요지

이 사건 대여이자 중 일부를 비과세사업의 대가로 분리하거나 특정할 만 한 방법이 있다고 보이지 않고 다른 안분계산방법을 적용하는 것도 그 성격상 불가능해보이므로 이 사건 대여이자를 매입세액에서 모두 공제하여야하고 자문수수료는 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분계산의 방법으로 매입세액 공제하는 것이다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에게 한 별지1 표의 경정거부처분세액란 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 같은 표 감액세액란 기재 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 x/xx은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 

   피고가 원고에 대하여 한 별지1 표의 경정거부처분세액란 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 같은 표 경정청구세액란 기재 부분을 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 금융지주회사법에 따라 설립된 금융지주회사로서 법인등기부상 목적사업은 다음과 같다.

  나. 원고는 자회사 지배 또는 경영관리, 자회사 등에 대한 자금지원, 자회사의 공동상품개발, 판매를 위한 사무지원 등의 업무를 수행하면서 브랜드 사용료 수익, 자회사 주식보유에 따른 배당금 수익, 자회사 등 자금지원에 따른 대여이자, 예금이자 등의 투자수익 등을 얻고 있다.

  다. 원고는 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세를 신고·납부하면서, 자회사에 자금지원을 하고 받은 대여이자(이하 ⁠‘이 사건 대여이자’라 한다)를 면세사업 공급가액에 포함하여 공통매입세액을 산정하였고, 기업어음 및 사채발행 등 자금조달 과정에서 지출한 자문수수료(이하 ⁠‘자금조달 관련 수수료’라 한다)와 자회사 주식인수를 위하여 지출한 자문수수료(이하 ⁠‘자문수수료’라 한다)를 ⁠“전액 공제받지 못할 매입세액” 항목에 포함하였다.

  라. 그런데 그 이후 원고는 ① 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지의 각 부가가치세에 대하여, 이 사건 대여이자는 면세사업과 관련한 공급가액으로 볼 수 없으므로 이를 면세사업 공급가액에서 제외한 후 공통매입세액을 재산정하여야 하고, ② 2013년 제1, 2기 각 부가가치세에 대하여는 ㉮ 자문수수료는 과세사업에 직접 대응되는 매입세액으로서 매입세액에서 전액 공제되어야 하고, ㉯ 자금조달 관련 수수료도 원고의 부수업무로서 과세사업과 직접 관련된 매입세액에 해당하므로 매입세액에서 전액 공제되어야 한다고 주장하면서 2018. 7. 25. 2013년 제1, 2기 부가가치세에 관하여, 2019. 7. 25. 2014년제1, 2기 부가가치세에 관하여 각 별지2 표 중 ⁠“원고의 경정청구 금액”란 기재와 같이 합계 xxx,xxx,xxx원을 감액해달라는 내용의 감액경정청구를 하였다.

   이에 피고는 원고의 각 경정청구 중 자문수수료에 관하여는 사업관련성이 있는 매입세액으로 보아 공통매입세액 안분 규정에 따라 산정한 과세비율에 해당하는 매입세액부분을 공제가능한 매입세액으로 판단하여 일부 인용하였으나, 자금조달 관련 수수료 중 자회사 대출목적으로 사채를 발행한 부분의 금액은 면세사업에 대응되는 비용으로 면세관련 매입세액에 해당하여 공제 대상이 되지 않고 나머지는 원고가 사용 목적 관련 증빙을 제출하지 않아 매입세액공제 대상으로 보기 어려우며, 이 사건 대여이자는 면세사업에서 발생한 수익으로 볼 수 없어 이를 공통매입세액으로 보아 안분계산 할 수 없다는 이유로 2018. 9. 27. 및 2019. 9. 10. 각 거부처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 거부처분’이라 한다).

   원고는 이 사건 각 거부처분에 불복하여 2013년 제1, 2기 부가가치세 중 매입세액부분에 관하여는 2018. 12. 20., 2014년 제1, 2기 부가가치세 중 매입세액 부분에 관하여는 2019. 12. 5. 각 조세심판원에 심판청구를 하였는데(자금조달 관련 수수료 부분은 불복하지 않았다), 조세심판원은 2020. 12. 14. 원고의 청구를 모두 기각하였다.

