요지

원고들은 이 사건 재건축 사업시행인가일 기준으로 기존 주택의 소유권을 보유하지 못하였으므로 조합원입주권을 주택으로 취급하는 개정 전 시행령 제155조 제16항의 적용을 받지 못하게 되는바, 결국 조합원입주권 보유기간에는 1세대 1주택으로 인정될 수 없어 원고들이 주장하는 1세대 1주택 장기보유특별공제율을 적용받을 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 6. 18. 원고들에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 각 000원(합계 000원)의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로서 2009. 7. 20. ○○아파트 0동 00호(이하 ⁠‘기존 주택’이라 한다)의 각 1/2지분씩을 합계 000원에 취득하였다.

나. 기존 주택에 대한 재건축사업 진행과정에서 2005. 5. 16. 사업시행인가가, 2010. 8. 24. 관리처분계획인가가 각 이루어졌고, 2016. 8. 30. 신축한 아파트의 사용승인이 루어졌으며 원고들은 2016. 12. 15. ○○○아파트 00동 제00호(이하 ⁠‘신축 주택’이라 한다)의 각 1/2지분에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고들은 2019. 12. 20. 신축 주택을 000원에 양도하였고, 기존 주택 취득일인 2009. 7. 20.부터 위 양도일까지 10년 이상의 보유기간이 인정됨을 전제로 신축 주택 양도에 1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 각 양도소득세 000원을 각 신고·납부하였다.

라. 피고는 기존 주택에 대하여 2005. 5. 16. 사업시행인가결정이 있었으므로 그 이후 기존주택을 취득한 원고들은 ⁠‘부동산을 취득할 수 있는 권리’인 조합원입주권을 승계취득한 경우에 해당하고 그 조합원입주권 보유기간은 1세대 1주택 장기보유특별공제의 대상인 보유기간에 포함되지 않는다고 보아, 신축주택의 사용승인일인 2016. 8. 30.부터 3년 이상 4년 미만의 보유기간에 대한 장기보유특별공제율 24%가 적용되어야 한다는 이유로 원고들에게 장기보유특별공제액 정정에 따른 양도소득세 수정신고를 안내하였다.

마. 원고들은 2020. 4. 17. 위 안내에 따라 양도소득세 각 000원(가산세 000원 포함)을 각 수정신고·납부한 다음, 2020. 4. 20. 다시 피고에게 기존 주택취득일을 기준으로 보유기간을 산정하고 1세대 1주택 장기보유특별공제가 인정되어야 한다는 이유로 2019년 귀속 양도소득세 합계 000원(각 000원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 6. 18. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 11. 1. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 원고들이 취득한 것이 ⁠‘부동산’인지 ⁠‘조합원입주권’인지 여부는 이 사건 처분의 적법 여부에 영향을 미칠 수 없고, 영향이 있다고 하더라도 2003. 7. 1.부터 시행된 도시 및 주거환경 정비법(이하 ⁠‘도시정비법’이라 한다)이 적용되는 재건축사업의 경우 관리처분계획의 인가를 받아야 조합원들이 입주자로 선정된 지위(조합원입주권)를 취득하게 되므로, 원고들이 관리처분계획인가일 이전인 2009. 7. 20.에 기존 주택을 취득한 것은 ⁠‘조합원입주권’이 아닌 ⁠‘부동산’ 취득에 해당한다.

원고의 신축 주택 양도는 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제2항 1호에서 정하는 ⁠‘재건축조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 청산금을 납부하면서 취득한 신축주택 및 그 부수토지’에 해당하고, 원고는 그 양도차익에 대하여 같은 조 제5항 제2호에 따른 보유기간을 적용한 장기보유특별공제액을 산정하였는바, 위 규정에 근거한 원고의 경정청구는 적법하다.

2) 피고가 이 사건 처분의 근거로 주장하는 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항은 조합원입주권 양도 시 1세대1주택으로 인정하는 경우에 관한 규정으로서, 조합원입주권이 아닌 주택을 양도한 이 사건에는 적용될 수 없고, 조합원입주권의 일반적인 취득시기를 규정하고 있는 조문도 아니다.

