업신고를 하였다.

다. 원고는 2020. 1. 23. 이 사건 건물의 양도가액을 이 사건 각 부동산의 매매대금에서 기준시가 비율에 따라 안분한 x,xxx,xxx,xxx원으로 산정하고, 이를 2019년 제2기분 부가가치세 과세표준금액에 포함시켜 2019년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하였다.

라. 원고는 2020. 2. 5. 피고에게 '이 사건 건물은 철거예정이어서 실질적인 가치가 없으므로, 이 사건 매매계약에 있어 이 사건 건물의 양도가액을 과세표준금액에서 제외하고 그에 관한 부가가치세는 환급되어야 한다'고 주장하며, 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 3. 27. 이를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2020. 6. 24. 이의신청을 거쳐 2020. 12. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 21. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고와 ccc은 이 사건 각 부동산을 일괄매매할 때 이 사건 건물을 철거할 것을 예정하여 이 사건 건물의 매매가격을 0원으로 합의하였을 뿐만 아니라 이 사건 건물은 매도된 이후 실제로 철거되었으므로, 이 사건 건물의 실지거래가액은 0원이다. 또한, 이 사건 매매계약의 기초가 되었던 선행 매매계약 체결일은 2018. 4. 23.이므로, 이 사건 건물의 공급에 관하여는 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제 18577호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 후 구 부가가치세법'이라 한다) 제29조 제9항이 아닌 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 구 부가가치세법'이라 한다) 제29조 제9항이 적용되어야 하고, 이 사건 건물의 실지거래가액은 0원인 이상 개정 전 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에서 정한 '실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우'에도 해당하지 않으므로, 이 사건 건물의 양도가액은 2019년 제2기분 부가가치세의 과세표준금액에서 제외되어야 한다. 따라서 이 사건 거부처분은 위법하다.

2) 설령, 개정 후 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 규정이 적용된다고 하더라도, 그에 따라 적용되는 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32358호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제64조 제1호 단서에 따라, 이 사건 건물에 관하여 2021. 10. 1. 작성된 감정평가서(갑 제11호증)의 가액 xxx,xxx,xxx원(소유권이전등기일 무렵인 2019. 3. 7. 기준)과 이 사건 각 부동산 중 위 건물을 제외한 나머지 토지 부분에 관하여 2019. 1. 28. 작성된 감정평가서(갑 제13호증)의 가액들에 비례하여 안분계산한 xxx,xxx,xxx원을 이 사건 건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 산정해야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다

다. 구체적 판단

1) 이 사건 건물 양도에 대해 적용되는 법률의 확정

가) 구 부가가치세법 부칙(2018. 12. 31.) 제2조, 제1조에서 '이 법은 시행일인 2019. 1. 1. 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다'고 정하고 있으므로, 2019. 1 1. 이후 재화를 공급하는 분에 대해서는 개정 후 구 부가가치세법이 적용된다.

나) 그런데, 앞서 본 인정사실에다가 갑 제1, 3, 4호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 ① 선행 매매계약은 별지 목록 제7항 기재 부동산이 포함된 것으로서 이 사건 매매계약과 그 매매 목적물이 다르고 매매대금도 다른 점, ② 이 사건 매매계약은 2019. 1. 8. 체결되었고, 그에 기해 2019. 3. 8. 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기도 마쳐진 점, ③ 부가가치세법 제15조에 의하면 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 재화가 이용가능하게 되는 때가 재화의 공급시기인데, 원고는 이 사건 건물에서 임대업을 계속하여 영위하다가 2019년 하반기경 ccc에게 이 사건 건물을 인도한 것으로 보이는 점[한편, 갑 제1호증의 경정청구 처리결과통지에는 과세기간이 2019년 제2기 ⁠(2019. 7.)로 기재되어 있다] 등을 종합하면, 원고가 ccc에게 이 사건 건물을 양도한 것은 구 부가가치세법 부칙(2018 12 31.) 제2조, 제1조에서 정한 '2019. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분'에 해당하므로, 이 사건 건물의 양도에 관하여는 개정 후 구 부가가치세법 제29조 제9항을 적용함이 타당하다.

2) 개정 후 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 각 호 적용 여부

가) 2018. 12. 31 법률 제16101호로 개정된 개정 후 구 부가가치세법 제29조 제9항은 '사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, ① 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, ② 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다'고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것) 제64조 제1호는 '토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 법 제 29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액으로 한다'고 정하고 있다.

나) 앞서 본 인정사실에다가 갑 제2 내지 9, 12, 14호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 매매계약에 의한 이 사건 건물의 양도는 개정 후 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제1호의 '실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우'에 해당하므로, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 따라 기준시가에 따라 안분계산한 금액을 기준으로 이 사건 건물의 공급가액을 정함을 전제로 한 이 사건 거부처분은 적법하다(설령, 원고의 주장에 따라 이 사건 건물의 가액을 0원으로 보더라도 동조 제9항 단서 제2호의 '사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우'에 해당하게 되므로 마찬가지이다).