  원고의 각 경정청구금액과 피고의 각 거부처분액, 원고가 심판청구를 한 금액의 상세 내역은 별지2 표 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 당사자들의 주장

  1) 원고의 주장

   가) 이 사건 대여이자 부분

     원고의 자회사에 대한 자금지원은 비과세사업에 해당하는 용역이고, 자회사로 부터 받은 이 사건 대여이자는 비과세사업에 해당하는 용역과 관련된 금액이기는 하나 별도의 수수료 명목의 금전이 포함되어 있지 않으므로 그 전액을 비과세사업의 용역에 대한 대가로 볼 수 없다. 따라서 2013. 2. 15. 개정된 구 부가가치세법 시행령(2013. 6.28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항(2013. 6.28. 전부 개정되어 2013. 7. 1.부터 시행된 부가가치세법 시행령에는 공통매입세액 안분 규정이 제81조에 규정되어 있어 2013년 제2기 부가가치세부터는 전부 개정된 제81조가 적용되어야 할 것이나, 실질적인 내용에 차이가 없으므로 이하에서는 전부 개정되기 전의 시행령을 기준으로 표기하고, 별지 관계 법령에서만 이를 구분 기재한다)의 공급가액비율에 따른 공통매입세액 안분계산을 함에 있어 이 사건 대여이자는 전액 공제하여야 한다.

   나) 자문수수료 부분

     자문수수료는 금융지주회사인 원고가 자회사를 지배하면서 경영관리 및 자문용역 등을 제공하는 방식으로 주요목적사업을 수행하면서 발생한 것이므로, 공통매입세액이 아니라 과세사업의 매입세액으로 전액 공제되어야 한다.

  2) 피고의 주장

   가) 이 사건 대여이자 부분

     이 사건 대여이자는 자회사의 경영관리업무에 부수하는 업무인 자회사 등 지원업무에 대한 대가로서 그 일체가 비과세사업 관련 용역의 대가에 해당하므로 공급가액비율에 따른 공통매입세액 안분계산에 전액 포함하여야 한다. 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항이 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되면서 그 적용대상에 비과세사업을 겸영하는 경우도 포함하는 것으로 변경되었는데, 그 이유는 공통매입세액안분계산을 함에 있어 비과세사업을 영위하고 지급받은 대가를 모두 공급가액에 포함하기 위해서이다. 또한 감액경정청구를 한 납세의무자는 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출할 책임을 부담하는바, 원고는 이 사건 대여이자 중 일부가 명백히 비과세사업의 용역대가임에도 이를 입증할 수 있는 어떠한 자료도 제출하지 않았으므로 증명책임에 의하더라도 이 사건 각 거부처분은 적법하고, 이를 취소할 수 없다.

   나) 자문수수료 부분

     원고가 과세사업과 관련된 용역을 공급하고 있긴 하나, 금융지주회사로서 자회사 지배 또는 경영관리 및 그에 부수하는 업무인 자회사 등에 대한 자금지원 등 비과세사업이 주요 목적사업을 이루고 있으므로 자회사 주식을 인수하기 위하여 지출한 자문수수료를 과세사업에만 직접 대응되는 비용이라고 볼 수 없다. 피고가 자문수수료를 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 매입세액에서 공제한 것은 적법하다.

 나. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

 다. 관련 법리

   과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고, 그 안분은 원칙적으로 비과세사업의 공급가액이 총 공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 거래상대방 등으로부터 돈을 받았더라도 이를 비과세사업에 해당하는 용역 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 과세사업과 비과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분할 수 없고, 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등(구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호)의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결, 대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 판결 등 참조).