따라서 신축 주택 양도 시 원고들의 기존 주택 취득일인 2009. 7. 20.부터 신축 주택양도일인 2019. 12. 20.까지 10년 이상이 장기보유특별공제 보유기간으로 인정되어야하고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고들의 기존 주택 취득의 법적 성격

가) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고 그 금액(양도차익)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 같은 조 제2항은 ’"장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.‘고 규정하고 있다.

나) 이처럼 구 소득세법 제95조 제2항은 "장기보유 특별공제액"에 관하여 규정하면서 조합원입주권에 대하여는 본문 괄호 부분에서 ⁠‘조합원으로부터 취득한 것은 제외한다’고 규정하고 있다. 따라서 만일 원고들이 기존 주택의 취득 당시 ’조합원입주권‘을 승계취득한 것이라면 위 괄호부분에 따라 장기보유 특별공제가 적용될 수 없음이 분명한 반면, 부동산인 ’기존 주택‘을 취득한 것이라면 다른 요건의 구비여부에 따라 장기보유특별공제를 받을 가능성이 있어 양자 간 차이가 있으므로 먼저 이에 관하여 본다.

도시 및 주거환경정비법(이하 ⁠‘도시정비법’이라 한다)에 따른 재건축사업의 경우 조합원입주권 취득시기는 도시정비법에 따라 결정된다고 할 것인데, 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에 의하면, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가를 받아야 비로소 ⁠‘입주자로 선정된 지위’, 즉 조합원입주권을 취득하게 된다고 보아야 한다.

그런데 이 사건에서 원고들은 도시정비법에서 기존 주택이 조합원입주권으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일인 2010. 8. 24. 이전에 이미 기존 주택을 취득하였으므로, 부동산으로서의 기존 주택을 취득한 것이지 조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득하였다고 볼 수는 없으므로, 장기보유 특별공제가 원천적으로 배제되는 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분에 해당하지 않는다. 다만, 원고들이 취득한 기존 주택의 소유권이 조합원입주권 및 신축 주택의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권의 보유기간이 장기보유 특별공제가 인정되는 보유기간으로 인정될 수 있을지 여부에 관하여는 아래 2)항에서 살핀다.

다) 한편 원고들이 경정청구의 타당성을 주장하면서 들고 있는 구 소득세법 시행령 제166조 제2항 1호, 제5항 제2호의 규정은 기존 주택과 조합원입주권, 신규 주택의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는 경우의 양도차익의 산정 등에 관한 규정인데, 위 규정을 적용할 수 있는지 여부 자체가 문제되는 원고들이 역으로 위 규정을 적용하여 양도차익을 산정하여 경정청구를 하였다는 이유만으로 그 경정청구가 정당하다고 주장하는 것은 선후가 뒤바뀐 주장이므로 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 시행령’이라 하고, 개정된 후의 것을 ⁠‘개정 후 시행령’이라 한다) 제155조 제16항2)의 의미와 조합원입주권의 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용여부

가) 원고들이 취득한 기존 주택의 조합원입주권으로의 전환시기를 관리처분계획 인가 시로 보는 것과는 별개로, 개정 전/후 시행령 제155조 제16항은 조합원이 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 대상자 요건에 관하여 정하고 있는 규정이므로 도시정비법에서 정하는 조합원입주권 취득시기와 위 개정 전/후 시행령 규정에서 정하는 1세대 1주택 비과세혜택 적용대상자를 결정하는 기준일이 필연적으로 서로 일치하여야 하는 것은 아니다.

구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155제16항, 개정 전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙 제1조, 부칙 제4항의 규정에 의하면 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 ’당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위‘를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 대상자 기준은 ① 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일에, ② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일에, ③ 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존 주택을 소유하는 사람이므로, ’② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 31.까지의 기간‘ 중에 도시정비법에 따른 사업시행인가를 받은 주택재건축사업조합원의 경우 사업시행인가일에 기존 주택을 보유하고 있었어야 조합원입주권 양도 시 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 반면, 기존 주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기는 도시정비법에 따라 관리처분계획인가 시가 되어 양 시기에 차이가 발생하게 된다.