① 선행 매매계약이나 이 사건 매매계약에 관한 매매계약서에는 매매대금이 이 사건 각 부동산 별로 구분되어 있지 않은바, 당사자들 사이에 이 사건 건물의 가액을 0원으로 한다는 명확한 의사의 합치가 있었다고 단정하기 어렵다. 오히려 원고는 이 사건 매매계약에 관한 부동산거래계약신고를 할 때 이 사건 건물의 가액을 xx억 x,xxx만 원으로 신고한 바 있다.

② ccc은 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 후인 2019. 5. 20. 이 사건 건물을 포함한 이 사건 각 부동산을 공동담보로 한 근저당권설정등기를 마쳤다.

③ 원고는 2019. 5. 24. 이 사건 각 부동산에 관한 양도소득세 신고를 하면서 이 사건 건물을 포함한 이 사건 각 부동산의 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가 비율로 안분하여 산정한 약 xx억 x,xxx만 원을 이 사건 건물의 양도가액으로 신고하였다.

④ 이 사건 건물은 2008년경 신축되었는데, 당시 원고는 이 사건 건물의 취득가액을 총공사비 xxx,xxx,xxx원으로 신고하였다. 또한 원고는 이 사건 건물을 ccc에게 최종적으로 인도할 때까지 이 사건 건물에 관한 임대업을 계속하여 영위하고 그에 관한 소득신고를 하였으며(2019년 제1기 약 xx,xxx,xxx원, 2019년 제2기 약 x,xxx,xxx원), 외관상으로도 이 사건 건물 상태가 사용수익에 지장이 있어 보이지 않는다. 이에 의하면 원고가 ccc에게 이 사건 건물을 매도하고 인도할 무렵인 2019년 하반기경 당시 이 사건 건물의 재산적 가치가 없었다고 보기는 어렵다(나아가 이후 ccc이 사실상 이 사건 건물을 사용수익하지 않았다는 사정만으로 이 사건 건물의 경제적 가치가 없다고 단정할 수도 없다).

⑤ 원고는, 매수인인 ccc이 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 각 부동산 중 나머지 부분을 부지로 하여 주택건설사업을 추진할 목적으로 이 사건 각 부동산을 매수한 것이었기에 이 사건 매매계약에 있어 이 사건 건물은 철거가 예정된 것으로서 그 가액이 당사자들의 고려대상이 아니었다고 주장한다.

그러나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 매매계약의 체결 및 그 이행 당시 이 사건 건물의 재산적 가치가 인정되고, ccc은 2021. 7.경 주택건설사업계획승인을 얻은 후 이 사건 건물이 공급된 때로부터 약 1년이 지난 2021. 11. 12.에서야 건축물해체허가를 받아 이 사건 건물을 철거하기 시작하였는바, 이 사건 건물의 철거는 이 사건 건물 공급 이후의 사정으로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 그대로 받아들 일 수 없다.

3) 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 단서 적용 여부

가) 구 부가가치세법 시행령 제64조에서는 '법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다'고 규정하면서 제1호에서 '건물등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액 다만, 감정평가가액(그 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 것)이 있는 경우에 한하여 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다'고 규정하고 있다.

나) 이 사건 건물에 관한 과세기간은 2019년 제2기인 사실은 앞서 본 것과 같고, 이에 의하면 이 사건 각 부동산에 관하여 그 직전 과세기간(2019년 제1기) 개시일 인 2019. 1. 1.부터 해당 과세기간 종료일인 2019. 12. 31.까지 이 사건 각 부동산에 관하여 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 모두 존재하는 경우에 한하여 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 단서에 따라 감정평가가액에 비례하여 안분 계산한 금 액을 공급가액으로 보게 된다. 그런데, 갑 제11호증의 기재에 의하면, 원고가 주장하는 이 사건 건물에 관한 감정평가가액은 2021. 10. 1.에야 소유권이전등기일 무렵인 2019 3. 7.을 기준으로 소급하여 작성된 사실을 인정할 수 있을 뿐, 달리 이 사건 건물에 관하여 그 직전 과세기간 개시일인 2019. 1. 1.부터 해당 과세기간 종료일인 2019. 12. 31.까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 존재한다고 인정할 만한 증거가 없으므로, 앞서 본 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 단서 규정은 적용될 수 없다[한편, 부가가치세법 시행령 부칙(2022. 2. 15.) 제2조, 제1조에 의하면 '토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우'에 관한 현행 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제23호는 2022. 2. 15. 이후에 재화를 공급하는 경우부터 적용되므로, 2019년에 재화가 공급된 이 사건에는 적용되지 않는다]. 따라서 이를 전제로 한 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2022. 05. 27. 선고 부산지방법원 2021구합24248 판결 | 국세법령정보시스템