 라. 이 사건 대여이자 부분 주장에 관한 판단

   그와 같은 전제에서 앞서 든 증거에다 을 제2호 증의 기재를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 이 사건 대여이자 일체가 비과세사업의 대가로 볼 수 없고, 이 부분 공급가액을 기준으로 한 공통매입세액의 안분계산방법을 적용하여 매입세액을 산정할 수는 없다고 판단된다. 따라서 이 사건 각 처분 중이 사건 대여이자를 공급가액으로 보아 이를 기준으로 한 공통매입세액의 안분계산방법을 적용한 부분은 위법하며, 나아가 이 사건 대여이자 중 일부를 비과세사업의 대가로 분리해 낼 수 있다거나 해당 부분을 특정할 만한 방법이 있다고 보이지도 않고, 관련 매입세액을 산정함에 있어 다른 안분계산방법을 적용하는 것도 그 성격상 불가능해 보이므로, 결국 이 사건 대여이자를 매입세액에서 모두 공제하여야 한다는 원고의 주장은 이유 있다.

  1) 당초 원고는 이 사건 각 거부처분의 과세기간이 아닌 2009년 제2기부터 2012년제2기까지의 과세기간 중 본 건과 동일하게 자회사에 지원한 자금에 대한 대여이자에 관하여 ⁠‘면세사업의 공급가액에서 제외하여 불공제대상 매입세액을 재계산’해달라는 취지의 경정청구를 하였고, 피고가 거부처분을 하자 경정거부처분 취소를 구하는 소송을 제기하였다. 그런데 위 사건의 상고심에서 대법원은 ⁠“금융지주회사인 원고가 금융지주회사법에 따라 자회사 등에 자금지원업무를 수행하고 이들로부터 대여이자를 받은 행위는 부가가치세 부과대상이 되지 않는 비과세사업에 해당하고, 원고가 받은 이 사건 대여이자 전부가 곧바로 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 시행령’이라 한다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용하여 공통매입세액중 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없다”고 판단하였다(대법원 2019. 1.17. 선고 2015두60662 판결). 위 판결의 내용은 자회사 등에 자금지원업무를 수행하고 자회사 등으로부터 받은 대여이자에 자금대여 수수료가 포함되어 있지 않고 대여이자에 포함된 조달금리 등을 전부 비과세사업인 자금대여용역 자체의 대가로 볼 수도 없어, 개정 전 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추적용하여 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액 중 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없다는 것이고, 나아가 대여이자 중 일부를 비과세사업에 대한 대가로 명확히 분리할 수 있다거나 그 부분을 특정할 수 있다는 내용은 아니다(한편 2013. 2. 15. 개정으로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 개정전 시행령에 없던 ⁠“비과세사업을 포함한다”는 문구가 추가되었으나, 이는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분에 관한 규정이 없어 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 규정을 유추적용하였던 종래 대법원 판례의 취지를 반영하여 비과세사업에 직접 공통매입세액 안분에 관한 시행령 규정을 적용할 수 있도록 한 것이다. 공급가액을 기준으로 한 공통매입세액 안분계산방법은 공급가액이 비과세사업 용역의 대가 관계에 있고 그 금액이 명확하다는 것을 기본 전제로 하는 것이므로, 공급가액을 기준으로 한 공통매입세액 안분계산방법을 적용하려면 이 사건대여이자가 자금대여용역의 대가 관계에 있어야 한다는 전제에는 개정 전후로 변함이 없다).

  2) 실제로 원고는 위 기간 후 이 사건 각 거부처분의 과세기간에 걸쳐 자회사 자금지원지침에서 정한 바에 따라 자회사 등에 대한 자금지원업무를 수행해왔는데, 위 지침에서는 조달금리, 조달부대비용, 충당금적립비용, 업무원가 등을 더한 금액을 지원금리로 정하고 있을 뿐이다. 따라서 위 지침에 따라 원고가 수령한 이 사건 대여이자에는 비과세사업인 자금대여용역 자체의 대가로 볼 수 있는 자금대여수수료와 같은 명목의 금액은 포함되어 있지 않은 것으로 보이고, 조달금리나 조달부대비용 등을 자금대여용역 자체의 대가라고 보기도 어렵다. 다시 말해, 위와 같은 지침에 따라 결정된 이 사건 대여이자 중 원고의 자금대여용역에 대한 대가라고 볼 수 있는 부분을 딱히 특정할 수 없고 나아가 그러한 대가가 포함되어 있다고 보기도 어렵기 때문에, 비과세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하는 방법인 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용할 수 없는 것이다.