나) 그런데 앞서 살핀 것과 같이 기존 주택 재건축사업의 사업시행인가일은 2005. 5. 16.이고, 관리처분계획인가일은 2010. 8. 24.이므로, 부칙 제4항에 따라 개정 후 시행령의 시행일인 2005. 5. 31. 이전에 이미 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원인 원고들에 대한 1세대 1주택 특례적용에 관하여는 개정 전 시행령에 의하여야 하고, 결국 원고들이 위 사업시행인가일인 2005. 5. 16.에 기존 주택을 보유하였어야 개정 전 시행령 제155조 제16항의 1세대 1주택 특례규정을 적용받을 수 있는데, 원고들이 기존 주택을 취득한 것은 2009. 7. 20.로서 사업시행인가일 이후이다.

따라서 원고들이 2010. 8. 24. 관리처분계획인가로 취득한 조합원입주권은 개정 전/후 시행령 제155조 제16항의 특례적용을 받지 못하게 되므로 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 취급할 수 없다.

다) 그런데 원고들의 주장과 같이 기존주택의 취득일부터 신규주택의 양도일까지의 기간 전체에, 즉 조합원입주권 보유기간을 포함한 전체 기간에 구 소득세법 제95조 제2항 단서 에서 정하는 1세대 1주택에 대한 높은 장기보유특별공제율을 적용받기 위해서는 조합원입주권 보유기간 역시 위 단서 규정에서 정하는 ⁠‘대통령령(구 소득세법 시행령 제159조의3)으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산’으로 인정되어야 한다.

이는 구 소득세법 제94조 제1항 제1호, 제95조 제2항, 제4항 본문, 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호, 제159조의3 등 관계 법령의 규정 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령 제159조의3에서 정한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조 제2항의

그런데 앞서 살핀 것과 같이 원고들은 이 사건 재건축 사업시행인가일 기준으로 기존 주택의 소유권을 보유하지 못하였으므로 조합원입주권을 주택으로 취급하는 개정 전 시행령 제155조 제16항의 적용을 받지 못하게 되는바, 결국 조합원입주권 보유기간에는 1세대 1주택으로 인정될 수 없어 원고들이 주장하는 1세대 1주택 장기보유특별공제율을 적용받을 수 없다.

라) 개정 전 시행령 제155조 제16항에서 주택재건축사업의 경우 조합원입주권을1세대 1주택으로 인정받기 위하여 기존주택을 소유하여야 하는 기준일을 ⁠‘사업시행인가일’로 정하고 있는 것은 과도기적 규정으로서, 도시정비법의 제정·시행일부터는 개정 후 시행령 규정과 같이 ⁠‘관리처분계획인가일’을 기준으로 하여 기존 주택 보유자에게 1세대 1주택 특례규정을 적용받을 수 있도록 하는 것이 도시정비법과의 조화 등에 비추어 적합한 측면이 있다고 보이기는 한다.

그러나 개정 후 시행령 부칙 제4항에서 개정 후 시행령이 시행되기 전에 이미 사업시행인가를 받은 주택재건축사업 조합원에 대하여는 개정 전 시행령을 적용한다고 분명히 정하고 있는데다가, 개정 전/후 시행령 제155조 제16항이 조합원입주권을 주택으로 취급하여 비과세나 장기보유특별공제 등 혜택을 부여하는 규정이라는 점에서 위 개정 전/후 시행령 규정을 조세법률주의에 반하여 함부로 확장해석하여 원고들에게 장기보유특별공제의 혜택을 부여할 수는 없다.

3) 소결론

결국 원고들은 조합원입주권을 보유하였던 기간을 1세대 1주택 보유기간으로 인정받을 수 없으므로, 조합원입주권 보유기간에 대하여는 장기보유특별공제를 받을 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없고, 원고들의 경정청구를 기각한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 12. 21. 선고 서울행정법원 2022구단50475 판결 | 국세법령정보시스템