  3) 공급가액 비율에 따른 공통매입세액 안분방법을 적용할 수 없는 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에 따라 매입가액비율, 예정공급가액비율, 예정사용면적비율의 순서대로 안분계산을 하여야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810판결 참조). 그러나 원고의 매입가액 중 비과세사업 관련 매입가액만을 따로 분리할 수있는 자료도 없고(피고는 위 1)항 기재 사건의 파기환송심에서도 비과세사업 관련 매입세액을 확인할 수 없다는 전제에서 면세 관련 매입세액을 비과세사업 관련 매입으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산한 후 조정금액을 제시하였다), 이 사건 대여이자의성격상 그와 관련된 매입가액만을 상정하여 이를 분리하는 것이 사실상 가능하다고 보이지도 아니하므로 비과세사업에 관련된 매입가액의 비율을 이용하는 방법은 적용하기 어렵다. 또한 앞서 본 이 사건 대여이자의 특성에 비추어 보면 예정공급가액비율이나 예정사용면적비율 등의 방법을 적용하기도 어려워 보인다.

  4) 부가가치세는 신고납세방식이므로 납세자가 스스로 한 신고가 잘못되었다는 이유로 경정청구를 하는 경우 거부처분이 위법하다는 점에 대하여는 원칙적으로 원고가 입증하여야 할 것이다. 그러나 일응 원고의 주장대로 이 사건 대여이자 전부가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가라고 볼 수 없고, 그러한 전제에서 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용하여 매입세액을 안분할 수도 없는 상황이라면, 과세관청인 피고가 다른 합리적인 안분계산방법을 제시하는 등으로 이 사건 각 거부처분의 적법성에 관하여 주장·증명하여야 할 것인데, 피고가 제출한 증거를 모두 살펴보아도 이 부분 합리적인 안분계산방법을 찾기 어렵다. 그렇다면 이러한 경우에는 납세자에게 유리하게 해석할 수밖에 없고, 결국 매입세액에서 이 사건 대여이자 부분 전부를 공제할 수밖에 없다.

 마. 자문수수료 부분에 관한 판단

  원고는 금융지주회사로서 과세사업과 자회사의 지배 내지 경영관리와 이에 부수하여 자회사 등에 대한 지금지원 등 비과세사업을 함께 영위하고 있다. 원고는 자문수수료를 과세사업에 대응되는 비용이라고 하나, 자회사 등에 대한 자금지원 등의 비과세사업이 주요 목적사업인 이상 자회사 주인수를 목적으로 지출한자문수수료가 그 자체로 원고가 겸영하고 있는 비과세사업에 관한 비용과 무관하게 과세사업에만 대응되는 비용이라고 볼 수는 없다. 그와 달리 자문수수료가 과세사업에만 대응되는 매입가액이라는 구체적 사정에 관하여는 원고가 이를 입증하여야 할 것인데,원고가 제출한 증거들을 모아 보아도 이를 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할증거가 없다. 따라서 피고가 자문수수료를 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분계산의 방법으로 매입세액에서 공제한 것은 적법하다. 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다.

 바. 환급세액의 계산

  앞서 본 바와 같이 이 사건 대여이자는 공통매입세액 안분계산방법으로 매입세액을 계산할 수 없어 결국 전액 공제함이 타당하므로 별지2 표의 ⁠“원고의 불복금액” 중“대여이자 부분” 해당 금액(별지1 표 중 감액세액란 기재 금액)은 각 부가가치세액에서 공제되어야 한다. 따라서 이 사건 각 거부처분 중 별지1 표 중 감액세액란 기재 금액부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 04. 15. 선고 서울행정법원 2021구합58370 판결 | 국세법령정보시스템